081203-计算机应用技术

计算机视觉，超大规模数据管理，分布式计算

2021-04--中国科学院自动化研究所   副研究员
2016-09--2021-02   澳门科技大学   博士
2013-06--2021-03   中国科学院自动化研究所   工程师
2010-07--2013-05   中国科学院自动化研究所   助理工程师
2007-09--2010-06   内蒙古工业大学   硕士
2000-09--2004-06   西北大学   本科

   

2021-04~现在, 中国科学院自动化研究所, 副研究员
2013-06~2021-03,中国科学院自动化研究所, 工程师
2010-07~2013-05,中国科学院自动化研究所, 助理工程师

2025-10-01-今,系统仿真学报, 编委
2023-04-12-今,中科观微（北京）科技有限公司, 副总经理
2022-03-03-今,中国自动化学会智能健康与生物信息专业委员会, 委员

   

（ 1 ） 一种面向序列切片的扫描电镜三维影像获取系统及方法, 发明专利, 2022, 第 3 作者, 专利号: CN114049252A

（ 2 ） 显微序列图像拼接方法及装置, 发明授权, 2022, 第 3 作者, 专利号: CN109584156B

（ 3 ） 扫描电镜透射模式与透射电镜联用的病毒快速检测系统, 发明专利, 2021, 第 1 作者, 专利号: CN112381817A

（ 4 ） 基于仿射变换的显微序列图像自动拼接方法、系统及装置, 专利授权, 2021, 第 4 作者, 专利号: CN112381718A

（ 5 ） 基于电镜图像的集成电路金属圆孔自动识别方法及系统, 专利授权, 2021, 第 1 作者, 专利号: CN112200164A

（ 6 ） 基于孪生网络的笼养动物行为分析方法、系统、装置, 发明专利, 2020, 第 3 作者, 专利号: CN111582214A

（ 7 ） 显微序列图像拼接方法及装置, 发明专利, 2019, 第 3 作者, 专利号: CN109584156A

（ 8 ） 大视场光学显微图像成像装置及方法, 专利授权, 2019, 第 3 作者, 专利号: CN109283679A

（ 9 ） 面向序列切片的扫描电镜图像实时配准装置及方法, 专利授权, 2018, 第 5 作者, 专利号: CN108038874A

（ 10 ） 多幅显微图像拼接中的灰度校正方法及装置, 发明专利, 2018, 第 4 作者, 专利号: CN107958442A

（ 11 ） 生物组织序列切片显微图像的配准方法及装置, 专利授权, 2018, 第 4 作者, 专利号: CN107545567A

（ 12 ） 基于电镜序列切片图像的突触检测方法, 专利授权, 2017, 第 4 作者, 专利号: CN106407988A

（ 13 ） 基于双光子图像的突触检测方法, 专利授权, 2017, 第 3 作者, 专利号: CN106373116A

（ 14 ） 小波邻域高斯模型图像复原方法, 发明专利, 2014, 第 4 作者, 专利号: CN106508111B

（ 15 ） 一种基于多尺度基本形式的相似尺度图像融合方法, 发明专利, 2014, 第 6 作者, 专利号: CN106508048B

（ 16 ） 利用自适应多尺度基本形式实现图像融合的方法, 发明专利, 2014, 第 1 作者, 专利号: CN106508047B

（ 17 ） 一种基于图像边缘保持自适应分解的超分辨率重建方法, 发明专利, 2014, 第 4 作者, 专利号: CN106508045B

（ 18 ） 基于带限二维EMD与Gabor自适应滤波的图像时频分析法, 发明专利, 2014, 第 4 作者, 专利号: CN106508110B

   

（1） Optimizing Connectome Reconstruction in Intelligent Management Approach Using DEA, Tsinghua Science and Technology, 2026, 第 9 作者  通讯作者
（2） Transformer-based Framework for Large-Scale EM Segmentation Stitching, International Journal of Wavelets, Multiresolution and Information Processing, 2026, 第 5 作者  通讯作者
（3） Automated Quality Assessment of Serial Section Electron Microscopy Image Registration Using Learned Features, Journal of Systems Engineering and Electronics, 2026, 第 3 作者  通讯作者
（4） 复杂场景下的泊车空间推理模型, 系统仿真学报, 2025, 第 5 作者  通讯作者
（5） InteBOMB:Integrating generic object tracking and segmentation with pose estimation for animal behavior analysis, InteBOMB: Integrating generic object tracking and segmentation with pose estimation for animal behavior analysis, ZOOLOGICAL RESEARCH, 2025, 第 6 作者
（6） Glancing Beyond Patch: Spatial Contextual Cues for 3D Neuron Segmentation, IEEE Transactions on Medical Imaging, 2025, 第 9 作者
（7） A novel 3D instance segmentation network for synapse reconstruction from serial electron microscopy images, Expert Systems with Applications, 2024, 第 5 作者
（8） Large-volume fully automated cell reconstruction generates a cell atlas of plant tissues, The Plant Cell, 2024, 第 13 作者
（9） DeepMulticut: Deep Learning of Multicut Problem for Neuron Segmentation from Electron Microscopy Volume, IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence, 2024, 第 7 作者
（10） A robust transformer-based pipeline of 3D cell alignment, denoise and instance segmentation on electron microscopy sequence images, JOURNAL OF PLANT PHYSIOLOGY, 2024, 第 9 作者
（11） A novel registration method for long-serial section images of EM with a serial split technique based on unsupervised optical flow network, BIOINFORMATICS, 2023, 第 5 作者
（12） Fear memory-associated synaptic and mitochondrial changes revealed by deep learning-based processing of electron microscopy data, CELL REPORTS, 2022, 第 8 作者
（13） Joint reconstruction of neuron and ultrastructure via connectivity consensus in electron microscope volumes, BMC Bioinformatics, 2022, 第 5 作者  通讯作者
（14） Denoising of scanning electron microscope images for biological ultrastructure enhancement, JOURNAL OF BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2022, 第 2 作者
（15） Geolocation Error Estimation and Correction on Long-Term MWRI Data, IEEE TRANSACTIONS ON GEOSCIENCE AND REMOTE SENSING, 2021, 第 4 作者
（16） Human attention-inspired volume reconstruction method on serial section electron microscopy images, CYTOMETRY PART A, 2021, 第 2 作者
（17） Quality metrology of carbon nanotube thin films and its application for carbon nanotube-based electronics, Quality metrology of carbon nanotube thin films and its application for carbon nanotube-based electronics, NANO RESEARCH, 2020, 第 2 作者
（18） A New Geolocation Error Estimation Method in MWRI Data Aboard FY3 Series Satellites, IEEE GEOSCIENCE AND REMOTE SENSING LETTERS, 2020, 第 5 作者
（19） Massive Data Management and Sharing Module for Connectome Reconstruction, BRAIN SCIENCES, 2020, 第 3 作者  通讯作者
（20） L(0 )sparse approximation of coastline inflection method on fy-3c mwri data, IEEE GEOSCIENCE AND REMOTE SENSING LETTERS, 2019, 第 5 作者
（21） l(p)-ICP Coastline Inflection Method for Geolocation Error Estimation in FY-3 MWRI Data, REMOTESENSING, 2019, 第 5 作者  通讯作者
（22） Skeleton-based Image Registration of Serial Electron Microscopy Sections, MEDICAL IMAGING 2019: DIGITAL PATHOLOGY, 2019, 第 2 作者
（23） MORPHOLOGY-RETAINED NON-LINEAR IMAGE REGISTRATION OF SERIAL ELECTRON MICROSCOPY SECTIONS, 2018 25TH IEEE INTERNATIONAL CONFERENCE ON IMAGE PROCESSING (ICIP), 2018, 第 3 作者
（24） Large-area and highly uniform carbon nanotube film for high-performance thin film transistors, NANO RESEARCH, 2018, 第 3 作者  通讯作者
（25） Morphology-Retained Non-Linear Image Registration of Serial Electron Microscopy Sections, 25th IEEE International Conference on Image Processing (ICIP), 2018, 第 3 作者
（26） Large-area and highly uniform carbon nanotube film for nigh-performance thin film transistors, Large-area and highly uniform carbon nanotube film for nigh-performance thin film transistors, 纳米研究：英文版, 2018, 第 3 作者
（27） Efficient and Quantitative Characterization of Carbon Nanotube Thin Films, 2018 9TH INTHERNATIONAL CONFERENCE ON COMPUTER AIDED DESIGN FOR THIN-FILM TRANSISTORS (CAD-TFT), 2018, 第 5 作者
（28） An Efficient Method for Neuronal Tracking in Electron Microscopy Images, 2017 IEEE INTERNATIONAL CONFERENCE ON MECHATRONICS AND AUTOMATION (ICMA), 2017, 第 5 作者
（29） Deep Learning and Shapes Similarity for Joint Segmentation and Tracing single Neurons in SEM images, MEDICAL IMAGING 2017: IMAGE PROCESSING, 2017, 第 5 作者
（30） 脑微观重建系统研究, Micro reconstruction system for brain, 系统工程理论与实践, 2017, 第 3 作者
（31） Deep Learning and Shapes Similarity for Joint Segmentation and Tracing single Neurons in SEM images, Conference on Medical Imaging - Image Processing, 2017, 第 3 作者
（32） Automatically Segmenting and Reconstructing Neurons in SEM images, 2016 IEEE INTERNATIONAL CONFERENCE ON MECHATRONICS AND AUTOMATION, 2016, 第 4 作者
（33） Automatically Segmenting and Reconstructing Neurons in SEM images, ICMA2016 PROCEEDINGS, 2016, 第 3 作者
（34） Wrinkle Image Registration for Serial Microscopy Sections, 2015 11TH INTERNATIONAL CONFERENCE ON SIGNAL-IMAGE TECHNOLOGY & INTERNET-BASED SYSTEMS (SITIS), 2015, 第 3 作者
（35） Image super-resolution based on null space pursuit, 2010 3rd International Congress on Image and Signal Processing, CISP 2010, 2010, 第 2 作者

   

（ 1 ） 中国区域 1公里逐5分钟降水实况分析系统时效优化, 负责人, 境内委托项目, 2026-01--2026-12
（ 2 ） FY-4C图像质量评估软件研制, 负责人, 境内委托项目, 2025-08--2027-02
（ 3 ） FY-4B质量评估软件研制, 负责人, 境内委托项目, 2024-07--2027-01
（ 4 ） 多模态多尺度脑图谱技术和平台研究, 参与, 国家任务, 2022-08--2027-07
（ 5 ） 基于透射电镜的大视场病毒检测技术功能开发, 负责人, 中国科学院计划, 2020-09--2023-08
（ 6 ） 2035创新团队——脑认知功能图谱与类脑智能交叉研究平台, 参与, 研究所自主部署, 2020-05--2022-04
（ 7 ） 生物序列高通量扫描电镜三维影像系统产业化, 参与, 地方任务, 2018-07--2020-06
（ 8 ） 脑连接图谱绘制新技术, 参与, 中国科学院计划, 2018-01--2022-12
（ 9 ） 灵长类全脑神经联接图谱计划, 参与, 中国科学院计划, 2017-01--2021-12
（ 10 ） 突触水平神经大数据重建与分析平台, 参与, 地方任务, 2016-05--2018-12
（ 11 ） 微观脑网络分析与重构, 参与, 中国科学院计划, 2015-07--2017-06

现指导学生

陈飞熊  硕士研究生  085410-人工智能