基本信息
熊杰  男  硕导  中国科学院水生生物研究所
电子邮件: xiongjie@ihb.ac.cn
通信地址: 湖北省武汉市东湖南路7号
邮政编码: 430072

招生信息

在读硕士3人

招生专业
071007-遗传学
071004-水生生物学
招生方向
原生动物基因组学

教育背景

2007-09--2012-01   中国科学院水生生物研究所   研究生/理学博士
2003-09--2007-06   南京农业大学   本科/农学学士
学历

2003/09-2007/06,南京农业大学,水产养殖学,农学学士;

2007/09-2011/11, 中国科学院水生生物研究所,水生生物学,理学博士;


工作经历

1. 2012/01-2015/12,中国科学院水生生物研究所,助理研究员;

2. 2014/08-2015/08,美国密歇根大学,博士后;

3. 2015/12至今,中国科学院水生生物研究所,副研究员;


工作简历
2015-11~现在, 中国科学院水生生物研究所, 副研究员
2014-08~2015-08,美国密歇根大学安娜堡校区, 博士后
2012-03~2015-11,中国科学院水生生物研究所, 助理研究员
社会兼职
2015-08-24-2017-12-31,中国动物学会原生动物学分会副秘书长, 副秘书长

专利与奖励

   
奖励信息
(1) 中国动物学会原生动物学分会青年科技奖, 其他, 2017
(2) 青年科技奖, 一等奖, 研究所(学校), 2016
(3) 湖北省优秀博士论文奖, 一等奖, 省级, 2013
专利成果
( 1 ) 来源于四膜虫的TpyArsM蛋白及其编码基因和应用, 发明, 2015, 第 5 作者, 专利号: CN201410001904.6

出版信息

   
发表论文
(1) Single-cell transcriptome sequencing of rumen ciliates provides insight into their molecular adaptations to the anaerobic and carbohydrate-rich rumen microenvironment, Molecular phylogenetics and evolution, 2020, 第 7 作者
(2) Sexual cell cycle initiation is regulated by CDK19 and CYC9 in Tetrahymena thermophila, Journal of Cell Science, 2020, 第 5 作者
(3) Proteomic identification and expression of oral apparatus constituents in cell regeneration of giant ciliate Stentor coeruleus (strain WHEL), Gene, 2020, 第 5 作者
(4) Tetrahymena Comparative Genomics Database (TCGD): a community resource for Tetrahymena, Database, 2019, 第 8 作者
(5) Insights into the origin and evolution of Peritrichia (Oligohymenophorea, Ciliophora) based on analyses of morphology and phylogenomics, Molecular phylogenetics and evolution, 2019, 第 3 作者
(6) RNAi-dependent Polycomb repression controls transposable elements in Tetrahymena, Genes & development, 2019, 第 2 作者
(7) Hidden genomic evolution in a morphospecies—The landscape of rapidly evolving genes in Tetrahymena, PLoS biology, 2019, 第 1 作者
(8) Exploration of Genetic Variations through Single‐cell Whole‐genome Sequencing in the Model Ciliate Tetrahymena thermophila, Journal of Eukaryotic Microbiology, 2019, 第 3 作者
(9) 进展中的原生动物学研究:热点领域与新格局, Progress of protozoological studies in China: Hot spots and new patterns, 中国科学:生命科学, 2019, 第 1 作者
(10) xploration of Genetic Variations through Single‐cell Whole‐genome Sequencing in the Model Ciliate Tetrahymena thermophila, Journal of Eukaryotic Microbiology, 2019, 第 3 作者
(11) EOGD: the Euplotes octocarinatus genome database, BMC Genomics, 2018, 第 4 作者
(12) A DP-like transcription factor protein interacts with E2fl1 to regulate meiosis in Tetrahymena thermophila, Cell cycle, 2018, 第 5 作者
(13) Pseudocohnilembus persalinus genome database-the first genome database of facultative scuticociliatosis pathogens, BMC genomics, 2018, 第 5 作者
(14) A germline-limited piggyBac transposase gene is required for precise excision in Tetrahymena genome rearrangement, Nucleic Acids Research, 2017, 第 4 作者
(15) Dissecting relative contributions of cis-and trans-determinants to nucleosome distribution by comparing Tetrahymena macronuclear and micronuclear chromatin, Nucleic Acids Research, 2016, 第 1 作者
(16) Epidermal growth factor-induced stimulation of proliferation and gene expression changes in the hypotrichous ciliate, Stylonychia lemnae, Gene, 2016, 通讯作者
(17) 四膜虫功能基因组数据库增量更新 2016-生活史和减数分裂转录组及磷酸化蛋白组资源建设, 基因组学与应用生物学, 2016, 通讯作者
(18) Tracing the structural evolution of eukaryotic ATP binding cassette transporter superfamily, Scientific reports, 2015, 第 1 作者
(19) Genome of the facultative scuticociliatosis pathogen Pseudocohnilembus persalinus provides insight into its virulence through horizontal gene transfer, Scientific reports, 2015, 第 1 作者
(20) The genome of the myxosporean Thelohanellus kitauei shows adaptations to nutrient acquisition within its fish host, Genome biology and evolution, 2014, 第 2 作者
(21) Impaired replication elongation in Tetrahymena mutants deficient in histone H3 Lys 27 monomethylation, Genes & development, 2013, 第 2 作者
(22) Tetrahymena functional genomics database (TetraFGD): an integrated resource for Tetrahymena functional genomics, Database, 2013, 第 1 作者
(23) Transcriptome analysis of the model protozoan, Tetrahymena thermophila, using deep RNA sequencing, PLoS One, 2012, 第 1 作者
(24) Tetrahymena Gene Expression Database (TGED): a resource of microarray data and co-expression analyses for Tetrahymena, Science China Life sciences, 2011, 第 1 作者
(25) Gene network landscape of the ciliate Tetrahymena thermophila, PloS one, 2011, 第 1 作者
(26) Genome-wide identification and evolution of ATP-binding cassette transporters in the ciliate Tetrahymena thermophila: A case of functional divergence in a multigene family, BMC evolutionary biology, 2010, 第 1 作者
(27) 
(28) 

科研活动

   
科研项目
( 1 ) 三种四膜虫全基因组N6-甲基腺嘌呤的鉴定及其功能进化, 主持, 国家级, 2017-01--2020-12
( 2 ) 中国科学院青年创新促进会会员人才专项, 主持, 部委级, 2016-01--2019-12
( 3 ) 中国科学院知识创新工程青年人才领域前沿项目, 主持, 市地级, 2014-01--2015-12
( 4 ) 模式生物嗜热四膜虫转录组数据库建设, 主持, 院级, 2014-01--2015-12
( 5 ) 模式原生动物嗜热四膜虫DNA复制起点的鉴定及其特征分析, 主持, 国家级, 2014-01--2016-12
( 6 ) 原生动物四膜虫生殖小核(germline nucleus)体功能(somatic function)的分子基础研究, 主持, 国家级, 2019-01--2021-12
参与会议
(1)四膜虫比较基因组学研究   中国动物学会原生动物学分会第十八次学术讨论会   2015-08-24

合作情况