基本信息
张世华  男  博导  中国科学院数学与系统科学研究院
电子邮件: zsh@amss.ac.cn
通信地址: 北京市海淀区中关村东路55号
邮政编码: 100190

研究领域

招生信息

招收硕博连读研究生1-2名、博士生1名

招生专业
070105-运筹学与控制论
071400-统计学
招生方向

运筹优化、机器学习与生物信息计算 

生物医学统计、深度学习理论与算法

教育背景

2003-09--2008-06   中国科学院数学与系统科学研究院   博士
学历
-- 研究生
学位
-- 博士

工作经历

2018-04--至今 中国科学院数学与系统科学研究院 研究员 

2014-08--2015-04 美国哈佛大学 访问研究员 

2013-09--2014-03 日本东京大学 访问研究员 

2013-03--2018-03 中国科学院数学与系统科学研究院 副研究员 

2012-10--2013-03 新加坡国立大学 访问学者 

2011-10--2011-12 加州洛杉矶分校 访问学者 

2008-07--2011-02 南加州大学 博士后研究 

2008-07--2013-02 中国科学院数学与系统科学研究院 助理研究员 





教授课程

深度学习理论
数据科学与矩阵优化
矩阵论
大数据科学
深度学习概论
生物信息学前沿专题选讲
生物信息学前沿选讲
生物信息学与计算系统生物学
生物信息学与系统生物学

专利与奖励

   
奖励信息
(1) 中国生物信息学十大进展, 其他, 2021
(2) 中国生物信息学十大算法和工具, 其他, 2019
(3) 国家万人计划青年拔尖人才, , 国家级, 2018
(4) 钟家庆运筹学奖, , 其他, 2015
(5) 中国科学院卓越青年科学家项目, , 部委级, 2014
(6) 国家自然科学基金优秀青年基金, , 国家级, 2014
(7) 中国青年科技奖, , 部委级, 2013
(8) 中国科学院卢嘉锡青年人才奖, , 部委级, 2013
(9) 陈景润未来之星, , 研究所(学校), 2011
(10) 全国百篇优秀博士论文奖, , 国家级, 2010
(11) 中国科学院院长奖特等奖, , 部委级, 2008

出版信息

   
发表论文
(1) Deciphering spatial domains from spatially resolved transcriptomics with an adaptive graph attention auto-encoder, Nature Communications, 2022, 
(2) 3D Genome of macaque fetal brain reveals evolutionary innovations during primate corticogenesis, CELL, 2021, 通讯作者
(3) Bayesian Joint Matrix Decomposition for Data Integration with Heterogeneous Noise, IEEE Trans Pattern Anal Mach Intell, 2021, 通讯作者
(4) Towards Understanding of Residual and Mixed-Scale Dense Neural Networks via Convolutional Sparse Coding., National Science Review, 2020, 第 1 作者
(5) Circular Trajectory Reconstruction Uncovers Cell‐Cycle Progression and Regulatory Dynamics from Single‐Cell Hi‐C Maps, ADVANCED SCIENCE, 2019, 通讯作者
(6) Group-sparse SVD models and their applications in biological data., IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering (TKDE), 2019, 通讯作者
(7) Learning common and specific patterns from data of multiple interrelated biological scenarios with matrix factorization, NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2019, 通讯作者
(8) MSTD: an efficient method for detecting multi-scale topological domains from symmetric and asymmetric 3D genomic maps, NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2019, 通讯作者
(9) A general joint matrix factorization framework for data integration and its systematic algorithmic exploration., IEEE Transactions on Fuzzy Systems (TFS), 2019, 通讯作者
(10) Large-scale determination and characterization of cell type-specific regulatory elements in the human genome, JOURNAL OF MOLECULAR CELL BIOLOGY, 2017, 通讯作者
(11) Comparative pan-cancer DNA methylation analysis reveals cancer common and specific patterns, BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS, 2017, 通讯作者
(12) Discovery of cancer common and specific gene sets., Nucleic Acids Research, 2017, 通讯作者
(13) Joint modeling of multiple RNA-seq samples for accurate isoform quantification., Annals of Applied Statistics, 2017, 通讯作者
(14) Integrative analysis for identifying joint modular patterns of gene-expression and drug-response data, BIOINFORMATICS, 2016, 通讯作者
(15) Systematic DNA methylation analysis of multiple cell lines reveals common and specific patterns within and across tissues of origin, HUMAN MOLECULAR GENETICS, 2015, 第 4 作者
(16) Profiling the transcription factor regulatory networks of human cell types, NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2014, 第 1 作者
(17) Discovery of cell-type specific regulatory elements in the human genome by differential chromatin modification analysis., Nucleic Acids Research, 2013, 通讯作者
(18) Efficient methods for identifying mutated driver pathways in cancer, BIOINFORMATICS, 2012, 通讯作者
(19) Common community structure in time-varying networks, PHYSICAL REVIEW E, 2012, 通讯作者
(20) Discovery of multi-dimensional modules by integrative analysis of cancer genomic data, NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2012, 第 1 作者
(21) A novel computational framework for simultaneous integration of multiple functional genomic data to identify microRNA-gene regulatory modules., Bioinformatics, 2011, 第 1 作者
(22) Determining modular organization of protein interaction networks by maximizing modularity density, BMC SYSTEMS BIOLOGY, 2010, 
(23) A fast mathematical programming procedure for simultaneous fitting of assembly components into cryoEM density maps, BIOINFORMATICS, 2010, 第 1 作者

科研活动

   
科研项目
( 1 ) 基于数据整合识别微小RNA 调控元件的优化模型和算法研究, 负责人, 国家任务, 2011-01--2013-12
( 2 ) 中国科学院青年创新促进会, 负责人, 国家任务, 2011-01--2014-12
( 3 ) 复杂网络中的优化问题及其在系统生物学中的应用, 参与, 国家任务, 2012-01--2016-12
( 4 ) 陈景润未来之星, 负责人, 研究所自选, 2011-01--2013-12
( 5 ) 生物信息学, 负责人, 国家任务, 2015-01--2017-12
( 6 ) 卓越青年科学家项目, 负责人, 国家任务, 2014-07--2017-06
( 7 ) 基于数据整合的计算癌症基因组学研究, 负责人, 国家任务, 2014-01--2017-12
( 8 ) 网络化知识的基础理论与应用, 参与, 国家任务, 2017-01--2022-12
( 9 ) 癌症基因组大数据深度分析中的优化建模和算法研究, 负责人, 国家任务, 2017-01--2019-12
( 10 ) 国家万人计划青年拔尖人才, 负责人, 国家任务, 2018-01--2020-12
( 11 ) 生物大数据的深度挖掘理论, 负责人, 中国科学院计划, 2016-07--2021-06
( 12 ) 生物大数据的整合建模, 负责人, 中国科学院计划, 2017-07--2019-06
( 13 ) 多维度、多尺度、多模态生物实验数据及其智能算法理论, 负责人, 国家任务, 2020-06--2025-05
( 14 ) 基于贝叶斯推断的复杂JS数据分析, 负责人, 国家任务, 2019-08--2022-07

指导学生

已指导学生

章帅  硕士研究生  070105-运筹学与控制论  

李学峰  硕士研究生  070105-运筹学与控制论  

闫晓芳  硕士研究生  070105-运筹学与控制论  

党大昌  硕士研究生  070105-运筹学与控制论  

张炙炀  硕士研究生  071400-统计学  

张彪  硕士研究生  070105-运筹学与控制论  

曹振  博士研究生  070105-运筹学与控制论  

王蓓  博士研究生  070105-运筹学与控制论  

王灿  博士研究生  070105-运筹学与控制论  

张丽华  博士研究生  070105-运筹学与控制论  

董康宁  博士研究生  070105-运筹学与控制论  

张驰浩  博士研究生  070105-运筹学与控制论  

现指导学生

张文豪  硕士研究生  070105-运筹学与控制论  

张瑞  博士研究生  070105-运筹学与控制论  

刘星言  博士研究生  070105-运筹学与控制论  

盖阔  博士研究生  070105-运筹学与控制论  

翟鹏龙  博士研究生  070105-运筹学与控制论  

王思聪  博士研究生  070105-运筹学与控制论  

王语  博士研究生  070105-运筹学与控制论  

李尚  博士研究生  070105-运筹学与控制论  

满振鹏  硕士研究生  070105-运筹学与控制论  

阮天雨  博士研究生  070105-运筹学与控制论  

贾玉涵  硕士研究生  0710J3-生物信息学