植物基因组学与生物信息学

目前研究主要是通过计算生物学与实验相结合， 从基因组复杂度、多倍体基因组间互作、基因表达调控及基因功能分歧等角度研究植物野生种质资源多样性，种子生物学，及特殊、重要园艺性状形成的机理。主要研究内容：

1）植物多倍体形成与表达调控机制，包括倍性变异的剂量效应，顺式、反式调控变异， 以及表观修饰等在重要果树、花卉资源、种子发育中起到的作用；

2）核质共进化模式与机制，包括植物线粒体基因组结构变异规律及与变异速率、重组关系，核质互作在种子发育中起到的作用等；

3）特色野生种质资源的收集与利用；

每年招生植物基因组学或植物分子生物学方向硕士研究生和博士研究生各1-2名。请联系：zhuandan@mail.kib.ac.cn 

071010-生物化学与分子生物学

基因组学与生物信息学

2005-09--2012-08   华中农业大学   博士研究生/博士学位
2001-09--2005-06   华中农业大学   本科生

   

2017-04~现在, 中国科学院昆明植物研究所, 研究员
2015-12~2017-03,University of Texas at Austin, Research Fellow
2012-09~2015-11,University of Nebraska-Lincoln, Postdoc Research Associate

生物信息学

1. Jin X^#, Du H^#, Chen M, Zheng X, He Y, Zhu A*. (2025) A fully phased octoploid strawberry genome reveals the evolutionary dynamism of centromeric satellites. Genome Biology (in press)

2. Jin X, Du H, Zhu C, Wan H, Liu F, Ruan J*, Mower JP*, Zhu A*. (2023) Haplotype-resolved genomes of wild octoploid progenitors illuminate genomic diversifications from wild relatives to cultivated strawberry. Nature Plants 9: 1252–1266

3. Fan W^#, He ZS^#, Zhe M, Feng JQ, Zhang L, Huang Y, Liu F, Huang JL, Ya JD, Zhang SB, Yang JB*, Zhu A*, Li DZ*. (2023) High-quality Cymbidium mannii genome and multifaceted regulation of crassulacean acid metabolism in epiphytes. Plant Communications 4:100564.

4. Fan W^#, Liu F^#, Jia Q, Du H, Chen W, Ruan J, Lei J, Li DL*, Mower JP*, Zhu A* (2022) Fragaria mitogenomes evolve rapidly in structure but slowly in sequence and incur frequent multinucleotide mutations mediated by micro‐inversions. New Phytologist 236: 745-759.

5. Li Z^#, Zhu A^#, Song Q, Chen HY, Harmon FG, Chen ZJ* (2020) Temporal regulation of metabolome and proteome in photosynthetic and photorespiratory pathways contributes to maize heterosis. The Plant Cell 32(2):3706-3722

6. Liu F^#, Fan W^#, Yang JB, Xiang CL, Mower JP, Li DL*, Zhu A* (2020) Episodic and GC-biased bursts of intragenomic and interspecific synonymous divergence in Ajugoideae (Lamiaceae) mitogenomes. New Phytologist 228: 1107-1114

7. Guo W^#, Zhu A^#, Fan W, Robert P Adams RP, Mower JP* (2020) Extensive Shifts from Cis- to Trans-splicing of Gymnosperm Mitochondrial Introns. Molecular Biology and Evolution 37(6):1615-1620

8. Fan W, Guo W, L Funk L, Mower JP*,  Zhu A* (2019) Complete loss of RNA editing from the plastid genome and most highly expressed mitochondrial genes of Welwitschia mirabilis. Science China Life Sciences 62 (4), 498-506

9. Tao NG*, Chen Y, Wu Y, Wang X, Li L, Zhu A* (2019) The terpene limonene induced the green mold of citrus fruit through regulation of reactive oxygen species (ROS) homeostasis in Penicillium digitatum spores. Food Chemistry 277, 414-422

10. Zhu A^#, Fan W^#, Adams RP, JP Mower JP*. (2018) Phylogenomic evidence for ancient recombination between plastid genomes of the Cupressus-Juniperus-Xanthocyparis complex (Cupressaceae). BMC Evolutionary Biology 18(1):137

11. Zhu A, Guo W, Gupta S, Mower JP* (2016) Evolution dynamics of the plastid inverted repeat: the effects of the expansion, contraction, and loss on substitution rates. New Phytologist 209(4), 1747-1756

12. Zhu A, Guo W, Jain K, Mower JP* (2014) Unprecedented heterogeneity in the synonymous substitution rate within a plant genome. Molecular Biology and Evolution 31 (5): 1228-1236

   

（ 1 ） 植物基因组学与生物信息学, 负责人, 研究所自主部署, 2017-04--2022-12
（ 2 ） 植物基因组复杂度演化机理研究, 负责人, 中国科学院计划, 2017-11--2019-06
（ 3 ） 草莓基因组学, 负责人, 中国科学院计划, 2019-01--2021-12
（ 4 ） 果树自花不结实S位点及基因组的演化机制, 负责人, 国家任务, 2018-07--2022-12
（ 5 ） 野生草莓多次异交/自交转变的基因组结构变异及演化驱动力研究, 负责人, 研究所自主部署, 2019-07--2020-06
（ 6 ） 基于多组学数据的草莓果实发育中瘦果与肉质花托分子互作机理研究, 负责人, 地方任务, 2021-12--2026-12
（ 7 ） 植物核质分子互作演化研究——以筋骨草亚科为例, 负责人, 国家任务, 2023-01--2026-12

已指导学生

朱楚萌  硕士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

者孟青  硕士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

刘芳  博士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

陈武  博士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

李小玲  硕士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

现指导学生

杜海媛  博士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

金鑫  博士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

陈茂贤  博士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

郑旭  硕士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

黄艺伟  博士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

何奕莹  硕士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

方愚  硕士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

唐继兴  博士研究生  071010-生物化学与分子生物学