基本信息

杨焕明  男  博导  华大教育中心
电子邮件: yanghm@genomics.org.cn
通信地址: 北深圳市盐田区北山工业区11栋8楼
邮政编码: 100101

研究领域

杨焕明院士现任深圳华大基因研究员、理事长。他和他的团队为“人类基因组计划”、“人类单体型图计划”、“**基因组计划”、“国际癌症基因组计划”等国际合作的大科学计划,并为第一个亚洲人基因组、人类泛基因组学、肠道Meta基因组以及多个动植物、微生物基因组的研究做出了重要贡献。

招生信息

招生专业

0710Z1-基因组学

0710J3-生物信息学

086000-生物与医药

招生方向

基因组设计与合成

蛋白质基因组研究

生信分析在基因编辑中的应用

生物大数据与深度学习方法研究

基因组编辑的研究与应用

教育背景

1984-06--1988-09   丹麦哥本哈根大学医学遗传研究所   博士
1979-09--1982-06   中国南京铁道医学院生物系   硕士

工作经历

   
工作简历
2012-04~2013-05,深圳华大基因研究院华大基因学院, 院长
2007-09~2012-06,深圳华大基因研究院 , 理事长兼董事
1998-09~2003-06,中国科学院遗传与发育生物学研究所人类基因组中心, 主任、博导
1992-05~1994-05,美国洛杉矶加州大学(UCLA)医学院, 博士后
1990-04~1992-04,美国波士顿哈佛医学院, 博士后
1988-04~1990-04,法国INSERM-CNRS马赛免疫中心人类分子遗传学实验室, 博士后
1982-09~1984-09,中国南京铁道医学院生物系 , 讲师

教授课程

基因组学导论
基因组学概论
生物信息学进展专题系列讲座

专利与奖励

   
奖励信息
(1) 2012 年度广东省科学技术奖自然科学类二等奖:第一个亚洲人基因组, , 省级, 2013
(2) 2012年度深圳市科学技术奖自然科学奖二等奖:人体内脏元基因组研究, , 市地级, 2013
(3) 2013年全国优秀科普作品, , 国家级, 2013
(4) 国家科学技术进步奖, 二等奖, 国家级, 2012
(5) 杨焕明院士编著的《“天”生与“人”生:生殖与克隆》, , 国家级, 2011
(6) 深圳经济特区30年30位杰出人物之“杰出创新人物”, , 市地级, 2010
(7) 2008年深圳市科技创新奖-炎黄Ⅰ号-第一个亚洲人基因组, , 市地级, 2009
专利成果
( 1 ) 一种针对一个或多个目标基因组区域进行边扩增边连接的方法, 发明, 2010, 第 2 作者, 专利号: ZL201010163648.2
( 2 ) 一种细胞核移植方法, 发明, 2009, 第 4 作者, 专利号: ZL200910107266.5
( 3 ) 一种染色体同线性同源区域的检测方法和系统, 发明, 2011, 第 4 作者, 专利号: ZL200910252465.5
( 4 ) SNRNP200基因突变体及其应用, 发明, 2012, 第 4 作者, 专利号: P2012-1-0002.CN

出版信息

   
发表论文
(1) Revealing Alzheimer's disease genes spectrum in the whole-genome by machine learning, BMC Neurology, 2018, 第 7 作者
(2) A novel mutation in PRPF31, causative of autosomal dominant retinitis pigmentosa, using the BGISEQ-500 sequencer, International Journal of Ophthalmology, 2018, 第 10 作者
(3) Genomic analysis of liver cancer unveils novel driver genes and distinct prognostic features, Theranostics, 2018, 第 9 作者
(4) Transcriptome variations among human embryonic stem cell lines are associated with their differentiation propensity, PLoS One, 2018, 通讯作者
(5) Characterization of viral RNA splicing using whole-transcriptome datasets from host species, Scientific Reports, 2018, 其他(合作组作者)
(6) Genome-wide determination of on-target and off-target characteristics for RNA-guided DNA methylation by dCas9 methyltransferases, GigaScience, 2018, 其他(合作组作者)
(7) 10KP: a phylodiverse genome sequencing plan, GigaScience, 2018, 其他(合作组作者)
(8) Quantification of 10 steroid hormones in human saliva from Chinese adult volunteers, Journal of International Medical Research, 2018, 第 10 作者
(9) A novel affordable reagent for room temperature storage and transport of fecal samples for metagenomic analyses, Microbiome, 2018, 第 6 作者
(10) The molecular landscape of synchronous colorectal cancer reveals genetic heterogeneity, Carcinogenesis, 2018, 其他(合作组作者)
(11) Transcriptional mutagenesis mediated by 8-oxoG induces translational errors in mammalian cells, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2018, 其他(合作组作者)
(12) Earth BioGenome Project: Sequencing life for the future of life, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2018, 其他(合作组作者)
(13) Coexisting genomic aberrations associated with lymph node metastasis in breast cancer, Journal of Clinical Investigation, 2018, 第 8 作者
(14) WEGO 2.0: a web tool for analyzing and plotting GO annotations, 2018 update, Nucleic Acids Research, 2018, 其他(合作组作者)
(15) Zinc finger and interferon-stimulated genes play a vital role in TB-IRIS following HAART in AIDS, Personalized Medicine, 2018, 第 10 作者
(16) Molecular genetics of tetrahydrobiopterin deficiency in Chinese patients, Journal of Pediatric Endocrinology & Metabolism, 2018, 第 9 作者
(17) Demographic history and genetic adaptation in the himalayan region inferred from genome-wide SNP genotypes of 49 populations, Molecular Biology and Evolution, 2018, 第 9 作者
(18) Establishment of a Macaca fascicularis gut microbiome gene catalog and comparison with the human, pig, and mouse gut microbiomes, GigaScience, 2018, 第 7 作者
(19) In memory of Prof. C. C. Li, Protein & Cell, 2018, 通讯作者
(20) Deep functional analysis of synII, a 770-kilobase synthetic yeast chromosome, Science, 2017, 通讯作者
(21) Typing and copy number determination for HLA-DRB3, -DRB4 and -DRB5 from next-generation sequencing data, HLA, 2017, 第 5 作者
(22) Whole exome sequencing identifies a novel mutation in the PITX3 gene, causing autosomal dominant congenital cataracts in a Chinese family, Annals of Clinical and Laboratory Science, 2017, 第 7 作者
(23) Novel mutations in SERPINF1 result in rare osteogenesis imperfecta type VI, Calcified Tissue International, 2017, 第 8 作者
(24) Draft genome of the leopard gecko, Eublepharis macularius, GigaScience, 2016, 第 10 作者
(25) The stepwise evolution of the exome during acquisition of docetaxel resistance in breast cancer cells, BMC Genomics, 2016, 通讯作者
(26) Interaction between the FOXO1A-209 genotype and tea drinking is significantly associated with reduced mortality at advanced ages, Rejuvenation Research, 2016, 通讯作者
(27) The Asian arowana (Scleropages Formosus) genome provides new insights into the evolution of an early lineage of teleosts, Scientific Reports, 2016, 通讯作者
(28) Distinct subtypes of gastric cancer defined by molecular characterization include novel mutational signatures with prognostic capability, Cancer Research, 2016, 通讯作者
(29) Novel loci and pathways significantly associated with longevity, Scientific Reports, 2016, 通讯作者
(30) Novel Y-chromosomal microdeletions associated with non-obstructive azoospermia uncovered by high throughput sequencing of sequence-tagged sites (STSs), Scientific Reports, 2016, 通讯作者
(31) The Sinocyclocheilus cavefish genome provides insights into cave adaptation, BMC Biology, 2016, 通讯作者
(32) Integrative analyses of gene expression and DNA methylation profiles in breast cancer cell line models of tamoxifen-resistance indicate a potential role of cells with stem-like properties., Breast Cancer Res, 2013, 通讯作者
(33) Metagenome-wide analysis of antibiotic resistance genes in a large cohort of human gut microbiota. , Nature Communication, 2013, 通讯作者
(34) Integrative Annotation of Variants from 1092 Humans: Application to Cancer Genomics. , Science, 2013, 通讯作者
(35)  Whole-genome and whole-exome sequencing of bladder cancer identifies frequent alterations in genes involved in sister chromatid cohesion and segregation, Nature Genetics, 2013, 通讯作者
(36) Draft genome of the wheat A-genome progenitor Triticum urartu, . Nature, 2013, 通讯作者
(37) Frequent mutations of genes encoding ubiquitin-mediated proteolysis pathway components in clear cell renal cell carcinoma, Nature Genetics, 2012, 通讯作者
(38) Whole-genome sequencing of giant pandas provides insights into demographic history and local adaptation., Nature Genetics, 2012, 通讯作者
(39) Frequent mutations of chromatin remodeling genes in transitional cell carcinoma of the bladder, Nature Genetics, 2011, 通讯作者
(40) Comprehensive comparison of three commercial human whole-exome capture platforms., Genome Biol, 2011, 通讯作者
(41) The DNA Methylome of Human Peripheral Blood Mononuclear Cells, PLoS Biol, 2010, 通讯作者
(42) Genome-wide patterns of genetic variation among elite maize inbred lines, Nat Genet, 2010, 通讯作者
(43) The genome of the cucumber, Cucumis sativus L., Nature Genetics, 2009, 通讯作者
(44) Building the sequence map of the human pan-genome, Nat Biotechnol, 2009, 通讯作者
发表著作
(1) “天”生与“人”生, reproduction and cloning natrural or artificial, 北京:科学出版社, 2008-03, 第 1 作者
(2) 生命的语言, the language of life, 湖南科学技术出版社, 2010-10, 第 1 作者
(3) 基因组学, Genomics, 科学出版社, 2016-08, 第 1 作者
(4) 共同的生命线, The Common Thread, 中信出版社, 2018-12, 第 1 作者

科研活动

   
科研项目
( 1 ) 与重要疾病相关的基因组学和生物信息学技术, 参与, 国家级, 2012-01--2015-12
( 2 ) 肝癌样本库及相关信息共享数据库的建设与维护, 主持, 国家级, 2011-05--2014-05
( 3 ) 中丹乳腺癌中心延伸项目:基于分子标记的转移性乳腺癌个, 主持, 国家级, 2012-01--2014-12
( 4 ) 国际肿瘤基因组创新研究团队, 主持, 省级, 2010-06--2014-12
( 5 ) 广东省首批引进创新科研团队配套资助—国际肿瘤基因组创新研究团队, 主持, 省级, 2010-06--2014-12
( 6 ) 基因组学农业部重点实验室(现为国家级实验室), 主持, 国家级, 2009-01--2011-12
( 7 ) 中丹乳腺癌中心延伸项目:基于分子标记的转移性乳腺癌个体化治疗, 主持, 省级, 2012-01--2015-02
( 8 ) 三名工程, 主持, 省级, 2016-04--2021-04
( 9 ) 广东省创新团队, 主持, 省级, 2010-06--2016-06
( 10 ) 深圳市第二人民医院-华大基因研究院杨焕明院士团队, 主持, 省级, 2016-04--2020-04
( 11 ) 华大基因合成基因组学院士工作站建设, 主持, 市地级, 2017-01--2019-12
( 12 ) 人类********与重建(项目:超*******合成)(涉密), 参与, 国家级, 2017-07--2020-06
参与会议
(1)组学技术与发展趋势   香山会议   2017-02-28
(2)History and Promise of DNA Sequencing, Genomics and other -Omics   高山会议   2016-11-15
(3)The HGP and Individual Identification   2016-10-27
(4)The HGP and Innovation in Bioindustry   中国生物工程学会2016年学术年会   2016-08-11
(5)从“人类基因组计划”到“精准医学”   国际医学高峰论坛--精准医学与肿瘤治疗   2016-06-16
(6)从“人类基因组计划” 到“大数据时代”   第二届广东院士高峰年会   2016-05-25