生物医学图像处理、体电子显微学

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课题组在北京怀柔科学城、中关村地区常年招聘实习生1-2人，研究内容为生物医学图像处理。

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实验室将提供良好的科研平台和待遇。

简历投递邮箱xi.chen@ia.ac.cn

2004-09--2009-07   中国科学院自动化研究所   博士
2000-09--2004-07   西安交通大学   学士

工作简历

2021-04~现在, 中国科学院自动化研究所, 研究员

2012-10~2021-04,中国科学院自动化研究所, 副研究员

2009-07~2012-10,中国科学院自动化研究所, 助理研究员

社会兼职

中国农工民主党第十七届中央教育科技工作委员会, 委员

中国农工民主党北京市第十四届委员会科技创新工作委员会, 副主任

中国自动化学会智能健康与生物信息专委会, 委员

中国老年学和老年医学学会睡眠科学与技术分会, 委员

中国优选法统筹法与经济数学研究会青年工作委员会, 委员

北京市怀柔区政协委员

2021-04~现在, 中国科学院自动化研究所, 研究员
2012-10~2021-04,中国科学院自动化研究所, 高级工程师
2009-07~2012-10,中国科学院自动化研究所, 助理研究员

2023-07-24-今,中国农工民主党第十七届中央教育科技工作委员会, 委员
2020-11-30-今,中国自动化学会智能健康与生物信息专委会, 委员
2020-11-30-今,中国老年学和老年医学学会睡眠科学与技术分会, 委员
2020-10-12-今,中国优选法统筹法与经济数学研究会青年工作委员会, 委员

发表论文

Bohao Chen, Yanchao Zhang, Yanan Lv, Hua Han, Xi Chen*. "Self-supervised Axial Super-Resolution for Volume Microscopy via Diffusion-Guided Structure Distillation". in Proceedings of 2025 International Conference on Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention (MICCAI), 2025.

Hao Zhai#, Haiyang Yan#, Jingyuan Zhou, Jing Liu, Qiwei Xie, Lijun Shen, Xi Chen*, Hua Han*. "InteBOMB: Integrating generic object tracking and segmentation with pose estimation for animal behavior analysis", Zoological Research, 2025, 46(2): 355−369.

张艳*#，陈曦#，李喜霞#，李琳琳#，陈联万，韩华*，孙飞*，“体电子显微学前沿”，生物化学与生物物理进展，2024，51(10): 2430-2455.

Zhenchen Li, Xu Yang, Jiazheng Liu, Bei Hong, Yanchao Zhang, Hao Zhai, Lijun Shen, Xi Chen, Zhiyong Liu, Hua Han. "DeepMulticut: Deep Learning of Multicut Problem for Neuron Segmentation from Electron Microscopy Volume", IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence, 2024, 46(12): 8696-8714.

Yanan Lv, Haoze Jia, Xi Chen*, Haiyang Yan, Hua Han*. "Aligning and Restoring Imperfect ssEM images for Continuity Reconstruction". in Proceedings of 2024 International Conference on Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention (MICCAI, Oral), 2024.

Sheng Chang, Linlin Li, Bei Hong, Jing Liu, Yuxuan Xu, Keliang Pang, Lina Zhang, Hua Han*, Xi Chen*. "An intelligent workflow for sub-nanoscale 3D reconstruction of intact synapses from serial section electron tomography", BMC Biology, 2023, 21(198).

Tong Xin#, Yanan Lv#, Haoran Chen, Linlin Li, Lijun Shen, Guangcun Shan, Xi Chen*, Hua Han*. "A novel registration method for long-serial section images of EM with a serial split technique based on unsupervised optical flow network". Bioinformatics, 2023, 39(8).

Jing Liu#, Junqian Qi#, Xi Chen#, Zhenchen Li#, Bei Hong, Hongtu Ma, Guoqing Li, Lijun Shen, Danqian Liu, Yu Kong, Hao Zhai, Qiwei Xie*, Hua Han*, Yang Yang*. "Fear memory-associated synaptic and mitochondrial changes revealed by deep learning-based processing of electron microscopy data". Cell Reports, 2022, 40(5): 111151-111151.

Fangxu Zhou, Lijun Shen, Bohao Chen, Xi Chen*, Han Hua*. "Human attention-inspired volume reconstruction method on serial section electron microscopy images". Cytometry Part A, 2021, 99(6): 575-585.

Tong Xin, Bohao Chen, Xi Chen*, Hua Han. "UTR: Unsupervised Learning of Thickness-Insensitive Representations for Electron Microscope Image". in Proceedings of 2021 IEEE International Conference on Image Processing (ICIP), 2021.

Danqian Liu, Weifu Li, Chenyan Ma, Weitong Zheng, Yuanyuan Yao, Chak Foon Tso, Peng Zhong, Xi Chen, Jun Ho Song, Woochul Choi, Se-Bum Paik, Hua Han, Yang Dan*. "A common hub for sleep and motor control in the substantia nigra". Science. 2020, 367(6476):440-5.

Xi Chen, Hao Zhai, Danqian Liu, Weifu Li, Chaoyue Ding, Qiwei Xie, Hua Han*. "SiamBOMB: A Real-time AI-based System for Home-cage Animal Tracking, Segmentation and Behavioral Analysis". in Proceedings of the Twenty-Ninth International Joint Conference on Artificial Intelligence (IJCAI), 2020. 

Yanan Lv, Xi Chen*, Chang Shu, Hua Han. "Robust Global Optimized Affine Registration Method for Microscopic Images of Biological Tissue". in Proceedings of 2020 IEEE International Conference on Acoustics, Speech and Signal Processing (ICASSP), 2020.

Chong Yu, Xi Chen*, Lei Yin, Chang Shu, Li Zhao, Hua Han. "Image deformation based on contour using moving integral least squares". IET Image Process. 2019, 13(1):152-60. 

Rong Sun, Xi Chen*, Chun-Ying Yin, Lei Qi, Pak-Ming Lau, Hua Han, Guoqiang Bi*. "Correlative light and electron microscopy for complex cellular structures on PDMS substrates with coded micro-patterns". Lab on a Chip. 2018, 18(24):3840-3848.

Xi Chen, Qiwei Xie, Lijun Shen, Hua Han. "Morphology-Retained Non-Linear Image Registration Of Serial Electron Microscopy Sections". in Proceedings of 2018 IEEE International Conference on Image Processing (ICIP), 2018.

Qiwei Xie#, Xi Chen#, Hao Deng, Danqian Liu, Yingyu Sun, Xiaojuan Zhou, Yang Yang*, Hua Han*. "An automated pipeline for bouton, spine, and synapse detection of in vivo two-photon images". BioData Mining. 2017, 10(1):40. 

主持或参与科研项目

1. 部委攻关项目课题、电镜分析软件系统、2024-2027、220万、主持

2. 中国科学院仪器设备功能开发技术创新项目、序列切片透射电镜电子断层成像数据配准系统研制、2020-2023、30万，主持

3. 北京市高精尖学科建设项目“智能科学与技术”交叉学科开放课题基金、运动物体识别神经网络的微观结构与功能解析、2020-2022、20万，主持

4. 中国科学院先导A专项子课题、笼养动物实时跟踪、分割和行为分析的智能化系统、2020-2021、26.7万，主持

5. 中国科学院仪器设备功能开发技术创新项目、生物序列切片扫描电镜图像实时配准技术功能开发、2018-2020、40万，主持

6. 北京市科技计划课题、纳米级芯片智能分析系统研发及产业化、2018-2020、450万、主持

7. 国家自然科学基金青年基金、大目标场景下的电镜图像拼接方法研究、2013-2015、24万，主持

8. 国家科技重大专项课题、纳米级集成电路物理设计分析技术、2009-2014、1212万，主持