我们专注于结合多学科交叉（物理、计算机、数学）的理论知识，进行生命科学多组学大数据的研究，理解生命复杂系统，比如脑科学、肿瘤免疫、以及跨物种器官和功能演化的动态变化规律。欢迎加入课题组，一起探索科学前沿，推动生命科学的进步。欢迎加入我们，共同开启科学探索之旅！

方向一：计算生物学/生命组学大数据解析

应用交叉科学知识、AI大模型前沿技术，结合基因组学、单细胞分析、空间转录组学和表观遗传学等多组学大数据，解析重要生命过程中分子与细胞动力学机制。

方向二：分子与细胞的演化发育研究

围绕中心法则的时空维度理解（中心法则到时空法则），开发分子、细胞、结构层面演化发育的新型计算方法，解析组织和器官发育机制，探索结构与功能的演化原理。

方向三：脑科学与肿瘤疾病研究

构建脑组织和肿瘤微环境的细胞图谱，研究神经系统和免疫系统的细胞类型及空间结构的多样性，探索细胞迁移与分化的调控机制。

方向四：比较基因组学

通过基因组学和群体遗传学分析物种适应性和群体结构变化的遗传机制。

• 毕业于华南理工大学，应用物理学本科，遗传学博士。

• 华大生命科学研究院，主任科学家

• 中国科学院大学，研究生导师

• 华南理工大学、西北大学、兰州大学、华南师范大学，兼职教授

• 浙江全省空间组学重点实验室，实验室主任

• 全国智能计算标准化组，委员

• 广东省脑科学应用学会，委员。

• 从事生命科学大数据，包括基因组学、单细胞组学、空间转录组学、群体遗传学、比较基因组学等计算生物学的研究

• 参与了众多国际重大的基因组学重大科研项目，如大熊猫基因组、北极熊群体基因组、G10K、癌症单细胞计划、Human Cell Atlas，共同发起时空组学脑科学子联盟（STOC-Neuro）、脑图谱国际大科学计划（MBCP）秘书处成员等。

• 已发表SCI论文40多篇，总引用次数超过10,000次，H因子超过30。以主要作者（第一/共一/通讯作者）已发表21篇，其中Cell, Nature, Science 文章6篇。

ORCID: https://orcid.org/0000-0003-0019-619X
Google Scholar: https://scholar.google.com.hk/citations?hl=en&user=W-S1wOUAAAAJ

课题组长期从事生命科学多组学的大数据分析和解读，贯穿生命科学基因组学、单细胞空间转录组学，及其应用在脑科学、肿瘤免疫、物种适应性的多个研究方向。

• 细胞组学的研究，应用单细胞组学和空间转录组学取得重要进展，尤其在细胞异质性与细胞发育演化研究中：（1）单细胞基因组和转录组研究揭示了肿瘤细胞的分化与演化（Nature Communications 2016），并进行了不同单细胞平台的系统比较（Genome Biology 2019）；（2）阐明了结直肠癌微环境中免疫细胞的空间异质性（Clinical and Translational Medicine 2021）及治疗前后免疫微环境变化和耐药机制（Cell Report Medicine 2023）；（3）研究了肝癌复发微环境中免疫细胞关键细胞类型的变化（Cell 2021），并解析了肝癌转移中的CTC空间异质性及免疫逃逸机制（Nature Communications 2021）；（4）此外，还揭示了肝内胆管癌的侵染机制（Cell Research 2023）。
• 随着时空组学新技术的发展，在单细胞空间转录组学和超大规模单细胞组学技术应用方面取得显著进展：（1）构建了非人灵长类端脑细胞图谱（Nature Communications 2022）；（2）研发了首个猕猴糖尿病与疾病模型的单细胞图谱数据库（Cell Metabolism 2024）；（3）完成了首个狨猴小脑跨物种比较时空图谱的构建（Science 2024）；（4）开发了空间组学数据3D重构与发育演化动态研究工具包Spateo（Cell 2024）。
• ​早年在动物基因组组装、注释和演化研究方面取得重要成果，包括：（1）绘制了大熊猫基因组草图（Nature 2010），猪蛔虫基因组（Nature 2011），埃及血吸虫基因组（Nature Genetics 2012），猎豹基因组（Genome Biology 2015）；（2）通过基因组和群体重测序技术，阐明了北极熊适应极地气候的关键正选择基因及群体结构特征（Cell 2014）；（3）利用高深度人群重测序研究了逆转录子在中国人群中的分布特征（GigaScience 2017）。

   

0710J3-生物信息学
0710Z1-基因组学
071007-遗传学

大数据分析，单细胞空间组学，多组学方法开发
比较基因组学，脑科学，肿瘤免疫
分子计算遗传学，细胞演化

2010-09--2015-06   华南理工大学   博士
2006-09--2010-07   华南理工大学   本科

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2021-12~现在, 杭州华大生命科学研究院, 研究员
2019-05~现在, 华南理工大学、西北大学、兰州大学, 兼职教授
2018-05~2021-12,深圳华大生命科学研究院, 研究员
2016-09~2018-06,香港中文大学, 兼职助理教授
2015-10~2018-08,中山大学, 研究员

计算生物学
基因组学
动植物基因组
Bio-computing
科研论文写作

2023年 获得杭州市高层次人才B类认证

2015年 获得中国青少年科技创新奖

2013年  获得深圳市盐田区生物产业高层次人才（优秀人才）称号

2011年 获得深圳市高层次“国家级”人才称号

（1） 中国青少年科技创新奖, 一等奖, 国家级, 2015

（ 1 ） 一种单细胞DNA文库的构建方法, 发明专利, 2020, 第 6 作者, 专利号: CN110886021A

（ 2 ） 一种单细胞DNA文库的构建方法, 2023, 第 6 作者, 专利号: CN110886021B

   

（1） Region-specific transcriptomic responses to obesity and diabetes in macaque hypothalamus, CELL METABOLISM, 2024, 第 18 作者  通讯作者
（2） Cross-species single-cell spatial transcriptomic atlases of the cerebellar cortex, Science, 2024, 第 30 作者  通讯作者
（3） Spatiotemporal modeling of molecular holograms, Cell, 2024, 第 29 作者  通讯作者
（4） Cancer-associated fibroblasts undergoing neoadjuvant chemotherapy suppress rectal cancer revealed by single-cell and spatial transcriptomics, CELL REPORTS MEDICINE, 2023, 第 30 作者  通讯作者
（5） An invasive zone in human liver cancer identified by Stereo-seq promotes hepatocyte–tumor cell crosstalk,local immunosuppression and tumor progression, An invasive zone in human liver cancer identified by Stereo-seq promotes hepatocyte-tumor cell crosstalk, local immunosuppression and tumor progression, CELL RESEARCH, 2023, 第 50 作者  通讯作者
（6） Single cell multi-omics reveal intra-cell-line heterogeneity across human cancer cell lines, NATURE COMMUNICATIONS, 2023, 第 33 作者  通讯作者
（7） Spatially resolved gene regulatory and disease-related vulnerability map of the adult Macaque cortex, NATURE COMMUNICATIONS, 2022, 第 50 作者  通讯作者
（8） Spatiotemporal transcriptomic atlas of mouse organogenesis using DNA nanoball-patterned arrays, CELL, 2022, 第 54 作者
（9） Single-cell landscape of the ecosystem in early-relapse hepatocellular carcinoma, CELL, 2021, 第 32 作者  通讯作者
（10） Multiregion single-cell sequencing reveals the transcriptional landscape of the immune microenvironment of colorectal cancer, CLINICAL AND TRANSLATIONAL MEDICINE, 2021, 第 27 作者  通讯作者
（11） scDPN for High-throughput Single-cell CNV Detection to Uncover Clonal Evolution During HCC Recurrence, scDPN for High-throughput Single-cell CNV Detection to Uncover Clonal Evolution During HCC Recurrence, GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS, 2021, 第 12 作者  通讯作者
（12） Single-cell RNA profiling links ncRNAs to spatiotemporal gene expression during C. elegans embryogenesis, SCIENTIFIC REPORTS, 2020, 第 13 作者  通讯作者
（13） Comparative analysis of sequencing technologies for single-cell transcriptomics, GENOME BIOLOGY, 2019, 第 14 作者  通讯作者
（14） Evolution of multiple cell clones over a 29-year period of a CLL patient, NATURE COMMUNICATIONS, 2016, 第 3 作者
（15） Population Genomics Reveal Recent Speciation and Rapid Evolutionary Adaptation in Polar Bears, CELL, 2014, 第 1 作者
（16） Whole-genome sequence of Schistosoma haematobium, NATURE GENETICS, 2012, 第 4 作者
（17） Ascaris suum draft genome, NATURE, 2011, 第 2 作者
（18） The sequence and de novo assembly of the giant panda genome, NATURE, 2010, 第 104 作者

（1） Single Cell Biomedicine, Springer, 2018-06, 第 其他 作者
（2） 单细胞组学基础, 科学出版社, 2024-11, 第 其他 作者