微生物学博士，研究员，深圳华大生命科学研究院精准健康研究所副所长，深圳市未知病原体应急检测重点实验室主任。

长期从事微生物组学、病原组学及相关生物信息分析技术研究。致力于应用微生物组学、培养组学、合成生物学、生物信息学等创新技术，研究新病原的发现和变异规律，研究人体微生物组与疾病的关系和新型干预手段。

获授权发明专利3项，申请受理12项（其中PCT 7项）；宏基因组测序分析相关国家标准、团体标准及专家共识主要起草人；科技部重点研发计划课题负责人，近年已主持或主要参与国家级省部级经费项目10项。

入选科技部、国自然基金委、广东省科技厅、深圳市科创委项目评审专家库。中华预防医学会生物资源管理与利用研究分会委员，中国生物物理学会肠道菌群分会委员，中国微生物学会病毒学专业委员会青年委员。先后担任Nature Aging, Genome Medicine等国际知名学术期刊的审稿人。

主要研究方向：

1，微生物组及病毒组前沿分析方法研发：应对海量高通量测序数据挑战，研发前沿分析工具，解决微生物组和病毒组研究中新病原识别，定量分析，功能注释，变异检测，进化溯源等核心研究诉求。

2，病毒组/微生物组与人类健康相关研究：运用前沿分析方法，揭示病毒组、微生物组与人类感染病、代谢病等重大健康威胁的内在关联，阐明组学机制，为疾病干预手段的研发提供新思路和手段。

   

0710Z1-基因组学
0710J3-生物信息学
083100-生物医学工程

微生物组学；肠道菌群；微生物多样性、分类与系统发育；
新病原发现；病原变异监测；
生物信息学；生物数据资源与分析方法；

2010-09--2015-09   华南理工大学   博士
2006-09--2010-08   华南理工大学   学士

感染病精准防控诊治

   

（1） 2021年中国产学研合作创新与促进奖-产学研合作创新成果奖, 其他, 2021
（2） 科睿唯安（Clarivate）2020年度全球“高被引科学家”（Highly Cited Researcher 2020）, 其他, 2020
（3） 科睿唯安（Clarivate）2019年度全球“高被引科学家”（Highly Cited Researcher2019）, 其他, 2019
（4） 2019年度“中国生物信息学十大进展"和“中国生物信息学十大应用”, 其他, 2019
（5） 深圳市自然科学奖, 二等奖, 市地级, 2012

[1] 孔令欣, 刘文峰, 肖敏凤, 程丽, 陶皓然, 李俊桦. 表达元件组合、表达载体、宿主、应用及组装方法. PCT/CN2022/082446, 2022-03-23.

[2] 孙婉莹, 雷晓乐, 裴娜, 李俊桦. 检测SNP位点的试剂在制备试剂盒中的用途. 202110009727.6, 2021-01-05.

[3] 宋文琛, 陈伟, 肖敏凤, 黎宇翔, 李俊桦. 高通量筛选抗菌噬菌体的方法和系统. PCT/CN2020/131879, 2020-11-26.

[4] 程丽, 宋文琛, 肖敏凤, 王云, 沈玥, 李俊桦. 一种制备基因工程病毒的方法及其应用. 202011345193.6, 2020-11-26.

[5] 李俊桦, 赵海龙, 彭也, P·M·肖, D·尼克尔, 沈具东. 艰难梭菌耐药/低敏感进化分支SNP标记及菌株类别鉴定方法和应用. CN: CN112481395A, 2021-03-12.

[6] 李俊桦, 赵海龙, 彭也, P·M·肖, D·尼克尔, 沈具东. SNP markers of drug reduced susceptibility related evolutionary branches of clostridium difficile, method for identifying strain category, and use thereof. PCT/CN2019/092585, 2019-06-24.

[7] 宋文琛, 孙海汐, 肖敏凤, 程丽, 邓子卿, 王云, 沈玥, 李俊桦. 从细菌全基因组序列中挖掘温和型噬菌体的方法、装置和存储介质. PCT/CN2018/110636, 2018-10-17.

[8] 李俊桦, 彭也, 陈冰, 张慧, 林宇翔, 贾慧珏. 一种确定婴幼儿肠道菌群成熟度的方法和标志物组合. 中国: CN108345768A, 2018-07-31.

[9] P·M·肖, D·V·梅赫罗特拉, R·L·布兰查德, 沈具东, R·莫格, M·B·多尔, 李俊桦, 徐讯. 与对靶向艰难梭菌毒素B的治疗的响应相关的人类遗传标志物. US: CN110088300A, 2019-08-02.

[10] 宁光, 李俊桦, 王卫庆, 顾燕云, 任华慧, 谢晓雁, 张翼飞, 洪洁, 刘瑞欣. 一种降糖药在阻断肠道共生菌次级胆汁酸生成的应用. CN: CN107510697A, 2017-12-26.

[11] 宁光, 钟焕姿, 王卫庆, 李俊桦, 顾燕云, 谢晓雁, 洪洁, 刘瑞欣. 一种降糖药在提高人肠共生扭链瘤胃球菌及UDCA丰度的应用. CN: CN107625775A, 2018-01-26.

[12] 钟焕姿, 方超, 李俊桦, 任华慧. 2型糖尿病标志物及其用途. CN: CN110178035A, 2019-08-27.

[13] 彭也, 李俊桦, 唐珊媚, 张慧. 一种对特定群中的亚群进行定量分析的方法. CN: CN109997193A, 2019-07-09.

[14] 肖亮, 李俊桦, 侯勇, 徐迅, 邹远强, 孙海鹏. 调节动物肠道菌群结构的方法. CN: CN108004260A, 2018-05-08.

[15] 李芳, 杨子翊, 顾颖, 李俊桦. 一种筛选新型CRISPR‑Cas系统的方法和装置. CN: CN107784200A, 2018-03-09.

   

（1） Combined berberine and probiotic treatment as an effective regimen for improving postprandial hyperlipidemia in type 2 diabetes patients: a double blinded placebo controlled randomized study, Gut Microbes, 2022, 通讯作者
（2） Echinococcus spp. and genotypes infecting humans in Tibet Autonomous Region of China: a molecular investigation with near-complete/complete mitochondrial sequences, Parasites & Vectors, 2022, 通讯作者
（3） Sex- and age-related trajectories of the adult human gut microbiota shared across populations of different ethnicities, Nature Aging, 2021, 通讯作者
（4） Draft Genome Sequence of a Polymyxin-Resistant Klebsiella pneumoniae Clinical Strain Carrying mcr-8.1 and bla(NDM-5), MICROBIOLOGY RESOURCE ANNOUNCEMENTS, 2021, 通讯作者
（5） Population Bottlenecks and Intra-host Evolution During Human-to-Human Transmission of SARS-CoV-2, FRONTIERS IN MEDICINE, 2021, 通讯作者
（6） Intra-host variation and evolutionary dynamics of SARS-CoV-2 populations in COVID-19 patients, GENOME MEDICINE, 2021, 通讯作者
（7） Quasispecies of SARS-CoV-2 revealed by single nucleotide polymorphisms (SNPs) analysis, VIRULENCE, 2021, 第 4 作者
（8） Genetic characteristics of human papillomavirus type 16, 18, 52 and 58 in southern China, GENOMICS, 2021, 通讯作者
（9） Cell-free DNA as a diagnostic tool for human echinococcosis, TRENDS IN PARASITOLOGY, 2021, 通讯作者
（10） Genetic signatures for lineage/sublineage classification of HPV16, 18, 52 and 58 variants, VIROLOGY, 2021, 通讯作者
（11） Characterization of respiratory microbial dysbiosis in hospitalized COVID-19 patients, CELL DISCOVERY, 2021, 通讯作者
（12） Longitudinal Study of the Drug Resistance in Klebsiella pneumoniae of a Tertiary Hospital, China: Phenotypic Epidemiology Analysis (2013-2018), INFECTION AND DRUG RESISTANCE, 2021, 通讯作者
（13） Global Landscape of Clostridioides Difficile Phylogeography, Antibiotic Susceptibility, and Toxin Polymorphisms by Post-Hoc Whole-Genome Sequencing from the MODIFY I/II Studies, INFECTIOUS DISEASES AND THERAPY, 2021, 通讯作者
（14） 人体肠道噬菌体的研究与应用, Research and application of human gut bacteriophage, 微生物学通报, 2021, 通讯作者
（15） 微生物组测序与分析专家共识, Expert consensus on microbiome sequencing and analysis, 生物工程学报, 2020, 第 23 作者
（16） Gut microbiome-related effects of berberine and probiotics on type 2 diabetes (the PREMOTE study), NATURE COMMUNICATIONS, 2020, 通讯作者
（17） Comprehensive characterization of plasma cell-free Echinococcus spp. DNA in echinococcosis patientsusing ultra-high-throughput sequencing, PLOS NEGLECTED TROPICAL DISEASES, 2020, 通讯作者
（18） Multiple approaches for massively parallel sequencing of HCoV-19 genomes directly from clinical samples, Genome Medicine​, 2020, 通讯作者
（19） A catalog of microbial genes from the bovine rumen unveils a specialized and diverse biomass-degrading environment, GIGASCIENCE, 2020, 第 1 作者
（20） 1,520 reference genomes from cultivated human gut bacteria enable functional microbiome analyses, NATURE BIOTECHNOLOGY, 2019, 通讯作者
（21） Distinct gut metagenomics and metaproteomics signatures in prediabetics and treatment-naïve type 2 diabetics, EBioMedicine, 2019, 通讯作者
（22） A novel affordable reagent for room temperature storage and transport of fecal samples for metagenomic analyses, MICROBIOME, 2018, 通讯作者
（23） MetaPGN: a pipeline for construction and graphical visualization of annotated pangenome networks, GIGASCIENCE, 2018, 通讯作者
（24） Lipidomic profiling reveals distinct differences in plasma lipid composition in healthy, prediabetic, and type 2 diabetic individuals, GIGASCIENCE, 2017, 通讯作者
（25） Analyses of gut microbiota and plasma bile acids enable stratification of patients for antidiabetic treatment, NATURE COMMUNICATIONS, 2017, 第 3 作者
（26） Assessment of the cPAS-based BGISEQ-500 platform for metagenomic sequencing, GIGASCIENCE, 2017, 通讯作者
（27） The microbiota continuum along the female reproductive tract and its relation to uterine-related diseases, NATURE COMMUNICATIONS, 2017, 通讯作者
（28） Shotgun Metagenomics of 250 Adult Twins Reveals Genetic and Environmental Impacts on the Gut Microbiome, CELL SYSTEMS, 2016, 通讯作者
（29） An integrated catalog of reference genes in the human gut microbiome, NATURE BIOTECHNOLOGY, 2014, 第 1 作者
（30） Characterizing dynamic changes of plasma cell-free Echinococcus spp. DNA before and after echinococcosis treatment initiation, Genomics, 第 4 作者

   

（ 1 ） 基于肠道微生物细菌及宏基因组测序辅助治疗糖尿病的技术开发, 主持, 省级, 2016-01--2018-12
（ 2 ） 基于宏基因组测序数据的原核微生物泛基因组网络构建及其可视化方法研究, 主持, 国家级, 2017-01--2019-12
（ 3 ） 肝包虫病早期诊断的生物标志物筛选, 主持, 省级, 2020-07--2022-07
（ 4 ） 高通量自动化构建及多谱学表征技术研究, 主持, 国家级, 2020-11--2025-10
（ 5 ） 广东地区新型冠状病毒变异检测及全病程病毒准种动态进化研究, 参与, 省级, 2020-03--2020-09
（ 6 ） 新型冠状病毒2019-nCoV溯源与流行病学研究, 参与, 省级, 2020-01--2021-01
（ 7 ） 新型冠状病毒2019-nCoV致病机理研究, 参与, 省级, 2020-01--2021-01
（ 8 ） 重要生物威胁因子计量技术和标准物质研究, 参与, 国家级, 2018-08--2021-06
（ 9 ） 肥胖及2型糖尿病个体化治疗靶标发现与新技术研发, 参与, 国家级, 2017-07--2019-12
（ 10 ） 人肠道元基因组在2型糖尿病、肥胖中发病作用及治疗中的初步应用, 参与, 省级, 2014-01--2016-12
（ 11 ） 潜在威胁人类病原体发现与挖掘, 参与, 国家级, 2021-12--2024-11