菌群在生态系统中处于非常重要的地位，不但参与环境中能量和物质的循环，同时也对宿主（如动物）的健康和疾病至关重要。这为利用菌群预测或控制农业有害动物爆发、保护生物多样性、改善人类健康和生活质量等提供了新思路。本课题组将通过研发和应用基于大数据采集与分析的精确技术，特别是基于测序和成像的单细胞技术，从环境或共生菌群发现重要的功能微生物并研究其生物学，在此基础上结合人工智能和生物技术实现对菌群的精准调控，同时为调控动物的繁殖与行为、改善环境或宿主健康等提出理论或开发具体技术。

本研究组以交叉学科研究为主，欢迎生物学，化学，物理学，计算机科学，工学，数学等不同背景的有志青年报考。

0710Z1-基因组学

菌群生物学，菌群调控技术，单细胞技术，人工智能

2009-09--2014-06   北京大学前沿交叉学科研究院/BIOPIC   博士学位
2005-09--2009-06   南京大学化学化工学院   学士学位

博士研究生毕业

博士学位

   

2023-03~现在, 中国科学院动物研究所, 研究员
2016-06~2023-03,日本理化学研究所, 博士后/Research Scientist/Senior Scientist
2014-07~2016-06,北京大学生命科学学院, 博士后

2024-05-01-2027-12-31,《植物保护学报》, 青年编委
2023-08-01-2024-12-31,国际动物学会, 青年工作组委员
2023-08-01-2024-12-31,《Integrative Zoology》, 青年编委

   

（1） Excellent Research Award, The Life Science Association of Chinese in Japan, , 其他, 2024
（2） 日本理化学研究所荣峰奖, 研究所（学校）, 2024
（3） 日本理化学研究所樱舞奖, , 研究所（学校）, 2023
（4） 日本学术振兴会, JSPS Postdoctoral Fellowships for Foreign Researchers in Japan, , 国家级, 2019
（5） First Prize of CSHA fellowship, 一等奖, 其他, 2017
（6） 北京大学优秀博士论文奖, 研究所（学校）, 2014

[1] SHIROGUCHI Katsuyuki, JIN Jianshi, YAMAMOTO Reiko. METHOD FOR TREATING CELL POPULATION AND METHOD FOR ANALYZING GENES INCLUDED IN CELL POPULATION. JP: WO2021241721-A1, 2021-12-02.

   

（1） Pigmentation level of human iPSC-derived RPE does not indicate a specific gene expression profile, eLife, 2024, 第 2 作者
（2） High-throughput identification and quantification of bacterial cells in the microbiota based on 16S rRNA sequencing with single-base accuracy using BarBIQ, Nature Protocols, 2024, 第 1 作者
（3） Robotic data acquisition with deep learning enables cell image-based prediction of transcriptomic states, Proceedings of the National Academy of Sciences USA, 2023, 第 1 作者
（4） Sensory neuronal STAT3 is critical for IL-31 receptor expression and inflammatory itch, Cell Reports, 2023, 第 3 作者
（5） CD45 alleviates airway inflammation and lung fibrosis by limiting expansion and activation of ILC2s, Proceedings of the National Academy of Sciences USA, 2023, 第 3 作者
（6） A circulating subset of iNKT cells mediates antitumor and antiviral immunity, SCIENCE IMMUNOLOGY, 2022, 第 3 作者
（7） High-throughput identification and quantification of single bacterial cells in the microbiota, NATURE COMMUNICATIONS, 2022, 第 1 作者
（8） Cancer biology deciphered by single-cell transcriptomic sequencing, Cancer biology deciphered by single-cell transcriptomic sequencing, PROTEIN & CELL, 2022, 第 2 作者
（9） Nonspecific DNA Binding of cGAS N Terminus Promotes cGAS Activation, JOURNAL OF IMMUNOLOGY, 2017, 第 3 作者
（10） The effects of cytosine methylation on general transcriptional factors, Scientific Reports, 2016, 第 1 作者
（11） Deep sequencing reveals global patterns of mRNA recruitment during translation initiation, Scientific Reports, 2016, 第 5 作者
（12） High-accuracy mapping protein binding stability on nucleosomal DNA using single-molecule method, Journal of Molecular Cell Biology, 2014, 第 1 作者
（13） Probing Allostery Through DNA, SCIENCE, 2013, 第 4 作者
（14） Slow Protein Conformational Change, Allostery and Network Dynamics, Protein-Protein Interactions, Book, 2012, 第 3 作者
（15） Davydov-Pang model: An improved Davydov protein soliton theory. Comment on “The theory of bio-energy transport in the protein molecules and its properties” by Xiaofeng Pang, Physics of life reviews, 2011, 第 2 作者
（16） Highly sensitive identification of cancer cells by combining the new tetrathiafulvalene derivative with a β-cyclodextrin/multi-walled carbon nanotubes modified GCE, Analyst, 2010, 第 2 作者
（17） 单分子水平的酶催化与基因表达研究, Enzyme Catalysis and Gene Expression Studies at Single Molecule Level, 物理化学学报, 2010, 第 2 作者
（18） Rhenium(I) tricarbonyl complexes with bispyridine ligands attached to sulfur-rich core: Syntheses, structures and properties, JOURNAL OF ORGANOMETALLIC CHEMISTRY, 2009, 第 3 作者

   

（ 1 ） 外来入侵生物本底信息及发生扩散大数据平台关键技术研究及应用示范, 参与, 国家任务, 2023-11--2026-10

（1）High-throughput single-cell profiling methods for microbiota and mammalian cells   第二届世界野生动物疫病研究网络国际研讨会   2023-12-06
（2）A single-cell-based high-throughput method for the quantitative characterization of gut microbiota with unknown bacteria   世界野生动物疫病研究网络（WDRN）   2023-06-26
（3）BarBIQ: high-throughput identification and quantification of single bacterial cells in the microbiota   2023 的国际基因节暨生物医药产业大会   金坚石   2023-04-27
（4）BarBIQ: high-throughput identification and quantification of single bacterial cells in the microbiota   第45回日本分子生物学会年会   Jianshi Jin, Katsuyuki Shiroguchi   2022-12-01
（5）Decoding single-cell transcriptomic states from cell images enabled by robotic data acquisition and deep learning   第59回日本生物物理学年会   Jianshi Jin, Katsuyuki Shiroguchi   2021-11-27