英国帝国理工大学荣誉研究员，上海交通大学附属第九人民医院兼聘高级专家。

从事深度学习/机器学习，生物信息学，化学计量学，多变量统计分析等在代谢组学，转录组学，单细胞组学等多组学领域的应用，以及生物大数据深度挖掘新算法和软件的研发。开发的针对NMR谱反卷积解析代谢物的自动定性定量分析软件系统BATMAN，迄今已拥有40多家欧美大学和研究机构用户。开发了多个单细胞数据个性化分析新算法，scCODE, scSTAR/Deep scSTAR, scCURE，DECEPTICON等均已公开。

上海市浦江人才。主持国家自然科学基金的青年基金和面上项目、上海市科学委员会，上海交通大学医工交叉，参与国家科技部重大专项等项目。主要研究成果发表在Nature Protocols, Cell Reports Methods, Nature Communications, Briefings in Bioinformatics, New Phytologist, Bioinformatics, Analytical Chemistry, Frontiers of medicine, NMR in Biomedicine等国际知名期刊，总他引超3800次。文章归入Clinical Medicine学术领域同一出版年最优秀前1%, 并被web of science标示为热点论文和高被引论文。第一发明人已授权发明专利5项，实审发明专利4项，软著1项。

植物单细胞等多组学数据深度挖掘与人工智能算法开发

1. 植物单细胞时空组学研究

2. 深度学习/机器学习的植物多模态整合算法研究

3. 植物大模型/基础模型开发

4. 药用植物功能与衰老研究

5. 人工智能与植物多组学

生态学，生物与医药

071300-生态学

生物信息学,大模型，多模态

   

2025-08~现在, 中国科学院分子植物科学卓越创新中心, 副研究员，课题组长
2021-06~2025-07,复旦大学, 青年研究员，PI
2015-05~2021-05,上海交通大学, 副研究员
2012-07~2015-05,英国伦敦帝国理工大学, 博士后
2012-02~2012-07,英国谢菲尔德大学, 博士后
2010-10~2012-01,英国伦敦帝国理工大学, 博士后

2026-05-12-2031-05-11,中国农工党上海市松江区第七届委员会, 委员
2024-12-01-2028-11-30,中国医药生物技术协会基因检测技术分会, 委员
2024-08-01-2029-07-31,全国卫生产业企业管理协会精准医疗分会, 理事

   

（ 1 ） 一种肿瘤精准诊疗分子分型方法的评估平台及评估方法, 发明专利, 2024, 第 1 作者, 专利号: 202410233549.9

（ 2 ） 一种促进番茄不定根的基因及其瞬间过表达的方法和应用, 发明专利, 2023, 第 1 作者, 专利号: 202311459109.7

（ 3 ） 一种植物生长发育动态监控的方法, 发明专利, 2022, 第 1 作者, 专利号: 202211200145.7

（ 4 ） 一种植物生长基因与发育阶段和细胞类型关系判定方法, 发明专利, 2022, 第 1 作者, 专利号: 202211166112.5

（ 5 ） 一种基于核磁共振谱洛伦兹曲线数学性质的小波去噪方法, 发明专利, 2018, 第 1 作者, 专利号: 201810953635.1

（ 6 ） 一种独立计算具有90度相位差的洛伦兹曲线参数的方法, 发明专利, 2018, 第 1 作者, 专利号: 201810906851.0

（ 7 ） 一种降低单细胞转录组数据中技术噪声的方法, 发明专利, 2018, 第 1 作者, 专利号: 201810828849.6

（ 8 ） 一种核磁共振谱双二倍二重峰的解析方法及装置, 发明专利, 2016, 第 1 作者, 专利号: 201610906720.3

   

（1） Cross-stage single-cell and spatial metabolome analyses reveal periderm specialization and tanshinone biosynthesis in Salvia miltiorrhiza roots, New Phytologist, 2026, 第 19 作者  通讯作者
（2） Deep scSTAR: Leveraging Deep Learning for the Extraction and Enhancement of Phenotype-Associated Features from Single-cell RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics Data, Briefings in Bioinformatic, 2025, 第 11 作者  通讯作者
（3） DECEPTICON: A Correlation-Based Strategy for RNA-seq Deconvolution Inspired by a Variation of the Anna Karenina Principle, Briefings in Bioinformatic, 2025, 第 12 作者  通讯作者
（4） Investigating TCR-pMHC interactions for TCRs without identified epitopes by constructing a computational pipeline, International Journal of Biological Macromolecules, 2024, 第 6 作者  通讯作者
（5） Themis: Advancing Precision Oncology through Comprehensive Molecular Subtyping and Optimization, Briefings in Bioinformatics, 2024, 第 5 作者  通讯作者
（6） 919 granules improve postpartum depression through the regulation of abnormal peripheral blood IL-1β, Biomedicine & Pharmacotherapy, 2024, 第 10 作者  通讯作者
（7） scCURE identifies cell types responding to immunotherapy and enables outcome prediction, Cell Reports Methods, 2023, 第 11 作者  通讯作者
（8） scSTAR reveals hidden heterogeneity with a real-virtual cell pair structure across conditions in single-cell RNA sequencing data, Briefings in Bioinformatics, 2023, 第 1 作者  通讯作者
（9） Integrative Multi-Omics Analysis Unveils Stemness-Associated Molecular Subtypes in Prostate Cancer and Pan-Cancer: Prognostic and Therapeutic Significance, Journal of Translational Medicine, 2023, 第 6 作者  通讯作者
（10） scCODE: an R package for data-specific differentially expressed gene detection on single-cell RNA-sequencing data, Briefings in Bioinformatics, 2022, 第 10 作者  通讯作者

   

（ 1 ） 特色兰科花卉种质资源创新与示范应用, 负责人, 地方任务, 2026-01--2028-12
（ 2 ） 植物细胞类型分布图谱构建及其与次生代谢物合成的关联研究, 负责人, 研究所自主部署, 2026-01--2029-06
（ 3 ） 基于多模态数据的急性呼吸窘迫综合征综合管理系统的研发与应用研究, 参与, 国家任务, 2024-12--2027-11