何顺民 ，理学博士，博士生导师
中国科学院生物物理研究所，研究员
健康大数据研究中心，常务副主任
中国科学院大学生命科学学院，教授
电子邮件： heshunmin@ibp.ac.c
学习和工作经历
2017/05 - 至今 : 中国科学院生物物理研究所，研究员；健康大数据研究中心，常务副主任；
中国科学院大学生命科学学院，教授。
2009-2017：中国科学院动物研究所，先后担任副研究员，创新研究员岗位。
研究方向：生物信息学、组学大数据整合分析和精准医学。
2016/04-2016/07：美国加州大学圣地亚哥分校，细胞与分子医学系，访问学者;
合作教授：付向东教授。
2010-2011：哈佛大学Dana-farber癌症研究所 & 哈佛大学公共卫生学院生物统计系，博士后；
研究方向：癌症和表观遗传学；合作教授：Xiaole Shirley Liu教授。
2004-2009：中国科学院生物物理研究所，生物信息学，硕博连读。
导师：陈润生院士；毕业论文：非编码RNA的功能研究——从转录组到相互作用网络。
2001-2004：北京NEC电子有限公司，软件工程师。
1997-2001：南京理工大学，电子工程专业，学士。
研究方向
1）大规模人群队列的全基因组和多组学研究。
围绕“女娲”中国人群基因组资源，第一阶段包含5000多例中国参考人群样本、超30X全基因组高深度测序数据，是已发表的唯一高深度测序中国参考人群全基因组队列。“女娲”基因组资源致力于构建并解析中国人群遗传变异图谱；开发基因组数据分析和变异解读算法和数据库（如变异鉴定解析、关联分析方法论等）；聚焦疾病队列研究、重大疾病的关联分析和精准医学研究。
目前进展：a）2021年首次发布中国人群SNP/Indel变异图谱和首个中国人群特异的大规模单倍型参考面板 (Cell Reports, 2021)，其中2500万变异为国际首次发现，被认为是对中国人群基因组数据分析最全面深入的研究。相关报道：徐涛/何顺民团队发布"女娲"基因组资源，提供中国人群遗传变异图谱和参考面板。b）2022年系统分析和挖掘了5675人的全基因组数据，发布全球人群移动元件变异图谱 (Nucleic Acids Research, 2022)，鉴定了3.6万变异，其中2/3为首次发现，是含中国人群数目最多的移动元件变异资源。相关报道：“女娲”基因组计划第2篇|徐涛/何顺民团队发布中国人群可移动元件插入变异图谱。c）2023年系统分析和挖掘了6487人的全基因组数据，发布全球人群的微卫星（短串联重复）序列变异图谱 (Nature Communications, 2023)，鉴定了超过156万变异，其中1/3为首次发现，是含中国人群数目最多的微卫星变异资源。相关报道：“女娲”基因组资源发布第三项成果：解析中国人群基因组微卫星变异图谱。
2）非编码基因的系统鉴定、功能解析、相互作用和变异解读。
人类基因组中97%左右的区域是非编码区域，大约80%的DNA序列能转录产生各种非编码RNA。非编码RNA种类繁多，功能各异，系统的鉴定非编码RNA和调控元件，解析非编码RNA的相互作用和功能，对非编码区变异进行注释和解读，一直以来都是非编码研究领域的核心和重点。
目前进展：a）聚焦复杂非编码区域功能解析，开发并维护着国际权威的非编码功能注释和解读知识库：聚焦长链非编码RNA的NONCODE数据库(Nucleic Acids Res. 2020. DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkaa1046)，聚焦piRNA的piRBase数据库(Nucleic Acids Res. 2021. DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkab1012)和聚焦小蛋白的SmProt数据库(GPB. 2021. DOI: https://doi.org/10.1016/j.gpb.2021.09.002)等；b) 围绕非编码RNA功能解析方面，开发了重复序列来源非编码RNA和染色质互作的系统分析方法，并首次发现一类重复序列来源的新型非编码RNA对维持异染色质功能的至关重要（Genome Research. 2020. DOI: https://doi.org/10.1101/gr.256131.119），聚焦RNA-DNA、RNA-RNA和RNA-Protein相互作用，开发NPInter功能解析数据库（Nucleic Acids Res. 2023. DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkac1002）。
3）疾病相关的单细胞和多组学研究。
基于单细胞多组学的肿瘤发生、发展、转移和临床应用研究。目前这方面的工作正在进展中。
团队招聘信息
“女娲”中国人群基因组项目团队正在招聘，欢迎有生物信息学、计算机、数学、统计、人工智能、生物技术或医学等专业背景，有志于中国人群队列研究和精准医学研究的优秀人才加入。具体招聘信息：“女娲”中国人群基因组研究团队招聘启事。
教学情况
2023-09至2024-01：生物信息学，本科生
2022-09至2023-01：生物信息学，本科生
实用生物信息学（1）高通量测序数据分析技术，硕士生
2021-09至2022-01：生物信息学，本科生
实用生物信息学（1）高通量测序数据分析技术，硕士生
2020-09至2021-01：实用生物信息学（1）高通量测序数据分析技术，硕士生
2019-09至2020-01：高通量测序数据分析技术，硕士生
最近5年的代表性论文
一共发表SCI论文50多篇，完整列表和更多信息参考 ORCID
(#第一/并列第一作者, *通讯/共同通讯作者)
1. Shuai Liu#, Huaxia Luo#, Peng Zhang, Yanyan Li, Di Hao, Sijia Zhang, Tingrui Song, Tao Xu*, Shunmin He*. (2024). Adaptive Selection of Cis-regulatory Elements in the Han Chinese. Mol. Biol. Evol.
DOI: https://doi.org/10.1093/molbev/msae034
2. Huaxia Luo#, Peng Zhang#, Wanyu Zhang, Yu Zheng, Di Hao, Yirong Shi, Yiwei Niu, Tingrui Song, Yanyan Li, Shilei Zhao, Hua Chen*, Tao Xu*, Shunmin He*. (2023). Recent positive selection signatures reveal phenotypic evolution in the Han Chinese population. Science Bulletin.
DOI: https://doi.org/10.1016/j.scib.2023.08.027
3. Honghong Zhou#, Xinpei Hao#, Peng Zhang, Shunmin He*. (2023). Noncoding RNA mutations in cancer. Wiley Interdisciplinary Reviews: RNA.
DOI: https://doi.org/10.1002/wrna.1812
4. Yirong Shi#, Yiwei Niu#, Peng Zhang, Huaxia Luo, Shuai Liu, Sijia Zhang, Jiajia Wang, Yanyan Li, Xinyue Liu, Tingrui Song, Tao Xu*, Shunmin He*. (2023). Characterization of genome-wide STR variation in 6,487 human genomes. Nature Communication.
DOI: https://doi.org/10.1038/s41467-023-37690-8
5. Yu Zheng#, Huaxia Luo#, Xueyi Teng#, Xinpei Hao, Xiaoyu Yan, Yiheng Tang, Wanyu Zhang, Yuanxin Wang, Peng Zhang, Yanyan Li, Yi Zhao, Runsheng Chen*, Shunmin He*. (2023). NPInter v5.0: ncRNA interaction database in a new era. Nucleic Acids Res.
DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkac1002
6. Yiwei Niu#, Xueyi Teng#, Honghong Zhou#, Yirong Shi, Yanyan Li, Yiheng Tang, Peng Zhang, Huaxia Luo, Quan Kang, Tao Xu*, Shunmin He*. (2022). Characterizing mobile element insertions in 5675 genomes. Nucleic Acids Res.
DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkac128
7. Peng Zhang#, Huaxia Luo#, Yanyan Li#, You Wang#, Jiajia Wang#, Yu Zheng#, Yiwei Niu, Yirong Shi, Honghong Zhou, Tingrui Song, Quan Kang, Han100K Initiative; Tao Xu*, Shunmin He*.(2021). NyuWa Genome resource: A deep whole-genome sequencing-based variation profile and reference panel for the Chinese population. Cell Rep 37, 110017.
DOI: https://doi.org/10.1016/j.celrep.2021.110017
8. Jiajia Wang#, Yirong Shi#, Honghong Zhou#, Peng Zhang, Tingrui Song, Zhiye Ying, Haopeng Yu, Yanyan Li, Yi Zhao , Xiaoxi Zeng*, Shunmin He*, Runsheng Chen*.(2021). piRBase: integrating piRNA annotation in all aspects. Nucleic Acids Res.
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