细胞是生命活动的基本单位，从进化角度看，细胞先经历了细胞内结构的特化和功能的扩展，之后才开始多细胞生物的进化，可以描述为形成多种具备独特功能的细胞，再组织为个体。多细胞生物的个体发育是几乎不涉及基因序列改变的，那这些细胞如何被引导到特定的细胞状态呢？这个问题被称为细胞命运决定，涉及表观遗传学、信号转导等等一系列基本科学问题。生命活动之所以难以理解，在于影响一个现象（如细胞命运）的因素是多维度的，因此进一步了解现在研究的细胞命运决定各因素之间的相互联系，将能够对进化中多细胞生物其细胞组织功能的形成有更深入的了解。
    以体细胞重编程为主要模型，以诱导多能干细胞（iPSC）的技术研究细胞命运决定的分子调控机理；主要探讨表观遗传调控与信号转导、转录因子之间的联系。

1）以干细胞模型（如类器官、重编程等）研究细胞命运决定的分子调控机理；主要探讨表观遗传调控的特异性机制，及其与信号转导、转录因子、非编码遗传信息之间的联系。

2）以细胞命运转化模型中采集的表观遗传组和单细胞转录组等大数据，通过计算生物学挖掘重要生物学机理，根据新理论开发新算法和新软件。

3）通过细胞命运决定理论促进干细胞诱导分化的技术实践（旨在获得具有体内功能的细胞，目前这仍是主要瓶颈），从而推进再生医学发展。

2006-09--2011-06   中国科学院广州生物医药与健康研究院   博士
2002-09--2006-07   中山大学   本科

2002-2006 中山大学 生物科学 学士

2006-2011 中国科学院广州生物医药与健康研究院 生化与分子生物学 博士

2011-2013 中国科学院广州生物医药与健康研究院 副研究员
2013至今 中国科学院广州生物医药与健康研究院 研究员

国家自然科学奖二等奖

国家级人才项目入选者；

国家自然科学基金优秀青年；

广东省特支计划领军人才；广东省自然科学基金杰出青年；广东省科学技术一等奖（2015）；广州市科学技术一等奖（2015）；中国科学院杰出成就奖（团队）；南粤创新奖（2016）；中国科学院卓越青年科学家等。

1. New serum-free medium for inducing pluripotent stem cells quickly with high efficiency and method using thereof”EP2423302B8

2.骨形成蛋白在诱导诱导式多能干细胞过程中的应用 ZL 2010 1 0510485.0

3. c-Jun的N端缺失诱导多能性干细胞的方法和应用ZL2012 10324576.4

4. c-Jun的截短型维持胚胎干细胞多能性的方法和应用 ZL2012 10324251.X

5.“优化的串连细胞因子及其在诱导多能性干细胞中的应用 ZL200910194191.9

6. 一种培养基添加剂及其应用 ZL201010167062.3

7.诱导多能性干细胞快速高效产生的新型无血清培养基以及使用其的方法ZL200910038883.4

2021年

1.   Jiadong Liu^#; Mingwei Gao^#; Jiangping He^#; Kaixin Wu; Siyuan Lin; Lingmei Jin; …; Jiekai Chen*; The RNA m6A reader YTHDC1 silences retrotransposons and guards ES cell identity, Nature, 2021, 591(7849): 322-326. (发现RNA m6A调控异染色质和干细胞的新功能) 

2.   Jiangping He; …; Andrew P. Hutchins*; Jiekai Chen*; Identifying transposable element expression dynamics and heterogeneity during development at the single-cell level with a processing pipeline scTE, Nature Communications, 2021, 12(1): 1456. (开发单细胞测序分析转座元件的新工具) 

3.   Feng-Liang Liu^#; Kaixin Wu^#; Jiaoyang Sun^#; Zilei Duan^#; Xiongzhi Quan; …; Guangming Wu*; Yong-Tang Zheng*; Jiekai Chen*; Rapid generation of ACE2 humanized inbred mouse model for COVID-19 with tetraploid complementation, National Science Review, 2021. （新一代动物模型技术，35天制备新冠易感小鼠）

4.   Xianwen Ren^#; Wen Wen^#; Xiaoying Fan^#; …; Hongyang Wang*; Bing Su*; Zheng Zhang*; Kun Qu*; Xiaoqun Wang*; Jiekai Chen*; Ronghua Jin*; Zemin Zhang*; COVID-19 immune features revealed by a large-scale single cell transcriptome atlas, Cell, 2021. (新冠肺炎单细胞研究中国联盟，限于篇幅未列出所有重要作者) 

2020年

5.   Kaixin Wu^#; He Liu^#; Yaofeng Wang; Jiangping He; …; Jiekai Chen*; SETDB1-Mediated Cell Fate Transition between 2C- Like and Pluripotent States, Cell Reports, 2020, 30(1): 25-36. (发现H3K9甲基化酶SETDB1调控干细胞多能性和全能性)

6.   Jiadong Liu^#; Mingwei Gao^#; …; Jiekai Chen*; YTHDF2/3 Are Required for Somatic Reprogramming through Different RNA Deadenylation Pathways, Cell Reports, 2020, 32(10): 108120. 

7.   Jiekai Chen*; Perspectives on somatic reprogramming: spotlighting epigenetic regulation and cellular heterogeneity, Current Opinion in Genetics & Development, 2020, 64: 21-25.

8.   Jiangping He^#; Shuijiang Cai^#; Huijian Feng^#; Baomei Cai^#; Lihui Lin^#; Yuanbang Mai; …; Nanshan Zhong; Xinwen Chen*; Xilong Deng*; Jiekai Chen*; Single-cell analysis reveals bronchoalveolar epithelial dysfunction in COVID-19 patients, Protein & Cell, 2020, 11(9): 680-687. 

9.   Xiaowei Lai^#; Qian Li^#; Fang Wu; Jiechun Lin; Jiekai Chen*; Hui Zheng*; Lin Guo*; Epithelial-Mesenchymal Transition and Metabolic Switching in Cancer: Lessons From Somatic Cell Reprogramming, Front Cell Dev Biol, 2020 , 8:760.

10.   Linlin Hou*; Yuanjie Wei; …; Jiekai Chen; Xichen Bao*; Ralf Jauch*; Concurrent binding to DNA and RNA facilitates the pluripotency reprogramming activity of Sox2, Nucleic Acids Research, 2020, 48(7): 3869-3887. 

11.   Jing Sun^#; Zhen Zhuang^#; Jian Zheng^#; …; Jiekai Chen; Yimin Li; Nanshan Zhong; David K. Meyerholz; Paul B. McCray, Jr.*; Stanley Perlman*; Jincun Zhao*; Generation of a Broadly Useful Model for COVID-19 Pathogenesis, Vaccination, and Treatment, Cell, 2020, 182(3): 734-+. 

12.   Shengyong Yu^#; Chunhua Zhou^#; Shangtao Cao^#; Jiangping He^#; …; Jiekai Chen; Jing Liu*; Duanqing Pei*; BMP4 resets mouse epiblast stem cells to naive pluripotency through ZBTB7A/B-mediated chromatin remodelling, Nature Cell Biology, 2020, 22(6): 651-+. 

2013-2019年

13. Lin Guo^#; Lihui Lin^#; Xiaoshan Wang^#; Mingwei Gao; Shangtao Cao; Yuanbang Mai; Fang Wu; …; Duanqing Pei*; Jiekai Chen*; Resolving Cell Fate Decisions during Somatic Cell Reprogramming by Single-Cell RNA-Seq, Molecular Cell, 2019, 73(4): 815-829.(建立SOT算法，对iPS重编程过程的细胞命运决定过程进行了新阐述)

14.   Zhiwei Zhou; Xuejie Yang; Jiangping He; …; Andrew P. Hutchins; Duanqing Pei*; Jiekai Chen*; Kdm2b Regulates Somatic Reprogramming through Variant PRC1 Complex-Dependent Function, Cell Reports, 2017, 21(8): 2160-2170. 

15.   Dongwei Li^#; Jing Liu^#; Xuejie Yang^#; …; Andrew P. Hutchins*; Jiekai Chen*; Duanqing Pei*; Chromatin Accessibility Dynamics during iPSC Reprogramming, Cell Stem Cell, 2017, 21(6): 819-833.

16.   Jing Liu; Qingkai Han; Tianran Peng; …; Guangjin Pan; Jiekai Chen*; Duanqing Pei*; The oncogene c-Jun impedes somatic cell reprogramming, Nature Cell Biology, 2015, 17(7): 856-867. 

17.   Jiangping He; Xiuling Fu; Meng Zhang; …; Jiekai Chen; Miguel A. Esteban; Andrew P. Hutchins*; Transposable elements are regulated by contextspecific patterns of chromatin marks in mouse embryonic stem cells, Nature Communications, 2019, 10(1): 34.

18.   Alejandro De Los Angeles^#; Francesco Ferrari^#; …; Jiekai Chen; Marti Borkent; Vladislav Krupalnik; Ernesto Lujan; Marius Wernig; Jacob H. Hanna; Konrad Hochedlinger; Duanqing Pei; Rudolf Jaenisch; Hongkui Deng; Stuart H. Orkin; Peter J. Park*; George Q. Daley*; Failure to replicate the STAP cell phenomenon, Nature, 2015, 525(7570): E6-9. 

19.   Mengyun Zhang^#; Yong Dong^#; Fangxiao Hu^#; …; Jiekai Chen; Aibin He; Bing Liu; Demin Wang; Yong-Guang Yang; Jinyong Wang*; Transcription factor Hoxb5 reprograms B cells into functional T lymphocytes, Nature Immunology, 2018, 19(3): 279-290.

20.   Shangtao Cao^#; Shengyong Yu^#; Dongwei Li^#; Jing Ye; Xuejie Yang; …; Guangjin Pan; Jiekai Chen; Jing Liu*; Duanqing Pei*; Chromatin Accessibility Dynamics during Chemical Induction of Pluripotency, Cell Stem Cell, 2018, 22(4): 529-542. 

21.   Jiekai Chen^#; He Liu^#; Jing Liu; Jing Qi; Bei Wei; Jiaqi Yang; Hanquan Liang; You Chen; et al. H3K9 methylation is a barrier during somatic cell reprogramming into iPSCs, Nature Genetics, 2013, 45(1): 34-42. （首次阐明H3K9甲基化是重编程的重要障碍，ESI高引论文）

22.  Jiekai Chen^#; Lin Guo^#; Lei Zhang^#; Haoyu Wu; Jiaqi Yang; He Liu; et al. Vitamin C modulates TET1 function during somatic cell reprogramming, Nature Genetics, 2013, 45(12): 1504-1509. （阐明Vc对Tet1的功能的转化作用，当期杂志配发评论） 

已指导学生

余胜勇  硕士研究生  085238-生物工程  

刘鹤  博士研究生  071009-细胞生物学  

何江平  博士研究生  071009-细胞生物学  

王晓山  博士研究生  071009-细胞生物学  

周志伟  博士研究生  071009-细胞生物学  

魏元杰  硕士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

吴凯昕  博士研究生  071009-细胞生物学  

现指导学生

高铭蔚  博士研究生  071009-细胞生物学  

单紫筠  博士研究生  071009-细胞生物学  

吴方  博士研究生  071009-细胞生物学  

冯辉坚  硕士研究生  085238-生物工程  

林立惠  博士研究生  071009-细胞生物学  

程少飞  硕士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

赵颖颖  硕士研究生  071009-细胞生物学  

金凌梅  硕士研究生  085238-生物工程  

孙骄杨  博士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

刘雨婷  博士研究生  071009-细胞生物学  

李飒  硕士研究生  071009-细胞生物学  

蔡佺佑  硕士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

陈秀玉  硕士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

1.        国家重点研发计划（2019年），项目负责人（首席科学家）。

2.        国家优秀青年科学基金项目（2015年），项目负责人。

3.        国家重大科学研究计划（973）青年项目（2014年），项目负责人。

4.        国家自然科学基金面上项目（2017年、2013年），项目负责人。

5.        广东省自然科学基金杰出青年基金，项目负责人。

6.        广东省重大专项计划，项目负责人。

7.        广州市科技计划项目重点项目，项目负责人。