基本信息
张莉 女 中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）
电子邮件： zhangl@big.ac.cn
通信地址： 北京市朝阳区北辰西路1号院104号楼
邮政编码：
电子邮件： zhangl@big.ac.cn
通信地址： 北京市朝阳区北辰西路1号院104号楼
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招生信息
招生专业
0710Z1-基因组学
0710J3-生物信息学
0710J3-生物信息学
招生方向
人体微生物组
教育背景
2012-11--2016-06 丹麦技术大学 博士
2005-09--2009-06 西南大学 学士
2005-09--2009-06 西南大学 学士
工作经历
工作简历
2021-12~现在, 中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）, 副研究员
2018-10~2021-12,中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）, 助理研究员
2017-12~2018-09,山东大学, 助理研究员
2016-11~2017-10,罗格斯大学, 博士后
2012-11~2016-06,丹麦技术大学, 博士
2009-09~2012-06,山东大学, 硕士
2005-09~2009-06,西南大学, 学士
2018-10~2021-12,中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）, 助理研究员
2017-12~2018-09,山东大学, 助理研究员
2016-11~2017-10,罗格斯大学, 博士后
2012-11~2016-06,丹麦技术大学, 博士
2009-09~2012-06,山东大学, 硕士
2005-09~2009-06,西南大学, 学士
社会兼职
2023-09-01-今,北京神经科学学会脑肠轴专委会委员,
专利与奖励
奖励信息
（1） 北京市科技新星, 市地级, 2021
（2） 中国科学院青年创新促进会会员, 院级, 2021
（2） 中国科学院青年创新促进会会员, 院级, 2021
出版信息
发表论文
（1） Population-level variation in gut bifidobacterial composition and association with geography, age, ethnicity, and staple food, NPJ BIOFILMS AND MICROBIOMES, 2023, 第 2 作者
（2） Toward efficient and high-fidelity metagenomic data from sub-nanogram DNA: evaluation of library preparation and decontamination methods, BMC BIOLOGY, 2022, 第 2 作者 通讯作者
（3） Systems-wide effects of short-term feed deprivation in obese mice, SCIENTIFIC REPORTS, 2021, 第 3 作者
（4） Chinese gut microbiota and its associations with staple food type, ethnicity, and urbanization, NPJ BIOFILMS AND MICROBIOMES, 2021, 第 2 作者
（5） Dynamics of the Upper Respiratory Tract Microbiota and Its Association with Mortality in COVID-19, AMERICAN JOURNAL OF RESPIRATORY AND CRITICAL CARE MEDICINE, 2021, 第 22 作者
（6） Dynamics of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 genome variants in the feces during convalescence, Dynamics of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 genome variants in the feces during convalescence, JOURNAL OF GENETICS AND GENOMICS, 2020, 第 11 作者 通讯作者
（7） Heightened Innate Immune Responses in the Respiratory Tract of COVID-19 Patients, CELL HOST & MICROBE, 2020, 第 3 作者
（8） Genomic Diversity of Severe Acute Respiratory Syndrome-Coronavirus 2 in Patients With Coronavirus Disease 2019, CLINICAL INFECTIOUS DISEASES, 2020, 第 6 作者
（9） New crosstalk between probiotics Lactobacillus plantarum and Bacillus subtilis, SCIENTIFIC REPORTS, 2019, 第 3 作者
（10） Patterned progression of gut microbiota associated with necrotizing enterocolitis and late onset sepsis in preterm infants: a prospective study in a Chinese neonatal intensive care unit, PEERJ, 2019, 第 7 作者
（11） Application of next generation sequencing technology on contamination monitoring in microbiology laboratory, Application of next generation sequencing technology on contamination monitoring in microbiology laboratory, 生物安全与健康(英文), 2019, 第 2 作者
（12） Grape proanthocyanidin-induced intestinal bloom of Akkermansia muciniphila is dependent on its baseline abundance and precedes activation of host genes related to metabolic health, THE JOURNAL OF NUTRITIONAL BIOCHEMISTRY, 2018, 第 1 作者
（13） A dietary isothiocyanate-enriched moringa (Moringa oleifera) seed extract improves glucose tolerance in a high-fat-diet mouse model and modulates the gut microbiome, JOURNAL OF FUNCTIONAL FOODS, 2018, 第 2 作者
（14） Physicochemical differences between malanga (Xanthosoma sagittifolium) and potato (Solanum tuberosum) tubers are associated with differential effects on the gut microbiome, JOURNAL OF FUNCTIONAL FOODS, 2018, 第 2 作者
（15） Effects of Gliadin consumption on the Intestinal Microbiota and Metabolic Homeostasis in Mice Fed a High-fat Diet, SCIENTIFIC REPORTS, 2017, 第 1 作者
（16） Environmental spread of microbes impacts the development of metabolic phenotypes in mice transplanted with microbial communities from humans, ISME JOURNAL, 2017, 第 1 作者
（17） Oxygen-Inducible Conversion of Lactate to Acetate in Heterofermentative Lactobacillus brevis ATCC 367, APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY, 2017, 第 2 作者
（18） Enhancing the oxidative resistance of yoghurt starter bacteria with heterologous catalase expression in Streptococcus thermophilus, INTERNATIONAL DAIRY JOURNAL, 2013, 第 4 作者
（19） Fine Tuning of the Lactate and Diacetyl Production through Promoter Engineering in Lactococcus lactis, PLOS ONE, 2012, 第 3 作者
（2） Toward efficient and high-fidelity metagenomic data from sub-nanogram DNA: evaluation of library preparation and decontamination methods, BMC BIOLOGY, 2022, 第 2 作者 通讯作者
（3） Systems-wide effects of short-term feed deprivation in obese mice, SCIENTIFIC REPORTS, 2021, 第 3 作者
（4） Chinese gut microbiota and its associations with staple food type, ethnicity, and urbanization, NPJ BIOFILMS AND MICROBIOMES, 2021, 第 2 作者
（5） Dynamics of the Upper Respiratory Tract Microbiota and Its Association with Mortality in COVID-19, AMERICAN JOURNAL OF RESPIRATORY AND CRITICAL CARE MEDICINE, 2021, 第 22 作者
（6） Dynamics of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 genome variants in the feces during convalescence, Dynamics of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 genome variants in the feces during convalescence, JOURNAL OF GENETICS AND GENOMICS, 2020, 第 11 作者 通讯作者
（7） Heightened Innate Immune Responses in the Respiratory Tract of COVID-19 Patients, CELL HOST & MICROBE, 2020, 第 3 作者
（8） Genomic Diversity of Severe Acute Respiratory Syndrome-Coronavirus 2 in Patients With Coronavirus Disease 2019, CLINICAL INFECTIOUS DISEASES, 2020, 第 6 作者
（9） New crosstalk between probiotics Lactobacillus plantarum and Bacillus subtilis, SCIENTIFIC REPORTS, 2019, 第 3 作者
（10） Patterned progression of gut microbiota associated with necrotizing enterocolitis and late onset sepsis in preterm infants: a prospective study in a Chinese neonatal intensive care unit, PEERJ, 2019, 第 7 作者
（11） Application of next generation sequencing technology on contamination monitoring in microbiology laboratory, Application of next generation sequencing technology on contamination monitoring in microbiology laboratory, 生物安全与健康(英文), 2019, 第 2 作者
（12） Grape proanthocyanidin-induced intestinal bloom of Akkermansia muciniphila is dependent on its baseline abundance and precedes activation of host genes related to metabolic health, THE JOURNAL OF NUTRITIONAL BIOCHEMISTRY, 2018, 第 1 作者
（13） A dietary isothiocyanate-enriched moringa (Moringa oleifera) seed extract improves glucose tolerance in a high-fat-diet mouse model and modulates the gut microbiome, JOURNAL OF FUNCTIONAL FOODS, 2018, 第 2 作者
（14） Physicochemical differences between malanga (Xanthosoma sagittifolium) and potato (Solanum tuberosum) tubers are associated with differential effects on the gut microbiome, JOURNAL OF FUNCTIONAL FOODS, 2018, 第 2 作者
（15） Effects of Gliadin consumption on the Intestinal Microbiota and Metabolic Homeostasis in Mice Fed a High-fat Diet, SCIENTIFIC REPORTS, 2017, 第 1 作者
（16） Environmental spread of microbes impacts the development of metabolic phenotypes in mice transplanted with microbial communities from humans, ISME JOURNAL, 2017, 第 1 作者
（17） Oxygen-Inducible Conversion of Lactate to Acetate in Heterofermentative Lactobacillus brevis ATCC 367, APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY, 2017, 第 2 作者
（18） Enhancing the oxidative resistance of yoghurt starter bacteria with heterologous catalase expression in Streptococcus thermophilus, INTERNATIONAL DAIRY JOURNAL, 2013, 第 4 作者
（19） Fine Tuning of the Lactate and Diacetyl Production through Promoter Engineering in Lactococcus lactis, PLOS ONE, 2012, 第 3 作者
科研活动
科研项目
（ 1 ） 肠上皮细胞对肠道菌群的调控, 参与, 地方任务, 2022-11--2024-10
（ 2 ） 呼吸道微生物组特征及在呼吸道感染中免疫调控机制研究, 参与, 国家任务, 2022-10--2027-11
（ 3 ） 上呼吸道微生物组稳定性的纵向研究, 负责人, 国家任务, 2022-01--2024-12
（ 4 ） 呼吸道微生物的宏基因组检测方法学研究, 负责人, 地方任务, 2021-12--2024-12
（ 2 ） 呼吸道微生物组特征及在呼吸道感染中免疫调控机制研究, 参与, 国家任务, 2022-10--2027-11
（ 3 ） 上呼吸道微生物组稳定性的纵向研究, 负责人, 国家任务, 2022-01--2024-12
（ 4 ） 呼吸道微生物的宏基因组检测方法学研究, 负责人, 地方任务, 2021-12--2024-12