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简历介绍
2004年毕业于西北农林科技大学,2006年于西北农林科技大学获得生物化学与分子生物学硕士学位,2012年于中国科学院遗传与发育生物学研究所获得遗传学博士学位。2013-2019期间在加州大学河滨分校进行博士后研究,并于2017年6月起任助理项目科学家(Assistant Project Scientist)。2019-2020期间在希望之城国家医疗中心(City of Hope National Medical Center)担任职员科学家(Staff Scientist)。2020年10月起任中国科学院动物研究所农业虫害鼠害综合治理研究国家重点实验室研究组组长。
主要从事基因组学研究,解析复杂基因组的结构及进化规律,揭示基因组中重复序列的结构及调控机制。研究成果发表于Nature Communications,Proc Natl Acad Sci U S A等刊物。担任Proc Natl Acad Sci U S A,Genome Biology,Insect Science等10余种刊物审稿人。
招生信息
招生专业
招生方向
教育背景
工作经历
2020-10至今 中国科学院动物研究所, 研究组组长
2019-05~2020-09 希望之城贝克曼研究所, 职员科学家
2017-06~2019-04 加州大学河滨分校, 助理项目科学家
2013-01~2017-06 加州大学河滨分校, 博士后
2012-07~2013-01 中国科学院遗传与发育生物学研究所, 博士后
代表论著
1. He Q*, Tang S*, Zhi H*, Chen J*, Zhang J, Liang H, Alam O, Li H, Zhang H, Xing L, Li X, Zhang W, Wang H, Shi J, Du H, Wu H, Wang L, Yang P, Xing L, Yan H, Song Z, Liu J, Wang H, Tian X, Qiao Z, Feng G, Guo R, Zhu W, Ren Y, Hao H, Li M, Zhang A, Guo E, Yan F, Li Q, Liu Y, Tian B, Zhao X, Jia R, Feng B, Zhang J, Wei J, Lai J, Jia G#, Purugganan M#, Diao X#. A graph-based genome and pan-genome variation of the model plant Setaria. Nature Genetics (accepted)
2. Sun Y, Liu Y, Shi J, Wang L, Liang C, Yang J, Chen J#, Chen M#. Biased mutations and gene losses underlying diploidization of the tetraploid broomcorn millet genome. Plant J. 113(4):787-801 (2023).
3. Liu N*, Xu Z*, Li Q*, Cao Y, Yang D, Liu S, Wang X, Mi Y, Liu Y, Ding C, Liu Y, Li Y, Yuan Y, Gao G, Chen J#, Qian W#, Zhang X#. A lncRNA finetunes salicylic acid biosynthesis to balance plant immunity and growth. Cell Host & Microbe. 30:1124–38 (2022).
4. Griffiths JI*, Chen J*, Cosgrove PA, O'Dea A, Sharma P, Ma C, Trivedi M, Kalinsky K, Wisinski KB, O'Regan R, Makhoul I, Spring LM, Bardia A, Adler FR, Cohen AL, Chang JT, Khan QJ#, Bild AH#. Serial single-cell genomics reveals convergent subclonal evolution of resistance as patients with early-stage breast cancer progress on endocrine plus CDK4/6 therapy. Nature Cancer. 2:658–671 (2021).
5. Chen J*, Lu L*, Robb SMC, Collin M, Okumoto Y, Stajich JE, Wessler SR#. Genomic diversity generated by a transposable element burst in a rice recombinant inbred population. Proc Natl Acad Sci U S A. 117:26288-26297 (2020).
6. Chen J, Lu L, Benjamin J, Diaz S, Hancock CN, Stajich JE, Wessler SR#. Tracking the origin of two genetic components associated with transposable element bursts in domesticated rice. Nature communications. 10(1):641 (2019).
7. Ou S, Chen J, Jiang N#. Assessing genome assembly quality using the LTR Assembly Index (LAI). Nucleic Acids Res. 46(21):e126 (2018).
8. Lu L*, Chen J*, Robb SMC, Okumoto Y, Stajich JE, Wessler SR#. Tracking the genome-wide outcomes of a transposable element burst over decades of amplification. Proc Natl Acad Sci U S A. 114(49):E10550–E9 (2017).
9. Chen J*, Huang Q*, Gao D*, Wang J*, Lang Y*, Liu T, Li B, Bai Z, Luis Goicoechea J, Liang C, Chen C, Zhang W, Sun S, Liao Y, Zhang X, Yang L, Song C, Wang M, Shi J, Liu G, Liu J, Zhou H, Zhou W, Yu Q, An N, Chen Y, Cai Q, Wang B, Liu B, Min J, Huang Y, Wu H, Li Z, Zhang Y, Yin Y, Song W, Jiang J, Jackson SA, Wing RA#, Wang J#, Chen M#. Whole-genome sequencing of Oryza brachyantha reveals mechanisms underlying Oryza genome evolution. Nature communications. 4:1595 (2013).
发表文章 (*共同第一作者;#共同通讯作者)