基本信息
丁璟珒 男 博导 中国科学院生物物理研究所
电子邮件： jding@ibp.ac.cn
通信地址： 北京市朝阳区大屯路15号中国科学院生物物理研究所3403室
邮政编码：
电子邮件： jding@ibp.ac.cn
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招生信息
招生专业
071010-生物化学与分子生物学
招生方向
病原菌感染和天然免疫防御的结构分子机理
教育背景
2003-09--2008-06 中国科学院生物物理研究所 理学博士
1999-09--2003-06 武汉大学生命科学学院 理学学士
1999-09--2003-06 武汉大学生命科学学院 理学学士
工作经历
工作简历
2018-01~现在, 中国科学院生物物理研究所, 研究员
2017-01~2017-12,中国科学院生物物理研究所, 项目研究员
2012-01~2016-12,中国科学院生物物理研究所, 副研究员
2010-11~2011-12,中国科学院生物物理研究所, 助理研究员
2008-10~2010-10,中国科学院生物物理研究所, 博士后
2003-09~2008-06,中国科学院生物物理研究所, 理学博士
1999-09~2003-06,武汉大学生命科学学院, 理学学士
2017-01~2017-12,中国科学院生物物理研究所, 项目研究员
2012-01~2016-12,中国科学院生物物理研究所, 副研究员
2010-11~2011-12,中国科学院生物物理研究所, 助理研究员
2008-10~2010-10,中国科学院生物物理研究所, 博士后
2003-09~2008-06,中国科学院生物物理研究所, 理学博士
1999-09~2003-06,武汉大学生命科学学院, 理学学士
教授课程
结构免疫学
出版信息
发表论文
（1） Structural mechanisms of calmodulin activation of Shigella effector OspC3 to ADP-riboxanate caspase-4/11 and block pyroptosis, NATURE STRUCTURAL & MOLECULAR BIOLOGY, 2023, 第 9 作者 通讯作者
（2） An anti-CD98 antibody displaying pH-dependent Fc-mediated tumour-specific activity against multiple cancers in CD98-humanized mice, NATURE BIOMEDICAL ENGINEERING, 2023, 第 3 作者
（3） ARF GTPases activate Salmonella effector SopF to ADP-ribosylate host V-ATPase and inhibit endomembrane damage-induced autophagy, NATURE STRUCTURAL & MOLECULAR BIOLOGY, 2022, 第 9 作者 通讯作者
（4） Endomembrane damage sensing by V-ATPase recruits ATG16L1 for LC3 lipidation in situ, AUTOPHAGY, 2022, 第 2 作者 通讯作者
（5） Calmodulin Binding Activates Chromobacterium CopC Effector to ADP-Riboxanate Host Apoptotic Caspases, MBIO, 2022, 第 7 作者
（6） Structures of heat shock factor trimers bound to DNA, ISCIENCE, 2021, 第 8 作者 通讯作者
（7） Shigella evades pyroptosis by arginine ADP-riboxanation of caspase-11, NATURE, 2021, 第 12 作者
（8） Granzyme A from cytotoxic lymphocytes cleaves GSDMB to trigger pyroptosis in target cells, SCIENCE, 2020, 第 14 作者
（9） Structural Mechanism for GSDMD Targeting by Autoprocessed Caspases in Pyroptosis, CELL, 2020, 第 11 作者 通讯作者
（10） A bioorthogonal system reveals antitumour immune function of pyroptosis, NATURE, 2020, 第 3 作者
（11） Structural and Functional Insights into Host Death Domains Inactivation by the Bacterial Arginine GlcNAcyltransferase Effector, MOLECULAR CELL, 2019, 第 1 作者 通讯作者
（12） A Bacterial Effector Reveals the V-ATPase-ATG16L1 Axis that Initiates Xenophagy, CELL, 2019, 第 14 作者
（13） Alpha-kinase 1 is a cytosolic innate immune receptor for bacterial ADP-heptose, NATURE, 2018, 第 14 作者
（14） Growing a gasdermin pore in membranes of pyroptotic cells, EMBO JOURNAL, 2018, 第 1 作者 通讯作者
（15） Growing a gasdermin pore in membranes of pyroptotic cells, THE EMBO JOURNAL, 2018, 第 1 作者 通讯作者
（16） Chemotherapy drugs induce pyroptosis through caspase-3 cleavage of a gasdermin, NATURE, 2017, 第 4 作者
（17） SnapShot: The Noncanonical Inflammasome, CELL, 2017, 第 1 作者 通讯作者
（18） Biochemical and structural characterization of a DNA N 6 -adenine methyltransferase from Helicobacter pylori, ONCOTARGET, 2016, 第 6 作者
（19） Pore-forming activity and structural autoinhibition of the gasdermin family, NATURE, 2016, 第 1 作者
（20） The molecular recognition between cerebral cavernous malformation 2 and mitogen-activated protein kinase kinase kinase 3, INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR MEDICINE, 2015, 第 6 作者
（21） Structural Insights into the Molecular Recognition between Cerebral Cavernous Malformation 2 and Mitogen-Activated Protein Kinase Kinase Kinase 3, STRUCTURE, 2015, 第 6 作者 通讯作者
（22） Biochemical and Structural Insights into RNA Binding by Ssh10b, a Member of the Highly Conserved Sac10b Protein Family in Archaea, JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2014,
（23） Structural and Mechanistic Insights into NDM-1 Catalyzed Hydrolysis of Cephalosporins, JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY, 2014, 第 2 作者
（24） Structural basis of the ultrasensitive calcium indicator GCaMP6, SCIENCE CHINA-LIFE SCIENCES, 2014, 第 1 作者
（25） Structural insights into the unique single-stranded DNA-binding mode of Helicobacter pylori DprA, NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2014, 第 2 作者
（26） Inflammatory caspases are innate immune receptors for intracellular LPS, NATURE, 2014,
（27） Structural Basis for the Unique Heterodimeric Assembly between Cerebral Cavernous Malformation 3 and Germinal Center Kinase III, STRUCTURE, 2013,
（28） Structural Basis of the Novel S. pneumoniae Virulence Factor, GHIP, a Glycosyl Hydrolase 25 Participating in Host-Cell Invasion, PLOS ONE, 2013, 第 11 作者
（29） Structural Insights into the Pseudomonas aeruginosa Type VI Virulence Effector Tse1 Bacteriolysis and Self-protection Mechanisms, JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2012,
（30） Crystallization and preliminary X-ray analysis of the C-terminal domain of CCM2, part of a novel adaptor protein involved in cerebral cavernous malformations, ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY COMMUNICATIONS, 2012, 第 2 作者 通讯作者
（31） 绿脓杆菌特有的Tsi2三维结构——一种全新卷曲螺旋构象的类抗毒素蛋白, Three Dimensional Structure of Pseudomonas aeruginosa Tsi2:a Novel Species-specific Antitoxin-like Protein With Coiled Coil Conformation, 生物化学与生物物理进展, 2012, 第 2 作者
（32） Three Dimensional Structure of Pseudomonas aeruginosa Tsi2: a Novel Species-specific Antitoxin-like Protein With Coiled Coil Conformation, PROGRESS IN BIOCHEMISTRY AND BIOPHYSICS, 2012,
（33） Crystallization and preliminary crystallographic studies of CCM3 in complex with the C-terminal domain of MST4, ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY COMMUNICATIONS, 2012, 第 3 作者 通讯作者
（34） Crystal structures of aprataxin ortholog Hnt3 reveal the mechanism for reversal of 5'-adenylated DNA, NATURE STRUCTURAL & MOLECULAR BIOLOGY, 2011,
（35） Crystal structure of human programmed cell death 10 complexed with inositol-(1,3,4,5)-tetrakisphosphate: A novel adaptor protein involved in human cerebral cavernous malformation, BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS, 2010,
（36） Crystal structures of a novel anti-HIV mannose-binding lectin from Polygonatum cyrtonema Hua with unique ligand-binding property and super-structure, JOURNAL OF STRUCTURAL BIOLOGY, 2010,
（37） Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Analysis of a Novel Mannose-Binding Lectin with Antiretroviral Properties from Polygonatum cyrtonema Hua, PROTEIN AND PEPTIDE LETTERS, 2008, 第 1 作者
（2） An anti-CD98 antibody displaying pH-dependent Fc-mediated tumour-specific activity against multiple cancers in CD98-humanized mice, NATURE BIOMEDICAL ENGINEERING, 2023, 第 3 作者
（3） ARF GTPases activate Salmonella effector SopF to ADP-ribosylate host V-ATPase and inhibit endomembrane damage-induced autophagy, NATURE STRUCTURAL & MOLECULAR BIOLOGY, 2022, 第 9 作者 通讯作者
（4） Endomembrane damage sensing by V-ATPase recruits ATG16L1 for LC3 lipidation in situ, AUTOPHAGY, 2022, 第 2 作者 通讯作者
（5） Calmodulin Binding Activates Chromobacterium CopC Effector to ADP-Riboxanate Host Apoptotic Caspases, MBIO, 2022, 第 7 作者
（6） Structures of heat shock factor trimers bound to DNA, ISCIENCE, 2021, 第 8 作者 通讯作者
（7） Shigella evades pyroptosis by arginine ADP-riboxanation of caspase-11, NATURE, 2021, 第 12 作者
（8） Granzyme A from cytotoxic lymphocytes cleaves GSDMB to trigger pyroptosis in target cells, SCIENCE, 2020, 第 14 作者
（9） Structural Mechanism for GSDMD Targeting by Autoprocessed Caspases in Pyroptosis, CELL, 2020, 第 11 作者 通讯作者
（10） A bioorthogonal system reveals antitumour immune function of pyroptosis, NATURE, 2020, 第 3 作者
（11） Structural and Functional Insights into Host Death Domains Inactivation by the Bacterial Arginine GlcNAcyltransferase Effector, MOLECULAR CELL, 2019, 第 1 作者 通讯作者
（12） A Bacterial Effector Reveals the V-ATPase-ATG16L1 Axis that Initiates Xenophagy, CELL, 2019, 第 14 作者
（13） Alpha-kinase 1 is a cytosolic innate immune receptor for bacterial ADP-heptose, NATURE, 2018, 第 14 作者
（14） Growing a gasdermin pore in membranes of pyroptotic cells, EMBO JOURNAL, 2018, 第 1 作者 通讯作者
（15） Growing a gasdermin pore in membranes of pyroptotic cells, THE EMBO JOURNAL, 2018, 第 1 作者 通讯作者
（16） Chemotherapy drugs induce pyroptosis through caspase-3 cleavage of a gasdermin, NATURE, 2017, 第 4 作者
（17） SnapShot: The Noncanonical Inflammasome, CELL, 2017, 第 1 作者 通讯作者
（18） Biochemical and structural characterization of a DNA N 6 -adenine methyltransferase from Helicobacter pylori, ONCOTARGET, 2016, 第 6 作者
（19） Pore-forming activity and structural autoinhibition of the gasdermin family, NATURE, 2016, 第 1 作者
（20） The molecular recognition between cerebral cavernous malformation 2 and mitogen-activated protein kinase kinase kinase 3, INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR MEDICINE, 2015, 第 6 作者
（21） Structural Insights into the Molecular Recognition between Cerebral Cavernous Malformation 2 and Mitogen-Activated Protein Kinase Kinase Kinase 3, STRUCTURE, 2015, 第 6 作者 通讯作者
（22） Biochemical and Structural Insights into RNA Binding by Ssh10b, a Member of the Highly Conserved Sac10b Protein Family in Archaea, JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2014,
（23） Structural and Mechanistic Insights into NDM-1 Catalyzed Hydrolysis of Cephalosporins, JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY, 2014, 第 2 作者
（24） Structural basis of the ultrasensitive calcium indicator GCaMP6, SCIENCE CHINA-LIFE SCIENCES, 2014, 第 1 作者
（25） Structural insights into the unique single-stranded DNA-binding mode of Helicobacter pylori DprA, NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2014, 第 2 作者
（26） Inflammatory caspases are innate immune receptors for intracellular LPS, NATURE, 2014,
（27） Structural Basis for the Unique Heterodimeric Assembly between Cerebral Cavernous Malformation 3 and Germinal Center Kinase III, STRUCTURE, 2013,
（28） Structural Basis of the Novel S. pneumoniae Virulence Factor, GHIP, a Glycosyl Hydrolase 25 Participating in Host-Cell Invasion, PLOS ONE, 2013, 第 11 作者
（29） Structural Insights into the Pseudomonas aeruginosa Type VI Virulence Effector Tse1 Bacteriolysis and Self-protection Mechanisms, JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2012,
（30） Crystallization and preliminary X-ray analysis of the C-terminal domain of CCM2, part of a novel adaptor protein involved in cerebral cavernous malformations, ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY COMMUNICATIONS, 2012, 第 2 作者 通讯作者
（31） 绿脓杆菌特有的Tsi2三维结构——一种全新卷曲螺旋构象的类抗毒素蛋白, Three Dimensional Structure of Pseudomonas aeruginosa Tsi2:a Novel Species-specific Antitoxin-like Protein With Coiled Coil Conformation, 生物化学与生物物理进展, 2012, 第 2 作者
（32） Three Dimensional Structure of Pseudomonas aeruginosa Tsi2: a Novel Species-specific Antitoxin-like Protein With Coiled Coil Conformation, PROGRESS IN BIOCHEMISTRY AND BIOPHYSICS, 2012,
（33） Crystallization and preliminary crystallographic studies of CCM3 in complex with the C-terminal domain of MST4, ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY COMMUNICATIONS, 2012, 第 3 作者 通讯作者
（34） Crystal structures of aprataxin ortholog Hnt3 reveal the mechanism for reversal of 5'-adenylated DNA, NATURE STRUCTURAL & MOLECULAR BIOLOGY, 2011,
（35） Crystal structure of human programmed cell death 10 complexed with inositol-(1,3,4,5)-tetrakisphosphate: A novel adaptor protein involved in human cerebral cavernous malformation, BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS, 2010,
（36） Crystal structures of a novel anti-HIV mannose-binding lectin from Polygonatum cyrtonema Hua with unique ligand-binding property and super-structure, JOURNAL OF STRUCTURAL BIOLOGY, 2010,
（37） Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Analysis of a Novel Mannose-Binding Lectin with Antiretroviral Properties from Polygonatum cyrtonema Hua, PROTEIN AND PEPTIDE LETTERS, 2008, 第 1 作者
科研活动
科研项目
（ 1 ） 病原菌感染和宿主天然免疫防御, 负责人, 国家任务, 2020-01--2022-12
（ 2 ） 病原体感染和宿主天然免疫防御的结构分子机理研究, 负责人, 中国科学院计划, 2018-07--2023-06
（ 2 ） 病原体感染和宿主天然免疫防御的结构分子机理研究, 负责人, 中国科学院计划, 2018-07--2023-06