17世纪，起始于显微镜的发明以及对微生物的观察，“细胞学说”被提出，“所有生命体皆由细胞组成”，“细胞是生命的基本单元”以及“所有细胞都由此前的细胞变化而来”等核心概念，成为现代生物学的重要基石。然而，细胞的类型如何定义、细胞的过去现在和未来如何精确解码—这些细胞的“谱系信息”在漫长的科学研究长河中，一直是科学中的重要和基本问题。捕获细胞谱系的多维信息，尤其是探究其在时间、空间维度的精确动态变化，成了我们探索生命奥秘、解析发育程式、治愈疾病、延缓衰老的基础；对细胞谱系的精准操控，又成了基于细胞治疗、器官重建的未来再生医学应用之不可或缺的前提。本实验室围绕上述问题，主要有以下研究方向：

 

研究方向一：高通量自动化单细胞测序技术解析体内干细胞的功能分群与异质性，重绘干细胞的发育起源与命运特化机制

 

结合单细胞多组学测序、单细胞谱系示踪以及类器官等手段重点关注胚胎与组织多能干细胞的动态发育分化过程与细胞谱系决定的调控机制。

 

研究方向二：原位空间转录组技术解析空间功能特异的干细胞转录组特征，构建哺乳动物多能干细胞高分辨率的时空动态分子谱系

 

发展和利用高通量、高分辨率的空间多组学技术研究组织功能实现的细胞基础，揭示原位、动态、多维度的细胞命运决定与作用网络。

 

研究方向三：新型多能干细胞用于体外器官重建与功能修复

基于细胞谱系的新发现，实现谱系再造、损伤修复与器官的体外重建。

欢迎有志于干细胞、发育再生以及生物信息学等相关领域研究的同学报考研究生。

071009-细胞生物学
071008-发育生物学

干细胞的分子谱系
空间多组学

2002-09--2009-07   中国科学院上海生物化学与细胞生物学研究所   博士学位

   

2022-01-01-2025-01-01,中国动物学会发育生物学专业委员会, 副秘书长

发育生物学中的新技术
医学发育生物学

   

（1） 中国生命科学十大进展, 部委级, 2019
（2） 2018年度创新人才之星, 市地级, 2018

   

（1） Simultaneous profiling of spatial gene expression and chromatin accessibility during mouse brain development, Nature Methods, 2023, 第 1 作者  通讯作者
（2） Generation of functional posterior spinal motor neurons from hPSCs-derived human spinal cord neural progenitor cells, CELL REGENERATION, 2023, 第 11 作者  通讯作者
（3） Distinct reward processing by subregions of the nucleus accumbens, CELL REPORTS, 2023, 第 13 作者
（4） Single-cell technologies: From research to application, THE INNOVATION, 2022, 第 20 作者  通讯作者
（5） Spatial molecular anatomy of germ layers in the gastrulating cynomolgus monkey embryo, CELL REPORTS, 2022, 第 14 作者  通讯作者
（6） 单细胞测序技术在肺发育中的研究进展, Study progress of scRNA-seq in the lung development, 生命科学, 2022, 第 2 作者  通讯作者
（7） RNA helicase DDX5 acts as a critical regulator for survival of neonatal mouse gonocytes, CELL PROLIFERATION, 2021, 第 18 作者  通讯作者
（8） Imbalance of Excitatory/Inhibitory Neuron Differentiation in Neurodevelopmental Disorders with an NR2F1 Point Mutation, CELLREPORTS, 2020, 第 19 作者
（9） 高精度时空转录组揭示小鼠早期胚胎三胚层细胞谱系发生过程, Lineage Specification of Three Germ Layers of Early Mouse Embryo by Spatiotemporal Transcriptome, 中国细胞生物学学报, 2020, 第 2 作者
（10） Conserved Epigenetic Regulatory Logic Infers Genes Governing Cell Identity, CELL SYSTEMS, 2020, 第 11 作者
（11） C-KIT Expression Distinguishes Fetal from Postnatal Skeletal Progenitors, STEM CELL REPORTS, 2020, 第 5 作者
（12） Using Single-Cell and Spatial Transcriptomes to Understand Stem Cell Lineage Specification During Early Embryo Development, ANNUAL REVIEW OF GENOMICS AND HUMAN GENETICS, VOL 21, 2020, 2020, 第 1 作者
（13） 小鼠早期胚胎细胞发育的四维时空图谱, 中国科技成果, 2020, 第 3 作者
（14） Transcriptional network dynamics during the progression of pluripotency revealed by integrative statistical learning, NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2020, 第 8 作者
（15） Dissecting primate early post-implantation development using long-term in vitro embryo culture, SCIENCE, 2019, 第 21 作者
（16） A 3D Atlas of Hematopoietic Stem and Progenitor Cell Expansion by Multi-dimensional RNA-Seq Analysis, CELL REPORTS, 2019, 第 14 作者
（17） Hormones induce the formation of luminal-derived basal cells in the mammary gland, Hormones induce the formation of luminal-derived basal cells in the mammary gland, 细胞研究:英文版, 2019, 第 5 作者
（18） VGLL4 plays a critical role in heart valve development and homeostasis, PLOS GENETICS, 2019, 第 11 作者
（19） Hormones induce the formation of luminal-derived basal cells in the mammary gland (vol 29, pg 206, 2019), CELL RESEARCH, 2019, 第 5 作者
（20） Single-Cell RNA-Seq Reveals Cellular Heterogeneity of Pluripotency Transition and X Chromosome Dynamics during Early Mouse Development, CELL REPORTS, 2019, 第 4 作者
（21） Comments on ‘Molecular architecture of lineage allocation and tissue organization in early mouse embryo’, Comments on ���Molecular architecture of lineage allocation and tissue organization in early mouse embryo���, JOURNAL OF MOLECULAR CELL BIOLOGY, 2019, 第 3 作者  通讯作者
（22） Lung regeneration by multipotent stem cells residing at the bronchioalveolar-duct junction, NATURE GENETICS, 2019, 第 25 作者  通讯作者
（23） A secreted microRNA disrupts autophagy in distinct tissues of Caenorhabditis elegans upon ageing, NATURE COMMUNICATIONS, 2019, 第 6 作者
（24） Dynamics of Wnt activity on the acquisition of ectoderm potency in epiblast stem cells, DEVELOPMENT, 2019, 第 7 作者
（25） Distinct enhancer signatures in the mouse gastrula delineate progressive cell fate continuum during embryo development, Distinct enhancer signatures in the mouse gastrula delineate progressive cell fate continuum during embryo development, CELL RESEARCH, 2019, 第 13 作者
（26） Hormones induce the formation of luminal-derived basal cells in the mammary gland, CELL RESEARCH, 2019, 第 5 作者
（27） Molecular architecture of lineage allocation and tissue organization in early mouse embryo, NATURE, 2019, 第 1 作者  通讯作者
（28） Mouse knockout models reveal largely dispensable but context-dependent functions of IncRNAs during development, Mouse knockout models reveal largely dispensable but context-dependent functions of IncRNAs during development, 分子细胞生物学报：英文版, 2018, 第 3 作者
（29） Silencing of developmental genes by H3K27me3 and DNA methylation reflects the discrepant plasticity of embryonic and extraembryonic lineages, Silencing of developmental genes by H3K27me3 and DNA methylation reflects the discrepant plasticity of embryonic and extraembryonic lineages, CELL RESEARCH, 2018, 第 11 作者
（30） Suppressing Nodal Signaling Activity Predisposes Ectodermal Differentiation of Epiblast Stem Cells, STEM CELL REPORTS, 2018, 第 11 作者
（31） Sequential formation and resolution of multiple rosettes drive embryo remodelling after implantation, NATURE CELL BIOLOGY, 2018, 
（32） Single cell transcriptomic analysis of cardiac differentiation from human PSCs reveals HOPX-dependent cardiomyocyte maturation, CELL STEM CELL, 2018, 第 11 作者
（33） TGF-beta signaling pathway in early mouse development and embryonic stem cells, ACTA BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA SINICA, 2018, 第 2 作者
（34） TGF-β signaling pathway in early mouse development and embryonic stem cells, TGF-�� signaling pathway in early mouse development and embryonic stem cells, Acta Biochimica et Biophysica Sinica, 2018, 第 2 作者
（35） Mouse gastrulation: attributes of transcription factor regulatory network for epiblast patterning, DEVELOPMENT GROWTH & DIFFERENTIATION, 2018, 第 6 作者  通讯作者
（36） Mouse knockout models reveal largely dispensable but context-dependent functions of lncrnas during development, JOURNAL OF MOLECULAR CELL BIOLOGY, 2018, 第 3 作者
（37） Regulatory network characterization in development: challenges and opportunities, F1000RESEARCH, 2018, 第 1 作者
（38） A gene regulatory network anchored by lim homeobox 1 for embryonic head development, GENESIS, 2018, 第 8 作者
（39） The genome-wide molecular regulation of mouse gastrulation embryo, SCIENCE CHINA-LIFE SCIENCES, 2017, 第 1 作者  通讯作者
（40） Lineage specification of early embryos and embryonic stem cells at the dawn of enabling technologies, Lineage specification of early embryos and embryonic stem cells at the dawn of enabling technologies, 国家科学评论：英文版, 2017, 第 1 作者
（41） Spatial transcriptomic analysis of cryosectioned tissue samples with Geo-seq, NATURE PROTOCOLS, 2017, 第 5 作者  通讯作者
（42） CRISPR-Cas9-mediated genome editing in one blastomere of two-cell embryos reveals a novel Tet3 function in regulating neocortical development, CELL RESEARCH, 2017, 第 11 作者
（43） Lineage specification of early embryos and embryonic stem cells at the dawn of enabling technologies, NATIONAL SCIENCE REVIEW, 2017, 第 1 作者
（44） Lineage specification of early embryos and embryonic stem cells at the dawn of enabling technologie, Natl Sci Rev, 2017, 第 1 作者
（45） Nkx2.5 marks angioblasts that contribute to hemogenic endothelium of the endocardium and dorsal aorta, ELIFE, 2017, 第 11 作者
（46） Transcriptome analysis reveals determinant stages controlling human embryonic stem cell commitment to neuronal cells, THE JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2017, 第 4 作者
（47） 早期胚胎细胞谱系研究——揭示生命发育早期的黑盒子, Early embryo development and lineage determination, 生命科学, 2016, 第 1 作者
（48） 科研人员建立小鼠早期胚胎空间转录组图谱, 生命的化学, 2016, 第 1 作者
（49） Dynamic Heterogeneity of Brachyury in Mouse Epiblast Stem Cells Mediates Distinct Response to Extrinsic Bone Morphogenetic Protein (BMP) Signaling *, THE JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2016, 第 3 作者
（50） Spatial Transcriptome for the Molecular Annotation of Lineage Fates and Cell Identity in Mid-gastrula Mouse Embryo, DEVELOPMENTAL CELL, 2016, 第 1 作者
（51） Ectodermal progenitors derived from epiblast stem cells by inhibition of Nodal signaling, Ectodermal progenitors derived from epiblast stem cells by inhibition of Nodal signaling, JOURNAL OF MOLECULAR CELL BIOLOGY, 2015, 第 5 作者
（52） Histone deacetylation promotes mouse neural induction by restricting Nodal-dependent mesendoderm fate, NATURECOMMUNICATIONS, 2015, 第 6 作者
（53） Intrinsic regulations in neural fate commitment, DEVELOPMENT GROWTH & DIFFERENTIATION, 2015, 第 2 作者
（54） The transcription factor Pou3f1 promotes neural fate commitment via activation of neural lineage genes and inhibition of external signaling pathways, ELIFE, 2014, 第 3 作者
（55） Analysis of Transcriptome Complexity Through RNA Sequencing in Normal and Failing Murine Hearts, CIRCULATION RESEARCH, 2011, 第 3 作者
（56） TGF-�� signaling pathway in early mouse development and embryonic stem cells, ACTA BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA SINICA, 第 2 作者

   

（ 1 ） 空间多组学工艺与设备研发, 负责人, 其他, 2024-01--2026-12
（ 2 ） 人神经肌肉类器官的单细胞谱系示踪, 负责人, 国家任务, 2023-01--2026-12
（ 3 ） 探索细胞疗法在低骨量症中的分子机制, 负责人, 国家任务, 2022-01--2025-12
（ 4 ） 广东省自然科学基金杰出青年基金, 负责人, 地方任务, 2019-10--2023-09
（ 5 ） 中胚层的早期模式建成研究, 负责人, 国家任务, 2019-01--2022-12
（ 6 ） 间充质干细胞亚群的功能鉴定、分离制备与疗效评估, 负责人, 国家任务, 2018-01--2022-12
（ 7 ） 肌肉再生、制造中的神经化探索, 负责人, 中国科学院计划, 2017-01--2021-12
（ 8 ） 内胚层起源及内胚层细胞体内分化的调控机制, 参与, 国家任务, 2017-01--2021-12

（1）LINEAGE SEGREGATION OF POST- IMPLANTATION MOUSE EMBRYO REVEALED BY SPATIAL AND SINGLE CELL TRANSCRIPTOME   国际干细胞学会2017年年会   2017-06-22
（2）Lineage segregation of post-implantation mouse embryo revealed by spatial and single cell transcriptome   日本发育生物学学会50年纪念年会   2017-05-12