0710J3-生物信息学

肿瘤的组学与转化医学研究

2004-09--2009-06   中国科学院北京基因组研究所   博士

   

2015-01~现在, 中国科学院北京基因组研究所, 副研究员
2009-10~2012-09,华盛顿大学, 访问学者
2009-07~2014-12,中国科学院北京基因组研究所, 助理研究员
2004-09~2009-06,中国科学院北京基因组研究所, 博士

WGS Data Analysis

   

（1） 公安部物证鉴定中心优秀论文奖, , 其他, 2018
（2） Distinguished Article Award, 专项, 2016
（3） 中国科学院青年创新促进会会员, 院级, 2014

（ 1 ） 一种用于预测射血分数保留型心衰风险的模型, 2021, 第 3 作者, 专利号: CN113421648A

（ 2 ） 一种用于预测射血分数保留型心衰风险的模型, 2021, 第 3 作者, 专利号: CN113421648A

（ 3 ） 一种肿瘤相关SNP位点引物组合物及应用, 2021, 第 2 作者, 专利号: CN113416782A

（ 4 ） 一种肿瘤相关SNP位点引物组合物及应用, 2021, 第 2 作者, 专利号: CN113416782A

   

（1） CROST: a comprehensive repository of spatial transcriptomics, NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2023, 第 4 作者  通讯作者
（2） DNA methylation-based age prediction with bloodstains using pyrosequencing and random forest regression, Electrophoresis, 2023, 第 3 作者
（3） 痛风的多组学研究进展, Overview of multi-omics research in gout, 遗传, 2023, 第 2 作者
（4） A deep learning model for early risk prediction of heart failure with preserved ejection fraction by DNA methylation profiles combined with clinical features, CLINICAL EPIGENETICS, 2022, 第 7 作者  通讯作者
（5） Common Postzygotic Mutational Signatures in Healthy Adult Tissues Related to Embryonic Hypoxia, GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS, 2022, 第 14 作者
（6） A machine learning-assisted model for renal urate underexcretion with genetic and clinical variables among Chinese men with gout, ARTHRITIS RESEARCH & THERAPY, 2022, 第 8 作者
（7） Single-cell transcriptomic analysis of the tumor ecosystem of adenoid cystic carcinoma, FRONTIERS IN ONCOLOGY, 2022, 第 17 作者  通讯作者
（8） Single-cell RNA sequencing reveals the cellular and molecular changes that contribute to the progression of lung adenocarcinoma, FRONTIERS IN CELL AND DEVELOPMENTAL BIOLOGY, 2022, 第 15 作者  通讯作者
（9） Regulatory association of long noncoding RNAs and chromatin accessibility facilitates erythroid differentiation, BLOOD ADVANCES, 2021, 第 6 作者
（10） Genome sequencing of pancreatic cancer: differential expression by location, BRITISH JOURNAL OF SURGERY, 2021, 
（11） 单细胞转录组测序数据在肿瘤研究领域的分析技术, Analysis techniques of single cell transcriptome sequencing data in tumor research, 发育医学电子杂志, 2021, 第 2 作者
（12） 人类基因数据资源管理研究, Research on Management of Human Genetic Data Resource, 中国科技资源导刊, 2021, 第 1 作者
（13） 组学大数据和医学人工智能, Omics big data and medical artificial intelligence, 遗传, 2021, 第 2 作者
（14） Platform-independent approach for cancer detection from gene expression profiles of peripheral blood cells, BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS, 2020, 第 6 作者
（15） 深度学习在医学影像学领域应用研究进展, Study Progress of Deep Learning Applying in the Field of Medical Imaging, 医学信息学杂志, 2020, 第 2 作者
（16） 单细胞测序数据的智能解析与数据库, Intelligent analysis and database of single cell sequencing data, 发育医学电子杂志, 2020, 第 3 作者
（17） The Trends in Global Gene Expression in Mouse Embryonic Stem Cells During Spaceflight, FRONTIERS IN GENETICS, 2019, 第 6 作者
（18） Big Data and the Brain: Peeking at the Future PREFACE, GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS, 2019, 第 1 作者
（19） GliomaDB: A Web Server for Integrating Glioma Omics Data and Interactive Analysis, GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS, 2019, 第 4 作者  通讯作者
（20） Whole Genome Analyses of Chinese Population and De Novo Assembly of A Northern Han Genome, GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS, 2019, 第 3 作者
（21） 组学时代下机器学习方法在临床决策支持中的应用, Applications of machine learning in clinical decision support in the omic era, 遗传, 2018, 第 3 作者
（22） MicroRNA 200a inhibits erythroid differentiation by targeting PDCD4 and THRB, BRITISH JOURNAL OF HAEMATOLOGY, 2017, 第 13 作者
（23） Biological Databases for Hematology Research, GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS, 2016, 第 6 作者
（24） Databases and Web Tools for Cancer Genomics Study, GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS, 2015, 第 8 作者
（25） miR-218 Inhibits Erythroid Differentiation and Alters Iron Metabolism by Targeting ALAS2 in K562 Cells, INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES, 2015, 第 9 作者
（26） A novel strategy for forensic age prediction by DNA methylation and support vector regression model, SCIENTIFIC REPORTS, 2015, 第 2 作者
（27） Molecular biomarkers screened by next-generation RNA sequencing for non-sentinel lymph node status prediction in breast cancer patients with metastatic sentinel lymph nodes, 2015, 第 10 作者
（28） Knockdown of transcription factor forkhead box O3 (FOXO3) suppresses erythroid differentiation in human cells and zebrafish, BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS, 2015, 第 8 作者
（29） ENCODE计划和功能基因组研究, The ENCODE project and functional genomics studies, 遗传, 2014, 第 2 作者
（30） Transcriptome dynamics during human erythroid differentiation and development, GENOMICS, 2013, 第 4 作者
（31） Transcriptional environment and chromatin architecture interplay dictates globin expression patterns of heterospecific hybrids derived from undifferentiated human embryonic stem cells or from their erythroid progeny, EXPERIMENTAL HEMATOLOGY, 2013, 第 9 作者
（32） Comprehensive characterization of erythroid-specific enhancers in the genomic regions of human Kr��ppel-like factors, BMC GENOMICS, 2013, 第 4 作者
（33） A Brief Review on the Human Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE) Project, GENOMICS, PROTEOMICS & BIOINFORMATICS, 2013, 第 1 作者
（34） Widespread plasticity in CTCF occupancy linked to DNA methylation, GENOME RESEARCH, 2012, 第 3 作者
（35） An Integrated Encyclopedia of DNA Elements in the Human Genome, NATURE, 2012, 第 513 作者
（36） The accessible chromatin landscape of the human genome, NATURE, 2012, 第 33 作者
（37） Strand-biased Gene Distribution in Bacteria Is Related to both Horizontal Gene Transfer and Strand-biased Nucleotide Composition, GENOMICS, PROTEOMICS & BIOINFORMATICS, 2012, 第 2 作者
（38） Systematic Localization of Common Disease-Associated Variation in Regulatory DNA, SCIENCE, 2012, 第 9 作者
（39） Nucleotide compositional asymmetry between the leading and lagging strands of eubacterial genomes, RESEARCH IN MICROBIOLOGY, 2010, 第 1 作者
（40） Hrgd: a database for mining potential heterosis-related genes in plants, PLANT MOLECULAR BIOLOGY, 2009, 第 5 作者
（41） Differential gene expression in an elite hybrid rice cultivar ( Oryza sativa, L ) and its parental lines based on SAGE data, BMC PLANT BIOLOGY, 2007, 第 2 作者

   

（ 1 ） 基于多维组学的青少年痛风跨种族遗传及致病机制研究, 参与, 国家任务, 2023-01--2027-12
（ 2 ） 肿瘤与心梗演变的人工智能预测模型研究, 参与, 国家任务, 2021-12--2024-11
（ 3 ） 健康体检大数据标准化体系构建, 参与, 国家任务, 2020-07--2023-06
（ 4 ） 线粒体在肿瘤中的功能研究, 负责人, 地方任务, 2019-08--2020-12
（ 5 ） 心脑血管疾病的全过程临床决策支持系统研发及实践, 参与, 国家任务, 2018-07--2020-12
（ 6 ） FOXO3调控脐血干细胞红系分化的系统组学数据挖掘, 负责人, 国家任务, 2015-01--2017-12
（ 7 ） DNA甲基化与年龄推断模型建立与验证评估, 负责人, 国家任务, 2014-12--2016-01
（ 8 ） 肿瘤异质性演化机制与个体治疗策略的生物学研究, 参与, 国家任务, 2014-01--2018-08
（ 9 ） 中国科学院青年创新促进会经费, 负责人, 中国科学院计划, 2014-01--2017-12
（ 10 ） Identify novel SLE targets using GWAS and ENCODE non-coding variants, 负责人, 中国科学院计划, 2013-03--2015-02
（ 11 ） 基于DNase-Seq与ChIP-Seq等组学数据研究红细胞分化, 负责人, 研究所自主部署, 2011-07--2013-06

（1）Identify Novel SLE Targets Using GWAS and ENCODE Non-coding Variants   2016-08-25