基本信息
渠鸿竹  女  硕导  中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)
电子邮件: quhongzhu@big.ac.cn
通信地址: 北京市朝阳区北辰西路一号院104号楼
邮政编码:

招生信息

   
招生专业
0710J3-生物信息学
招生方向
肿瘤的组学与转化医学研究

教育背景

2004-09--2009-06   中国科学院北京基因组研究所   博士

工作经历

   
工作简历
2015-01~现在, 中国科学院北京基因组研究所, 副研究员
2009-10~2012-09,华盛顿大学, 访问学者
2009-07~2014-12,中国科学院北京基因组研究所, 助理研究员
2004-09~2009-06,中国科学院北京基因组研究所, 博士

教授课程

WGS Data Analysis

专利与奖励

   
奖励信息
(1) 公安部物证鉴定中心优秀论文奖, , 其他, 2018
(2) Distinguished Article Award, 专项, 2016
(3) 中国科学院青年创新促进会会员, 院级, 2014
专利成果
( 1 ) 一种用于预测射血分数保留型心衰风险的模型, 2021, 第 3 作者, 专利号: CN113421648A

( 2 ) 一种用于预测射血分数保留型心衰风险的模型, 2021, 第 3 作者, 专利号: CN113421648A

( 3 ) 一种肿瘤相关SNP位点引物组合物及应用, 2021, 第 2 作者, 专利号: CN113416782A

( 4 ) 一种肿瘤相关SNP位点引物组合物及应用, 2021, 第 2 作者, 专利号: CN113416782A

出版信息

   
发表论文
(1) CROST: a comprehensive repository of spatial transcriptomics, NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2023, 第 11 作者
(2) DNA methylation-based age prediction with bloodstains using pyrosequencing and random forest regression, Electrophoresis, 2023, 第 3 作者
(3) 痛风的多组学研究进展, Overview of multi-omics research in gout, 遗传, 2023, 第 2 作者
(4) A deep learning model for early risk prediction of heart failure with preserved ejection fraction by DNA methylation profiles combined with clinical features, CLINICAL EPIGENETICS, 2022, 第 11 作者
(5) Common Postzygotic Mutational Signatures in Healthy Adult Tissues Related to Embryonic Hypoxia, GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS, 2022, 第 14 作者
(6) A machine learning-assisted model for renal urate underexcretion with genetic and clinical variables among Chinese men with gout, ARTHRITIS RESEARCH & THERAPY, 2022, 第 8 作者
(7) Single-cell transcriptomic analysis of the tumor ecosystem of adenoid cystic carcinoma, FRONTIERS IN ONCOLOGY, 2022, 第 11 作者
(8) Single-cell RNA sequencing reveals the cellular and molecular changes that contribute to the progression of lung adenocarcinoma, FRONTIERS IN CELL AND DEVELOPMENTAL BIOLOGY, 2022, 第 11 作者
(9) Regulatory association of long noncoding RNAs and chromatin accessibility facilitates erythroid differentiation, BLOOD ADVANCES, 2021, 第 6 作者
(10) Genome sequencing of pancreatic cancer: differential expression by location, BRITISH JOURNAL OF SURGERY, 2021, 
(11) 单细胞转录组测序数据在肿瘤研究领域的分析技术, Analysis techniques of single cell transcriptome sequencing data in tumor research, 发育医学电子杂志, 2021, 第 2 作者
(12) 人类基因数据资源管理研究, Research on Management of Human Genetic Data Resource, 中国科技资源导刊, 2021, 第 1 作者
(13) 组学大数据和医学人工智能, Omics big data and medical artificial intelligence, 遗传, 2021, 第 2 作者
(14) Platform-independent approach for cancer detection from gene expression profiles of peripheral blood cells, BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS, 2020, 第 6 作者
(15) 深度学习在医学影像学领域应用研究进展, Study Progress of Deep Learning Applying in the Field of Medical Imaging, 医学信息学杂志, 2020, 第 2 作者
(16) 单细胞测序数据的智能解析与数据库, Intelligent analysis and database of single cell sequencing data, 发育医学电子杂志, 2020, 第 3 作者
(17) The Trends in Global Gene Expression in Mouse Embryonic Stem Cells During Spaceflight, FRONTIERS IN GENETICS, 2019, 第 6 作者
(18) Big Data and the Brain: Peeking at the Future PREFACE, GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS, 2019, 第 1 作者
(19) GliomaDB: A Web Server for Integrating Glioma Omics Data and Interactive Analysis, GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS, 2019, 第 11 作者
(20) Whole Genome Analyses of Chinese Population and De Novo Assembly of A Northern Han Genome, GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS, 2019, 第 3 作者
(21) GliomaDB: a Web Server for Integrating Glioma Omics Data and Interactive Analysis., Genomics Proteomics & Bioinformatics, 2018, 第 11 作者
(22) 组学时代下机器学习方法在临床决策支持中的应用, Applications of machine learning in clinical decision support in the omic era, 遗传, 2018, 第 3 作者
(23) MicroRNA 200a inhibits erythroid differentiation by targeting PDCD4 and THRB, BRITISH JOURNAL OF HAEMATOLOGY, 2017, 第 13 作者
(24) Biological Databases for Hematology Research, GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS, 2016, 第 6 作者
(25) Databases and Web Tools for Cancer Genomics Study, GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS, 2015, 第 8 作者
(26) miR-218 Inhibits Erythroid Differentiation and Alters Iron Metabolism by Targeting ALAS2 in K562 Cells, INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES, 2015, 第 9 作者
(27) A novel strategy for forensic age prediction by DNA methylation and support vector regression model, SCIENTIFIC REPORTS, 2015, 第 2 作者
(28) Molecular biomarkers screened by next-generation RNA sequencing for non-sentinel lymph node status prediction in breast cancer patients with metastatic sentinel lymph nodes, 2015, 第 10 作者
(29) Knockdown of transcription factor forkhead box O3 (FOXO3) suppresses erythroid differentiation in human cells and zebrafish, BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS, 2015, 第 8 作者
(30) ENCODE计划和功能基因组研究, The ENCODE project and functional genomics studies, 遗传, 2014, 第 2 作者
(31) Transcriptome dynamics during human erythroid differentiation and development, GENOMICS, 2013, 第 4 作者
(32) Transcriptional environment and chromatin architecture interplay dictates globin expression patterns of heterospecific hybrids derived from undifferentiated human embryonic stem cells or from their erythroid progeny, EXPERIMENTAL HEMATOLOGY, 2013, 第 9 作者
(33) Comprehensive characterization of erythroid-specific enhancers in the genomic regions of human Kr��ppel-like factors, BMC GENOMICS, 2013, 第 4 作者
(34) A Brief Review on the Human Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE) Project, GENOMICS, PROTEOMICS & BIOINFORMATICS, 2013, 第 1 作者
(35) Widespread plasticity in CTCF occupancy linked to DNA methylation, GENOME RESEARCH, 2012, 第 3 作者
(36) An Integrated Encyclopedia of DNA Elements in the Human Genome, NATURE, 2012, 第 513 作者
(37) The accessible chromatin landscape of the human genome, NATURE, 2012, 第 33 作者
(38) Strand-biased Gene Distribution in Bacteria Is Related to both Horizontal Gene Transfer and Strand-biased Nucleotide Composition, GENOMICS, PROTEOMICS & BIOINFORMATICS, 2012, 第 2 作者
(39) Systematic Localization of Common Disease-Associated Variation in Regulatory DNA, SCIENCE, 2012, 第 9 作者
(40) Nucleotide compositional asymmetry between the leading and lagging strands of eubacterial genomes, RESEARCH IN MICROBIOLOGY, 2010, 第 1 作者
(41) Hrgd: a database for mining potential heterosis-related genes in plants, PLANT MOLECULAR BIOLOGY, 2009, 第 5 作者
(42) Differential gene expression in an elite hybrid rice cultivar ( Oryza sativa, L ) and its parental lines based on SAGE data, BMC PLANT BIOLOGY, 2007, 第 2 作者

科研活动

   
科研项目
( 1 ) 基于多维组学的青少年痛风跨种族遗传及致病机制研究, 参与, 国家任务, 2023-01--2027-12
( 2 ) 肿瘤与心梗演变的人工智能预测模型研究, 参与, 国家任务, 2021-12--2024-11
( 3 ) 健康体检大数据标准化体系构建, 参与, 国家任务, 2020-07--2023-06
( 4 ) 线粒体在肿瘤中的功能研究, 负责人, 地方任务, 2019-08--2020-12
( 5 ) 心脑血管疾病的全过程临床决策支持系统研发及实践, 参与, 国家任务, 2018-07--2020-12
( 6 ) FOXO3调控脐血干细胞红系分化的系统组学数据挖掘, 负责人, 国家任务, 2015-01--2017-12
( 7 ) DNA甲基化与年龄推断模型建立与验证评估, 负责人, 国家任务, 2014-12--2016-01
( 8 ) 肿瘤异质性演化机制与个体治疗策略的生物学研究, 参与, 国家任务, 2014-01--2018-08
( 9 ) 中国科学院青年创新促进会经费, 负责人, 中国科学院计划, 2014-01--2017-12
( 10 ) Identify novel SLE targets using GWAS and ENCODE non-coding variants, 负责人, 中国科学院计划, 2013-03--2015-02
( 11 ) 基于DNase-Seq与ChIP-Seq等组学数据研究红细胞分化, 负责人, 研究所自主部署, 2011-07--2013-06
参与会议
(1)Identify Novel SLE Targets Using GWAS and ENCODE Non-coding Variants   2016-08-25