0710Z2-计算生物学

计算生物学-生物医学大数据

2003-09--2006-06   华中科技大学   生物医学工程博士
2000-09--2003-06   华中科技大学   生物医学工程硕士
1996-09--2000-06   华中师范大学   生物化学学士

   

2017-01~现在, 中国科学院上海营养与健康研究所, 生物医学大数据中心副主任
2016-12~现在, 中国科学院上海生命科学研究院, 生物医学大数据中心副主任
2007-09~2016-12,上海生物信息技术研究中心, 生命科学数据中心主管
2006-07~2007-08,上海生物信息技术研究中心, 生命科学数据中心工程师
2003-09~2006-06,华中科技大学, 生物医学工程博士
2000-09~2003-06,华中科技大学, 生物医学工程硕士
1996-09~2000-06,华中师范大学, 生物化学学士

2024-03-01-今,BMC Bioinformatics, 编委
2024-03-01-今,上海生物医学大数据工程技术研究中心, 主任
2024-01-31-今,Scientific Data, 编委
2023-03-01-今,中国生物信息学学会（筹）生物数据资源专委会, 副主任委员

   

（1） Systematic Microbiome Dysbiosis Is Associated with IgA Nephropathy, MICROBIOLOGY SPECTRUM, 2023, 第 13 作者
（2） Multi-kingdom microbiota analyses identify bacterial-fungal interactions and biomarkers of colorectal cancer across cohorts, NATURE MICROBIOLOGY, 2022, 第 19 作者  通讯作者
（3） PGG.SV: a whole-genome-sequencing-based structural variant resource and data analysis platform, NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2022, 第 11 作者
（4） Database Resources of the National Genomics Data Center, China National Center for Bioinformation in 2022, Nucleic Acids Research, 2022, 第 7 作者  通讯作者
（5） Linking genomic and epidemiologic information to advance the study of COVID-19, SCIENTIFIC DATA, 2022, 第 9 作者  通讯作者
（6） Mining of novel secondary metabolite biosynthetic gene clusters from acid mine drainage, SCIENTIFIC DATA, 2022, 第 9 作者  通讯作者
（7） An interactive viral genome evolution network analysis system enabling rapid large-scale molecular tracing of SARS-CoV-2, SCIENCE BULLETIN, 2022, 第 12 作者  通讯作者
（8） dbDEMC 3.0:Functional Exploration of Differentially Expressed miRNAs in Cancers of Human and Model Organisms, dbDEMC 3.0: Functional Exploration of Differentially Expressed miRNAs in Cancers of Human and Model Organisms, GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS, 2022, 第 10 作者  通讯作者
（9） Global cold-chain related SARS-CoV-2 transmission identified by pandemic-scale phylogenomics, Global cold-chain related SARS-CoV-2 transmission identified by pandemic-scale phylogenomics, ZOOLOGICAL RESEARCH, 2022, 第 14 作者  通讯作者
（10） Coronavirus GenBrowser for monitoring the transmission and evolution of SARS-CoV-2, BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS, 2022, 第 11 作者
（11） TransCirc: an interactive database for translatable circular RNAs based on multi-omics evidence, NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2021, 第 9 作者  通讯作者
（12） Database Resources of the National Genomics Data Center, China National Center for Bioinformation in 2021, NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2021, 第 7 作者  通讯作者
（13） Probiotics and fructo-oligosaccharide intervention modulate the microbiota-gut brain axis to improve autism spectrum reducing also the hyper-serotonergic state and the dopamine metabolism disorder, PHARMACOLOGICAL RESEARCH, 2020, 第 6 作者
（14） PGG.Han: the Han Chinese genome database and analysis platform, NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2020, 第 22 作者
（15） EpiDISH web server: Epigenetic Dissection of Intra-Sample-Heterogeneity with online GUI, BIOINFORMATICS, 2020, 第 8 作者
（16） GTDB: an integrated resource for glycosyltransferase sequences and annotations, DATABASE-THE JOURNAL OF BIOLOGICAL DATABASES AND CURATION, 2020, 第 10 作者  通讯作者
（17） 数字植物：科学内涵、瓶颈及发展策略, ePlant:scientific connotations,bottlenecks,and development strategies, 合成生物学, 2020, 第 6 作者
（18） Knowledge graph embedding by Bias Vectors, 2019 IEEE 31ST INTERNATIONAL CONFERENCE ON TOOLS WITH ARTIFICIAL INTELLIGENCE (ICTAI 2019), 2019, 第 6 作者
（19） 生物医学大数据发展的新挑战与趋势, New Challenges and Trends in Bio-Med Big Data, 中国科学院院刊, 2018, 第 1 作者
（20） 专题：生物医疗大数据——宏基因组大数据分析的质量控制流程规范, Biomedical Big Data:Biomedical Big Data:Quality control of big data analysis for metagenomics, 大数据, 2018, 第 6 作者
（21） SysFinder: A customized platform for search, comparison and assisted design of appropriate animal models based on systematic similarity, JOURNAL OF GENETICS AND GENOMICS, 2017, 第 2 作者
（22） 建设微生物组大数据中心发挥长期科学影响, Development of Comprehensive Microbiome Big Data Warehouse/Center for Long-term Scientific Impact, 中国科学院院刊, 2017, 
（23） Web Resources for Pharmacogenomics, GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS, 2015, 第 1 作者  通讯作者
（24） Characterization of Full-Length Genomes of Hepatitis B Virus Quasispecies in Sera of Patients at Different Phases of Infection, JOURNAL OF CLINICAL MICROBIOLOGY, 2015, 第 13 作者
（25） he optimization of running time for a maximum common substructure-based algorithm and its application in drug design, Computational Biology and Chemistry, 2014, 第 1 作者  通讯作者

   

（ 1 ） 基于知识图谱与结构分析的P450元件挖掘系统, 参与, 国家任务, 2023-12--2028-11
（ 2 ） 基于时空变异演化网络的病原微生物大模型构建及应用, 负责人, 地方任务, 2023-12--2026-11
（ 3 ） 水圈微生物数据驱动知识发现的技术研发和支撑体系建设, 负责人, 国家任务, 2023-01--2024-12
（ 4 ） 海量生物大数据与文献信息关联融合与共享互联研究, 负责人, 国家任务, 2021-12--2024-11
（ 5 ） 大规模中国人群表型数据库体系研发与建设, 负责人, 中国科学院计划, 2020-01--2024-12
（ 6 ） 基于形态与组学空间信息的细胞分型全脑测绘系统, 负责人, 国家任务, 2019-01--2023-12
（ 7 ） 国际天然产物数据库及可视化, 负责人, 中国科学院计划, 2018-01--2022-12
（ 8 ） 微生物组数据标准和质量控制体系建设, 负责人, 中国科学院计划, 2017-10--2019-09
（ 9 ） 中国人群多组学参比数据库服务平台建设, 负责人, 国家任务, 2017-07--2020-12
（ 10 ） 国际人类表型组计划(一期), 参与, 地方任务, 2017-01--2021-12
（ 11 ） 中科院合成生物学元件库的建设, 参与, 中国科学院计划, 2016-12--2018-05
（ 12 ） 精准医学知识自动化注释与人工审编, 参与, 国家任务, 2016-07--2020-12