基本信息
杨莹  女  博导  中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)
电子邮件: yingyang@big.ac.cn
通信地址: 北京市朝阳区北辰西路一号院104号楼
邮政编码: 100101

研究领域

RNA生物学技术研发及调控机制和功能解析

招生信息

   
招生专业
0710Z1-基因组学
0710J3-生物信息学
招生方向
RNA表观转录组学
RNA生物学技术及其应用

教育背景

2009-09--2014-07   中国科学院北京基因组研究所   理学博士
2005-09--2009-07   山东大学   理学学士
学历
研究生

学位
博士

工作经历


工作简历
2023-03~现在, 中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心), 卓越青年研究员
2018-05~2023-03,中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心), 副研究员
2014-07~2018-05,中国科学院北京基因组研究所, 助理研究员
社会兼职
2024-01-01-2025-12-31,Science China Life Sciences期刊, 青年编委
2024-01-01-2025-12-31,Phenomics期刊, 青年编委
2022-12-01-2024-11-30,The Innovation期刊, 青年编委
2021-07-01-2025-07-01,中国生物化学与分子生物学会核糖核酸协会, 青年工作委员会委员

教授课程

分子遗传学和表观遗传学
基因组学概述
生物化学与分子生物学实验

专利与奖励

   
奖励
(1) 2024年度科睿唯安“全球高被引科学家“, 其他, 2024
(2) 北京市朝阳区“凤凰计划”优秀青年人才, 市地级, 2024
(3) 2023年度科睿唯安“全球高被引科学家“, 其他, 2023
(4) 2022年度科睿唯安“全球高被引科学家”, , 其他, 2022
(5) 中国科学院大学2020年校级研究生优秀课程, 部委级, 2020
(6) 中国科学院大学2019年学院级研究生优秀课程, , 部委级, 2019
(7) 第三届中国科协优秀科技论文, 国家级, 2018
(8) 2017年中国生命科学研究领域十大进展, , 国家级, 2017
(9) 2017年Sanofi-Cell Research杰出研究文章奖, 其他, 2017
专利
( 1 ) 链置换引物和细胞转录组文库构建方法, 发明专利, 2021, 第 7 作者, 专利号: CN111549025B

( 2 ) RNA 5mC重亚硫酸盐测序的文库构建方法及其应用, 2018, 第 2 作者, 专利号: CN105132409B

出版信息

   
发表论文
(1) RNA m5C methylation mediated by Ybx1 ensures hematopoietic stem and progenitor cell expansion, Cell Reports, 2025, 第 12 作者  通讯作者
(2) mRNA therapy: a precise and efficient approach for disease treatment, Life Medicine, 2024, 第 2 作者  通讯作者
(3) STASCAN deciphers fine-resolution cell distribution maps in spatial transcriptomics by deep learning, Genome Biology, 2024, 第 7 作者
(4) m6A promotes planarian regeneration, Cell Proliferation, 2023, 第 17 作者  通讯作者
(5) Omics Views of Mechanisms for Cell Fate Determination in Early Mammalian Development, Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 2023, 
(6) Nsun2 coupling with RoR��t shapes the fate of Th17 cells and promotes colitis, Nature Communications, 2023, 第 12 作者  通讯作者
(7) scm 6 A-seq reveals single-cell landscapes of the dynamic m 6 A during oocyte maturation and early embryonic development, Nature Communications, 2023, 第 15 作者  通讯作者
(8) RNA 5-methylcytosine regulates YBX2-dependent liquid-liquid phase separation, Fundamental Research, 2022, 
(9) scDART-Seq: Mapping m6A at single cell level, Molecular Cell, 2022, 第 2 作者  通讯作者
(10) Phase separation of Ddx3xb helicase regulates maternal-to-zygotic transition in zebrafish, Phase separation of Ddx3xb helicase regulates maternal-to-zygotic transition in zebrafish, Cell Research, 2022, 第 4 作者
(11) Differential transcriptomic landscapes of multiple organs from SARS-CoV-2 early infected rhesus macaques, Differential transcriptomic landscapes of multiple organs from SARS-CoV-2 early infected rhesus macaques, Protein & Cell, 2022, 第 24 作者  通讯作者
(12) The m(6)A reading protein YTHDF3 potentiates tumorigenicity of cancer stem-like cells in ocular melanoma through facilitating CTNNB1 translation, Oncogene, 2022, 第 8 作者
(13) RNA N-6-methyladenosine modulates endothelial atherogenic responses to disturbed flow in mice, ELIFE, 2022, 第 11 作者  通讯作者
(14) Dynamic DNA 5-hydroxylmethylcytosine and RNA 5-methycytosine Reprogramming During Early Human Development, Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 2022, 第 6 作者
(15) Comprehensive analysis of RNA-seq and whole genome sequencing data reveals no evidence for SARS-CoV-2 integrating into host genome, Comprehensive analysis of RNA-seq and whole genome sequencing data reveals no evidence for SARS-CoV-2 integrating into host genome, Protein & Cell, 2022, 第 12 作者  通讯作者
(16) METTL3-dependent m(6)A modification programs T follicular helper cell differentiation, NATURE COMMUNICATIONS, 2021, 第 2 作者
(17) MYC promotes cancer progression by modulating m(6)A modifications to suppress target gene translation, EMBO reports, 2021, 第 3 作者
(18) RNA methylations in human cancers, SEMINARS IN CANCER BIOLOGY, 2021, 第 4 作者  通讯作者
(19) N-6-methyladenosine RNA modification suppresses antiviral innate sensing pathways via reshaping double-stranded RNA, NATURECOMMUNICATIONS, 2021, 第 7 作者
(20) N-6-methyladenosine regulates RNA abundance of SARS-CoV-2, Cell Discovery, 2021, 第 2 作者
(21) METTL3-mediated mRNA N 6-methyladenosine is required for oocyte and follicle development in mice, CELL DEATH AND DISEASE, 2021, 第 3 作者
(22) OsNSUN2-mediated 5-methylcytidine mRNA modification enhances rice adaptation to high-temperature., Developmental Cell, 2020, 
(23) m^(6)A Regulates Liver Metabolic Disorders and Hepatogenous Diabetes, m6A Regulates Liver Metabolic Disorders and Hepatogenous Diabetes, GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS, 2020, 第 7 作者  通讯作者
(24) RNA structural dynamics regulates early embryogenesis through controlling transcriptome fate and function, Genome Biology, 2020, 第 1 作者
(25) m6A Regulates Neurogenesis and Neuronal Development by Modulating Histone Methyltransferase Ezh2, m6A Regulates Neurogenesis and Neuronal Development by Modulating Histone Methyltransferase Ezh2, GENOMICS, 2019, 第 10 作者  通讯作者
(26) 5-methylcytosine analysis by RNA-BisSeq, Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.), 2019, 第 1 作者
(27) Dynamic methylome of internal mRNA N^7-methylguanosine and its regulatory role in translation, Dynamic methylome of internal mRNA N-7-methylguanosine and its regulatory role in translation, Cell Research, 2019, 第 8 作者  通讯作者
(28) 5-methylcytosine promotes pathogenesis of bladder cancer through stabilizing mRNAs, Nature Cell Biology, 2019, 第 4 作者
(29) More than one antibody of individual B cells revealed by single-cell immune profiling, CELL DISCOVERY, 2019, 第 4 作者
(30) m^6A promotes R-loop formation to facilitate transcription termination, m(6)A promotes R-loop formation to facilitate transcription termination, Cell Research, 2019, 第 5 作者
(31) m 6 A modification suppresses ocular melanoma through modulating HINT2 mRNA translation, Molecular Cancer, 2019, 第 6 作者
(32) Single-cell RNA-seq highlights intra-tumoral heterogeneity and malignant progression in pancreatic ductal adenocarcinoma, Cell Research, 2019, 第 11 作者
(33) Yang X, Liu QL, Xu W, Zhang YC, Yang Y, Ju LF, Chen J, Chen YS, Li K, Ren J#, Sun QW# & Yang YG# (# co-corresponding author). m6A promotes R-loop formation to facilitate transcription termination., Cell Research, 2019, 
(34) Interplay of LIS1 and MeCP2: Interactions and Implications With the Neurodevelopmental Disorders Lissencephaly and Rett Syndrome, FRONTIERS IN CELLULAR NEUROSCIENCE, 2019, 第 7 作者
(35) RNA 5-Methylcytosine Facilitates the Maternal-to-Zygotic Transition by Preventing Maternal mRNA Decay, MOLECULAR CELL, 2019, 第 1 作者
(36) Insight into novel RNA-binding activities via large-scale analysis of lncRNA-bound proteome and IDH1-bound transcriptome, NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2019, 第 11 作者
(37) Dynamic transcriptomic m^6A decoration: writers, erasers, readers and functions in RNA metabolism, Dynamic transcriptomic m^6A decoration: writers, erasers, readers and functions in RNA metabolism, Cell Research, 2018, 第 1 作者
(38) METTL3-mediated N^6-methyladenosine mRNA modification enhances long-term memory consolidation, METTL3-mediated N^6-methyladenosine mRNA modification enhances long-term memory consolidation, Cell Research, 2018, 第 6 作者
(39) RNA修饰类型及调控蛋白, Types and regulatory enzymes of RNA modifications, 生命科学, 2018, 第 2 作者
(40) METTL3-mediated m6A modification is required for cerebellar development, PLoS Biology, 2018, 
(41) RNA甲基化修饰调控和规律, RNA methylation: regulations and mechanisms, 遗传, 2018, 第 1 作者
(42) 5-methylcytosine promotes mRNA export ��� NSUN2 as the methyltransferase and ALYREF as an m~5C reader, Cell Research, 2017, 第 2 作者
(43) Cytoplasmic m6A reader YTHDF3 promotes mRNA translation, Cell Research, 2017, 
(44) Mettl3-Mediated m6A Regulates Spermatogonial Differentiation and Meiosis Initiation, Cell Research, 2017, 第 2 作者
(45) m(6)A modulates haematopoietic stem and progenitor cell specification, Nature, 2017, 第 5 作者
(46) Immune Regulator MCPIP1 Modulates TET Expression During Early Neocortical Development, STEM CELL REPORTS, 2016, 第 4 作者
(47) Dynamic m6A modification and its emerging regulatory role in mRNA splicing, Science Bulletin, 2015, 第 1 作者
(48) FTO-dependent demethylation of N6-methyladenosine regulates mRNA splicing and is required for adipogenesis, Cell Research, 2014, 第 2 作者
(49) Mammalian WTAP is a regulatory subunit of the RNA N6-methyladenosine methyltransferase., CELL RESEARCH, 2014, 第 13 作者
(50) Redox-active quinones induces genome-wide DNA methylation changes by an iron-mediated and Tet-dependent mechanism, NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2014, 第 2 作者
(51) FTO and Obesity: Mechanisms of Association, CURRENT DIABETES REPORTS, 2014, 第 2 作者
(52) Ascorbic Acid Enhances Tet-Mediated 5-Methylcytosine Oxidation and Promotes DNA Demethylation in Mammals, JOURNALOFTHEAMERICANCHEMICALSOCIETY, 2013, 第 5 作者
(53) Methylated nuclear RNA is the main substrate of the obesity-associated FTO protein, Nature Chemical Biology, 2011, 第 1 作者
(54) N6-methyladenosine RNA modification suppresses antiviral innate sensing pathways via reshaping double-stranded RNA, SPRINGER, 第 2 作者
(55) Characteristics of N6-methyladenosine Modification During Sexual Reproduction of Chlamydomonas reinhardtii, GENOMICS, PROTEOMICS & BIOINFORMATICS, 第 7 作者
(56) METTL3-dependent m6A modification programs T follicular helper cell differentiation, SPRINGER, 第 1 作者
参编著作
(1) 《精准医学基础系列》(第11章. RNA修饰与疾病的精准医疗), 上海交通大学出版社有限公司, 2018-03, 第 其他 作者
(2) RNA甲基化表观转录组学, 浙江大学出版社, 2021-02, 第 其他 作者
(3) 表观遗传学, 科学出版社, 2022-11, 第 其他 作者

科研活动

   
科研项目
( 1 ) 中国科学院青年创新促进会优秀会员, 负责人, 中国科学院计划, 2023-01--2025-12
( 2 ) 新型核酸修饰的检测鉴定、功能调控与化学干预, 参与, 国家任务, 2022-01--2024-12
( 3 ) 单细胞RNA m5C测序技术研发, 负责人, 国家任务, 2021-01--2023-12
( 4 ) 单细胞RNA甲基化测序技术开发与应用, 负责人, 地方任务, 2020-09--2023-08
( 5 ) 基因组修饰多维组学分析技术与标准化研究, 参与, 中国科学院计划, 2020-01--2024-12
( 6 ) RNA甲基化修饰调控血液血管发育机制研究, 参与, 国家任务, 2019-09--2024-08
( 7 ) RNA新型修饰调控多能性干细胞初始态和始发态转变机制研究, 参与, 国家任务, 2018-07--2022-12
( 8 ) 日本三角涡虫再生RNA表观遗传学研究, 负责人, 国家任务, 2018-01--2021-12
学术会议
(1)RNA modification regulates planarian regeneration   2024-10-14
(2)Nsun2 coupling with RoRγt shapes the fate of Th17 cells and promotes colitis   2023表观遗传与染色质生物学大会   2023-08-14
(3)scm6A-seq reveals single-cell landscape of the dynamic m6A during oocyte maturation and early embryonic development   第四届全国核糖核酸(RNA)青年学术会议   2023-04-20
(4)RNA甲基化修饰调控发育和疾病机制   万方医学助力颠覆性前沿技术应用发展系列论坛   2023-03-07
(5)RNA甲基化修饰调控再生和T细胞免疫   中国抗癌协会肿瘤病理专业委员会肿瘤分子病理协作组第四届年会   2022-09-18
(6)WTAP-mediated cell-cell communication controls planarian regeneration   中国生物化学与分子生物学会2021年全国学术大会   2021-11-24
(7)m6A-mediated cell-cell communication controls planarian regeneration   第十一届全国核糖核酸(RNA)会议   2021-07-04
(8)RNA methylation regulates regeneration of the planarian Schmidtea mediterranea   中科院青促会第三届青年生命科学论坛   2021-06-06
(9)Mettl3-mediated N6-methylcytosine regulates RNA abundance of SARS-CoV-2   2020-12-19
(10)RNA 5-methylcytosine facilitates maternal-to-zygotic transition through preventing maternal RNA decay   第一届全国核糖核酸(RNA)青年学术会议   2019-05-11
(11)RNA m5C修饰影响斑马鱼胚胎发育的分子机制   首届群英汇智青年学者论坛   2019-05-10
(12)RNA m5C修饰的分布及功能研究   中国细胞生物学学会2018年全国学术大会   2018-04-10