071006-神经生物学
0710Z2-计算生物学

神经生物学，计算生物学

1998-09--2003-07   纽约大学   博士
1994-09--1998-07   复旦大学   学士

   

2015-09~现在, 中国科学院上海生命科学研究院神经科学研究所, 研究员
2006-07~2015-08,中国科学院上海生命科学研究院计算生物学研究所, 研究员
2003-07~2006-07,阿拉斯加大学费尔班克斯分校北极生物研究所, 博士后
1998-09~2003-07,纽约大学, 博士
1994-09~1998-07,复旦大学, 学士

神经科学研究方法
实验生物学
神经生物学
脑活动调控技术
高等计算生物学
生物统计

   

（1） 朱李月华优秀教师奖, 一等奖, 专项, 2010

（ 1 ） 一种基于全脑光学成像数据的神经元重构方法及装置, 2022, 第 2 作者, 专利号: CN114626513A

   

（1） Gapr for large-scale collaborative single-neuron reconstruction, NATURE METHODS, 2024, 第 11 作者  通讯作者
（2） Single-neuron analysis of dendrites and axons reveals the network organization in mouse prefrontal cortex, NATURE NEUROSCIENCE, 2023, 第 6 作者  通讯作者
（3） Cholecystokinin neurons in mouse suprachiasmatic nucleus regulate the robustness of circadian clock, NEURON, 2023, 第 7 作者
（4） Single-neuron projectome of mouse prefrontal cortex, NATURE NEUROSCIENCE, 2022, 第 28 作者  通讯作者
（5） Spatiotemporal single-cell analysis of gene expression in the mouse suprachiasmatic nucleus, NATURE NEUROSCIENCE, 2020, 第 10 作者  通讯作者
（6） Transcriptome Response and Spatial Pattern of Gene Expression in the Primate Subventricular Zone Neurogenic Niche After Cerebral Ischemia, FRONTIERS IN CELL AND DEVELOPMENTAL BIOLOGY, 2020, 第 10 作者
（7） Single-cell in vivo imaging of cellular circadian oscillators in zebrafish, PLOS BIOLOGY, 2020, 第 8 作者  通讯作者
（8） TIP60/KAT5 is required for neuronal viability in hippocampal CA1, SCIENTIFIC REPORTS, 2019, 第 8 作者
（9） Evolution of an X-Linked miRNA Family Predominantly Expressed in Mammalian Male Germ Cells, MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION, 2019, 第 6 作者
（10） TIP60, SCIENTIFIC REPORTS, 2019, 第 8 作者
（11） A class of circadian long non-coding RNAs mark enhancers modulating long-range circadian gene regulation, NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2017, 第 10 作者  通讯作者
（12） Oscillating primary transcripts harbor miRNAs with circadian functions, SCIENTIFIC REPORTS, 2016, 第 9 作者  通讯作者
（13） Long-Range Chromosome Interactions Mediated by Cohesin Shape Circadian Gene Expression, PLOS GENETICS, 2016, 第 8 作者  通讯作者
（14） Reconstruction of the Gene Regulatory Network Involved in the Sonic Hedgehog Pathway with a Potential Role in Early Development of the Mouse Brain., PLoS computational biology, 2015, 第 1 作者  通讯作者
（15） Integrative Analysis of Circadian Transcriptome and Metabolic Network Reveals the Role of de novo Purine Synthesis in Circadian Control of Cell Cycle., PLoS computational biology, 2014, 第 1 作者  通讯作者
（16） Cold-induced RNA-binding proteins regulate circadian gene expression by controlling alternative polyadenylation, SCIENTIFIC REPORTS, 2013, 第 7 作者  通讯作者
（17） Analysis of a Gene Regulatory Cascade Mediating Circadian Rhythm in Zebrafish, PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2013, 第 5 作者  通讯作者
（18） Genomic analysis of miRNAs in an extreme mammalian hibernator, the Arctic ground squirrel, PHYSIOLOGICAL GENOMICS, 2010, 第 14 作者  通讯作者
（19） Shotgun Proteomics Analysis of Hibernating Arctic Ground Squirrels, MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS, 2010, 第 11 作者  通讯作者
（20） Computational analysis of gene regulation in animal sleep deprivation, PHYSIOLOGICAL GENOMICS, 2010, 第 4 作者  通讯作者
（21） Genomic analysis of expressed sequence tags in American black bear Ursus americanus, BMC GENOMICS, 2010, 第 9 作者
（22） Modulation of gene expression in hibernating arctic ground squirrels, PHYSIOLOGICAL GENOMICS, 2008, 第 1 作者  通讯作者
（23） Analysis of Gene Regulatory Networks in the Mammalian Circadian Rhythm, PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2008, 第 1 作者  通讯作者
（24） Detection of differential gene expression in brown adipose tissue of hibernating arctic ground squirrels with mouse microarrays, PHYSIOLOGICAL GENOMICS, 2006, 
（25） Computational analysis of 3���-ends of ESTs shows four classes of alternative polyadenylation in human, mouse, and rat, GENOME RESEARCH, 2005, 

   

（ 1 ） 感知认知的神经机制及调控, 负责人, 国家任务, 2022-12--2029-12
（ 2 ） 空间环境对生物节律与睡眠觉醒的影响机制, 负责人, 国家任务, 2022-10--2027-11
（ 3 ） 全脑输入输出环路同步成像和三维重构新方法, 负责人, 国家任务, 2021-12--2029-11
（ 4 ） 基于脑图谱的功能认知建模, 负责人, 国家任务, 2021-12--2029-11
（ 5 ） 松果体神经元在昼夜节律中的作用和调控机制, 负责人, 国家任务, 2019-01--2021-12
（ 6 ） RNA 结合蛋白在昼夜节律中的功能研究, 负责人, 国家任务, 2016-01--2019-12
（ 7 ） 脑网络数据分析和类脑计算模型, 负责人, 中国科学院计划, 2015-09--2017-12