1007Z1-药物设计学

药物设计，化学信息学

1997-09--2000-07   中国科学院上海药物研究所   博士学位
1994-09--1997-07   华东师范大学化学系   硕士学位
1990-09--1994-07   华东师范大学化学系   本科学位

   

2005-08~现在, 中国科学院上海药物研究所, 研究员
2002-03~2005-07,中国科学院上海药物研究所, 副研究员
2000-07~2002-02,中国科学院上海药物研究所, 助研
1997-09~2000-07,中国科学院上海药物研究所, 博士学位
1994-09~1997-07,华东师范大学化学系, 硕士学位
1990-09~1994-07,华东师范大学化学系, 本科学位

2015-07-01-2020-06-30,《物理化学学报》编委会委员, 委员

   

（1） 重要药理作用的靶标动力学行为与, 二等奖, 国家级, 2007
（2） 基于超级计算机的生物大分子模拟, 一等奖, 省级, 2003

（ 1 ） 一种苯g杂芳基并a,g喹嗪类化合物的药物用途及其制备方法, 2017, 第 9 作者, 专利号: CN107303298A

（ 2 ） 一种DPPIV抑制剂的盐型及其制备方法, 2017, 第 7 作者, 专利号: CN107216340A

（ 3 ） 一种DPPIV抑制剂马来酸盐的多晶型及其制备方法, 2017, 第 7 作者, 专利号: CN107216339A

（ 4 ） 一种化合物的A晶型及其制备方法, 2016, 第 9 作者, 专利号: CN105985353A

（ 5 ） 取代的酰肼类化合物及其制备方法、药物组合物和用途, 2012, 第 14 作者, 专利号: CN102775381A

（ 6 ） 取代的喹啉-2-甲醛-苯腙类化合物及其制备方法和用途, 2012, 第 11 作者, 专利号: CN102731394A

（ 7 ） 2-((2-(3-氨基哌啶-1)-4-氧噻吩3,2-d嘧啶-3(4H)-甲基)苯甲腈多晶型体、其制备方法及其药理用途, 2012, 第 9 作者, 专利号: CN102659813A

（ 8 ） 取代磺酰胺类化合物及其制备方法、药物组合物和应用, 2010, 第 11 作者, 专利号: CN101817767A

（ 9 ） 基于广义原子加和模型的分子水溶解性预测方法, 2010, 第 2 作者, 专利号: CN101726566A

（ 10 ） 一类5－脂氧酶抑制剂及其制备方法、药物组合物和应用, 2010, 第 6 作者, 专利号: CN101684098A

（ 11 ） 基于复杂抽样和改进决策森林算法的化合物致癌毒性预测方法, 2009, 第 2 作者, 专利号: CN101587510A

（ 12 ） 新颖的吡唑类5－脂氧酶小分子抑制剂及其制备方法、药物组合物和应用, 2009, 第 6 作者, 专利号: CN101544631A

（ 13 ） 基于分层原子加和模型的分子酸碱解离常数的预测方法, 2009, 第 2 作者, 专利号: CN101419214A

（ 14 ） 取代黄酮类化合物、其制备方法、其应用及其药物组合物, 2008, 第 6 作者, 专利号: CN101265250A

（ 15 ） 四氢喹啉类化合物、其制备方法及药物组合物, 2008, 第 4 作者, 专利号: CN101245062A

（ 16 ） 1－取代－4,4－二取代氨基硫脲类化合物、其制备方法以及其用途, 2008, 第 6 作者, 专利号: CN101195597A

（ 17 ） 基于分子亲电矢量和扩展支持向量机的基因毒性概率预测方法, 2008, 第 2 作者, 专利号: CN101131391A

（ 18 ） 取代－1H－吲哚类化合物、其制备方法、其应用及其药物组合物, 2008, 第 7 作者, 专利号: CN101130515A

（ 19 ） 一种选择性催化两步合成手性2－氨基－3，3－二芳基丙酸类化合物的新方法, 2008, 第 5 作者, 专利号: CN101108810A

（ 20 ） N,N'－二取代哌嗪类衍生物及其制备方法、药物组合物和用途, 2007, 第 4 作者, 专利号: CN101007794A

（ 21 ） 3－烷氧取代－2,5,7－三取代苯并吡喃－4－酮类化合物及其制备方法和包含该类化合物的药物组合物, 2007, 第 9 作者, 专利号: CN1990479A

（ 22 ） 取代1,3,5三嗪类化合物及其制备方法和应用, 2007, 第 12 作者, 专利号: CN1970552A

（ 23 ） 一类吲哚基哌啶类化合物及其制备方法和用途, 2007, 第 7 作者, 专利号: CN1317276C

（ 24 ） 二氢喹啉类化合物、其制备方法及药物组合物, 2007, 第 1 作者, 专利号: CN1958572A

（ 25 ） 对表皮葡萄球菌信号转导系统YycG蛋白的抑制剂, 2006, 第 3 作者, 专利号: CN1875956A

（ 26 ） 一种对表皮葡萄球菌信号转导系统YycG蛋白的抑制剂, 2006, 第 2 作者, 专利号: CN1875974A

（ 27 ） 一类用于表皮葡萄球菌信号转导系统YycG蛋白抑制剂, 2006, 第 2 作者, 专利号: CN1875955A

（ 28 ） 一类羧酸衍生物，其制备方法及药物组合物, 2006, 第 6 作者, 专利号: CN1861560A

（ 29 ） 4－取代苯氨基－3－硝基喹啉类化合物及其制备方法和用途, 2006, 第 1 作者, 专利号: CN1830964A

（ 30 ） 五羟黄酮－3－β－半乳糖苷的医药用途及其制剂, 2006, 第 8 作者, 专利号: CN1830449A

（ 31 ） 2－取代酰氨基二羧酸类化合物、其制备方法及用途, 2006, 第 7 作者, 专利号: CN1789240A

（ 32 ） 取代 1H－吲哚－2－酮类化合物及其制备方法和用途, 2006, 第 2 作者, 专利号: CN1769284A

（ 33 ） 组合化学集中库设计与优化方法, 2006, 第 1 作者, 专利号: CN1725222A

（ 34 ） SARS冠状病毒3CL蛋白酶三维结构模型与抗SARS药物, 2006, 第 5 作者, 专利号: CN1237185C

（ 35 ） 抗SARS－CoV药物作用靶标、药物筛选方法及抗SARS药物, 2006, 第 8 作者, 专利号: CN1237184C

（ 36 ） 新藤黄酸衍生物及其制备方法和用途, 2006, 第 5 作者, 专利号: CN1715283A

（ 37 ） 一类2,3,5－三取代－4－噻唑烷酮化合物及其药理用途, 2005, 第 12 作者, 专利号: CN1699354A

（ 38 ） 一类2，3，5－三取代－4－噻唑烷酮化合物及其药理用途, 2005, 第 12 作者, 专利号: CN1699355A

（ 39 ） SARS冠状病毒3CL蛋白酶活性测定和抑制剂筛选方法, 2005, 第 6 作者, 专利号: CN1690691A

（ 40 ） 1，4－二取代苯类化合物及其制备方法和用途, 2005, 第 5 作者, 专利号: CN1660811A

（ 41 ） 2－取代亚胺噻唑烷衍生物，其制备工艺及药物组合物, 2005, 第 4 作者, 专利号: CN1657529A

（ 42 ） 过氧化物酶体增长因子活化受体拮抗剂和激动剂的筛选方法, 2005, 第 8 作者, 专利号: CN1629310A

（ 43 ） 哌嗪三嗪类化合物、其制备方法及药物组合物, 2005, 第 10 作者, 专利号: CN1629157A

（ 44 ） 一类喹喔啉衍生物及其制备方法和用途, 2005, 第 7 作者, 专利号: CN1590378A

（ 45 ） 可溶性SARS病毒3CL蛋白酶的表达和纯化, 2005, 第 7 作者, 专利号: CN1187449C

（ 46 ） 紫锥松果菊提取物的抗SARS作用及其药物组合物, 2004, 第 8 作者, 专利号: CN1476836

（ 47 ） 可溶性SARS病毒核衣壳蛋白的表达和纯化, 2004, 第 6 作者, 专利号: CN1472318

（ 48 ） 可溶性SARS病毒小信封蛋白的表达和纯化, 2004, 第 7 作者, 专利号: CN1468962

（ 49 ） 一类四氢喹啉酮哌啶类化合物及其制备方法和用途, 2003, 第 6 作者, 专利号: CN1417209A

   

（1） Sequence-based drug design as a concept in computational drug design, NATURE COMMUNICATIONS, 2023, 第 21 作者
（2） Learning protein fitness landscapes with deep mutational scanning data from multiple sources, CELL SYSTEMS, 2023, 第 8 作者
（3） Cocrystal Prediction of Bexarotene by Graph Convolution Network and Bioavailability Improvement, PHARMACEUTICS, 2022, 第 8 作者  通讯作者
（4） Drug target inference by mining transcriptional data using a novel graph convolutional network framework, Drug target inference by mining transcriptional data using a novel graph convolutional network framework, PROTEIN & CELL, 2022, 第 12 作者
（5） Active Learning for Drug Design: A Case Study on the Plasma Exposure of Orally Administered Drugs, JOURNAL OF MEDICINAL CHEMISTRY, 2021, 第 13 作者  通讯作者
（6） Discovery of thalidomide-based PROTAC small molecules as the highly efficient SHP2 degraders, EUROPEAN JOURNAL OF MEDICINAL CHEMISTRY, 2021, 第 8 作者
（7） Discovery of Cyclic Peptidomimetic Ligands Targeting the Extracellular Domain of EGFR, JOURNAL OF MEDICINAL CHEMISTRY, 2021, 第 13 作者
（8） Discovery of novel reversible monoacylglycerol lipase inhibitors via docking-based virtual screening, BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY LETTERS, 2021, 第 4 作者
（9） DrugSpaceX: a large screenable and synthetically tractable database extending drug space, NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2021, 第 10 作者
（10） Crystallography-guided discovery of carbazole-based retinoic acid-related orphan receptor gamma-t(RORγt)modulators:insights into different protein behaviors with"short"and"long"inverse agonists, Crystallography-guided discovery of carbazole-based retinoic acid-related orphan receptor gamma-t(ROR��t)modulators:insights into different protein behaviors with"short"and"long"inverse agonists, 中国药理学报:英文版, 2021, 第 15 作者
（11） Drug target inference by mining transcriptional data using a novel graph convolutional network framework, PROTEIN & CELL, 2021, 第 12 作者
（12） Crystallography-guided discovery of carbazole-based retinoic acid-related orphan receptor gamma-t (ROR gamma t) modulators: insights into different protein behaviors with "short" and "long" inverse agonists, ACTA PHARMACOLOGICA SINICA, 2021, 第 15 作者  通讯作者
（13） Identification of novel anti-inflammatory Nur77 modulators by virtual screening, BIOORGANIC CHEMISTRY, 2021, 第 7 作者  通讯作者
（14） Revisiting Aldehyde Oxidase Mediated Metabolism in Drug-like Molecules: An Improved Computational Model, JOURNAL OF MEDICINAL CHEMISTRY, 2020, 第 12 作者
（15） Analysis of Four Types of Leukemia Using Gene Ontology Term and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes Pathway Enrichment Scores, COMBINATORIAL CHEMISTRY & HIGH THROUGHPUT SCREENING, 2020, 第 6 作者  通讯作者
（16） Pushing the Boundaries of Molecular Representation for Drug Discovery with the Graph Attention Mechanism, JOURNAL OF MEDICINAL CHEMISTRY, 2020, 第 8 作者
（17） Synthesis, antifungal activity and potential mechanism of fusidic acid derivatives possessing amino-terminal groups, FUTURE MEDICINAL CHEMISTRY, 2020, 第 8 作者  通讯作者
（18） TransformerCPI: improving compound-protein interaction prediction by sequence-based deep learning with self-attention mechanism and label reversal experiments, BIOINFORMATICS, 2020, 第 7 作者
（19） Optimizing chemical reaction conditions using deep learning: a case study for the Suzuki-Miyaura cross-coupling reaction, ORGANIC CHEMISTRY FRONTIERS, 2020, 第 12 作者
（20） Bioactivity Prediction Based on Matched Molecular Pair and Matched Molecular Series Methods, CURRENT PHARMACEUTICAL DESIGN, 2020, 第 6 作者  通讯作者
（21） Regioselective synthesis of substituted thiazoles via cascade reactions from 3-chlorochromones and thioamides (vol 18, pg 6162, 2020), ORGANIC & BIOMOLECULAR CHEMISTRY, 2020, 第 7 作者  通讯作者
（22） Machine-Learning-Guided Cocrystal Prediction Based on Large Data Base, CRYSTAL GROWTH & DESIGN, 2020, 第 5 作者  通讯作者
（23） Diterpenoids from the Root Bark of Pinus massoniana and Evaluation of Their Phosphodiesterase Type 4D Inhibitory Activity, JOURNAL OF NATURAL PRODUCTS, 2020, 第 7 作者  通讯作者
（24） Regioselective synthesis of substituted thiazoles via cascade reactions from 3-chlorochromones and thioamides, ORGANIC & BIOMOLECULAR CHEMISTRY, 2020, 第 7 作者  通讯作者
（25） Improving the Virtual Screening Ability of Target-Specific Scoring Functions Using Deep Learning Methods, FRONTIERS IN PHARMACOLOGY, 2019, 第 6 作者  通讯作者
（26） 中国药物分子设计40年发展成就, Development of drug design in China:40 years of achievements, 中国科学:生命科学, 2019, 第 7 作者
（27） Deep Neural Network Classifier for Virtual Screening Inhibitors of (S)-Adenosyl-L-Methionine (SAM)-Dependent Methyltransferase Family, FRONTIERS IN CHEMISTRY, 2019, 第 11 作者  通讯作者
（28） Rational design of 5-((1H-imidazol-1-yl)methyl)quinolin-8-ol derivatives as novel bromodomain-containing protein 4 inhibitors, EUROPEAN JOURNAL OF MEDICINAL CHEMISTRY, 2019, 第 9 作者
（29） Discovery of betulinaldehyde as a natural ROR��t agonist, FITOTERAPIA, 2019, 第 4 作者
（30） KinomeX: a web application for predicting kinome-wide polypharmacology effect of small molecules, BIOINFORMATICS, 2019, 第 11 作者
（31） Discovery of betulinaldehyde as a natural ROR gamma t agonist, FITOTERAPIA, 2019, 第 4 作者
（32） Artificial intelligence in drug design, Artificial intelligence in drug design, 中国科学：生命科学英文版, 2018, 第 12 作者
（33） Computational chemical biology and drug design: facilitating protein structure, function, and modulation studies, MEDICINAL RESEARCH REVIEWS, 2018, 第 10 作者
（34） Discovery of Novel Inhibitors of Indoleamine 2,3-Dioxygenase 1 Through Structure-Based Virtual Screening, FRONTIERS IN PHARMACOLOGY, 2018, 第 8 作者
（35） Artificial intelligence in drug design, SCIENCE CHINA-LIFE SCIENCES, 2018, 第 12 作者
（36） Design, synthesis and biological evaluation of novel alpha-hederagenin derivatives with anticancer activity, EUROPEAN JOURNAL OF MEDICINAL CHEMISTRY, 2017, 第 7 作者
（37） Discovery and optimization of selective inhibitors of protein arginine methyltransferase 5 by docking-based virtual screening, ORGANIC & BIOMOLECULAR CHEMISTRY, 2017, 第 8 作者
（38） Aldehyde Oxidase Mediated Metabolism in Drug-like Molecules: A Combined Computational and Experimental Study, JOURNAL OF MEDICINAL CHEMISTRY, 2017, 第 7 作者
（39） In Silico Prediction of Chemical Toxicity Profile Using Local Lazy Learning, COMBINATORIAL CHEMISTRY & HIGH THROUGHPUT SCREENING, 2017, 第 9 作者  通讯作者
（40） Predicting hepatotoxicity of drug metabolites via an ensemble approach based on support vector machine, COMBINATORIAL CHEMISTRY & HIGH THROUGHPUT SCREENING, 2017, 第 6 作者  通讯作者
（41） 药源性急性肾损伤的关联靶标预测, 2016, 第 3 作者
（42） Estimation of elimination half-lives of organic chemicals in humans using gradient boosting machine, BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-GENERAL SUBJECTS, 2016, 第 7 作者  通讯作者
（43） Identification and biochemical characterization of DC07090 as a novel potent small molecule inhibitor against human enterovirus 71 3C protease by structure-based virtual screening, EUROPEANJOURNALOFMEDICINALCHEMISTRY, 2016, 第 15 作者  通讯作者
（44） 科研信息化助力合理药物设计新发展, 中国科学院院刊, 2016, 第 8 作者
（45） Discovery of novel inhibitors targeting the menin-mixed lineage leukemia interface using pharmacophore- and docking-based virtual screening, JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING, 2016, 第 9 作者
（46） Analysis of a Drug Target-Based Classification System Using Molecular Descriptors, COMBINATORIAL CHEMISTRY & HIGH THROUGHPUT SCREENING, 2016, 第 4 作者  通讯作者
（47） In silico ADME/T modelling for rational drug design, QUARTERLY REVIEWS OF BIOPHYSICS, 2015, 第 8 作者
（48） A Genetic Algorithm Based Support Vector Machine Model for Blood-Brain Barrier Penetration Prediction, BIOMED RESEARCH INTERNATIONAL, 2015, 第 5 作者
（49） TarPred: a web application for predicting therapeutic and side effect targets of chemical compounds, BIOINFORMATICS, 2015, 第 8 作者
（50） Policresulen, a novel NS2B/NS3 protease inhibitor, effectively inhibits the replication of DENV2 virus in BHK-21 cells, ACTA PHARMACOLOGICA SINICA, 2015, 第 6 作者
（51） Combinatorial Pharmacophore-Based 3D-QSAR Analysis and Virtual Screening of FGFR1 Inhibitors, INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES, 2015, 第 6 作者
（52） Combinatorial Pharmacophore Modeling of Multidrug and Toxin Extrusion Transporter 1 Inhibitors: a Theoretical Perspective for Understanding Multiple Inhibitory Mechanisms., SCIENTIFIC REPORTS, 2015, 第 9 作者
（53） In Silico target fishing: addressing a "Big Data" problem by ligand-based similarity rankings with data fusion, JOURNAL OF CHEMINFORMATICS, 2014, 第 7 作者  通讯作者
（54） Mechanism of the All-alpha to All-beta Conformational Transition of RfaH-CTD: Molecular Dynamics Simulation and Markov State Model, JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION, 2014, 第 5 作者
（55） Novel Bayesian classification models for predicting compounds blocking hERG potassium channels, ACTA PHARMACOLOGICA SINICA, 2014, 第 5 作者
（56） Estimation of acute oral toxicity in rat using local lazy learning, JOURNAL OF CHEMINFORMATICS, 2014, 第 8 作者
（57） Novel chlorantraniliprole derivatives as potential insecticides and probe to chlorantraniliprole binding site on ryanodine receptor, BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY LETTERS, 2014, 第 6 作者
（58） Prediction of drug target groups based on chemical���chemical similarities and chemical���chemical/protein connections, BBA - PROTEINS AND PROTEOMICS, 2014, 第 3 作者
（59） Thermodynamic and structural characterization of halogen bonding in protein-ligand interactions: a case study of PDE5 and its inhibitors., JOURNAL OF MEDICINAL CHEMISTRY, 2014, 第 8 作者
（60） Identification of novel thiadiazoloacrylamide analogues as inhibitors of dengue-2 virus NS2B/NS3 protease, BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY, 2014, 第 6 作者
（61） Prediction of drug target groups based on chemical-chemical similarities and chemical-chemical/protein connections, BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-PROTEINS AND PROTEOMICS, 2014, 第 3 作者
（62） In silico site of metabolism prediction for human UGT-catalyzed reactions, BIOINFORMATICS, 2014, 第 5 作者
（63） In Silico Prediction of Cytochrome P450-Mediated Site of Metabolism (SOM), PROTEIN AND PEPTIDE LETTERS, 2013, 第 7 作者  通讯作者
（64） Identification of 15d-PGJ2 as an antagonist of farnesoid X receptor: Molecular modeling with biological evaluation, STEROIDS, 2013, 第 5 作者
（65） Non-Covalent Interactions with Aromatic Rings: Current Understanding and Implications for Rational Drug Design, CURRENT PHARMACEUTICAL DESIGN, 2013, 第 9 作者
（66） Combinatorial pharmacophore modeling of organic cation transporter 2 (OCT2) inhibitors: insights into multiple inhibitory mechanisms., MOLECULAR PHARMACEUTICS, 2013, 第 7 作者  通讯作者
（67） Binding sensitivity of adefovir to the polymerase from different genotypes of HBV: molecular modeling, docking and dynamics simulation studies, ACTA PHARMACOLOGICA SINICA, 2013, 第 7 作者
（68） Identification of Novel Small Molecules as Inhibitors of Hepatitis C Virus by Structure-Based Virtual Screening, INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES, 2013, 第 7 作者
（69） Synthesis of polysubstituted beta-amino cyclohexane carboxylic acids via Diels-Alder reaction using Ni(II)-complex stabilized beta-alanine derived dienes, AMINO ACIDS, 2013, 第 8 作者
（70） Dynamic behaviour of ubiquitin receptor S5a in free and complex with K48-linked diubiquitin, MOLECULAR SIMULATION, 2012, 第 4 作者
（71） Conformational Transition and Energy Landscape of ErbB4 Activated by Neuregulin1 beta: One Microsecond Molecular Dynamics Simulations, JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY, 2012, 第 9 作者
（72） Estimation of Carcinogenicity Using Molecular Fragments Tree, JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING, 2012, 第 6 作者
（73） A novel sulfonamide agent, MPSP-001, exhibits potent activity against human cancer cells in vitro through disruption of microtubule, ACTA PHARMACOLOGICA SINICA, 2012, 第 5 作者
（74） SOMEViz: A Web Service for Site of Metabolism Estimating and Visualizing, PROTEIN AND PEPTIDE LETTERS, 2012, 第 7 作者
（75） Discovery of novel dual-action antidiabetic agents that inhibit glycogen phosphorylase and activate glucokinase, EUROPEAN JOURNAL OF MEDICINAL CHEMISTRY, 2012, 第 6 作者
（76） Computational screening for active compounds targeting protein sequences: methodology and experimental validation., JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING, 2011, 第 8 作者
（77） 创新药物的模型化和模拟化研究策略, 2011, 第 2 作者
（78） Knowledge-based scoring functions in drug design: 3. A two-dimensional knowledge-based hydrogen-bonding potential for the prediction of protein-ligand interactions., JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING, 2011, 第 9 作者
（79） Knowledge-Based Scoring Functions in Drug Design: 2. Can the Knowledge Base Be Enriched?, JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING, 2011, 第 4 作者
（80） Fragment-based prediction of skin sensitization using recursive partitioning., JOURNAL OF COMPUTER-AIDED MOLECULAR DESIGN, 2011, 第 5 作者  通讯作者
（81） Design, Synthesis, and Interaction Study of Quinazoline-2(1H)-thione Derivatives as Novel Potential Bcl-x(L) Inhibitors, JOURNAL OF MEDICINAL CHEMISTRY, 2010, 第 7 作者
（82） Novel thiophene derivatives as PTP1B inhibitors with selectivity and cellular activity, BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY, 2010, 第 6 作者
（83） Using support vector regression coupled with the genetic algorithm for predicting acute toxicity to the fathead minnow, SARANDQSARINENVIRONMENTALRESEARCH, 2010, 
（84） SOMEViz—预测小分子CYP450酶代谢位点的Web服务, 2010, 第 7 作者
（85） Molecular Dynamics Simulations on the Mechanism of Transporting Methylamine and Ammonia by Ammonium Transporter AmtB, JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B, 2010, 第 6 作者
（86） B5, a novel pyrrole-substituted indolinone, exerts potent antitumor efficacy through G2/M cell cycle arrest, INVESTIGATIONAL NEW DRUGS, 2010, 第 8 作者
（87） Pharmacophore-based virtual screening versus docking-based virtual screening: a benchmark comparison against eight targets, ACTA PHARMACOLOGICA SINICA, 2009, 第 6 作者
（88） Site of metabolism prediction for six biotransformations mediated by cytochromes P450, BIOINFORMATICS, 2009, 第 2 作者
（89） Efficient Synthesis of alpha-Aryl-/Heteroaryl-Substituted beta-Amino Acids via Ni(II) Complex through the Suzuki Coupling Reaction, JOURNAL OF ORGANIC CHEMISTRY, 2009, 第 6 作者
（90） Site of Metabolism (SOM) Prediction for Six Cytochromes P450-mediated Reactions, Bioinformatics, 2009, 第 1 作者  通讯作者
（91） Interaction Models of a Series of Oxadiazole-Substituted alpha-Isopropoxy Phenylpropanoic Acids Against PPAR alpha and PPAR gamma: Molecular Modeling and Comparative Molecular Similarity Indices Analysis Studies, PROTEIN AND PEPTIDE LETTERS, 2009, 第 4 作者
（92） 肺炎链球菌双组份系统中的组氨酸激酶（YycG）的同源模建与分析, Histidine kinase (YycG) protein of Streptococcus pneumoniae: Homology modeling and analysis, 生物工程学报, 2009, 第 5 作者
（93） Dynamic Mechanism of Fatty Acid Transport across Cellular Membranes through FadL: Molecular Dynamics Simulations, JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B, 2008, 第 3 作者
（94） 阳离子作用的研究进展, 中国科学B辑化学, 2008, 第 2 作者
（95） Research progress in cation-pi interactions, SCIENCE IN CHINA SERIES B-CHEMISTRY, 2008, 第 2 作者
（96） Research progress in cation-�� interactions, SCIENCE IN CHINA. SERIES B: CHEMISTRY, 2008, 第 2 作者
（97） Discovering novel 3-nitroquinolines as a new class of anticancer agents, ACTA PHARMACOLOGICA SINICA, 2008, 第 4 作者
（98） The type IA topoisomerase catalytic cycle: A normal mode analysis and molecular dynamics simulation, PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS, 2008, 第 4 作者
（99） Microwave-assisted dehalogenation of alpha-haloketones by zinc and ammonium chloride in alcohol, SYNTHETIC COMMUNICATIONS, 2008, 第 4 作者
（100） Antitumor activity of a new N-substituted thiourea derivative, an EGFR signaling-targeted inhibitor against a panel of human lung cancer cell lines, CHEMOTHERAPY, 2008, 第 6 作者
（101） Tryptophan-containing dipeptide derivatives as potent ppar gamma antagonists: design, synthesis, biological evaluation, and molecular modeling, EUROPEAN JOURNAL OF MEDICINAL CHEMISTRY, 2008, 第 4 作者
（102） Synthesis and biological evaluation of novel isopropanolamine derivatives as non-peptide human immunodeficiency virus protease inhibitors, CHEMICAL & PHARMACEUTICAL BULLETIN, 2008, 第 5 作者
（103） An improved PMF scoring function for universally predicting the interactions of a ligand with protein, DNA, and RNA, JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING, 2008, 第 7 作者
（104） 阳离子-π作用的研究进展, 中国科学：B辑, 2008, 第 2 作者
（105） 药物新分子实体的发现与优化策略, 2008, 第 2 作者
（106） PDTD: a web-accessible protein database for drug target identification, BMC BIOINFORMATICS, 2008, 第 6 作者
（107） 先导化合物的发现——整合计算机虚拟筛选、化学合成和生物测试方法, Discovering Potential Drug Leads v/a Docking, Synthesis and Bioassay, 化学进展, 2007, 第 2 作者
（108） Discovering potential drug leads via docking, synthesis and bioassay, PROGRESS IN CHEMISTRY, 2007, 第 2 作者
（109） Discovering potassium channel blockers from synthetic compound database by using structure-based virtual screening in conjunction with electrophysiological assay, JOURNAL OF MEDICINAL CHEMISTRY, 2007, 第 8 作者
（110） Possible pathway(s) of metyrapone egress from the active site of cytochrome P450 3A4: A molecular dynamics simulation, DRUG METABOLISM AND DISPOSITION, 2007, 第 3 作者
（111） Understanding the regulation mechanisms of PAF receptor by agonists and antagonists: Molecular modeling and molecular dynamics simulation studies, PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS, 2007, 第 4 作者
（112） Pharmacophore-directed Homology Modeling and Molecular Dynamics Simulation of G Protein-coupled Receptor: Study of Possible Binding Modes of 5-HT2C Receptor Agonists, Acta Biochimica et Biophysica Sinica, 2007, 第 3 作者
（113） Molecular insight into the interaction between IFABP and PA by using MM-PBSA and alanine scanning methods, JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B, 2007, 第 4 作者
（114） Indole derivatives as potent inhibitors of 5-lipoxygenase: design, synthesis, biological evaluation, and molecular modeling., BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY LETTERS, 2007, 第 6 作者
（115） Predictina protein-protein interactions based only on sequences information, PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2007, 第 3 作者
（116） Dopamine d1 receptor agonist and d2 receptor antagonist effects of the natural product (-)-stepholidine: Molecular Modeling and dynamics Simulations, BIOPHYSICAL JOURNAL, 2007, 第 3 作者
（117） TarFisDock: a web server for identifying drug targets with docking approach, NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2006, 
（118） Binding investigation of human 5-lipoxygenase with its inhibitors by SPR technology correlating with molecular docking simulation, JOURNAL OF BIOCHEMISTRY, 2006, 第 3 作者
（119） Molecular dynamics of nicotinic acetylcholine receptor correlating biological functions, CURRENT PROTEIN & PEPTIDE SCIENCE, 2006, 第 2 作者
（120） Blocking of the nicotinic acetylcholine receptor ion channel by chlorpromazine, a noncompetitive inhibitor: A molecular dynamics simulation study, JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B, 2006, 第 4 作者
（121） Mutagenic probability estimation of chemical compounds by a novel molecular electrophilicity vector and support vector machine, BIOINFORMATICS, 2006, 第 6 作者  通讯作者
（122） QSAR analyses on avian influenza virus neuraminidase inhibitors using CoMFA, CoMSIA, and HQSAR, JOURNAL OF COMPUTER-AIDED MOLECULAR DESIGN, 2006, 第 4 作者
（123） Towards discovering dual functional inhibitors against both wild type and K103N mutant HIV-1 reverse transcriptases: molecular docking and QSAR studies on 4,1-benzoxazepinone analogues, JOURNALOFCOMPUTERAIDEDMOLECULARDESIGN, 2006, 第 5 作者
（124） 虚拟筛选与新药发现, Virtual screening and new drug discovery, 生命科学, 2005, 第 3 作者
（125） 雌激素受体和选择性雌激素受体调节剂的研究进展, Research progress in estrogen receptor and selective estrogen receptor modulators, 中国药物化学杂志, 2005, 第 3 作者
（126） 拉伸分子动力学模拟配体-受体相互作用, 中国科学：B辑, 2004, 第 3 作者
（127） 拉伸分子动力学模拟配体受体相互作用, 中国科学B辑化学, 2004, 第 3 作者
（128） 后基因组时代的药物发现：趋势和实践, Drug Discovery in Post-genome Era:Trend and Practice, 中国天然药物, 2004, 第 3 作者
（129） 表皮葡萄球菌双组分调控系统的生物信息学分析, 科学通报, 2004, 第 8 作者
（130） 3-哌啶甲酸和四氢烟酸的4，4-二芳基-3-丁烯衍生物的三维定量构效关系（比较分子力场分析）研究, 中国药物化学杂志, 2004, 第 3 作者
（131） 3-哌啶甲酸和四氢烟酸的4，4-二芳基-3-丁烯衍生物的三维定量构效关系（比较分子力场分析）研究, 3D-QSAR study on 4,4-diaryl-3-butenyl derivatives of nipecotic acid and guvacine with comparative molecular field analysis, 中国药物化学杂志, 2004, 第 3 作者
（132） PPARγ激动剂的研究进展, Research progress in PPAR�� agonists, 中国药物化学杂志, 2003, 第 6 作者
（133） SARS病毒中S蛋白的hAPN受体接合功能域分析（英文）, 中国药理学报(英文版), 2003, 第 14 作者
（134） 用生物信息学的方法预测SARS病毒的基因组包装信号序列（英文）, 中国药理学报(英文版), 2003, 第 11 作者
（135） 病毒3CL蛋白酶三维结构模型及其抑制剂的虚拟筛选（英文）, 中国药理学报(英文版), 2003, 第 16 作者
（136） 靶标及药物发现中的超级计算, 2002, 第 3 作者
（137） 基质金属蛋白酶抑制剂设计的研究进展, Progress in the Design of Matrix Metalloproteinase Inhibitors, 化学进展, 2001, 第 3 作者
（138） 阿片孤儿受体三维结构的比较分子模拟（英文）, ACTA PHARMACOLOGICA SINICA, 2000, 第 3 作者
（139） 孤啡肽和阿片类配体与阿片孤儿受体相互作用的机制研究（英文）, ACTA PHARMACOLOGICA SINICA, 2000, 第 3 作者
（140） hiv共受体ccr5的三维结构及与其拮抗剂tak779相互作用的比较分子模拟, ACTAPHARMACOLOGICASINICA, 2000, 第 3 作者
（141） 阿片孤儿受体三维结构的比较分子模拟, 中国药理学报, 2000, 第 7 作者
（142） 药物分子设计的发展, 中国科学院院刊, 2000, 第 2 作者
（143） 孤啡肽和阿片类配体与阿片孤儿受体相互作用的机制研究, 中国药理学报, 2000, 第 5 作者
（144） 芬太尼类似物溶剂化效应和与μ阿片受体作用机制的分子模拟, 中国药理学报, 2000, 第 9 作者

（ 1 ） 韦利化学生物学专科全书, WILEY ENCYCLOPEDIA OF CHEMICAL BIOLOGY, John Wiley and Sons, 2009-01, 第 3 作者
（ 2 ） 药物化学进展, Progress in Medicinal Chemistry, 化学工业出版社, 2009-09, 第 3 作者
（ 3 ） 高等药物化学, Advanced Medicinal Chemistry, 化学工业出版社, 2011-11, 第 5 作者

   

（ 1 ） 基于炎症失调的重大疾病防治药物新靶标确证与先导物发现, 参与, 国家任务, 2022-01--2026-12
（ 2 ） 计算机辅助药物代谢不良反应风险评价研究, 负责人, 国家任务, 2016-01--2019-12
（ 3 ） beta－分泌酶激活机制的化学生物学研究及其抗阿尔茨海默氏病先导化合物的发现, 参与, 国家任务, 2008-01--2011-01