基本信息
张竹青  女  硕导  生命科学学院
电子邮件: zhuqingzhang@ucas.ac.cn
通信地址: 北京市玉泉路19号(甲)
邮政编码: 100049
部门/实验室:生命科学学院

研究领域

主要研究方向为生物大分子构象变化相关的计算机模拟工作,包括蛋白质折叠,别构机制,固有无序蛋白质的结构特征和功能关系。蛋白质体系相分离的机制。

招生信息

   
招生专业
071023-计算生物学
071011-生物物理学
招生方向
生物大分子计算机模拟

教育背景

2000-09--2005-06   中科院化学所   博士
1995-09--2000-07   北京化工大学   学士
学历
   
学位
   

工作经历

2005-2007 北京大学化学与分子工程学院,理论生物中心,博士后
2008-2011 加拿大多伦多大学医学院生物化学系,博士后
2011.6-现在 中科院研究生院生命科学学院 副教授
社会兼职
   

教授课程

计算生物学讨论课(助教)
现代药物分析
高级生物化学(助教)
计算生物学
生物单分子技术
文献阅读课
生物单分子技术
   

专利与奖励

   
奖励信息
   
专利成果
   

出版信息

代表性论文:


1. Qian Li†, Xiaojun Peng†, Yuanqing Li, Wenqin Tang, Jia'an Zhu, Jing Huang, Yifei Qi and Zhuqing Zhang. LLPSDB: a database of proteins undergoing liquid–liquid phase separation in vitro. Nucleic Acids Res., (https://doi.org/10.1093/nar/gkz778) (†equal contribution)

2. Likun Zhao, Luhua Lai, Zhuqing Zhang. How calcium ion binding induces the conformational transition of the calmodulin N-terminal domain-an atomic level characterization. Phys Chem Chem Phys. 2019,21;19795-19804.

3. Likun Zhao, Yanhua Ouyang, Qian Li, Zhuqing Zhang. Modulation of p53 N-terminal transactivation domain 2 conformation ensemble and kinetics by phosphorylation. J Biomol Struct Dyn. 2019 Jul 8:1-11

4. Yanhua Ouyang, Likun Zhao, Zhang Z. Characterization of the structural ensembles of p53 TAD2 by molecular dynamics simulations with different force fields. Phys Chem Chem Phys. 2018,20:8676-8684.

5. Hu J, Chen T, Wang M, Chan HS, Zhang Z. A critical comparison of coarse-grained structure-based approaches and atomic models of protein folding. Phys Chem Chem Phys. 2017,19:13629-13639.

6. Zhuqing Zhang, and Hue Sun Chan. Transition paths, diffusive processes, and preequilibria of protein folding.  Proc Natl Acad Sci U S A. 2012,109:20919-20924
7. Zarrine-Afsar* A., Zhang* Z., Schweiker KL., Makhatadze GI., Davidson AR. and Chan HS. Kinetic Consequences of Native State Optimization of Surface-Exposed Electrostatic Interactions in the Fyn SH3 Domain. Proteins. 2012,80: 858-870 (*equal contribution) 
8. Hue Sun Chan, Zhuqing Zhang, Stefan Wallin and Zhirong Liu. Native Topology, Local-Nonlocal Coupling, and Nonnative Interactions: Principles of Protein Folding from Coarse-Grained Models. Annu Rew Phys Chem. 2011,62:301-32 
9. Zhuqing Zhang, and Hue Sun Chan. Competition between Native Topology and Nonnative Interactions in Simple and Complex Folding Kinetics of Natural and Designed Proteins. Proc Natl Acad Sci U S A. 2010, 107:2920-2925 
10. Zhuqing Zhang and Hue Sun Chan. Native Topology of the Designed Protein Top7 is not Conducive to Cooperative Folding. Biophys J. 2009,96:L25-L27 
11. Zhuqing Zhang, Hao Chen, Luhua Lai. Identification of amyloid fibril-forming segments based on structure and residue-based statistical potential. Bioinformatics. 2007,23:2218-2225 
12. Zhuqing Zhang, Hao Chen, Hongjun Bai, Luhua Lai. Molecular dynamics simulations on the oligomer formation process of the GNNQQNY peptide from yeast prion protein Sup35. Biophys J. 2007,93;1484-1492

发表著作
   

科研活动

   
科研项目
( 1 ) 分子动力学模拟研究蛋白质翻译中的反转运蛋白EF4的作用机制, 主持, 市地级, 2015-06--2017-06
( 2 ) 磷酸化修饰对无序蛋白质p53TAD 的结构调控研究, 主持, 市地级, 2016-06--2018-12
( 3 ) 蛋白质别构调控机制研究, 参与, 国家级, 2017-01--2021-12
参与会议
(1)Influences of Native Energetic Heterogeneity and Many-body Interaction in  Value Analysis of Protein Folding   Zhang zhuqing   2014-08-03
(2)Theoretical simulation study of transition paths and diffusive processe of protein folding   生物信息学和计算生物学的前沿研究   Zhuqing Zhang, Hue sun Chan   2013-09-23
(3)Nonnative interaction influences on folding kinetics for small proteins Top7 and Fyn SH3 domain from coarse-grained models   第17次国际生物物理大会暨第12次中国生物物理学术大会   Zhuqing Zhang, Arash Zarrine-Afsar, Katrina L. Schweiker, George I. Makhatadze, Alan R. Davidson and Hue Sun Chan   2011-10-30

合作情况

   
项目协作单位
   

指导学生

已指导学生

王漠野  硕士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

胡杰  硕士研究生  085238-生物工程  

现指导学生

欧阳艳华  硕士研究生  085238-生物工程  

赵礼坤  硕士研究生  085238-生物工程  

李倩  硕士研究生  085238-生物工程