基本信息
张竹青  女  硕导  生命科学学院
电子邮件: zhuqingzhang@ucas.ac.cn
通信地址: 北京市玉泉路19号(甲)
邮政编码: 100049

研究领域

主要研究方向为生物大分子构象变化相关的计算机模拟工作,包括蛋白质折叠,别构机制,固有无序蛋白质的结构特征和功能关系。蛋白质体系相分离的机制。

招生信息

招生专业
071023-计算生物学
071011-生物物理学
招生方向
生物大分子计算机模拟

教育背景

2000-09--2005-06   中科院化学所   博士

工作经历

2005-2007 北京大学,化学与分子工程学院,理论生物中心,博士后
2008-2011 多伦多大学,医学院生物化学系,博士后
2011.6-现在 中国科学院大学,生命科学学院, 副教授、教授

教授课程

天然产物新药开发(助教)
生物化学
细胞的物理生物学
纳米生物学
高级生物化学(助教)
计算生物学讨论课(助教)
现代药物分析
计算生物学
生物单分子技术
文献阅读课

出版信息

代表性论文:

1. Qian Li†, Xiaojun Peng†, Yuanqing Li, Wenqin Tang, Jia'an Zhu, Jing Huang, Yifei Qi and Zhuqing Zhang*. LLPSDB: a database of proteins undergoing liquid–liquid phase separation in vitro. Nucleic Acids Res. 2020:48:D320-327 (†equal contribution)

2. Likun Zhao, Luhua Lai*, Zhuqing Zhang*. How calcium ion binding induces the conformational transition of the calmodulin N-terminal domain-an atomic level characterization. Phys Chem Chem Phys. 2019,21;19795-19804.

3. Yanhua Ouyang, Likun Zhao, Zhuqing Zhang*. Characterization of the structural ensembles of p53 TAD2 by molecular dynamics simulations with different force fields. Phys Chem Chem Phys. 2018,20:8676-8684.

4. Jie Hu, Tao Chen, Moye Wang, Hue Sun Chan*, Zhuqing Zhang*. A critical comparison of coarse-grained structure-based approaches and atomic models of protein folding. Phys Chem Chem Phys. 2017,19:13629-13639.

5. Zhuqing Zhang*, Yanhua Ouyang, Tao Chen. Influences of heterogeneous native contact energy and many-body interactions on the prediction of protein folding mechanisms. Phys Chem Chem Phys. 2016,18:31304-31311

6. Zhuqing Zhang, and Hue Sun Chan*. Transition paths, diffusive processes, and preequilibria of protein folding.  Proc Natl Acad Sci U S A. 2012,109:20919-20924

7. Hue Sun Chan*, Zhuqing Zhang, Stefan Wallin and Zhirong Liu. Native Topology, Local-Nonlocal Coupling, and Nonnative Interactions: Principles of Protein Folding from Coarse-Grained Models. Annu Rew Phys Chem. 2011,62:301-332

8. Zhuqing Zhang, and Hue Sun Chan*. Competition between Native Topology and Nonnative Interactions in Simple and Complex Folding Kinetics of Natural and Designed Proteins. Proc Natl Acad Sci U S A. 2010,107:2920-2925

9. Zhuqing Zhang, Hao Chen, Luhua Lai*. Identification of amyloid fibril-forming segments based on structure and residue-based statistical potential. Bioinformatics. 2007,23:2218-2225

10. Zhuqing Zhang, Hao Chen, Hongjun Bai, Luhua Lai*. Molecular dynamics simulations on the oligomer formation process of the GNNQQNY peptide from yeast prion protein Sup35. Biophys J. 2007,93;1484-1492


科研活动

   
参与会议
(1) LLPSDB: a database of proteins undergoing liquid–liquid phase separation in vitro   第十七次中国暨国际生物物理大会   2019-08-02
(2)How Allostery Happens – An Example of N-terminal Domain of Calmodulin in Atomic Level Characterization   Joint 12 EBSA 10 ICBP-IUPAP Biophysics Congress   2019-07-20
(3)从头设计蛋白质折叠的模拟研究   中国化学会第30届学术年会   2016-07-01
(4)Influences of Native Energetic Heterogeneity and Many-body Interaction in  Value Analysis of Protein Folding   IUPAB Congress 2014   2014-08-03
(5)Theoretical simulation study of transition paths and diffusive processe of protein folding   生物信息学和计算生物学的前沿研究   2013-09-23
(6)Nonnative interaction influences on folding kinetics for small proteins Top7 and Fyn SH3 domain from coarse-grained models   第17次国际生物物理大会暨第12次中国生物物理学术大会   2011-10-30

指导学生

已指导学生

王漠野  硕士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

胡杰  硕士研究生  085238-生物工程  

欧阳艳华  硕士研究生  085238-生物工程  

赵礼坤  硕士研究生  085238-生物工程  

李倩  硕士研究生  085238-生物工程  

现指导学生

王茜  硕士研究生  071011-生物物理学  

廖绍峰  硕士研究生  086000-生物与医药  

闫庆琳  硕士研究生  086000-生物与医药