基本信息
牛北方  男  硕导  中国科学院计算机网络信息中心
电子邮件: bniu@sccas.cn
通信地址: 北京市海淀区中关村南四街四号
邮政编码: 100190

研究领域

主要从事高性能计算与生物信息学研究,特别是基于下一代高通量测序(NGS)的肿瘤“精准医学”数据处理算法与软件技术。

招生信息

   
招生专业
081202-计算机软件与理论
招生方向
生物信息学,计算基因组学
高性能计算

教育背景

2002-09--2009-02   中国科学院计算机网络信息中心   工学博士
1998-09--2002-07   山东农业大学计算机系   工学学士
学历
研究生

学位
博士

工作经历

   
工作简历
2012-08~2015-01,美国圣路易斯华盛顿大学, staff research scientist
2009-03~2012-07,美国加州大学圣迭戈, 博士后
社会兼职
2018-10-20-今,中国计算机学会高性能计算专业委员会, 会员
2018-10-13-今,中国计算机学会生物信息专业委员会, 会员
2017-10-01-今,贵州大学特聘教授,
2016-12-01-今,中国计算机学会,
2015-08-13-今,中国运筹学会计算生物学分会, 理事
2015-08-11-今,中国运筹学会, 会员

教授课程

   

专利与奖励

   
奖励信息
(1) 2015年美国10大临床研究成就奖, 一等奖, 其他, 2015
专利成果
   

出版信息

   
发表论文
(1) ATG7 Promotes Bladder Cancer Invasion via Autophagy‐Mediated Increased ARHGDIB mRNA Stability, Advanced Science, 2019, 第 10 作者
(2) Pan-Cancer Analysis of Somatic Mutations Across 21 Neuroendocrine Tumor Types, Cell Research, 2018, 其他(合作组作者)
(3) Different Erythrocyte MicroRNA Profiles in Low- and High-Altitude Individuals, Frontiers in Physiology, 2018, 第 4 作者
(4) 肿瘤微卫星不稳定检测方法综述, A Review on Tumor Microsatellite Instability Detection Methods, 计算机系统应用, 2018, 通讯作者
(5) MetaSpark: a spark-based distributed processing tool to recruit metagenomic reads to reference genomes, Bioinformatics, 2017, 通讯作者
(6) GenomeVIP: a cloud platform for genomic variant discovery and interpretation, Genome Research, 2017, 第 6 作者
(7) Proteogenomic integration reveals therapeutic targets in breast cancer xenografts, Nature Communications, 2017, 第 10 作者
(8) 四种肿瘤体细胞单核苷酸突变检测 方法的比较, Comparison of Four Methods for Detecting Somatic Single Nucleotide Variant in Tumor Cells, 科研信息化技术与应用, 2017, 通讯作者
(9) Systematic discovery of complex insertions and deletions in human cancers, Nature Medicine, 2016, 第 10 作者
(10) Divergent viral presentation among human tumors and adjacent normal tissues, Scientific Reports, 2016, 第 9 作者
(11) Protein structure guided discovery of functional mutations across 19 cancer types, Nature Genetics, 2016, 第 1 作者
(12) MSIsensor: microsatellite instability detection using paired tu-mor-normal sequence data, Bioinformatics, 2014, 第 1 作者
(13) Artificial and natural duplicates in pyrosequencing reads of metagenomic data, Nature, 2013, 第 4 作者
(14) FR-HIT, a Very Fast Program to Recruit Metagenomic Reads to Homologous Reference Genomes, Bioinformatics, 2011, 第 1 作者
(15) Artificial and natural duplicates in pyrosequencing reads of metagenomic data, BMC Bioinformatics, 2010, 第 1 作者
(16) 
发表著作
(1) FR-HIT Overview, SpringerReference, 2014-06, 第 1 作者
(2) Clustering-based HMP Sequence Comparison, SpringerReference, 2014-06, 第 1 作者
(3) Fast program for clustering and comparing large sets of protein or nucleotide sequences, SpringerReference, 2014-06, 第 2 作者

科研活动

   
科研项目
( 1 ) 生态环境损害鉴定评估业务化技术研究, 主持, 国家级, 2016-07--2020-12
( 2 ) 抗肿瘤药物的个性化分层研究, 主持, 部委级, 2015-10--2018-12
( 3 ) 基于高通量测序技术的新生儿出生缺陷筛查新技术研究与示范, 主持, 省级, 2016-01--2017-12
( 4 ) 大尺度基因组重构及注释的高性能软件, 主持, 部委级, 2017-06--2020-12
( 5 ) 泛癌体细胞突变热点分析算法研究, 主持, 国家级, 2018-01--2021-12
( 6 ) 高性能计算虚拟数据空间, 主持, 国家级, 2018-07--2021-06
参与会议
   

合作情况

   
项目协作单位
   

指导学生

已指导学生

陈玮  硕士研究生  081202-计算机软件与理论  

现指导学生

李瑞琳  博士研究生  081202-计算机软件与理论  

赵丹  硕士研究生  085211-计算机技术  

张裕  硕士研究生  081202-计算机软件与理论  

祝海栋  硕士研究生  081203-计算机应用技术  

何小雨  博士研究生  081202-计算机软件与理论  

韩鑫胤  硕士研究生  081202-计算机软件与理论  

郝卉群  博士研究生  081202-计算机软件与理论  

何志鹏  硕士研究生  085211-计算机技术  

张舒莹  硕士研究生  085211-计算机技术  

袁丹阳  硕士研究生  081202-计算机软件与理论  

代闯闯  博士研究生  081202-计算机软件与理论  

余果  硕士研究生  025100-金融