基本信息
Inge Seim 男 中国科学院深海科学与工程研究所
电子邮件： seim@idsse.ac.cn
通信地址： 海南省三亚市鹿回头路28号
邮政编码：
电子邮件： seim@idsse.ac.cn
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邮政编码：
招生信息
招生专业
070703-海洋生物学
招生方向
基因组学
教育背景
2005-01--2009-04 澳洲昆士兰科技大学 理学博士，分子生物学
2001-01--2005-01 澳洲昆士兰科技大学 大学本科，生物技术创新
2001-01--2005-01 澳洲昆士兰科技大学 大学本科，生物技术创新
工作经历
工作简历
2018-07~2024-05,中国南京师范大学, 教授
2015-09~2018-07,澳洲昆士兰科技大学, 副研究员
2014-07~2015-09,美国哈佛大学-布列根和妇女医院, 博士后
2013-11~2014-07,澳洲昆士兰科技大学, 高级研究员
2013-09~2013-11,澳洲昆士兰科技大学, 博士后
2012-03~2013-09,韩国梨花女子大学, 博士后
2009-06~2012-03,澳洲昆士兰科技大学, 博士后
2008-12~2009-06,澳洲昆士兰科技大学, 科研助理
2005-01~2009-04,澳洲昆士兰科技大学, 理学博士，分子生物学
2001-01~2005-01,澳洲昆士兰科技大学, 大学本科，生物技术创新
2015-09~2018-07,澳洲昆士兰科技大学, 副研究员
2014-07~2015-09,美国哈佛大学-布列根和妇女医院, 博士后
2013-11~2014-07,澳洲昆士兰科技大学, 高级研究员
2013-09~2013-11,澳洲昆士兰科技大学, 博士后
2012-03~2013-09,韩国梨花女子大学, 博士后
2009-06~2012-03,澳洲昆士兰科技大学, 博士后
2008-12~2009-06,澳洲昆士兰科技大学, 科研助理
2005-01~2009-04,澳洲昆士兰科技大学, 理学博士，分子生物学
2001-01~2005-01,澳洲昆士兰科技大学, 大学本科，生物技术创新
专利与奖励
奖励信息
（1） 江苏省特聘教授2020年8月-2023年8月, 特等奖, 省级, 2020
出版信息
发表论文
（1） A chromosome-level genome of electric catfish (Malapterurus electricus) provides new insights into order Siluriformes evolution, Marine Life Science & Technology, 2024, 第 9 作者
（2） Genomics of post-bottleneck recovery in the northern elephant seal., Nature Ecology & Evolution, 2024, 第 10 作者
（3） Chromosome-level genome of butterflyfish unveils genomic features of unique color patterns and morphological traits, DNA Research, 2023, 第 7 作者
（4） Characterisation of cell lines derived from prostate cancer patients with localised disease, Prostate Cancer and Prostatic Diseases, 2023, 第 5 作者
（5） Large-scale across species transcriptomic analysis identifies genetic selection signatures associated with longevity in mammals., The EMBO Journal, 2023, 第 10 作者
（6） The enormous repetitive Antarctic krill genome reveals environmental adaptations and population insights, Cell, 2023, 第 8 作者
（7） Hologenome analysis reveals independent evolution to chemosymbiosis by deep-sea bivalves, BMC Biology, 2023, 第 8 作者
（8） A genome and single-nucleus cerebral cortex transcriptome atlas of the short-finned pilot whale Globicephala macrorhynchus., Molecular Ecology Resources, 2023, 第 3 作者
（9） Mosaic environment-driven evolution of the deep-sea mussel Gigantidas platifrons bacterial endosymbiont., Microbiome, 2023, 第 4 作者
（10） A single-cell atlas of West African lungfish respiratory system reveals evolutionary adaptations to terrestrialization, Nature Communications, 2023, 第 10 作者 通讯作者
（11） Evolutionary impacts of purine metabolism genes on mammalian oxidative stress adaptation., Zoological Research, 2022, 第 5 作者 通讯作者
（12） High-quality chromosome-level genome assembly of the melon-headed whale (Peponocephala electra), Zoological Research, 2022, 第 5 作者
（13） Molecular evolution of vision-related genes may contribute to marsupial photic niche adaptations., Frontiers in Ecology and Evolution, 2022, 第 5 作者 通讯作者
（14） A chromosome-level genome of Antechinus flavipes provides a reference for an Australian marsupial genus with male death after mating., Molecular Ecology Resources, 2022, 第 10 作者 通讯作者
（15） Genomic insights into the genetic signatures of selection and seed trait loci in cultivated peanut, Journal of Advanced Research, 2022, 第 10 作者
（16） The gold-ringed octopus (Amphioctopus fangsiao) genome and cerebral single-nucleus transcriptomes provide insights into the evolution of karyotype and neural novelties, BMC Biology, 2022, 第 8 作者
（17） Reply to Gaudry et al.: [Cross-validation is necessary for the identification of pseudogenes], Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2022, 第 2 作者
（18） Comparative genomics provides new insights into the aquatic adaptations of mammals, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2021, 第 10 作者
（19） Comparative analyses of aging-related genes in long-lived mammals provide insights into natural longevity, The Innovation, 2021, 第 2 作者
（20） Oxidative stress drives divergent evolution of the glutathione peroxidase (GPX) gene family in mammals., Integrative Zoology, 2021, 第 5 作者 通讯作者
（21） SLR-superscaffolder: a de novo scaffolding tool for synthetic long reads using a top-to-bottom scheme, BMC Bioinformatics, 2021, 第 9 作者
（22） Insights into seed heteromorphy from the compact genome of the legume Amphicarpaea edgeworthii, Plant Biotechnology Journal, 2021, 第 9 作者
（23） The long non-coding RNA GHSROS reprograms prostate cancer cell lines toward a more aggressive phenotype, PeerJ, 2021, 第 10 作者 通讯作者
（24） Genome-wide analysis of E2 ubiquitin conjugating enzyme genes in sperm whale, Journal of Genetics, 2021, 第 4 作者 通讯作者
（25） Comparative analysis of the superoxide dismutase (SOD) gene family in Cetartiodactyla, Journal of Evolutionary Biology, 2021, 第 5 作者 通讯作者
（26） The genetic architecture of disease resistance and agronomic traits of Panax notoginseng, iScience, 2020, 第 10 作者
（27） Genome sequencing of deep-sea hydrothermal vent snails reveals adaptions to extreme environments, GigaScience, 2020, 第 8 作者
（28） African arowana genome provides insights on ancient teleost evolution, iScience, 2020, 第 10 作者
（29） The Indo-Pacific humpback dolphin genome reveals insights into cetacean chromosome evolution and the demography of a vulnerable species, iScience, 2020, 第 10 作者
（30） Initial data release and announcement of the 10,000 Fish Genomes Project (Fish10K), GigaScience, 2020, 第 10 作者
（31） The genome of the cartilaginous teleost fish Protosalanx chinensis provides insights into neoteny, iScience, 2020, 第 10 作者 通讯作者
（32） Complete chloroplast genomes of 14 mangroves, BioMed Research International, 2020, 第 4 作者
（33） The mitochondrial genome of the black-tailed dusky antechinus (Antechinus arktos), Mitochondrial DNA Part B, 2020, 第 9 作者 通讯作者
（34） Lineage-specific evolution of mangrove plastid genomes, The Plant Genome, 2020, 第 4 作者
（35） The mitochondrial genome of the black-tailed dasyure (Murexia melanurus), Mitochondrial DNA Part B, 2020, 第 8 作者 通讯作者
（36） RadAA: a command-line tool for identification of radical amino acid changes in multiple sequence alignments, Molecular Informatics, 2019, 第 1 作者 通讯作者
（37） Accelerated evolution and diversifying selection drove the adaptation of cetacean bone microstructure, BMC Evolutionary Biology, 2019, 第 5 作者 通讯作者
（38） Contraction of the ROS Scavenging Enzyme Glutathione S-Transferase Gene Family in Cetaceans, G3: Genes, Genomes, Genetics, 2019, 第 2 作者
（39） MUC13 promotes the development of colitis-associated colorectal tumours via ��-catenin activity, Oncogene, 2019, 第 3 作者
（40） The long non-coding RNA GHSROS facilitates breast cancer cell line migration and orthotopic xenograft tumour growth, International Journal of Oncology, 2019, 第 2 作者
（41） Constraints to counting bioluminescence producing cells by a commonly used transgene promoter and its implications for experimental design, Scientific Reports, 2019, 第 3 作者
（42） A chromosome-level genome of black rockfish, Sebastes schlegelii, provides insights into the evolution of live birth, Molecular Ecology Resources, 2019, 第 9 作者
（43） Limited short-term effects on human prostate cancer xenograft growth and epidermal growth factor receptor gene expression by the ghrelin receptor antagonist [D-Lys3]-GHRP-6, Endocrine, 2019, 第 2 作者
（44） Distinct evolution of toll-like receptor signaling pathway genes in cetaceans, Genes & Genomics, 2019, 第 2 作者
（2） Genomics of post-bottleneck recovery in the northern elephant seal., Nature Ecology & Evolution, 2024, 第 10 作者
（3） Chromosome-level genome of butterflyfish unveils genomic features of unique color patterns and morphological traits, DNA Research, 2023, 第 7 作者
（4） Characterisation of cell lines derived from prostate cancer patients with localised disease, Prostate Cancer and Prostatic Diseases, 2023, 第 5 作者
（5） Large-scale across species transcriptomic analysis identifies genetic selection signatures associated with longevity in mammals., The EMBO Journal, 2023, 第 10 作者
（6） The enormous repetitive Antarctic krill genome reveals environmental adaptations and population insights, Cell, 2023, 第 8 作者
（7） Hologenome analysis reveals independent evolution to chemosymbiosis by deep-sea bivalves, BMC Biology, 2023, 第 8 作者
（8） A genome and single-nucleus cerebral cortex transcriptome atlas of the short-finned pilot whale Globicephala macrorhynchus., Molecular Ecology Resources, 2023, 第 3 作者
（9） Mosaic environment-driven evolution of the deep-sea mussel Gigantidas platifrons bacterial endosymbiont., Microbiome, 2023, 第 4 作者
（10） A single-cell atlas of West African lungfish respiratory system reveals evolutionary adaptations to terrestrialization, Nature Communications, 2023, 第 10 作者 通讯作者
（11） Evolutionary impacts of purine metabolism genes on mammalian oxidative stress adaptation., Zoological Research, 2022, 第 5 作者 通讯作者
（12） High-quality chromosome-level genome assembly of the melon-headed whale (Peponocephala electra), Zoological Research, 2022, 第 5 作者
（13） Molecular evolution of vision-related genes may contribute to marsupial photic niche adaptations., Frontiers in Ecology and Evolution, 2022, 第 5 作者 通讯作者
（14） A chromosome-level genome of Antechinus flavipes provides a reference for an Australian marsupial genus with male death after mating., Molecular Ecology Resources, 2022, 第 10 作者 通讯作者
（15） Genomic insights into the genetic signatures of selection and seed trait loci in cultivated peanut, Journal of Advanced Research, 2022, 第 10 作者
（16） The gold-ringed octopus (Amphioctopus fangsiao) genome and cerebral single-nucleus transcriptomes provide insights into the evolution of karyotype and neural novelties, BMC Biology, 2022, 第 8 作者
（17） Reply to Gaudry et al.: [Cross-validation is necessary for the identification of pseudogenes], Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2022, 第 2 作者
（18） Comparative genomics provides new insights into the aquatic adaptations of mammals, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2021, 第 10 作者
（19） Comparative analyses of aging-related genes in long-lived mammals provide insights into natural longevity, The Innovation, 2021, 第 2 作者
（20） Oxidative stress drives divergent evolution of the glutathione peroxidase (GPX) gene family in mammals., Integrative Zoology, 2021, 第 5 作者 通讯作者
（21） SLR-superscaffolder: a de novo scaffolding tool for synthetic long reads using a top-to-bottom scheme, BMC Bioinformatics, 2021, 第 9 作者
（22） Insights into seed heteromorphy from the compact genome of the legume Amphicarpaea edgeworthii, Plant Biotechnology Journal, 2021, 第 9 作者
（23） The long non-coding RNA GHSROS reprograms prostate cancer cell lines toward a more aggressive phenotype, PeerJ, 2021, 第 10 作者 通讯作者
（24） Genome-wide analysis of E2 ubiquitin conjugating enzyme genes in sperm whale, Journal of Genetics, 2021, 第 4 作者 通讯作者
（25） Comparative analysis of the superoxide dismutase (SOD) gene family in Cetartiodactyla, Journal of Evolutionary Biology, 2021, 第 5 作者 通讯作者
（26） The genetic architecture of disease resistance and agronomic traits of Panax notoginseng, iScience, 2020, 第 10 作者
（27） Genome sequencing of deep-sea hydrothermal vent snails reveals adaptions to extreme environments, GigaScience, 2020, 第 8 作者
（28） African arowana genome provides insights on ancient teleost evolution, iScience, 2020, 第 10 作者
（29） The Indo-Pacific humpback dolphin genome reveals insights into cetacean chromosome evolution and the demography of a vulnerable species, iScience, 2020, 第 10 作者
（30） Initial data release and announcement of the 10,000 Fish Genomes Project (Fish10K), GigaScience, 2020, 第 10 作者
（31） The genome of the cartilaginous teleost fish Protosalanx chinensis provides insights into neoteny, iScience, 2020, 第 10 作者 通讯作者
（32） Complete chloroplast genomes of 14 mangroves, BioMed Research International, 2020, 第 4 作者
（33） The mitochondrial genome of the black-tailed dusky antechinus (Antechinus arktos), Mitochondrial DNA Part B, 2020, 第 9 作者 通讯作者
（34） Lineage-specific evolution of mangrove plastid genomes, The Plant Genome, 2020, 第 4 作者
（35） The mitochondrial genome of the black-tailed dasyure (Murexia melanurus), Mitochondrial DNA Part B, 2020, 第 8 作者 通讯作者
（36） RadAA: a command-line tool for identification of radical amino acid changes in multiple sequence alignments, Molecular Informatics, 2019, 第 1 作者 通讯作者
（37） Accelerated evolution and diversifying selection drove the adaptation of cetacean bone microstructure, BMC Evolutionary Biology, 2019, 第 5 作者 通讯作者
（38） Contraction of the ROS Scavenging Enzyme Glutathione S-Transferase Gene Family in Cetaceans, G3: Genes, Genomes, Genetics, 2019, 第 2 作者
（39） MUC13 promotes the development of colitis-associated colorectal tumours via ��-catenin activity, Oncogene, 2019, 第 3 作者
（40） The long non-coding RNA GHSROS facilitates breast cancer cell line migration and orthotopic xenograft tumour growth, International Journal of Oncology, 2019, 第 2 作者
（41） Constraints to counting bioluminescence producing cells by a commonly used transgene promoter and its implications for experimental design, Scientific Reports, 2019, 第 3 作者
（42） A chromosome-level genome of black rockfish, Sebastes schlegelii, provides insights into the evolution of live birth, Molecular Ecology Resources, 2019, 第 9 作者
（43） Limited short-term effects on human prostate cancer xenograft growth and epidermal growth factor receptor gene expression by the ghrelin receptor antagonist [D-Lys3]-GHRP-6, Endocrine, 2019, 第 2 作者
（44） Distinct evolution of toll-like receptor signaling pathway genes in cetaceans, Genes & Genomics, 2019, 第 2 作者
科研活动
科研项目
（ 1 ） Inge Seim研究员配套经费, 负责人, 研究所自主部署, 2024-01--2025-12
（ 2 ） Investigation and application of cellular and extracellular vesicles), 参与, 地方任务, 2021-12--2024-12
（ 2 ） Investigation and application of cellular and extracellular vesicles), 参与, 地方任务, 2021-12--2024-12