基本信息
方显杨 男 博导 中国科学院生物物理研究所
电子邮件： fangxy@ibp.ac.cn
通信地址： 中国科学院生物物理研究所核酸生物学院重点实验室
邮政编码： 100101
电子邮件： fangxy@ibp.ac.cn
通信地址： 中国科学院生物物理研究所核酸生物学院重点实验室
邮政编码： 100101
招生信息
招生专业
071010-生物化学与分子生物学
071011-生物物理学
071011-生物物理学
招生方向
RNA整合结构生物学，病毒RNA，RNA化学生物学
教育背景
2002-09--2008-12 中国科学院生物物理研究所 理学博士（生物化学与分子生物学）
1998-09--2002-07 武汉大学 理学(化学)学士学位
1998-09--2002-07 武汉大学 理学(化学)学士学位
工作经历
工作简历
2022-09~现在, 中国科学院生物物理研究所, 研究员
2015-04~2022-08,清华大学, 副教授
2009-03~2015-01,美国国立卫生研究院国立癌症研究所, 博士后
2002-09~2008-12,中国科学院生物物理研究所, 理学博士（生物化学与分子生物学）
1998-09~2002-07,武汉大学, 理学(化学)学士学位
2015-04~2022-08,清华大学, 副教授
2009-03~2015-01,美国国立卫生研究院国立癌症研究所, 博士后
2002-09~2008-12,中国科学院生物物理研究所, 理学博士（生物化学与分子生物学）
1998-09~2002-07,武汉大学, 理学(化学)学士学位
社会兼职
2023-01-31-今,中国生物信息学学会（筹）生物分子结构预测与模拟专委会,
2022-11-01-今,Currrent Research in Structural Biology,
2022-01-01-今,QRB Discovery,
2022-11-01-今,Currrent Research in Structural Biology,
2022-01-01-今,QRB Discovery,
教授课程
生物小角散射
RNA生物化学与结构生物学
RNA生物化学与结构生物学
专利与奖励
奖励信息
（1） 清华大学优秀博士学位论文指导教师, 研究所（学校）, 2023
（2） 清华大学优秀博士学位论文指导教师, 研究所（学校）, 2022
（3） %%%%青年项目, 部委级, 2016
（2） 清华大学优秀博士学位论文指导教师, 研究所（学校）, 2022
（3） %%%%青年项目, 部委级, 2016
出版信息
发表论文
（1） Structural mechanisms for binding and activation of a contact-quenched fluorophore by RhoBAST, Nature Communications, 2024,
（2） Structural and dynamic mechanisms for coupled folding and tRNA recognition of a translational T-box riboswitch, Nature Communications, 2023,
（3） Structural insights into translation regulation by the THF-II riboswitch, NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2023, 第 4 作者 通讯作者
（4） Recent advances in RNA structurome, Recent advances in RNA structurome, SCIENCE CHINA-LIFE SCIENCES, 2022,
（5） Phosphorothioate-Based Site-Specific Labeling of Large RNAs for Structural and Dynamic Studies, ACS Chemical Biology, 2022,
（6） Long-range distance determination in fully deuterated RNA with pulsed EPR spectroscopy, BIOPHYSICAL JOURNAL, 2022,
（7） Structural mechanism for modulation of functional amyloid and biofilm formation by Staphylococcal Bap protein switch, EMBO JOURNAL, 2021,
（8） A novel partially-open state of SHP2 points to a "multiple gear" regulation mechanism, JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2021, 第 15 作者
（9） Pseudoknot length modulates the folding, conformational dynamics, and robustness of Xrn1 resistance of flaviviral xrRNAs, NATURE COMMUNICATIONS, 2021,
（10） The microtubule end-binding affinity of EB1 is enhanced by a dimeric organization that is susceptible to phosphorylation, JOURNAL OF CELL SCIENCE, 2020,
（11） Structure and regulation of human epithelial cell transforming 2 protein, PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2020,
（12） Molecular mechanisms underlying the extreme mechanical anisotropy of the flaviviral exoribonuclease-resistant RNAs (xrRNAs), NATURE COMMUNICATIONS, 2020, 第 8 作者 通讯作者
（13） Short Direct Repeats in the 3��� Untranslated Region Are Involved in Subgenomic Flaviviral RNA Production, JOURNAL OF VIROLOGY, 2020,
（14） Posttranscriptional site-directed spin labeling of large RNAs with an unnatural base pair system under non-denaturing conditions, CHEMICAL SCIENCE, 2020,
（15） Site-specific covalent labeling of large RNAs with nanoparticles empowered by expanded genetic alphabet transcription, PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2020,
（16） Revisiting Bap Multidomain Protein: More Than Sticking Bacteria Together, FRONTIERS IN MICROBIOLOGY,11,(2020-12-23), 2020, 第 3 作者
（2） Structural and dynamic mechanisms for coupled folding and tRNA recognition of a translational T-box riboswitch, Nature Communications, 2023,
（3） Structural insights into translation regulation by the THF-II riboswitch, NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2023, 第 4 作者 通讯作者
（4） Recent advances in RNA structurome, Recent advances in RNA structurome, SCIENCE CHINA-LIFE SCIENCES, 2022,
（5） Phosphorothioate-Based Site-Specific Labeling of Large RNAs for Structural and Dynamic Studies, ACS Chemical Biology, 2022,
（6） Long-range distance determination in fully deuterated RNA with pulsed EPR spectroscopy, BIOPHYSICAL JOURNAL, 2022,
（7） Structural mechanism for modulation of functional amyloid and biofilm formation by Staphylococcal Bap protein switch, EMBO JOURNAL, 2021,
（8） A novel partially-open state of SHP2 points to a "multiple gear" regulation mechanism, JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2021, 第 15 作者
（9） Pseudoknot length modulates the folding, conformational dynamics, and robustness of Xrn1 resistance of flaviviral xrRNAs, NATURE COMMUNICATIONS, 2021,
（10） The microtubule end-binding affinity of EB1 is enhanced by a dimeric organization that is susceptible to phosphorylation, JOURNAL OF CELL SCIENCE, 2020,
（11） Structure and regulation of human epithelial cell transforming 2 protein, PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2020,
（12） Molecular mechanisms underlying the extreme mechanical anisotropy of the flaviviral exoribonuclease-resistant RNAs (xrRNAs), NATURE COMMUNICATIONS, 2020, 第 8 作者 通讯作者
（13） Short Direct Repeats in the 3��� Untranslated Region Are Involved in Subgenomic Flaviviral RNA Production, JOURNAL OF VIROLOGY, 2020,
（14） Posttranscriptional site-directed spin labeling of large RNAs with an unnatural base pair system under non-denaturing conditions, CHEMICAL SCIENCE, 2020,
（15） Site-specific covalent labeling of large RNAs with nanoparticles empowered by expanded genetic alphabet transcription, PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2020,
（16） Revisiting Bap Multidomain Protein: More Than Sticking Bacteria Together, FRONTIERS IN MICROBIOLOGY,11,(2020-12-23), 2020, 第 3 作者
科研活动
科研项目
（ 1 ） 新冠病毒基因组功能RNA元件的结构与动态基础研究, 负责人, 国家任务, 2024-01--2026-12
（ 2 ） RNA研究前沿技术, 负责人, 中国科学院计划, 2023-10--2028-09
（ 3 ） 超大蛋白质机器结构分析前沿技术, 参与, 国家任务, 2022-12--2026-11
（ 4 ） 新型mRNA疫苗平台体系研究, 参与, 国家任务, 2022-01--2026-12
（ 2 ） RNA研究前沿技术, 负责人, 中国科学院计划, 2023-10--2028-09
（ 3 ） 超大蛋白质机器结构分析前沿技术, 参与, 国家任务, 2022-12--2026-11
（ 4 ） 新型mRNA疫苗平台体系研究, 参与, 国家任务, 2022-01--2026-12