基本信息
杨连东 男 硕导 中国科学院水生生物研究所
电子邮件： yangld@ihb.ac.cn
通信地址： 湖北省武汉市武昌区东湖南路7号
邮政编码：
电子邮件： yangld@ihb.ac.cn
通信地址： 湖北省武汉市武昌区东湖南路7号
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招生信息
招生专业
071004-水生生物学
071002-动物学
071002-动物学
招生方向
鱼类进化生物学
鱼类比较基因组学
鱼类生物信息学
鱼类比较基因组学
鱼类生物信息学
教育背景
2013-10--2014-10 多伦多大学 联合培养博士
2010-09--2015-06 中国科学院水生生物研究所 理学博士
2006-09--2010-06 安徽师范大学 理学学士
2010-09--2015-06 中国科学院水生生物研究所 理学博士
2006-09--2010-06 安徽师范大学 理学学士
工作经历
工作简历
2013-10~2014-10,多伦多大学, 联合培养博士
2010-09~2015-06,中国科学院水生生物研究所, 理学博士
2006-09~2010-06,安徽师范大学, 理学学士
2010-09~2015-06,中国科学院水生生物研究所, 理学博士
2006-09~2010-06,安徽师范大学, 理学学士
专利与奖励
奖励信息
（1） 湖北省自然科学奖, 一等奖, 省级, 2020
（2） 水生所突出学术贡献奖优秀创新奖, 研究所（学校）, 2020
（3） 中国科学院院长奖, 院级, 2015
（2） 水生所突出学术贡献奖优秀创新奖, 研究所（学校）, 2020
（3） 中国科学院院长奖, 院级, 2015
专利成果
（ 1 ） 一种深海生物样品原位化学固定装置, 2021, 第 3 作者, 专利号: CN213397875U
出版信息
发表论文
（1） Characterization of transcriptome changes in saline stress adaptation on Leuciscus merzbacheri using PacBio Iso-Seq and RNA-Seq, DNA Research, 2024, 第 9 作者 通讯作者
（2） Genomic insights into the seawater adaptation in Cyprinidae, BMC Biology, 2024, 第 15 作者 通讯作者
（3） The Role of Introgression During the Radiation of Endemic Fishes Adapted to Living at Extreme Altitudes in the Tibetan Plateau, Molecular Biology and Evolution, 2023, 第 18 作者 通讯作者
（4） Multi-omics Investigation of Freeze Tolerance in the Amur Sleeper, an Aquatic Ectothermic Vertebrate, Molecular Biology and Evolution, 2023, 第 11 作者 通讯作者
（5） Author Correction: Opah (Lampris megalopsis) genome sheds light on the evolution of aquatic endothermy(vol 41, page 26, year 2022), ZOOLOGICAL RESEARCH, 2023, 第 9 作者 通讯作者
（6） Stronger selective constraints on the mitochondrial genome in flying fishes, FRONTIERS IN MARINE SCIENCE, 2023, 第 9 作者 通讯作者
（7） Monsoon boosted radiation of the endemic East Asian carps, Monsoon boosted radiation of the endemic East Asian carps, SCIENCE CHINA-LIFE SCIENCES, 2023, 第 4 作者
（8） Enlarged fins of Tibetan catfish provide new evidence of adaptation to high plateau, Science China Life Sciences, 2023, 第 1 作者
（9） Chromosome-level genome assembly and whole-genome resequencing of topmouth culter (Culter alburnus) provide insights into the intraspecific variation of its semi-buoyant and adhesive eggs, Molecular Ecology Resources, 2023, 第 8 作者 通讯作者
（10） Phylogenomics of the Ancient and Species-Depauperate Gars Tracks 150 Million Years of Continental Fragmentation in the Northern Hemisphere, Systematic Biology, 2023, 第 2 作者 通讯作者
（11） Surviving under pressure, Elife, 2023, 第 2 作者 通讯作者
（12） Opah(Lampris megalopsis)genome sheds light on the evolution of aquatic endothermy, Opah (Lampris megalopsis) genome sheds light on the evolution of aquatic endothermy, ZOOLOGICAL RESEARCH, 2022, 第 9 作者 通讯作者
（13） Monsoon boosted radiation of the endemic East Asian carps, SCIENCE CHINA-LIFE SCIENCES, 2022, 第 4 作者
（14） Molecular Mechanisms of the Convergent Adaptation of Bathypelagic and Abyssopelagic Fishes, GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION, 2022, 第 6 作者 通讯作者
（15） Sympatric or micro-allopatric speciation in a glacial lake?Genomic islands support neither, Sympatric or micro-allopatric speciation in a glacial lake? Genomic islands support neither, NATIONAL SCIENCE REVIEW, 2022, 第 2 作者
（16） Genome of the butterfly hillstream loach provides insights into adaptations to torrential mountain stream life, MOLECULAR ECOLOGY RESOURCES, 2021, 第 12 作者 通讯作者
（17） Genomic Evidence for Convergent Molecular Adaptation in Electric Fishes, GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION, 2021, 第 2 作者 通讯作者
（18） Whole genome sequencing of silver carp (Hypophthalmichthys molitrix) and bighead carp (Hypophthalmichthys nobilis) provide novel insights into their evolution and speciation, MOLECULAR ECOLOGY RESOURCES, 2021, 第 2 作者
（19） Recent genome duplications facilitate the phenotypic diversity of Hb repertoire in the Cyprinidae, Recent genome duplications facilitate the phenotypic diversity of Hb repertoire in the Cyprinidae, SCIENCE CHINA-LIFE SCIENCES, 2021, 第 2 作者
（20） Tracing the genetic footprints of vertebrate landing in non-teleost ray-finned fishes, CELL, 2021, 第 3 作者
（21） African lungfish genome sheds light on the vertebrate water-to-land transition, CELL, 2021, 第 4 作者
（22） Transcriptome Analysis of Zebrafish Olfactory Epithelium Reveal Sexual Differences in Odorant Detection, GENES, 2020, 第 3 作者 通讯作者
（23） Transcriptome-Wide Patterns of the Genetic and Expression Variations in Two Sympatric Schizothoracine Fishes in a Tibetan Plateau Glacier Lake, GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION, 2020, 第 2 作者
（24） FishDB: an integrated functional genomics database for fishes, BMC GENOMICS, 2020, 第 1 作者
（25） Initial data release and announcement of the 10,000 Fish Genomes Project (Fish10K), GIGASCIENCE, 2020, 第 3 作者
（26） Analysis of Multiplicity of Hypoxia-Inducible Factors in the Evolution of Triplophysa Fish (Osteichthyes: Nemacheilinae) Reveals Hypoxic Environments Adaptation to Tibetan Plateau, FRONTIERS IN GENETICS, 2020, 第 7 作者 通讯作者
（27） Accelerated evolution and positive selection of rhodopsin in Tibetan loaches living in high altitude, INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES, 2020, 第 6 作者 通讯作者
（28） Bichirs employ similar genetic pathways for limb regeneration as are used in lungfish and salamanders, GENE, 2019, 第 2 作者
（29） A Chromosome-Scale Reference Assembly of a Tibetan Loach, Triplophysa siluroides, FRONTIERS IN GENETICS, 2019, 第 1 作者
（30） Comparative Genomics Reveals Accelerated Evolution of Fright Reaction Genes in Ostariophysan Fishes, FRONTIERS IN GENETICS, 2019, 第 1 作者
（31） Massive Loss of Olfactory Receptors But Not Trace Amine-Associated Receptors in the World���s Deepest-Living Fish ( Pseudoliparis swirei ), GENES, 2019, 第 4 作者 通讯作者
（32） Comparative iTRAQ proteomics revealed proteins associated with lobed fin regeneration in Bichirs, PROTEOME SCIENCE, 2019, 第 6 作者
（33） Morphology and genome of a snailfish from the mariana trench provide insights into deep-sea adaptation, NATURE ECOLOGY & EVOLUTION, 2019, 第 13 作者
（34） Expansion of vomeronasal receptor genes ( OlfC ) in the evolution of fright reaction in Ostariophysan fishes, COMMUNICATIONS BIOLOGY, 2019, 第 1 作者
（35） Phylogenomic Perspective on the Relationships and Evolutionary History of the Major Otocephalan Lineages, SCIENTIFIC REPORTS, 2018, 第 3 作者
（36） Comprehensive Transcriptome Analysis of Six Catfish Species from an Altitude Gradient Reveals Adaptive Evolution in Tibetan Fishes, G3-GENES GENOMES GENETICS, 2016, 第 4 作者
（37） Comprehensive Transcriptome Analysis of Six Catfish Species from an Altitude Gradient Reveals Adaptive Evolution in Tibetan Fishes, G3: GENES, 2016, 第 4 作者
（38） Mitogenomic perspectives on the origin of Tibetan loaches and their adaptation to high altitude, SCIENTIFIC REPORTS, 2016, 第 7 作者
（39） Both Male-Biased and Female-Biased Genes Evolve Faster in Fish Genomes, GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION, 2016, 第 1 作者
（40） Correlated Expression of Retrocopies and Parental Genes in Zebrafish, MOLECULAR GENETICS AND GENOMICS, 2016, 第 2 作者
（41） Phylogenomic analyses reveal a molecular signature linked to subterranean adaptation in rodents, BMC EVOLUTIONARY BIOLOGY, 2015, 第 2 作者
（42） Comprehensive Transcriptome Analysis Reveals Accelerated Genic Evolution in a Tibet Fish, Gymnodiptychus pachycheilus, GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION, 2015, 第 1 作者
（43） Bichir microRNA repertoire suggests a ray-finned fish affinity of Polypteriforme, GENE, 2015, 第 1 作者
（44） Evidence for Adaptation to the Tibetan Plateau Inferred from Tibetan Loach Transcriptomes, GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION, 2015, 第 2 作者
（45） Genome-wide identification and characterization of teleost-specific microRNAs within zebrafish, GENE, 2015, 第 1 作者
（46） Transcriptome analysis of the plateau fish (Triplophysa dalaica): Implications for adaptation to hypoxia in fishes, GENE, 2015, 第 2 作者
（47） A bioinformatics-based update on microRNAs and their targets in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss), GENE, 2014, 第 1 作者
（48） Genome-wide identification, characterization, and expression analysis of lineage-specific genes within zebrafish, BMC GENOMICS, 2013, 第 1 作者
（2） Genomic insights into the seawater adaptation in Cyprinidae, BMC Biology, 2024, 第 15 作者 通讯作者
（3） The Role of Introgression During the Radiation of Endemic Fishes Adapted to Living at Extreme Altitudes in the Tibetan Plateau, Molecular Biology and Evolution, 2023, 第 18 作者 通讯作者
（4） Multi-omics Investigation of Freeze Tolerance in the Amur Sleeper, an Aquatic Ectothermic Vertebrate, Molecular Biology and Evolution, 2023, 第 11 作者 通讯作者
（5） Author Correction: Opah (Lampris megalopsis) genome sheds light on the evolution of aquatic endothermy(vol 41, page 26, year 2022), ZOOLOGICAL RESEARCH, 2023, 第 9 作者 通讯作者
（6） Stronger selective constraints on the mitochondrial genome in flying fishes, FRONTIERS IN MARINE SCIENCE, 2023, 第 9 作者 通讯作者
（7） Monsoon boosted radiation of the endemic East Asian carps, Monsoon boosted radiation of the endemic East Asian carps, SCIENCE CHINA-LIFE SCIENCES, 2023, 第 4 作者
（8） Enlarged fins of Tibetan catfish provide new evidence of adaptation to high plateau, Science China Life Sciences, 2023, 第 1 作者
（9） Chromosome-level genome assembly and whole-genome resequencing of topmouth culter (Culter alburnus) provide insights into the intraspecific variation of its semi-buoyant and adhesive eggs, Molecular Ecology Resources, 2023, 第 8 作者 通讯作者
（10） Phylogenomics of the Ancient and Species-Depauperate Gars Tracks 150 Million Years of Continental Fragmentation in the Northern Hemisphere, Systematic Biology, 2023, 第 2 作者 通讯作者
（11） Surviving under pressure, Elife, 2023, 第 2 作者 通讯作者
（12） Opah(Lampris megalopsis)genome sheds light on the evolution of aquatic endothermy, Opah (Lampris megalopsis) genome sheds light on the evolution of aquatic endothermy, ZOOLOGICAL RESEARCH, 2022, 第 9 作者 通讯作者
（13） Monsoon boosted radiation of the endemic East Asian carps, SCIENCE CHINA-LIFE SCIENCES, 2022, 第 4 作者
（14） Molecular Mechanisms of the Convergent Adaptation of Bathypelagic and Abyssopelagic Fishes, GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION, 2022, 第 6 作者 通讯作者
（15） Sympatric or micro-allopatric speciation in a glacial lake?Genomic islands support neither, Sympatric or micro-allopatric speciation in a glacial lake? Genomic islands support neither, NATIONAL SCIENCE REVIEW, 2022, 第 2 作者
（16） Genome of the butterfly hillstream loach provides insights into adaptations to torrential mountain stream life, MOLECULAR ECOLOGY RESOURCES, 2021, 第 12 作者 通讯作者
（17） Genomic Evidence for Convergent Molecular Adaptation in Electric Fishes, GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION, 2021, 第 2 作者 通讯作者
（18） Whole genome sequencing of silver carp (Hypophthalmichthys molitrix) and bighead carp (Hypophthalmichthys nobilis) provide novel insights into their evolution and speciation, MOLECULAR ECOLOGY RESOURCES, 2021, 第 2 作者
（19） Recent genome duplications facilitate the phenotypic diversity of Hb repertoire in the Cyprinidae, Recent genome duplications facilitate the phenotypic diversity of Hb repertoire in the Cyprinidae, SCIENCE CHINA-LIFE SCIENCES, 2021, 第 2 作者
（20） Tracing the genetic footprints of vertebrate landing in non-teleost ray-finned fishes, CELL, 2021, 第 3 作者
（21） African lungfish genome sheds light on the vertebrate water-to-land transition, CELL, 2021, 第 4 作者
（22） Transcriptome Analysis of Zebrafish Olfactory Epithelium Reveal Sexual Differences in Odorant Detection, GENES, 2020, 第 3 作者 通讯作者
（23） Transcriptome-Wide Patterns of the Genetic and Expression Variations in Two Sympatric Schizothoracine Fishes in a Tibetan Plateau Glacier Lake, GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION, 2020, 第 2 作者
（24） FishDB: an integrated functional genomics database for fishes, BMC GENOMICS, 2020, 第 1 作者
（25） Initial data release and announcement of the 10,000 Fish Genomes Project (Fish10K), GIGASCIENCE, 2020, 第 3 作者
（26） Analysis of Multiplicity of Hypoxia-Inducible Factors in the Evolution of Triplophysa Fish (Osteichthyes: Nemacheilinae) Reveals Hypoxic Environments Adaptation to Tibetan Plateau, FRONTIERS IN GENETICS, 2020, 第 7 作者 通讯作者
（27） Accelerated evolution and positive selection of rhodopsin in Tibetan loaches living in high altitude, INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES, 2020, 第 6 作者 通讯作者
（28） Bichirs employ similar genetic pathways for limb regeneration as are used in lungfish and salamanders, GENE, 2019, 第 2 作者
（29） A Chromosome-Scale Reference Assembly of a Tibetan Loach, Triplophysa siluroides, FRONTIERS IN GENETICS, 2019, 第 1 作者
（30） Comparative Genomics Reveals Accelerated Evolution of Fright Reaction Genes in Ostariophysan Fishes, FRONTIERS IN GENETICS, 2019, 第 1 作者
（31） Massive Loss of Olfactory Receptors But Not Trace Amine-Associated Receptors in the World���s Deepest-Living Fish ( Pseudoliparis swirei ), GENES, 2019, 第 4 作者 通讯作者
（32） Comparative iTRAQ proteomics revealed proteins associated with lobed fin regeneration in Bichirs, PROTEOME SCIENCE, 2019, 第 6 作者
（33） Morphology and genome of a snailfish from the mariana trench provide insights into deep-sea adaptation, NATURE ECOLOGY & EVOLUTION, 2019, 第 13 作者
（34） Expansion of vomeronasal receptor genes ( OlfC ) in the evolution of fright reaction in Ostariophysan fishes, COMMUNICATIONS BIOLOGY, 2019, 第 1 作者
（35） Phylogenomic Perspective on the Relationships and Evolutionary History of the Major Otocephalan Lineages, SCIENTIFIC REPORTS, 2018, 第 3 作者
（36） Comprehensive Transcriptome Analysis of Six Catfish Species from an Altitude Gradient Reveals Adaptive Evolution in Tibetan Fishes, G3-GENES GENOMES GENETICS, 2016, 第 4 作者
（37） Comprehensive Transcriptome Analysis of Six Catfish Species from an Altitude Gradient Reveals Adaptive Evolution in Tibetan Fishes, G3: GENES, 2016, 第 4 作者
（38） Mitogenomic perspectives on the origin of Tibetan loaches and their adaptation to high altitude, SCIENTIFIC REPORTS, 2016, 第 7 作者
（39） Both Male-Biased and Female-Biased Genes Evolve Faster in Fish Genomes, GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION, 2016, 第 1 作者
（40） Correlated Expression of Retrocopies and Parental Genes in Zebrafish, MOLECULAR GENETICS AND GENOMICS, 2016, 第 2 作者
（41） Phylogenomic analyses reveal a molecular signature linked to subterranean adaptation in rodents, BMC EVOLUTIONARY BIOLOGY, 2015, 第 2 作者
（42） Comprehensive Transcriptome Analysis Reveals Accelerated Genic Evolution in a Tibet Fish, Gymnodiptychus pachycheilus, GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION, 2015, 第 1 作者
（43） Bichir microRNA repertoire suggests a ray-finned fish affinity of Polypteriforme, GENE, 2015, 第 1 作者
（44） Evidence for Adaptation to the Tibetan Plateau Inferred from Tibetan Loach Transcriptomes, GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION, 2015, 第 2 作者
（45） Genome-wide identification and characterization of teleost-specific microRNAs within zebrafish, GENE, 2015, 第 1 作者
（46） Transcriptome analysis of the plateau fish (Triplophysa dalaica): Implications for adaptation to hypoxia in fishes, GENE, 2015, 第 2 作者
（47） A bioinformatics-based update on microRNAs and their targets in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss), GENE, 2014, 第 1 作者
（48） Genome-wide identification, characterization, and expression analysis of lineage-specific genes within zebrafish, BMC GENOMICS, 2013, 第 1 作者
科研活动
科研项目
（ 1 ） 高原特有鱼类环境适应性机理研究, 负责人, 国家任务, 2024-01--2027-12
（ 2 ） 准噶尔雅罗鱼适应性分化的多组学整合研究, 负责人, 国家任务, 2022-01--2025-12
（ 3 ） 伊犁河谷水生生物和野生动物多样性及保护对策, 负责人, 国家任务, 2021-11--2024-11
（ 4 ） 东亚特有鲤科鱼类适应性进化研究, 负责人, 研究所自主部署, 2021-09--2022-08
（ 5 ） 东亚特有鲤科鱼类辐射分化的遗传基础, 负责人, 中国科学院计划, 2021-01--2023-07
（ 6 ） 中国科学院青年创新促进会会员, 负责人, 中国科学院计划, 2021-01--2024-12
（ 7 ） 青藏高原鱼类物种网状进化及高原适应的遗传基础：以高原鳅为例, 负责人, 国家任务, 2020-01--2023-12
（ 2 ） 准噶尔雅罗鱼适应性分化的多组学整合研究, 负责人, 国家任务, 2022-01--2025-12
（ 3 ） 伊犁河谷水生生物和野生动物多样性及保护对策, 负责人, 国家任务, 2021-11--2024-11
（ 4 ） 东亚特有鲤科鱼类适应性进化研究, 负责人, 研究所自主部署, 2021-09--2022-08
（ 5 ） 东亚特有鲤科鱼类辐射分化的遗传基础, 负责人, 中国科学院计划, 2021-01--2023-07
（ 6 ） 中国科学院青年创新促进会会员, 负责人, 中国科学院计划, 2021-01--2024-12
（ 7 ） 青藏高原鱼类物种网状进化及高原适应的遗传基础：以高原鳅为例, 负责人, 国家任务, 2020-01--2023-12