基本信息
伊廷双 男 博导 中国科学院昆明植物研究所
电子邮件： tingshuangyi@mail.kib.ac.cn
通信地址： 云南省昆明市蓝黑路132号中科院昆明植物所
邮政编码： 650201
电子邮件： tingshuangyi@mail.kib.ac.cn
通信地址： 云南省昆明市蓝黑路132号中科院昆明植物所
邮政编码： 650201
研究领域
1. 植物分子系统发育基因组学
利用核、叶绿体基因组和线粒体系统发育基因组学方法重建种子植物科级水平，固氮分支（豆目、蔷薇目、壳斗目和葫芦目）及其分支内蔷薇科、豆科、鼠李科、大麻科等类群的生命之树，重建支系间的系统发育关系，确定主要支系和属种的分类范畴。并在构建的系统发育框架下，探讨基因组和叶绿体基因组进化机制，固氮性状及果实等形态性状的起源和多样化。
2. 植物多样化形成和维持机制
依据构建的系统发育树，结合古地质、古气候和化石证据推断类群的起源，现在分布格局形成的历史。探讨新性状获得、开拓新生境能力和基因组加倍等因子对物种多样化的影响。
3. 智能植物志“iFlora”
中国维管植物“iFlora”平台构建。对固氮分支，及该分支内的豆科、蔷薇科、鼠李科、大麻科等类群开展DNA条形码和组学数据为主的超级条形码（ultra-barcoding）研究。
招生信息
招收植物分子系统发育基因组学，植物比较基因组学，和植物多样性和维持机制方向的研究生
招生专业
071001-植物学
招生方向
植物分子系统发育基因组学植物比较基因组学植物多样性与维持机制
教育背景
1999-09--2002-07 中国科学院昆明植物研究所 博士学位1996-09--1999-07 中国科学院昆明植物研究所 硕士学位1992-09--1996-07 山东师范大学生物系 学士学位
学历
博士
学位
博士学位
出国学习工作
2012.7-2012.8， 访问教授， 东京大学，Komaba Grduate School of Arts and Sciences.
2009.2-2009.4，访问学者，美国自然历史博物馆，史密斯研究所。
2006.8-2006.9， 访问学者，美国自然历史博物馆，史密斯研究所。
2004.11- 2006.8，博士后，美国匹茨堡大学生物系。合作教授：Susan Kalisz博士。
2002.11-2004.11，博士后，美国芝加哥Field 自然历史博物馆植物系。合作教授：Jun Wen博士。
工作经历
2011.5-， 研究员，中科院昆明植物研究所中国西南种质资源库。
2006.10-2011.5，副研究员，中科院昆明植物研究所中国西南种质资源库。
工作简历
2018-05~现在, 中国科学院昆明植物研究所, 研究员2006-09~2011-05,中国科学院昆明植物研究所, 副研究员2002-12~2004-10,美国芝加哥Field 自然历史博物馆植物系, 博士后2002-11~2004-07,美国匹茨堡大学生物, 博士后
社会兼职
2024-04-01-2028-12-31,期刊编委, 编委
2023-03-25-2025-12-31,期刊编委, 编委
2022-01-01-2026-12-31,中国人民政治协商会议昆明市盘龙区第十届委员会, 政协常务委员
2020-12-01-今,云南省植物学会第十三届理事会理事, 理事
2020-01-01-今,国际学术期刊Frontiers in Plant Science副主编, 副主编
2023-03-25-2025-12-31,期刊编委, 编委
2022-01-01-2026-12-31,中国人民政治协商会议昆明市盘龙区第十届委员会, 政协常务委员
2020-12-01-今,云南省植物学会第十三届理事会理事, 理事
2020-01-01-今,国际学术期刊Frontiers in Plant Science副主编, 副主编
教授课程
植物系统学种子植物系统学分子生物地理学
专利与奖励
2012年度中国科学院王宽诚西部学者突出贡献奖
奖励信息
（1） 云南省自然科学奖一等奖, 一等奖, 省级, 2024（2） 中国科学院王宽诚西部学者突出贡献奖, , 院级, 2012
出版信息
伊廷双，2020。大麻科Cannabaceae。见：李德铢等编，中国维管植物科属志。北京：科学出版社，1044-1049。（ISBN 978-03-058843-2）
伊廷双，2020。芍药科Paeoniaceae。见：李德铢等编，中国维管植物科属志。北京：科学出版社，815-816。（ISBN 978-03-058843-2）
伊廷双，2020。小二仙草科Haloragaceae。见：李德铢等编，中国维管植物科属志。北京：科学出版社，853-855。（ISBN 978-03-058843-2）
伊廷双，张书东，2020。景天科Crassulaceae。见：李德铢等编，中国维管植物科属志。北京：科学出版社，843-850。（ISBN 978-03-058843-2）
伊廷双，张书东，2020。茶藨子科Grossulariaceae。见：李德铢等编，中国维管植物科属志。北京：科学出版社，831-832。（ISBN 978-03-058843-2）
伊廷双，张书东，2020。鼠刺科Iteaceae。见：李德铢等编，中国维管植物科属志。北京：科学出版社，830。（ISBN 978-03-058843-2）
伊廷双，张书东，2020。交让木科Daphniphyllaceae。见：李德铢等编，中国维管植物科属志。北京：科学出版社，829。（ISBN 978-03-058843-2）
伊廷双，张书东，2020。金缕梅科Hamamelidaceae。见：李德铢等编，中国维管植物科属志。北京：科学出版社，819-827。（ISBN 978-03-058843-2）
伊廷双，张书东，2020。蕈树科Altingiaceae。见：李德铢等编，中国维管植物科属志。北京：科学出版社，817-818。（ISBN 978-03-058843-2）
张书东，伊廷双，2020。桑科Moraceae。见：李德铢等编，中国维管植物科属志。北京：科学出版社，1050-1056。（ISBN 978-03-058843-2）
张书东，伊廷双，2020。榆科Ulmaceae。见：李德铢等编，中国维管植物科属志。北京：科学出版社，1041-1043。（ISBN 978-03-058843-2）
张书东，伊廷双，2020。鼠李科Rhamnaceae。见：李德铢等编，中国维管植物科属志。北京：科学出版社，1032-1040。（ISBN 978-03-058843-2）
张书东，伊廷双，2020。蔷薇科Rosaceae。见：李德铢等编，中国维管植物科属志。北京：科学出版社，1001-1028。（ISBN 978-03-058843-2）
伊廷双，2018。芍药科Paeoniaceae。见：李德铢等编，中国维管植物科属词典。北京：科学出版社。（ISBN 978-7-03-055120-7）
伊廷双，2018。小二仙草科Haloragaceae。见：李德铢等编，中国维管植物科属词典。北京：科学出版社。（ISBN 978-7-03-055120-7）
伊廷双，2018。大麻科Cannabaceae。见：李德铢等编，中国维管植物科属词典。北京：科学出版社。（ISBN 978-7-03-055120-7）
伊廷双，张书东，2018。茶藨子科Grossulariaceae。见：李德铢等编，中国维管植物科属词典。北京：科学出版社。（ISBN 978-7-03-055120-7）
伊廷双，张书东，2018。金缕梅科Hamamelidaceae。见：李德铢等编，中国维管植物科属词典。北京：科学出版社。（ISBN 978-7-03-055120-7）
伊廷双，张书东，2018。交让木科Daphniphyllaceae。见：李德铢等编，中国维管植物科属词典。北京：科学出版社。（ISBN 978-7-03-055120-7）
伊廷双，张书东，2018。蕈树科Altingiaceae。见：李德铢等编，中国维管植物科属词典。北京：科学出版社。（ISBN 978-7-03-055120-7）
伊廷双，张书东，2018。景天科Crassulaceae。见：李德铢等编，中国维管植物科属词典。北京：科学出版社。（ISBN 978-7-03-055120-7）
张书东, 伊廷双，2018。蔷薇科Rosaceae。见：李德铢等编，中国维管植物科属词典。北京：科学出版社。（ISBN 978-7-03-055120-7）
张书东，伊廷双，2018。鼠李科Rhamnaceae。见：李德铢等编，中国维管植物科属词典。北京：科学出版社。（ISBN 978-7-03-055120-7）
张书东，伊廷双，2018。榆科Ulmaceae。见：李德铢等编，中国维管植物科属词典。北京：科学出版社。（ISBN 978-7-03-055120-7）
张书东，伊廷双，2018。桑科Moraceae。见：李德铢等编，中国维管植物科属词典。北京：科学出版社。（ISBN 978-7-03-055120-7）
He San-An, Yi Ting-Shuang, Pei Sheng-Ji, Huang Hong-Wen, 2013. Crop plants and their wild relatives. In: Hong De-Yuanand Stephen Blackmore (eds.), Plants of China, Acompanion to the Flora of China. Beijing: Science Press, pp. 309–323. (ISBN 978-7-03-038574-1)
Yi Ting-Shuang, Morell L. Peter, Pei Sheng-Ji, He Shan-Aan, 2013. Major introduced economic plants. In: Hong De-Yuan and Stephen Blackmor (eds.), Plants of China, A companion to the Flora of China. Beijing: Science Press, pp. 357–382. (ISBN 978-7-03-038574-1)
李德铢等编译，2012. 植物系统学Plant Systematics: A Phylogentic Approach. 北京：高等教育出版社。伊廷双负责pp. 305-409.
发表主要论文
[1] New Phytologist. 2024, 通讯作者 [2] Journal of Systematics and Evolution. 2024, 通讯作者 [3] Genomics. 2024, 通讯作者 [4] Agronomy. 2023, 通讯作者 [5] Frontiers in Plant Sciences. 2023, 通讯作者 [6] Frontiers in Ecology and Evolution. 2023, 通讯作者 [7] Zhao, Lei, Yang, YingYing, Qu, XiaoJian, Ma, Hong, Hu, Yi, Li, HongTao, Yi, TingShuang, Li, DeZhu. Phylotranscriptomic analyses reveal multiple whole-genome duplication events, the history of diversification and adaptations in the Araceae. ANNALS OF BOTANY[J]. 2023, 第 7 作者 通讯作者 131(1): 199-214, http://dx.doi.org/10.1093/aob/mcac062.[8] Wang, ZiXun, Wang, DingJie, Yi, TingShuang. Does IR-loss promote plastome structural variation and sequence evolution?. FRONTIERS IN PLANT SCIENCE[J]. 2022, 第 3 作者 通讯作者 13: http://dx.doi.org/10.3389/fpls.2022.888049.[9] Guo, Cen, Luo, Yang, Gao, LianMing, Yi, TingShuang, Li, HongTao, Yang, JunBo, Li, DeZhu. Phylogenomics and the flowering plant tree of life. JOURNAL OF INTEGRATIVE PLANT BIOLOGY. 2022, 第 4 作者65(2): [10] Fu, XiaoGang, Liu, ShuiYin, van Velzen, Robin, Stull, Gregory W, Tian, Qin, Li, YunXia, Folk, Ryan A, Guralnick, Robert P, Kates, Heather R, Jin, JianJun, Li, ZhongHu, Soltis, Douglas E, Soltis, Pamela S, Yi, TingShuang. Phylogenomic analysis of the hemp family (Cannabaceae) reveals deep cyto-nuclear discordance and provides new insights into generic relationships. JOURNAL OF SYSTEMATICS AND EVOLUTION. 2022, 第 14 作者 通讯作者 [11] Fabien Robert Rahaingoson, Oyetola Oyebanji, Gregory W Stull, Rong Zhang, TingShuang Yi. A Dated Phylogeny of the Pantropical Genus Dalbergia L.f. (Leguminosae: Papilionoideae) and Its Implications for Historical Biogeography. AGRONOMY[J]. 2022, 第 5 作者12: https://doaj.org/article/8211b1d1e46e4b8cb6908808fd29a266.[12] Ji, Yunheng, Yang, Jin, Landis, Jacob B, Wang, Shuying, Jin, Lei, Xie, Pingxuan, Liu, Haiyang, Yang, JunBo, Yi, TingShuang. Genome Skimming Contributes to Clarifying Species Limits in Paris Section Axiparis (Melanthiaceae). FRONTIERS IN PLANT SCIENCE[J]. 2022, 第 9 作者 通讯作者 13: http://dx.doi.org/10.3389/fpls.2022.832034.[13] Liu, Jie, Milne, Richard I., Zhu, Guang-Fu, Robert A. Spicer, Wambulwa, Moses C., Wu, Zeng-Yuan, BOUFFORD David E., Luo, Ya-Huang, provan jim, Yi,Ting-Shuang, Cai, Jie, Wang, Hong, Gao, Lian-Ming, Li, De-Zhu. Name and scale matters: Clarifying the geography of Tibetan Plateau and adjacent mountain regions. Global and Planetary Change[J]. 2022, 第 10 作者215: 103893-103893, [14] Yang, YingYing, Qu, XiaoJian, Zhang, Rong, Stull, Gregory W, Yi, TingShuang. Plastid phylogenomic analyses of Fagales reveal signatures of conflict and ancient chloroplast capture. MOLECULAR PHYLOGENETICS AND EVOLUTION[J]. 2021, 第 5 作者 通讯作者 163: http://dx.doi.org/10.1016/j.ympev.2021.107232.[15] Wang, Xia, Liu, Shengjun, Zuo, Hao, Zheng, Weikang, Zhang, Shanshan, Huang, Yue, Pingcuo, Gesang, Ying, Hong, Zhao, Fan, Li, Yuanrong, Liu, Junwei, Yi, TingShuang, Zan, Yanjun, Larkin, Robert M, Deng, Xiuxin, Zeng, Xiuli, Xu, Qiang. Genomic basis of high-altitude adaptation in Tibetan Prunus fruit trees. CURRENT BIOLOGY[J]. 2021, 第 12 作者31(17): 3848-+, http://dx.doi.org/10.1016/j.cub.2021.06.062.[16] Stull, Gregory W, Qu, XiaoJian, ParinsFukuchi, Caroline, Yang, YingYing, Yang, JunBo, Yang, ZhiYun, Hu, Yi, Ma, Hong, Soltis, Pamela S, Soltis, Douglas E, Li, DeZhu, Smith, Stephen A, Yi, TingShuang. Gene duplications and phylogenomic conflict underlie major pulses of phenotypic evolution in gymnosperms. NATURE PLANTS[J]. 2021, 第 13 作者 通讯作者 7(8): 1015-+, http://dx.doi.org/10.1038/s41477-021-00964-4.[17] Bai, HanRui, Oyebanji, Oyetola, Zhang, Rong, Yi, TingShuang. Plastid phylogenomic insights into the evolution of subfamily Dialioideae (Leguminosae). PLANT DIVERSITY[J]. 2021, 第 4 作者 通讯作者 43(1): 27-34, https://doaj.org/article/4806cf910c40429cb332427b6bde1e71.[18] Zhao, Yiyong, Zhang, Rong, Jiang, KaiWen, Qi, Ji, Hu, Yi, Guo, Jing, Zhu, Renbin, Zhang, Taikui, Egan, Ashley N, Yi, TingShuang, Huang, ChienHsun, Ma, Hong. Nuclear phylotranscriptomics and phylogenomics support numerous polyploidization events and hypotheses for the evolution of rhizobial nitrogen-fixing symbiosis in Fabaceae. MOLECULAR PLANT[J]. 2021, 第 10 作者 通讯作者 14(5): 748-773, http://lib.cqvip.com/Qikan/Article/Detail?id=7105117297.[19] Oyebanji, Oyetola, Zhang, Rong, Chen, SiYun, Yi, TingShuang. New Insights Into the Plastome Evolution of the Millettioid/Phaseoloid Clade (Papilionoideae, Leguminosae) (vol 11, 151, 2020). FRONTIERS IN PLANT SCIENCE. 2021, 第 4 作者 通讯作者 12: https://www.webofscience.com/wos/woscc/full-record/WOS:000628892100001.[20] Li, HongTao, Luo, Yang, Gan, Lu, Ma, PengFei, Gao, LianMing, Yang, JunBo, Cai, Jie, Gitzendanner, Matthew A, Fritsch, Peter W, Zhang, Ting, Jin, JianJun, Zeng, ChunXia, Wang, Hong, Yu, WenBin, Zhang, Rong, van der Bank, Michelle, Olmstead, Richard G, Hollingsworth, Peter M, Chase, Mark W, Soltis, Douglas E, Soltis, Pamela S, Yi, TingShuang, Li, DeZhu. Plastid phylogenomic insights into relationships of all flowering plant families. BMC BIOLOGY[J]. 2021, 第 22 作者 通讯作者 19(1): http://dx.doi.org/10.1186/s12915-021-01166-2.[21] 朱光福, 伊廷双, 刘杰. 数字植物标本在科学研究中的应用及挑战. 广西植物[J]. 2021, 第 2 作者[22] Jin, JianJun, Yang, MeiQing, Fritsch, Peter W, van Velzen, Robin, Li, DeZhu, Yi, TingShuang. Born migrators: Historical biogeography of the cosmopolitan family Cannabaceae. JOURNAL OF SYSTEMATICS AND EVOLUTION[J]. 2020, 第 6 作者 通讯作者 58(4): 461-473, http://lib.cqvip.com/Qikan/Article/Detail?id=7102564529.[23] Jin, JianJun, Yu, WenBin, Yang, JunBo, Song, Yu, dePamphilis, Claude W, Yi, TingShuang, Li, DeZhu. GetOrganelle: a fast and versatile toolkit for accurate de novo assembly of organelle genomes. GENOME BIOLOGY[J]. 2020, 第 6 作者 通讯作者 21(1): http://dx.doi.org/10.1186/s13059-020-02154-5.[24] Jin, DongMin, Wicke, Susann, Gan, Lu, Yang, JunBo, Jin, JianJun, Yi, TingShuang. The Loss of the Inverted Repeat in the Putranjivoid Clade of Malpighiales. FRONTIERS IN PLANT SCIENCE[J]. 2020, 第 6 作者 通讯作者 11: https://doaj.org/article/ae6bd7750b38495eb16720d9178c0915.[25] Jin, DongMin, Jin, JianJun, Yi, TingShuang. Plastome Structural Conservation and Evolution in the Clusioid Clade of Malpighiales. SCIENTIFIC REPORTS[J]. 2020, 第 3 作者 通讯作者 10(1): http://apps.webofknowledge.com/CitedFullRecord.do?product=UA&colName=WOS&SID=5CCFccWmJJRAuMzNPjj&search_mode=CitedFullRecord&isickref=WOS:000540455400002.[26] Oyebanji, Oyetola, Zhang, Rong, Chen, SiYun, Yi, TingShuang. New Insights Into the Plastome Evolution of the Millettioid/Phaseoloid Clade (Papilionoideae, Leguminosae). FRONTIERSINPLANTSCIENCE[J]. 2020, 第 4 作者 通讯作者 11: https://doaj.org/article/85f52c1ba0e9417a980876fec8dccb64.[27] 伊廷双. New insights into plastome structural diversification in subfamily Dialioideae (Leguminosae). Plant Diversity. 2020, 第 1 作者 通讯作者 [28] Zhang, Rong, Wang, YinHuan, Jin, JianJun, Stull, Gregory W, Bruneau, Anne, Cardoso, Domingos, De Queiroz, Luciano Paganucci, Moore, Michael J, Zhang, ShuDong, Chen, SiYun, Wang, Jian, Li, DeZhu, Yi, TingShuang. Exploration of Plastid Phylogenomic Conflict Yields New Insights into the Deep Relationships of Leguminosae. SYSTEMATIC BIOLOGY[J]. 2020, 第 13 作者 通讯作者 69(4): 613-622, http://dx.doi.org/10.1093/sysbio/syaa013.[29] Wang, ZiXun, Jin, DongMin, Wang, GuoDong, Yi, TingShuang. The complete plastome of Ctenolophon englerianus Mildbr. (Ctenolophonaceae). MITOCHONDRIAL DNA PART B-RESOURCES[J]. 2019, 第 4 作者 通讯作者 4(2): 3379-3380, http://dx.doi.org/10.1080/23802359.2019.1673684.[30] Ji, Yunheng, Yang, Lifang, Chase, Mark W, Liu, Changkun, Yang, Zhenyan, Yang, Jin, Yang, JunBo, Yi, TingShuang. Plastome phylogenomics, biogeography, and clade diversification of Paris (Melanthiaceae). BMC PLANT BIOLOGY[J]. 2019, 第 8 作者19(1): http://dx.doi.org/10.1186/s12870-019-2147-6.[31] Qu, XiaoJian, Moore, Michael J, Li, DeZhu, Yi, TingShuang. PGA: a software package for rapid, accurate, and flexible batch annotation of plastomes. PLANT METHODS[J]. 2019, 第 4 作者 通讯作者 15(1): http://dx.doi.org/10.1186/s13007-019-0435-7.[32] Ji, Yunheng, Liu, Changkun, Yang, Zhenyan, Yang, Lifang, He, Zhengshan, Wang, Hengchang, Yang, Junbo, Yi, Tingshuang. Testing and using complete plastomes and ribosomal DNA sequences as the next generation DNA barcodes in Panax (Araliaceae). MOLECULAR ECOLOGY RESOURCES[J]. 2019, 第 8 作者 通讯作者 19(5): 1333-1345, http://dx.doi.org/10.1111/1755-0998.13050.[33] Zheng, Xu, Yi, TingShuang. The plastid genome of Pentadiplandra brazzeana Baillon (Pentadiplandraceae). 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MITOCHONDRIAL DNA PART B-RESOURCES[J]. 2019, 第 4 作者 通讯作者 4(2): 2541-2542, http://dx.doi.org/10.1080/23802359.2019.1639557.[36] Qu, XiaoJian, Fan, ShouJin, Wicke, Susann, Yi, TingShuang. Plastome Reduction in the Only Parasitic Gymnosperm Parasitaxus Is Due to Losses of Photosynthesis but Not Housekeeping Genes and Apparently Involves the Secondary Gain of a Large Inverted Repeat. GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION[J]. 2019, 第 4 作者 通讯作者 11(10): 2789-2796, [37] Yao, Gang, Jin, JianJun, Li, HongTao, Yang, JunBo, Mandala, Venkata Shiva, Croley, Matthew, Mostow, Rebecca, Douglas, Norman A, Chase, Mark W, Christenhusz, Maarten J M, Soltis, Douglas E, Soltis, Pamela S, Smith, Stephen A, Brockington, Samuel F, Moore, Michael J, Yi, TingShuang, Li, DeZhu. Plastid phylogenomic insights into the evolution of Caryophyllales. MOLECULAR PHYLOGENETICS AND EVOLUTION[J]. 2019, 第 16 作者 通讯作者 134: 74-86, http://dx.doi.org/10.1016/j.ympev.2018.12.023.[38] Zhang, Rong, Jin, JianJun, Moore, Michael J, Yi, TingShuang. Assembly and comparative analyses of the mitochondrial genome of Castanospermum australe (Papilionoideae, Leguminosae). AUSTRALIAN SYSTEMATIC BOTANY[J]. 2019, 第 4 作者 通讯作者 32(5-6): 484-494, https://www.webofscience.com/wos/woscc/full-record/WOS:000493529900006.[39] Zhang, Rong, Yi, TingShuang, Pan, Bo. Pseudarthria panii (Fabaceae: Desmodieae), a new species from Asia, 120 years after its first collection. PHYTOTAXA[J]. 2018, 第 2 作者367(3): 265-274, http://ir.xtbg.org.cn/handle/353005/11098.[40] Huanlei Zhang, Jianjun Jin, Michael J Moore, Tingshuang Yi, Dezhu Li. Plastome characteristics of Cannabaceae. PLANT DIVERSITY[J]. 2018, 第 4 作者 通讯作者 40(3): 127-137, http://ir.kib.ac.cn/handle/151853/66565.[41] 伊廷双. 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发表著作
（1） 植物系统学, Plant Systematics, 高等教育出版社, 2012-07, 第 5 作者（2） Crop plants and their wild relatives, Science Press, Beijing, 2013-10, 第 2 作者（3） Major introduced economic plants., Science Press, Beijing, 2013-10, 第 1 作者（4） 蕈树科Altingiaceae. 见：李德铢等编，中国维管植物科属词典, 科学出版社, 2018-01, 第 1 作者（5） 蔷薇科Rosaceae. 见：李德铢等编，中国维管植物科属词典, 科学出版社, 2018-01, 第 2 作者（6） 鼠李科Rhamnaceae. 见：李德铢等编，中国维管植物科属词典, 科学出版社, 2018-01, 第 2 作者（7） 榆科Ulmaceae. 见：李德铢等编，中国维管植物科属词典, 科学出版社, 2018-01, 第 2 作者（8） 景天科Crassulaceae. 见：李德铢等编，中国维管植物科属词典, 科学出版社, 2018-01, 第 1 作者（9） 桑科Moraceae. 见：李德铢等编，中国维管植物科属词典, 科学出版社, 2018-01, 第 2 作者（10） 茶藨子科 Grossulariaceae. 见：李德铢等编，中国维管植物科属词典, 科学出版社, 2018-01, 第 1 作者（11） 金缕梅科Hamamelidaceae. 见：李德铢等编，中国维管植物科属词典, 科学出版社, 2018-01, 第 1 作者（12） 交让木科Daphniphyllaceae. 见：李德铢等编，中国维管植物科属词典, 科学出版社, 2018-01, 第 1 作者（13） 芍药科Paeoniaceae. 见：李德铢等编，中国维管植物科属词典, 科学出版社, 2018-01, 第 1 作者（14） 小二仙草科Haloragaceae. 见：李德铢等编，中国维管植物科属词典, 科学出版社, 2018-01, 第 1 作者（15） 大麻科 Cannabaceae. 见：李德铢等编，中国维管植物科属词典, 科学出版社, 2018-01, 第 1 作者（16） 芍药科Paeoniaceae。见：李德铢等编，中国维管植物科属志。, 科学出版社, 2020-04, 第 1 作者（17） 小二仙草科Haloragaceae。见：李德铢等编，中国维管植物科属志。, 科学出版社, 2020-04, 第 1 作者（18） 景天科Crassulaceae。见：李德铢等编，中国维管植物科属志。, 科学出版社, 2020-04, 第 1 作者（19） 茶藨子科 Grossulariaceae。见：李德铢等编，中国维管植物科属志。, 科学出版社, 2020-04, 第 1 作者（20） 鼠刺科Iteaceae。见：李德铢等编，中国维管植物科属志。, 科学出版社, 2020-04, 第 2 作者（21） 交让木科Daphniphyllaceae。见：李德铢等编，中国维管植物科属志。, 科学出版社, 2020-04, 第 1 作者（22） 金缕梅科Hamamelidaceae。见：李德铢等编，中国维管植物科属志。, 科学出版社, 2020-04, 第 1 作者（23） 蕈树科Altingiaceae。见：李德铢等编，中国维管植物科属志。, 科学出版社, 2020-04, 第 1 作者（24） 桑科Moraceae。见：李德铢等编，中国维管植物科属志。, 科学出版社, 2020-04, 第 2 作者（25） 榆科Ulmaceae。见：李德铢等编，中国维管植物科属志。, 科学出版社, 2020-04, 第 2 作者（26） 鼠李科Rhamnaceae。见：李德铢等编，中国维管植物科属志, 科学出版社, 2020-04, 第 2 作者（27） 蔷薇科Rosaceae。见：李德铢等编，中国维管植物科属志。, 科学出版社, 2020-04, 第 2 作者（28） 大麻科Cannabaceae。见：李德铢等编，中国维管植物科属志。, 科学出版社, 2020-04, 第 1 作者
科研活动
植物分子系统与进化研究组
主要从事植物系统发育基因学和进化生物学研究。与本所同事首次提出新一代“iFlora”（智能植物志）的发展目标，列为研究所“十二五”的重大突破目标。在种子植物生命之树构建和固氮等重要性状的解析等取得了一系列原创性研究成果。以第一或通讯作者在本领域顶级期刊Nature Plants、Genome Biology、Systematic Biology、Molecular Plant等发表研究论文85篇，其中3篇热点论文，6篇高引论文，1篇入选2021“中国百篇最具影响国际学术论文”。主编《Plants of China, A companion to the Flora of China》第20章，《中国维管植物科属词典》12个科，《中国维管植物科属志》13个科。研发的叶绿体基因组组装和注释的软件GetOrganelle和PGA在世界范被广泛应用，对推动质体系统发育基因组学发挥了关键作用。研究成果被Science等国际顶级期刊引用4367余次，1项成果被《植物学报》选为“2019年植物系统进化的重要进展”，3篇论文入选中国科学院B类先导动态季报亮点成果，多项研究成果被Nature Plants、Genome Biology等期刊正面评价，多项成果被美国科技促进会和科技日报等重要新闻媒体报道，在国内外产生了广泛影响。先后主持国家自然科学基金重点国际合作项目、中国科学院战略性先导科技专项（B类）课题等重要科研项目20余项。
科研项目
（ 1 ） iFlora交叉与合作团队, 负责人, 中国科学院计划, 2013-01--2015-12（ 2 ） 大麻科分子系统发育和多样化时空格局重建, 负责人, 国家任务, 2013-01--2016-12（ 3 ） 西南山地典型生态系统植物多样性对气候变化的响应, 参与, 国家任务, 2014-01--2017-11（ 4 ） 非洲资源植物种子库建设, 负责人, 国家任务, 2013-01--2015-12（ 5 ） 《中国植物志》的数字化和DNA条形码, 参与, 国家任务, 2013-01--2017-12（ 6 ） 云南省中青年学术技术带头人后备人才, 负责人, 地方任务, 2011-01--2015-12（ 7 ） 东亚-北美间断植物类群的分子系统学和生物地理学, 负责人, 国家任务, 2012-01--2015-12（ 8 ） 三个重要药用类群DNA条形码鉴定系统构建, 负责人, 其他国际合作项目, 2016-05--2017-05（ 9 ） 《肯尼亚植物志》中蔷薇目（Rosales）等类群植物的分类研究和志书编写, 参与, 中国科学院计划, 2016-01--2020-12（ 10 ） 三个重要植物类群DNA条形码鉴定系统构建。环境保护部-生物多样性保护专项, 负责人, 其他国际合作项目, 2017-05--2018-05（ 11 ） 维管植物系统框架重建与APG系统修订, 负责人, 中国科学院计划, 2018-01--2022-12（ 12 ） 蔷薇目全球多样化时空格局重建, 负责人, 国家任务, 2018-01--2022-12（ 13 ） 生物多样性的演化历史与格局, 负责人, 中国科学院计划, 2017-07--2018-07（ 14 ） 西南山地种子植物多样性分布格局和成因, 负责人, 中国科学院计划, 2018-07--2023-06（ 15 ） 我国轻纺用野生纤维植物调查、种质保藏和分子鉴定, 负责人, 国家任务, 2020-01--2024-12（ 16 ） 西南山地植物多样性的格局动态与成因, 负责人, 中国科学院计划, 2020-09--2023-06（ 17 ） 四个作物野生近缘种重要性状演化及关键基因功能研究, 负责人, 地方任务, 2024-01--2028-12
参与会议
（1） Phylogenomics of legumes 2023-08-10（2）Phylogenomics of legumes 全国植物生物学大会 2023-08-02（3）豆科的分子系统发育与进化研究 2022全国系统与进化植物学研讨会暨第十五届青年学术论坛 2023-05-06（4）系统发育转录组学分析揭示天南星科系统发育关系和多样化 2022全国系统与进化植物学研讨会暨第十五届青年学术论坛 2023-05-06（5）Phylogenomics of legumes 2021-10-25（6）叶绿体系统发育基因组学 云南省植物学会第十三次会员代表大会暨植物多样性与绿色发展学术研讨会 2020-11-12（7）Plastid Phylogenomic Insights into Deep Relationships of Leguminosae with Conflicting Signals on Some Nodes 2019-05-06（8）Plastid phylogenomic insights into the evolution of legumes 山东植物学会第十五届会员代表大会暨学术研讨会 2018-12-20（9）Plastid phylogenomic insights into the evolution of Caryophyllales 第三届全国生物系统学学术论坛 2018-12-08（10）Plastid phylogenomic insights into the evolution of legumes. 7th International Legume Conference 2018-08-29（11）Plastid phylogenomic insights into the evolution of Caryophyllales 2018-07-20（12）Sino-Latin America Symposium on plant biodiversity 2017-11-06（13）Plastid phylogenomics reveals deep relationships of Leguminosae 2017-07-23（14）Plastid phylogenomics resolve difficult phylogenetic relationships of angiosperms 2016-10-19（15）Born Migrators: Historical Biogeography of Cosmopolitan Family Cannabaceae. Tingshuang Yi 2016-05-05（16）Chloroplast capture and genetic diversification in Osmorhiza (Apiaceae) Tingshuang Yi, Guihua Jin, Jun Wen 2013-10-27
合作情况
Collaborator:
De-Zhu Li, Germplasm Bank of Wild Species, Kunming Institute of Botany, Chinese Academy of Sciences.
Jun Wen, Department of Botany, National Museum of Natural History.
Mark W. Chase, Science Directorate, Royal Botanic Gardens.
Douglas E. Soltis, Florida Museum of Natural History, University of Florida.
Pamela S. Soltis, Florida Museum of Natural History, University of Florida.
Stephen A. Smith, Department of Ecology and Evolutionary Biology and Department of Computational Medicine and Bioinformatics, University of Michigan.
Michael J. Moore, Department of Biology, Oberlin College
Peter W. Fritsch, Botanical Research Institute of Texas.
The current collaborative projects:
1. Collaborate with Douglas E. Soltis, Pamela S. Soltis, Robert P. Guralnick, Ryan A. Folk from University of Florida on “The global diversification of Rosales in space and time”, the National Natural Science Foundation of China, key international (regional) cooperative research project (No. 31720103903).
2. Collaborate with Pamela S. Soltis and Douglas Soltis (University of Florida), Mark Chase (Royal Botanic Garden, Kew), Hong Ma (Pennsylvania State University) on “Reconstruction of phylogenetic framework of vascular plants and revision of the APG system”, The Large-scale Scientific Facilities of the Chinese Academy of Sciences (No. 2017-LSF-GBOWS-02).
指导学生
已指导学生
李翔 硕士研究生 071010-生物化学与分子生物学
金桂花 硕士研究生 071010-生物化学与分子生物学
贺水莲 博士研究生 071001-植物学
杨美青 博士研究生 071001-植物学
刘萍 硕士研究生 071010-生物化学与分子生物学
曲小健 博士研究生 071010-生物化学与分子生物学
金建军 博士研究生 071010-生物化学与分子生物学
王银环 博士研究生 071001-植物学
张荣 博士研究生 071001-植物学
吴佳瑾 硕士研究生 085238-生物工程
金冬敏 硕士研究生 071010-生物化学与分子生物学
杨莹莹 博士研究生 071001-植物学
甘露 硕士研究生 071001-植物学
张焕雷 硕士研究生 071010-生物化学与分子生物学
朱光福 硕士研究生 085238-生物工程
赵磊 博士研究生 071010-生物化学与分子生物学
现指导学生
刘水银 博士研究生 071010-生物化学与分子生物学
田琴 博士研究生 071010-生物化学与分子生物学
陈斯云 博士研究生 071010-生物化学与分子生物学
杨晨璇 博士研究生 071010-生物化学与分子生物学
鲁晴 硕士研究生 071010-生物化学与分子生物学
李云霞 博士研究生 071010-生物化学与分子生物学
王丁洁 硕士研究生 071010-生物化学与分子生物学
顾威 博士研究生 071010-生物化学与分子生物学
夏侯佐英 博士研究生 071001-植物学
付小刚 博士研究生 071001-植物学
安凯伦 硕士研究生 071001-植物学