本实验室综合转录组分析、活体成像、分子遗传学、数学建模等方法，研究植物器官发生，并应用于小麦穗型的分子设计。

研究领域

1. 叶片扁平化的建立机制：叶片是最基本的植物器官，通常是主要的光合作用场所。扁平宽大的形态有利于增大光合作用的面积，是常见的叶片特征。叶片的扁平化生长是伴随叶片发育过程逐渐形成的。本实验室的研究关注扁平化建立的调控机制，特别是植物激素生长素与生物力学在扁平化建立过程的作用。

 

2. 干细胞团的重建：叶片的基部（叶腋处）能够形成新的干细胞团和分生组织，称为侧生分生组织。侧生分生组织产生侧芽，使植物能够产生分枝。开花后侧生分生组织形成花序分枝。因此，侧生干细胞的活性是决定小麦等作物关键农艺性状穗数、穗粒数的重要因素。本实验室通过活体成像、转录谱分析、以及遗传分析研究侧生干细胞团重建的转录调控网络。

本实验室从事植物发育生物学和合成基因组学研究，欢迎本科生、硕博生、博士生加入！

071008-发育生物学
071007-遗传学
071021-生物信息学

植物发育生物学
合成生物学
植物基因组学

2003-09--2006-10   耶鲁大学   哲学博士
2001-09--2003-08   耶鲁大学   理学硕士
1997-09--2001-07   北京大学   理学学士

2010-11~今             中国科学院遗传与发育生物学研究所, 研究员

2006-11~2010-10   加州理工学院, 博士后

2020-01-01-2023-12-31,中国细胞学会青年工作委员会, 副主任
2020-01-01-2023-12-31,中国细胞学会植物器官发生分会, 会长
2020-01-01-2023-12-31,中国细胞学会信号转导分会, 委员
2018-07-01-今,Arabidopsis Biological Resource Center Advisory Committee, Member
2016-07-01-今,Multinational Arabidopsis Steering Committee, 中国代表
2015-12-31-2019-12-31,中国细胞学会植物器官发生分会, 副会长
2013-09-01-今,中国遗传学会发育遗传专业委员会, 委员
2013-09-01-今,中国遗传学会发育遗传专业委员会, 委员
2013-09-01-今,中国植物生理与植物分子生物学学会青年工作委员会, 委员
2013-01-01-今,国家植物基因研究中心（北京）, 项目科学家

遗传学实验
文献阅读
细胞全能性与再生
发育生物学
分子遗传学
遗传发育学系列讲座

   

（1） CSPB 杰出青年科学家奖, 其他, 2019
（2） 中国青年科技奖, 国家级, 2019
（3） 中源协和生命医学奖“创新突破奖”, 其他, 2018
（4） 中国科学院“****”终期评估优秀, 院级, 2015
（5） 益海嘉里优秀导师奖, 研究所（学校）, 2014
（6） SCOPE青年科学之星，生命科学组, 三等奖, 其他, 2013
（7） Nicholas Prize, , 研究所（学校）, 2006
（8） 国家优秀自费留学生奖, , 国家级, 2005

   

（1） Feedback from lateral organs controls shoot apical meristem growth by modulating auxin transport, Developmental Cell, 2018, 通讯作者
（2） AUXIN RESPONSE FACTOR3 regulates floral meristem determinacy by repressing cytokinin biosynthesis and signaling, Plant Cell, 2018, 第 9 作者
（3） Auxin and DORNRÖSCHEN joint force in the shoot apex., Science China Life sciences, 2018, 通讯作者
（4） Molecular mechanisms of leaf morphogenesis, Molecular Plant, 2018, 通讯作者
（5） Auxin and above-ground meristems., Journal of Experimental Botany, 2018, 通讯作者
（6） Axillary meristem initiation — a way to branch out., Current Opinion in Plant Biology, 2018, 通讯作者
（7） Mechanical regulation of organ asymmetry in leaves, Nature Plants, 2017, 通讯作者
（8） Transcriptome association identifies regulators of wheat spike architecture., Plant Physiology, 2017, 通讯作者
（9） Spatial auxin signaling controls leaf flattening in Arabidopsis., Current Biology, 2017, 通讯作者
（10） Single-cell transcriptome analysis reveals widespread monoallelic gene expression in individual rice mesophyll cells., Science Bulletin, 2017, 通讯作者
（11） Model for the role of auxin polar transport in patterning of the leaf adaxial-abaxial axis., Plant Journal, 2017, 第 6 作者
（12） Dynamic patterns of gene expression during leaf initiation., Journal of Genetics and Genomics, 2017, 通讯作者
（13） Cytokinin signaling activates WUSCHEL expression during axillary meristem initiation, Plant Cell, 2017, 通讯作者
（14） A two-step model for de novo activation of WUSCHEL during plant shoot regeneration, Plant Cell, 2017, 第 5 作者
（15） Transcriptome survey of the contribution of alternative splicing to proteome diversity in Arabidopsis thaliana., Molecular Plant, 2016, 通讯作者
（16） Two-step regulation of a meristematic cell population acting in shoot branching in Arabidopsis., PLoS Genetics, 2016, 通讯作者
（17） Meristem biology flourishes under Mt. Tai, Molecular Plant, 2016, 第 1 作者
（18） The molecular mechanism of ethylene-mediated root hair development induced by phosphate starvation, PLoS Genetics, 2016, 第 5 作者
（19） Trichome formation: Gibberellins on the move., Plant Physiology, 2016, 通讯作者
（20） Regulation of axillary meristem initiation by transcription factors and plant hormones., Frontiers in Plant Science, 2016, 通讯作者
（21） APETALA1 establishes determinate floral meristem through regulating cytokinins homeostasis in Arabidopsis., Plant Signaling and Behavior, 2015, 通讯作者
（22） A systems approach to understand shoot branching., Current Plant Biology, 2015, 通讯作者
（23） Cytokinin pathway mediates APETALA1 function in the establishment of determinate floral meristem in Arabidopsis., Proc. Natl Acad. Sci. USA, 2014, 通讯作者
（24） The stem cell niche in leaf axils is established by auxin and cytokinin in Arabidopsis., Plant Cell, 2014, 通讯作者
（25） An organ boundary-enriched gene regulatory network uncovers regulatory hierarchies underlying axillary meristem initiation., Molecular Systems Biology, 2014, 通讯作者
（26） Auxin depletion from leaf primordia contributes to organ patterning., Proc. Natl Acad. Sci. USA, 2014, 通讯作者
（27） Regulation of inflorescence architecture by cytokinins., Frontiers in Plant Science, 2014, 通讯作者
（28） AUXIN RESPONSE FACTOR 3 integrates the functions of AGAMOUS and APETALA2 in floral meristem determinacy., Plant Journal, 2014, 第 9 作者
（29） Suppression of photosynthetic gene expression in roots is required for sustained root growth under phosphate deficiency., Plant Physiology, 2014, 第 6 作者
（30） SKIP is a component of the spliceosome linking alternative splicing and the circadian clock in Arabidopsis., Plant Cell, 2012, 第 10 作者
（31） An AT-hook gene is required for palea formation and floral organ number control in rice., Developmental Biology, 2011, 第 10 作者
（32） Advances in plant cell type-specific genome-wide studies of gene expression., Frontiers in Biology, 2011, 通讯作者
（33） Cell-type specific analysis of translating RNAs in developing flowers reveals new levels of control., Molecular Systems Biology, 2010, 第 1 作者
（34） Arabidopsis regeneration from multiple tissues occurs via a root development pathway. , Developmental Cell, 2010, 第 2 作者
（35） A transcriptome atlas of rice cell types uncovers cellular, functional and developmental hierarchies. , Nature Genetics, 2009, 第 1 作者
（36） Transcriptome-wide analysis of uncapped mRNAs in Arabidopsis reveals regulation of mRNA degradation, Plant Cell, 2008, 通讯作者
（37） Light-regulated transcriptional networks in higher plants., Nature Reviews Genetics, 2007, 第 1 作者
（38） Global genome expression analysis of rice in response to drought and high-salinity stresses in shoot, flag leaf, and panicle., Plant Molecular Biology, 2007, 第 3 作者
（39） A genome-wide transcriptional activity survey of rice transposable element-related genes., Genome Biology, 2007, 第 1 作者
（40） Distinct reorganization of the genome transcription associates with organogenesis of somatic embryo, shoots, and roots in rice. , Plant Molecular Biology , 2007, 第 3 作者
（41） Conservation and divergence of light-regulated genome expression patterns during seedling development in rice and Arabidopsis. , Plant Cell, 2005, 第 1 作者
（42） A tiling microarray expression analysis of rice chromosome 4 suggests a chromosome-level regulation of transcription., Plant Cell, 2005, 第 1 作者
（43） A microarray analysis of the rice transcriptome and its comparison to Arabidopsis., Genome Research, 2005, 第 4 作者
（44） Organ-specific expression of Arabidopsis genome during development., Plant Physiology, 2005, 第 4 作者
（45） A genome-wide analysis of blue-light regulation of Arabidopsis transcription factor gene expression during seedling development., Plant Physiology, 2003, 第 1 作者

（1） Insights on plant development using NGS technologies., Caister Academic, 2014-01, 第 2 作者
（2） 聚焦基因, 人民教育出版社, 2018-01, 第 2 作者

   

（ 1 ） ****, 主持, 部委级, 2011-01--2013-12
（ 2 ） 拟南芥花发育早期细胞水平转录谱的研究, 主持, 国家级, 2012-01--2015-12
（ 3 ） 植物表观遗传调控及其在重要发育过程中的作用机制及结构基础研究, 主持, 国家级, 2012-01--2016-08
（ 4 ） 小麦高效性状分子模块系统解析, 主持, 部委级, 2013-08--2018-07
（ 5 ） 系统解析侧生分生组织形成的调控网络, 主持, 国家级, 2015-01--2019-12
（ 6 ） 叶片发育极性建成的调控网络研究, 主持, 国家级, 2014-01--2018-08
（ 7 ） 遗传学与生物信息学, 主持, 国家级, 2013-01--2015-12
（ 8 ） 万人计划青年拔尖人才, 主持, 国家级, 2015-01--2017-12
（ 9 ） 器官发育的遗传与生物力学调控, 主持, 国家级, 2019-01--2023-12
（ 10 ） 生长素对叶片形态建成的调控机理, 主持, 国家级, 2018-10--2021-09
（ 11 ） 侧生分生组织形成的细胞水平调控, 主持, 国家级, 2018-03--2021-02
（ 12 ） 英国皇家学会牛顿高级学者，Cellular-level regulation of axillary meristem formation, 主持, 研究所（学校）, 2018-03--2021-02
（ 13 ） 叶片三维形态的力学调控, 主持, 部委级, 2019-01--2023-12
（ 14 ） 中青年科技创新领军人才, 主持, 国家级, 2018-01--2020-12
（ 15 ） 植物人工染色体的设计与合成, 主持, 国家级, 2020-01--2024-12
（ 16 ） 单细胞多维组学分析技术, 参与, 部委级, 2019-11--2024-12

已指导学生

韩莹莹  博士研究生  071008-发育生物学  

王瑨  博士研究生  071008-发育生物学  

齐继艳  博士研究生  071008-发育生物学  

吴彬彬  博士研究生  071007-遗传学  

石碧海  博士研究生  071008-发育生物学  

于浩澎  博士研究生  99J3-生物信息学  

曹秀卫  博士研究生  071008-发育生物学  

叶佩仪  硕士研究生  071008-发育生物学  

现指导学生

王清清  博士研究生  071008-发育生物学  

徐梦雪  博士研究生  071008-发育生物学  

杜青伟  博士研究生  071008-发育生物学  

熊圆圆  博士研究生  071008-发育生物学  

刘中帅  博士研究生  071008-发育生物学  

王泓力  博士研究生  071008-发育生物学  

辛旭  博士研究生  071008-发育生物学  

郭亚鹤  博士研究生  071008-发育生物学  

刘子轩  博士研究生  071008-发育生物学  

陈卓然  博士研究生  071008-发育生物学  

孙媛媛  博士研究生  071008-发育生物学  

侯学仁  硕士研究生  071007-遗传学