鱼类分类，系统发育，基因组学，物种形成，比较基因组学，适应性演化

   

071004-水生生物学
071002-动物学

鱼类进化生物学
鱼类比较基因组学
鱼类生物信息学

2013-10--2014-10   多伦多大学   联合培养博士
2010-09--2015-06   中国科学院水生生物研究所   理学博士
2006-09--2010-06   安徽师范大学   理学学士

2015.09-2019.12 中国科学院水生生物研究所 助理研究员

2019.12-2022.12 中国科学院水生生物研究所 副研究员

2022.12-2024.12 中国科学院水生生物研究所 青年研究员

2023.12-2024.12 英国布里斯托大学 访问学者

2024.12至今 中国科学院水生生物研究所 研究员

2024-08-07-今,BMC Biology编辑,
2024-02-19-今,BMC Genomics编辑,

   

（1） 第三届“林浩然动物科学技术奖”杰出青年奖, , 其他, 2024
（2） 国家优秀青年科学基金, , 其他, 2024
（3） 2022年度湖北省“省直机关向上向善好青年”, 省级, 2022
（4） 中国科学院“特聘骨干岗位”, 其他, 2022
（5） 第二届中国动物学会长隆奖“启航奖”, 其他, 2021
（6） 2021年度中国科学院青年创新促进会会员, 部委级, 2021
（7） 2021年度中国科学院水生生物研究所“科研青年学者”, 研究所（学校）, 2021
（8） 2021年度湖北省“青年拔尖人才培养计划”, 省级, 2021
（9） 2020年度湖北省自然科学奖一等奖（排名4/4）, 一等奖, 省级, 2020
（10） 2020年度水生所突出学术贡献奖优秀创新奖（排名2/3）, , 研究所（学校）, 2020
（11） 2015年度中国科学院院长优秀奖, , 院级, 2015
（12） 2015年度国科大优秀毕业生, 研究所（学校）, 2015
（13） 2013年度“中国科学院武汉教育基地昌华奖学金暨武汉分院院长奖学金”优秀奖, 其他, 2013
（14） 2013年度博士研究生国家奖学金, 其他, 2013

[1] 陆苏祥, 甘小妮, 杨连东, 何舜平. 一种深海生物样品原位化学固定装置. CN: CN213397875U, 2021-06-08.

   

（1） Characterization of transcriptome changes in saline stress adaptation on Leuciscus merzbacheri using PacBio Iso-Seq and RNA-Seq, DNA Research, 2024, 第 9 作者  通讯作者
（2） Genomic insights into the seawater adaptation in Cyprinidae, BMC Biology, 2024, 第 15 作者  通讯作者
（3） The Role of Introgression During the Radiation of Endemic Fishes Adapted to Living at Extreme Altitudes in the Tibetan Plateau, Molecular Biology and Evolution, 2023, 第 18 作者  通讯作者
（4） Multi-omics Investigation of Freeze Tolerance in the Amur Sleeper, an Aquatic Ectothermic Vertebrate, Molecular Biology and Evolution, 2023, 第 11 作者  通讯作者
（5） Author Correction: Opah (Lampris megalopsis) genome sheds light on the evolution of aquatic endothermy(vol 41, page 26, year 2022), ZOOLOGICAL RESEARCH, 2023, 第 9 作者  通讯作者
（6） Stronger selective constraints on the mitochondrial genome in flying fishes, FRONTIERS IN MARINE SCIENCE, 2023, 第 9 作者  通讯作者
（7） Monsoon boosted radiation of the endemic East Asian carps, Monsoon boosted radiation of the endemic East Asian carps, SCIENCE CHINA-LIFE SCIENCES, 2023, 第 4 作者
（8） Enlarged fins of Tibetan catfish provide new evidence of adaptation to high plateau, Science China Life Sciences, 2023, 第 1 作者
（9） Chromosome-level genome assembly and whole-genome resequencing of topmouth culter (Culter alburnus) provide insights into the intraspecific variation of its semi-buoyant and adhesive eggs, Molecular Ecology Resources, 2023, 第 8 作者  通讯作者
（10） Phylogenomics of the Ancient and Species-Depauperate Gars Tracks 150 Million Years of Continental Fragmentation in the Northern Hemisphere, Systematic Biology, 2023, 第 2 作者  通讯作者
（11） Surviving under pressure, Elife, 2023, 第 2 作者  通讯作者
（12） Opah(Lampris megalopsis)genome sheds light on the evolution of aquatic endothermy, Opah (Lampris megalopsis) genome sheds light on the evolution of aquatic endothermy, ZOOLOGICAL RESEARCH, 2022, 第 9 作者  通讯作者
（13） Monsoon boosted radiation of the endemic East Asian carps, SCIENCE CHINA-LIFE SCIENCES, 2022, 第 4 作者
（14） Molecular Mechanisms of the Convergent Adaptation of Bathypelagic and Abyssopelagic Fishes, GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION, 2022, 第 6 作者  通讯作者
（15） Sympatric or micro-allopatric speciation in a glacial lake?Genomic islands support neither, Sympatric or micro-allopatric speciation in a glacial lake? Genomic islands support neither, NATIONAL SCIENCE REVIEW, 2022, 第 2 作者
（16） Genome of the butterfly hillstream loach provides insights into adaptations to torrential mountain stream life, MOLECULAR ECOLOGY RESOURCES, 2021, 第 12 作者  通讯作者
（17） Genomic Evidence for Convergent Molecular Adaptation in Electric Fishes, GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION, 2021, 第 2 作者  通讯作者
（18） Whole genome sequencing of silver carp (Hypophthalmichthys molitrix) and bighead carp (Hypophthalmichthys nobilis) provide novel insights into their evolution and speciation, MOLECULAR ECOLOGY RESOURCES, 2021, 第 2 作者
（19） Recent genome duplications facilitate the phenotypic diversity of Hb repertoire in the Cyprinidae, Recent genome duplications facilitate the phenotypic diversity of Hb repertoire in the Cyprinidae, SCIENCE CHINA-LIFE SCIENCES, 2021, 第 2 作者
（20） Tracing the genetic footprints of vertebrate landing in non-teleost ray-finned fishes, CELL, 2021, 第 3 作者
（21） African lungfish genome sheds light on the vertebrate water-to-land transition, CELL, 2021, 第 4 作者
（22） Transcriptome Analysis of Zebrafish Olfactory Epithelium Reveal Sexual Differences in Odorant Detection, GENES, 2020, 第 3 作者  通讯作者
（23） Transcriptome-Wide Patterns of the Genetic and Expression Variations in Two Sympatric Schizothoracine Fishes in a Tibetan Plateau Glacier Lake, GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION, 2020, 第 2 作者
（24） FishDB: an integrated functional genomics database for fishes, BMC GENOMICS, 2020, 第 1 作者
（25） Initial data release and announcement of the 10,000 Fish Genomes Project (Fish10K), GIGASCIENCE, 2020, 第 3 作者
（26） Analysis of Multiplicity of Hypoxia-Inducible Factors in the Evolution of Triplophysa Fish (Osteichthyes: Nemacheilinae) Reveals Hypoxic Environments Adaptation to Tibetan Plateau, FRONTIERS IN GENETICS, 2020, 第 7 作者  通讯作者
（27） Accelerated evolution and positive selection of rhodopsin in Tibetan loaches living in high altitude, INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES, 2020, 第 6 作者  通讯作者
（28） Bichirs employ similar genetic pathways for limb regeneration as are used in lungfish and salamanders, GENE, 2019, 第 2 作者
（29） A Chromosome-Scale Reference Assembly of a Tibetan Loach, Triplophysa siluroides, FRONTIERS IN GENETICS, 2019, 第 1 作者
（30） Comparative Genomics Reveals Accelerated Evolution of Fright Reaction Genes in Ostariophysan Fishes, FRONTIERS IN GENETICS, 2019, 第 1 作者
（31） Massive Loss of Olfactory Receptors But Not Trace Amine-Associated Receptors in the World���s Deepest-Living Fish ( Pseudoliparis swirei ), GENES, 2019, 第 4 作者  通讯作者
（32） Comparative iTRAQ proteomics revealed proteins associated with lobed fin regeneration in Bichirs, PROTEOME SCIENCE, 2019, 第 6 作者
（33） Morphology and genome of a snailfish from the mariana trench provide insights into deep-sea adaptation, NATURE ECOLOGY & EVOLUTION, 2019, 第 13 作者
（34） Expansion of vomeronasal receptor genes ( OlfC ) in the evolution of fright reaction in Ostariophysan fishes, COMMUNICATIONS BIOLOGY, 2019, 第 1 作者
（35） Phylogenomic Perspective on the Relationships and Evolutionary History of the Major Otocephalan Lineages, SCIENTIFIC REPORTS, 2018, 第 3 作者
（36） Comprehensive Transcriptome Analysis of Six Catfish Species from an Altitude Gradient Reveals Adaptive Evolution in Tibetan Fishes, G3-GENES GENOMES GENETICS, 2016, 第 4 作者
（37） Comprehensive Transcriptome Analysis of Six Catfish Species from an Altitude Gradient Reveals Adaptive Evolution in Tibetan Fishes, G3: GENES, 2016, 第 4 作者
（38） Mitogenomic perspectives on the origin of Tibetan loaches and their adaptation to high altitude, SCIENTIFIC REPORTS, 2016, 第 7 作者
（39） Both Male-Biased and Female-Biased Genes Evolve Faster in Fish Genomes, GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION, 2016, 第 1 作者
（40） Correlated Expression of Retrocopies and Parental Genes in Zebrafish, MOLECULAR GENETICS AND GENOMICS, 2016, 第 2 作者
（41） Phylogenomic analyses reveal a molecular signature linked to subterranean adaptation in rodents, BMC EVOLUTIONARY BIOLOGY, 2015, 第 2 作者
（42） Comprehensive Transcriptome Analysis Reveals Accelerated Genic Evolution in a Tibet Fish, Gymnodiptychus pachycheilus, GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION, 2015, 第 1 作者
（43） Bichir microRNA repertoire suggests a ray-finned fish affinity of Polypteriforme, GENE, 2015, 第 1 作者
（44） Evidence for Adaptation to the Tibetan Plateau Inferred from Tibetan Loach Transcriptomes, GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION, 2015, 第 2 作者
（45） Genome-wide identification and characterization of teleost-specific microRNAs within zebrafish, GENE, 2015, 第 1 作者
（46） Transcriptome analysis of the plateau fish (Triplophysa dalaica): Implications for adaptation to hypoxia in fishes, GENE, 2015, 第 2 作者
（47） A bioinformatics-based update on microRNAs and their targets in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss), GENE, 2014, 第 1 作者
（48） Genome-wide identification, characterization, and expression analysis of lineage-specific genes within zebrafish, BMC GENOMICS, 2013, 第 1 作者

   

（ 1 ） 鱼类多样性与进化, 负责人, 国家任务, 2025-01--2027-12
（ 2 ） 高原特有鱼类环境适应性机理研究, 负责人, 国家任务, 2024-01--2027-12
（ 3 ） 准噶尔雅罗鱼适应性分化的多组学整合研究, 负责人, 国家任务, 2022-01--2025-12
（ 4 ） 伊犁河谷水生生物和野生动物多样性及保护对策, 负责人, 国家任务, 2021-11--2024-11
（ 5 ） 东亚特有鲤科鱼类适应性进化研究, 负责人, 研究所自主部署, 2021-09--2022-08
（ 6 ） 东亚特有鲤科鱼类辐射分化的遗传基础, 负责人, 中国科学院计划, 2021-01--2023-07
（ 7 ） 中国科学院青年创新促进会会员, 负责人, 中国科学院计划, 2021-01--2024-12
（ 8 ） 青藏高原鱼类物种网状进化及高原适应的遗传基础：以高原鳅为例, 负责人, 国家任务, 2020-01--2023-12

已指导学生

李寒姝  硕士研究生  071002-动物学  

现指导学生

刘洋  硕士研究生  071002-动物学  

郑玲玲  硕士研究生  071002-动物学