0710Z2-计算生物学
086000-生物与医药

计算生物学-计算生物学与生物信息，基因组学与碱基编辑前沿新技术；人工智能生物信息学
生物与医药-计算生物学与生物信息，基因组学与碱基编辑前沿新技术；人工智能生物信息学

1998-09--2004-03   中科院上海生科院   研究生／博士学位

   

2011-08~现在, 中科院上海生科院, 研究员／课题组长
2010-10~2011-07,中科院上海生科院, 研究员／处长
2007-01~2010-09,康涅狄格大学－美国, 博士后
2004-07~2006-12,耶鲁大学－美国, 博士后
1998-09~2004-03,中科院上海生科院, 研究生／博士学位

2018-12-01-今,WIRES RNA编辑委员,
2017-01-01-今,iScience期刊编委会成员,
2015-09-01-今,上海科技大学特聘教授,
2015-06-30-今,中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心核心骨干,
2014-01-01-今,中国科学院上海生命科学研究院学术委员会委员,

环状RNA与调控
生物信息学
生物信息与算法

   

（1） 2018年评2014年度邹承鲁杰出研究论文奖, 专项, 2018
（2） 2017年第3批国家“万人计划”科技创新领军人才, , 部委级, 2017
（3） 2017年中国科学院优秀导师, , 院级, 2017
（4） 2017年“中国科学院特聘研究员”计划特聘骨干人才, 院级, 2017
（5） 2016年中国科学院“****”终期评估优秀, , 院级, 2016
（6） 2015年科技部中青年科技创新领军人才, 部委级, 2015
（7） 2015年中国科学院优秀导师奖, 院级, 2015
（8） 2015年中国科学院大学－BHPB导师科研奖, 院级, 2015
（9） 2014年明治生命科学奖“优秀奖”, 其他, 2014
（10） 2012年中科院“****”, 院级, 2012
（11） 2012年人力资源和社会保障部留学人员科技活动项目择优资助, 部委级, 2012
（12） 2011年上海市“浦江人才计划”, 省级, 2011

（ 1 ） 一种新型 RNA 环化表达载体的构建及其应用, 2015, 第 1 作者, 专利号: 201510100793.9

（ 2 ） RNA核滞留载体的构建及应用, 2014, 第 2 作者, 专利号: 201410165883.1

（ 3 ） 一种测定待测基因组区域表达水平的方法及系统, 2014, 第 1 作者, 专利号: 201410096063.1

（ 4 ） 一种利用基因组编辑技术实现原位激活基因 的表达方法及其应用, 2014, 第 2 作者, 专利号: 201410051873.5

（ 5 ） 一种内含子来源环形RNA分子及其成环关键核酸序列的应用, 2013, 第 2 作者, 专利号: 201310398809.X

（ 6 ） 人胆固醇酯合成酶-1b及其编码序列, 2007, 第 3 作者, 专利号: ZL200310109368.3

   

（1） Screening for functional circular RNAs using the CRISPR-Cas13 system, Nat Methods, 2021, 通讯作者
（2） Eliminating genome-wide and transcriptome-wide off-target mutations by base editor, Nat Cell Biol, 2021, 通讯作者
（3） Cas12a base editors induce efficient and specific editing with low DNA damage response, Cell Rep, 2020, 通讯作者
（4） Structure and Degradation of Circular RNAs Regulate PKR Activation in Innate Immunity, Cell, 2019, 通讯作者
（5） Development and Application of Base Editors, CRISPR J, 2019, 通讯作者
（6） To BE or not to BE, that is the question, Nat Biotechnol, 2019, 通讯作者
（7） Genome-wide screening of NEAT1 regulators reveals cross-regulation between paraspeckles and mitochondria, Nat Cell Biol, 2018, 通讯作者
（8） CIRCpedia v2: An Updated Database for Comprehensive Circular RNA Annotation and Expression Comparison, Genomics Proteomics Bioinformatics, 2018, 通讯作者
（9） Efficient base editing in methylated regions with a human APOBEC3A-Cas9 fusion, Nat Biotechnol, 2018, 通讯作者
（10） FSP1-positive fibroblasts are adipogenic niche and regulate adipose homeostasis, PLoS Biol, 2018, 其他（合作组作者）
（11） The Biogenesis, Functions, and Challenges of Circular RNAs, Mol Cell, 2018, 通讯作者
（12） Base editing with a cpf1-cytidine deaminase fusion., Nat Biotechnol, 2018, 通讯作者
（13） N6-Methyladenosines Modulate A-to-I RNA Editing, Mol Cell, 2018, 通讯作者
（14） APOBEC3 induces mutations during repair of CRISPR–Cas9-generated DNA breaks, Nat Struct Mol Biol, 2018, 通讯作者
（15） The Output of Protein-Coding Genes Shifts to Circular RNAs When the Pre-mRNA Processing Machinery Is Limiting, Mol Cell, 2017, 其他（合作组作者）
（16） Enhancing the RNA engineering toolkit., Science, 2017, 通讯作者
（17） Enhanced base editing by co-expression of free uracil DNA glycosylase inhibitor, Cell Res, 2017, 通讯作者
（18） Multifaceted roles of complementary sequences on circRNA formation, Quantitative Biology, 2017, 通讯作者
（19） The Diversity of Long Noncoding RNAs and Their Generation, Trends Genet,, 2017, 通讯作者
（20） Coordinated circRNA Biogenesis and Function with NF90/NF110 in Viral Infection, Mol Cell, 2017, 通讯作者
（21） SLERT Regulates DDX21 Rings Associated with Pol I Transcription, Cell, 2017, 其他（合作组作者）
（22） ALUternative Regulation for Gene Expression, Trends Cell Biol, 2017, 通讯作者
（23） RNA-binding protein SAMD4 regulates skeleton development through translational inhibition of Mig6 expression, Cell Disc, 2017, 其他（合作组作者）
（24） Increased complexity of circRNA expression during species evolution, RNA Biol, 2017, 通讯作者
（25） CircRNA-derived pseudogenes, Cell Res, 2016, 通讯作者
（26） The Biogenesis of nascent circular RNAs, Cell Rep, 2016, 通讯作者
（27） Parthenogenetic haploid embryonic stem cells efficiently support mouse generation by oocyte injection, Cell Res, 2016, 其他（合作组作者）
（28） Diverse alternative back-splicing and alternative splicing landscape of circular RNAs, Genome Res, 2016, 通讯作者
（29） RNA Structure Switches RBP Binding, Mol Cell, 2016, 通讯作者
（30） Unusual Processing Generates SPA LncRNAs that Sequester Multiple RNA Binding Proteins, Mol Cell, 2016, 其他（合作组作者）
（31） Splicing noncoding RNAs from the inside out, WIRES RNA, 2015, 通讯作者
（32） CRISPR-Cas9-Mediated Genetic Screening in Mice with Haploid Embryonic Stem Cells Carrying a Guide RNA Library, Cell Stem Cell, 2015, 通讯作者
（33） Gear up in circles, Mol Cell, 2015, 通讯作者
（34） Regulation of circRNA biogenesis, RNA Biol, 2015, 通讯作者
（35） ADAR1 is required for differentiation and neural induction by regulating microRNA processing in a catalytically independent manner, Cell Res, 2015, 通讯作者
（36） Microexons go big, Cell, 2014, 通讯作者
（37） Complementary sequence-mediated exon circularization, Cell, 2014, 通讯作者
（38） Species-specific alternative splicing leads to unique expression of sno-lncRN, BMC Genomics, 2014, 通讯作者
（39） Circular intronic long noncoding RNAs, Mol Cell, 2013, 通讯作者
（40） Prediction of constitutive A-to-I editing sites from human transcriptomes in the absence of genomic sequences, BMC Genomics, 2013, 通讯作者

Fractionation of Non-polyadenylated and Ribosomal-Free RNAs from Mammalian Cells, Springer International Publishing AG, 2014-09, 第 3 作者
Characterization of circular RNAs, Springer International Publishing AG, 2016-01, 第 2 作者
Genome-Wide Annotation of circRNAs and Their Alternative Back-Splicing/Splicing with CIRCexplorer Pipeline, Methods Mol Biol, 2018-12, 第 4 作者

   

（ 1 ） 转录组水平RNA编辑的全景分析及功能研究, 负责人, 国家任务, 2013-01--2016-12
（ 2 ） 肿瘤代谢异常的关键蛋白质作用机制及其分子调控网络, 参与, 国家任务, 2014-01--2018-12
（ 3 ） 特殊结构新型长非编码RNA的系统发掘、进化表达及潜在功能研究, 负责人, 国家任务, 2015-01--2018-12
（ 4 ） 长非编码RNA的亚细胞定位差异表达及其潜在功能分析, 负责人, 国家任务, 2016-01--2018-12
（ 5 ） 环形RNA计算系统生物学研究, 负责人, 国家任务, 2018-01--2022-12
（ 6 ） 万人计划领军人才, 负责人, 国家任务, 2018-01--2020-12

（1）Genome editing pinpoints single bases   2018-10-11
（2）Harness unintended nucleic acid mutation to targeted base editing   2018-09-06
（3）Genome-wide profiling of non-polyadenylated RNAs   2018-09-04
（4） Harness unintended nucleic acid mutation to targeted base editing   2018-08-03
（5）The fifth Genomics Frontiers Symposium   2018-07-05
（6）Computational strategies for circRNA analyses   第10届全国核糖核酸大会   2018-06-08
（7）Genome-wide characterization of circRNAs   2018-04-12
（8） N6-methyladenosines modulate A-to-I RNA editing   2018-02-07
（9）N6-methyladenosines modulate A-to-I RNA editing   2017-11-10
（10）Splicing noncoding RNAs from the inside out   2017-11-01
（11）ALUternative regulation for circular RNA expression and function   2017-10-19
（12）ALUternative regulation for circular RNA expression and function   2017-10-12
（13）Genome-wide characterization of circRNAs from back-splicing   2017-08-10
（14）Alternative back-splicing landscape of circRNAs   2017-02-09
（15）Genome-wide characterization of circular RNAs   2016-01-25
（16）Alternative splicing landscape of circular RNAs   2015-11-08
（17）Genome-wide characterization of new type of long noncoding RNAs   2015-10-18
（18）Biogenesis of circular RNAs   2014-11-28
（19）Complementary sequence-mediated exon circularization   2014-11-25
（20）Complementary sequence-mediated exon circularization   2014-11-10
（21）Complementary sequence-mediated exon circularization   2014-08-01