基本信息

张竹青  女  教授 博导 

生命科学学院
电子邮件: zhuqingzhang@ucas.ac.cn
通信地址: 北京市玉泉路19号(甲)
邮政编码: 100049

研究领域

主要研究方向为生物大分子构象变化相关的计算机模拟工作,包括蛋白质折叠,别构机制,固有无序蛋白质的结构特征和功能关系。蛋白质体系相分离的机制。

招生信息

招生专业
071023-计算生物学
071011-生物物理学
招生方向
生物大分子计算机模拟

教育背景

2000-09--2005-06   中科院化学所   博士

工作经历

2005-2007 北京大学,化学与分子工程学院,理论生物中心,博士后
2008-2011 多伦多大学,医学院生物化学系,博士后
2011.6-现在 中国科学院大学,生命科学学院, 副教授、教授

教授课程

天然产物新药开发(助教)
生物化学
细胞的物理生物学
纳米生物学
高级生物化学(助教)
计算生物学讨论课(助教)
现代药物分析
计算生物学
生物单分子技术
文献阅读课

出版信息

代表性论文:

1. Shaofeng Liao, Yujun Zhang, Yifei Qi*, Zhuqing Zhang*. Evaluation of sequences-based predictors for phase separating protein. Brief Bioinform. 2023: 24(4):bbad213.

2. Xiaoquan Chu, Tanlin Sun, Qian Li, Youjun Xu, Zhuqing Zhang*, Luhua Lai*, Jianfeng Pei*Prediction of liquid-liquid phase separating proteins using machine learning. BMC Bioinformatics. 2022:23(1):72 [Highly Cited Papers, 2023]

3. Xi Wang, Xiang Zhou, Qinglin Yan, Shaofeng Liao, Wenqin Tang, Peiyu Xu, Yangzhenyu Gao, Qian Li, Zhihui Dou, Weishan Yang, Beifang Huang, Jinhong Li, Zhuqing Zhang*. LLPSDB v2.0: an updated database of proteins undergoing liquid-liquid phase separation in vitroBioinformatics. 2022:38(7):2010-2014 (equal contribution)

4. Qian Li, Xiaojun Peng, Yuanqing Li, Wenqin Tang, Jia'an Zhu, Jing Huang, Yifei Qi and Zhuqing Zhang*. LLPSDB: a database of proteins undergoing liquid–liquid phase separation in vitro. Nucleic Acids Res. 2020:48:D320-327 (equal contribution) [ F1000Prime: https://f1000.com/prime/736585742]

5. Likun Zhao, Luhua Lai*, Zhuqing Zhang*. How calcium ion binding induces the conformational transition of the calmodulin N-terminal domain-an atomic level characterization. Phys Chem Chem Phys. 2019,21;19795-19804. [2019 PCCP HOT ARTICLE]

6.Yanhua Ouyang, Likun Zhao, Zhuqing Zhang*. Characterization of the structural ensembles of p53 TAD2 by molecular dynamics simulations with different force fields. Phys Chem Chem Phys. 2018,20:8676-8684.

7. Jie Hu, Tao Chen, Moye Wang, Hue Sun Chan*, Zhuqing Zhang*. A critical comparison of coarse-grained structure-based approaches and atomic models of protein folding. Phys Chem Chem Phys. 2017,19:13629-13639. [2017 PCCP HOT ARTICLE]

8. Zhuqing Zhang*, Yanhua Ouyang, Tao Chen. Influences of heterogeneous native contact energy and many-body interactions on the prediction of protein folding mechanisms. Phys Chem Chem Phys. 2016,18:31304-31311

9. Zhuqing Zhang, and Hue Sun Chan*. Transition paths, diffusive processes, and preequilibria of protein folding.  Proc Natl Acad Sci U S A. 2012,109:20919-20924

10. Hue Sun Chan*, Zhuqing Zhang, Stefan Wallin and Zhirong Liu. Native Topology, Local-Nonlocal Coupling, and Nonnative Interactions: Principles of Protein Folding from Coarse-Grained Models. Annu Rew Phys Chem. 2011,62:301-332

11. Zhuqing Zhang, and Hue Sun Chan*. Competition between Native Topology and Nonnative Interactions in Simple and Complex Folding Kinetics of Natural and Designed Proteins. Proc Natl Acad Sci U S A. 2010,107:2920-2925

12.  Zhuqing Zhang, Hao Chen, Luhua Lai*. Identification of amyloid fibril-forming segments based on structure and residue-based statistical potential. Bioinformatics. 2007,23:2218-2225

13. Zhuqing Zhang, Hao Chen, Hongjun Bai, Luhua Lai*. Molecular dynamics simulations on the oligomer formation process of the GNNQQNY peptide from yeast prion protein Sup35. Biophys J. 2007,93;1484-1492


科研活动

   

指导学生

已指导学生

王漠野  硕士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

胡杰  硕士研究生  085238-生物工程  

欧阳艳华  硕士研究生  085238-生物工程  

赵礼坤  硕士研究生  085238-生物工程  

李倩  硕士研究生  085238-生物工程  

现指导学生

王茜  硕士研究生  071011-生物物理学  

廖绍峰  硕士研究生  086000-生物与医药  

闫庆琳  硕士研究生  086000-生物与医药  

李旺书  硕士研究生  071011-生物物理学  

张钰君  硕士研究生  086000-生物与医药