张治华研究员的团队主要通过计算系统生物学的方法，结合最新的实验技术研究基因调控网络在疾病（肿瘤）和发育条件下的结构和功能。我们研究组目前正在三个具体的领域做如下的一些工作: 

        基因调控网络的微演化。我们关注在肿瘤的发生，肿瘤异质性形成和发展，肿瘤的转移等过程中，细胞基因调控网络的拓扑和网络动力学是如何在突变的作用下发生变化的，这些变化又是如何进一步影响肿瘤在体内的演化的。我们期望从网络动力学演化的角度，开发出新的计算方法鉴别在上述过程中起关键作用的遗传或者表观遗传学变异。 

        基因调控元件的远程相互作用。我们关注的问题包括: a)在这个复杂的相互作用网络中，如何预测一个特定的调控元件的特异性目标基因; b)如何通过这个调控网络的特征来预测基因的时空表达模式; c)如何理解染色质纤维在细胞核内的空间结构的形成以及它在基因调控网络功能之间的关系。 

        基因调控远程相互作用网络中的非编码RNA(ncRNA)。我们重点关注增强子关联的长非编码RNA, 它们的形成，调控和演化模式。我们期望开发新的计算方法去预测特定增强子的关联长非编码RNA表达和它的目标基因

热忱欢迎对生物信息学，计算生物学研究饱含兴趣及热情的具有相关专业背景的同学们报考。

0710J3-生物信息学
0710Z2-计算生物学
0710Z1-基因组学

计算系统生物学
大数据与人工智能
三维基因组学

2002-09--2006-05   中科院生物物理所   理学博士

博士研究生

理学博士

   

2011-10~现在, 中国科学院北京基因组研究所, 研究员
2010-03~2011-09,University of Texas at Dallas, 博士后
2009-03~2010-03,Cold Spring Harbor Laboratory, 博士后
2006-08~2009-03,Unversity of Michigan, Ann Arbor, 博士后

2019-05-01-今,中国人工智能学会(CAAI)，生物信息学专业委员会, 常务委员
2019-04-01-今,中国工业与应用数学学会(CSIAM)，数学生命科学专业委员会, 常务委员
2016-04-01-今,《生物化学与生物物理进展》第七届编委会编委, 编委
2011-12-31-今,Genomics, Proteomics & Bioinformatics 编委, 编委
-今,

基因组学前沿和精准医学
基因组学概述
人群队列大数据研究基础与R实战
计算基因组学
遗传流行病学
表观基因组学
机器学习初步
生物信息学和计算生物学

30学时 授课对象：研究生

4学时 授课对象：研究生

863课题“长非编码RNA的系统识别与鉴定关键技术研发”；
973课题“肿瘤异质性的转录组与蛋白质组研究”。

研究组承担的863课题的参加单位有中国科学院生物物理研究所、中国科学院动物研究所、中国科学院计算技术研究所、中国人民解放军第二军医大学、北京大学、清华大学。
我组参与的973课题是与中国医学科学院肿瘤研究所进行合作研究的。

已指导学生

张轶群  硕士研究生  071021-生物信息学  

俞丽佳  硕士研究生  071021-生物信息学  

云霄霄  硕士研究生  0710J3-生物信息学  

夏莉莉  硕士研究生  0710J3-生物信息学  

唐碧霞  博士研究生  0710J3-生物信息学  

张辉  博士研究生  0710J3-生物信息学  

刘聪  博士研究生  0710J3-生物信息学  

李小丽  博士研究生  0710J3-生物信息学  

徐炳祥  博士研究生  0710J3-生物信息学  

李笑  硕士研究生  0710J3-生物信息学  

安子扬  硕士研究生  085238-生物工程  

现指导学生

张潇  博士研究生  0710J3-生物信息学  

高晓萌  硕士研究生  0710Z1-基因组学  

王丹阳  博士研究生  0710J3-生物信息学  

李子健  硕士研究生  0710J3-生物信息学