基本信息
张余  男  博导  中国科学院分子植物科学卓越创新中心
电子邮件: yzhang@cemps.ac.cn
通信地址: 上海市徐汇区枫林路300号
邮政编码:

研究领域

      基因组中的遗传信息得以表达,需要RNA聚合酶进行转录。以DNA为模板合成RNA的转录过程不仅是基因表达第一步,还是基因表达的主要调控步骤。因此对RNA聚合酶分子机器结构、运行机理以及调控机制的研究能够回答基因表达精密调控的基础生物学问题。同时细菌之间RNA聚合酶非常保守,而细菌与人RNA聚合酶保守性较差,因此细菌RNA聚合酶是抗细菌药物的优良靶点,现有两类靶向细菌RNA聚合酶的临床使用抗生素--利福平(Rifamycins)与非达酶素(Fidaxomicin)。

      本课题组围绕单亚基和多亚基的RNAP 分子机器为中心,探索转录的调控机制,同时以细菌的RNA聚合酶为靶点,开发新型的抗生素,本课题组结合生物化学、结构生物学以及微生物学等手段研究以下几方面内容:

1.      细菌RNA聚合酶转录起始分子机制

2.      转录起始因子调控细菌转录分子机制

3.      细菌转录与DNA修复关联的分子机制研究

4.      细菌RNA聚合酶转录终止分子机制

5.      新型RNA聚合酶转录调控蛋白的挖掘以及机制研究

6.      以细菌RNA聚合酶为靶点的新型抗生素发现


招生信息

本实验室欢迎具有分子生物学、生物化学、结构生物学或者微生物学的本科生报考。

招生专业
071005-微生物学
招生方向
转录以及转录调控的结构生物学研究
噬菌体与细菌相互作用
天然产物合成途径关键酶的解析

教育背景

2004-09--2009-07   中国科学院上海药物研究所   博士研究生
2000-09--2004-07   上海复旦大学   学士

工作经历

   
工作简历
2009-10~2015-06,Howard Hughes Medical Institute, Rutgers University, Research Associate

专利与奖励

   
专利成果
( 1 ) Bipartite inhibitors of bacterial RNA polymerase: Sal-target inhibitor/nucleoside-analog-inhibitor conjugates, 发明, 2014, 第 3 作者, 专利号: US 2014/0162940 A1
( 2 ) Bipartite inhibitors of bacterial RNA polymerase, 发明, 2014, 第 3 作者, 专利号: US 2014/0206602 A1

出版信息

   
发表论文
(1) Crystal structures and biochemical analyses of the bacterial arginine dihydrolase ArgZ suggests a “bond rotation” catalytic mechanism., Journal of Biological Chemistry, 2020, 通讯作者
(2) RNA extension drives a stepwise displacement of an initiation-factor structural module in initial transcription, PNAS, 2020, 通讯作者
(3) Crl activates transcription by stabilizing active conformation of the master stress transcription initiation factor, eLife, 2019, 通讯作者
(4) Structural basis for transcription initiation by bacterial ECF σ factors, Nature Communications, 2019, 通讯作者
(5) Structures and mechanism of transcription initiation by bacterial ECF factors, Nucleic Acids Research, 2019, 通讯作者
(6) Structural basis for transcription antitermination at bacterial intrinsic terminator, Nature Communications, 2019, 通讯作者
(7) Structural basis of σ appropriation, Nucleic Acid Research, 2019, 其他(合作组作者)
(8) Structural basis of Q-dependent transcription antitermination, Nature Communications, 2019, 其他(合作组作者)
(9) Structural insights into the unique mechanism of transcription activation by Caulobacter crescentus GcrA, Nucleic Acids Research, 2018, 通讯作者
(10) CapZyme-Seq Comprehensively Defines PromoterSequence Determinants for RNA 50 Capping with NAD+, Molecular Cell, 2018, 其他(合作组作者)
(11) Cyclic AMP inhibits the activity and promotes the acetylation of acetyl-CoA synthetase through competitive binding to the ATP/AMP pocket., Journal of Biological Chemistry, 2017, 通讯作者
(12) Antibacterial nucleoside-analog inhibitor of bacterial RNA polymerase: pseudouridimycin, Cell, 2017, 第 1 作者
(13) The mechanism of RNA 5' capping with NAD+, NADH, and desphospho-CoA, Nature, 2016, 第 1 作者
(14) Multiplexed protein-DNA cross-linking: Scrunching in transcription start site selection, Science, 2016, 第 1 作者
(15) GE23077 binds to the RNA polymerase “I” and “I+1” sites and prevents the binding of initiating nucleotides, eLife, 2014, 第 1 作者
(16) Structural basis of transcription initiation, Science, 2012, 第 1 作者

指导学生

现指导学生

李玲婷  博士研究生  071005-微生物学  

申立强  博士研究生  071005-微生物学  

武霄仙  博士研究生  071005-微生物学  

方城力  博士研究生  071005-微生物学  

尤琳琳  博士研究生  071005-微生物学  

董尚志  博士研究生  071005-微生物学  

黄坤  硕士研究生  071005-微生物学  

俞承志  博士研究生  071005-微生物学  

李国强  博士研究生  071005-微生物学  

何定伟  博士研究生  071005-微生物学  

曾媛  博士研究生  071005-微生物学  

谷战西  硕士研究生  071005-微生物学