基本信息
钟思林  男    中国科学院华南植物园
电子邮件: szhong@scbg.ac.cn
通信地址: 广州市天河区兴科路723号 中国科学院华南植物园
邮政编码:

研究领域

我们实验室主要研究的生物学问题是果实发育成熟和叶片光合作用。研究方法是用多组学大数据从全基因组的角度研究转录调控的机制。

近期我们发现DNA甲基化是除了转录因子和乙烯之外控制番茄成熟的重要因子。通过比较基因组学对比11种果实的基因表达,染色质开合,核小体修饰,DNA甲基化图谱,我们发现开花植物用了三种方式进化出呼吸跃变果实,其关键基因都受到保守的H3K27me3控制,并且可以追溯到 拟南芥水稻等干果里面。这说明在进化过程中,番茄香蕉等水果不仅继承并改进了其祖先被子植物的基因,还沿用了它们的 表观遗传标记来控制成熟。

我们通过大规模转录因子ChIP-seq来比较不同植物叶片的基因调控网路。高粱,玉米,谷子,甘蔗等植物进化出一套高效的​碳4光合通路。和果实成熟类似,C4光合也是趋同进化的产物。所以我们通过功能基因组学和生物信息学等多层面研究C4基因的调控机制,并利用比较基因组学研究C4进化的途径。通过大规模转录因子ChIP-Seq和ATAC-Seq,我们成功重构了玉米叶片转录调控的网路,发现其具有scale-free特性,节点关联符合power law分布。

招生信息

The Zhong lab focuses on functional genomics. For PhD/Ms applicants, we recuit highly motivated individuals who process good molecular biology skill, good team working spirit and ideally have experience with monocot or fruits. He/she must be highly motivated to do challenging experiments in this very competitive field. Experience in NGS and bioinformatics is not required. We will provide training to perform sequencing experiments such as RNA-Seq, ChIP-Seq, ChIP-exo, ATAC-Seq, Hi-C, ChIA-PET etc.


招生专业
0710Z1-基因组学
071010-生物化学与分子生物学
071007-遗传学
招生方向
果实发育
碳4光合作用
转录调控,表观遗传学,生物信息学

教育背景

2002-09--2008-08   University of Nottingham   Plant Sciences MSc&PhD
1998-08--2012-06   吉林大学   生物化学本科

出版信息

   
发表论文
(1) Tissue‐specific Hi‐C analyses of rice, foxtail millet and maize suggest non‐canonical function of plant chromatin domains, Journal of Integrative Plant Biology, 2020, 通讯作者
(2) Reconstructing the maize leaf regulatory network using ChIP-seq data of 104 transcription factors, Nature Communications, 2020, 通讯作者
(3) Plant and animal chromatin three-dimensional organization: similar structures but different functions, Journal of Experiemental Botany, 2020, 通讯作者
(4) Diversity and redundancy of the ripening regulatory networks revealed by the fruitENCODE and the new CRISPR/Cas9 CNR and NOR mutants, Horticulture research, 2019, 通讯作者
(5) Genome encode analyses reveal the basis of convergent evolution of fleshy fruit ripening, Nature Plants, 2018, 通讯作者
(6) 3D chromatin architecture of large plant genomes determined by local A/B compartments, Molecular plant, 2017, 通讯作者
(7) Single-base resolution methylomes of tomato fruit development reveal epigenome modifications associated with ripening, Nature Biotechnology, 2013, 通讯作者