基本信息
徐健 男 博导 青岛生物能源与过程研究所
电子邮件:xujian@qibebt.ac.cn
通信地址:青岛市松岭路189号
邮政编码:266101
网 址:http://www.single-cell.cn   http://www.qibebt.cas.cn/

研究重点

研究方向:
 中国科学院青岛生物能源与过程所研究员、所长助理、生物能源部主任、单细胞中心主任、功能基因组团队负责人;山东省能源生物遗传资源重点实验室主任。1997年北京大学生物技术学士,2003年华盛顿大学计算机科学硕士和生物化学博士。2004-08年于华盛顿大学遗传学系和基因组研究院任基因型组装和分析团队负责人。2008年入选中科院百人计划并全职加入中科院青岛生物能源与过程所。任mSystemsAlgal ResearchAppl Env Microbiol等编委。获首届中组部万人计划青年拔尖人才计划2012)、科技部中青年科技创新领军人才推进计划(2013)、国家杰出青年基金(2014)、中国青年科技奖(2015)、中源协和生命医学创新突破奖(2016)、“徐健科技领军人才工作室”(山东省科技厅;2016)等荣誉。论文发表于ScienceCell Host MicrobeNature Commu.Plant CellPLoS BiologyPLoS GeneticsPNASISME J90余篇,被引近8000次。单细胞中心由来自功能基因组学、合成生物学、微流控科学和生物信息学等学科背景的60余位工作人员和研究生组成。我们主要通过研制单细胞分析仪器系列(Single-Cell Analysis Instrument SeriesSAIS)与微生物组数据科学/人工智能工具,探讨微生物组检测与修复人体亚健康的原理 ,设计与组装功能性的微生物组。同时我们是工业微藻合成生物学领域的开拓者之一,以微拟球藻为模式,开发以阳光、海水和二氧化碳驱动的高值油脂定制化生产技术,服务于生物燃料和精准营养。

招生信息

   
招生专业
071010-生物化学与分子生物学
招生方向
系统生物学,功能基因组

教育背景

1997-09--2003-06 华盛顿大学(圣路易斯) 博士学位
1993-09--1997-06 北京大学 学士学位

工作经历

   
工作简历
2008-06--今 中国科学院青岛生物能源与过程研究所 研究员,博士生导师,功能基因组团队负责人,生物资源中心主任
2004-07--2008-05 华盛顿大学基因组测序中心 “序列组装和分析”研究小组创建人和负责人
2003-07--2004-06 华盛顿大学基因组科学中心 博士后

专利与奖励

   
奖励信息
(1) 国家杰出青年基金(2014),国家级,2014
(2) 2013年中科院百篇优秀博士论文(作为导师),院级级,2013
(3) 科技部中青年科技创新领军人才推进计划(2013),部委级,2013
(4) 首届中组部万人计划青年拔尖人才计划(2012),部委级,2012

出版信息

   
发表论文
(1) Biosynthesis of Triacylglycerol Molecules with Tailored PUFA Profile in Industrial Microalgae., Molecular Plant, 2019, 通讯作者
(2) Knockdown of carbonate anhydrase elevates Nannochloropsis productivity at high CO2 level., Metabolic Engineering, 2019, 通讯作者
(3) Optimized methods of choromatin immunoprecipitation for profiling histone modifications in industrial microalgae Nannochloropsis spp., Journal of Phycology, 2018, 通讯作者
(4) Raman-activated cell sorting and metagenomic sequencing revealing carbon-fixing bacteria in the ocean, Environ Microbiol, 2018, 通讯作者
(5) RNAi-based targeted gene-knockdown in the model oleaginous microalgae Nannochloropsis oceanica., The Plant Journal, 2017, 通讯作者
(6) Metabolic-activity based assessment of antimicrobial effects by D2O-labeled Single-Cell Raman Microspectroscopy., Anal. Chem., 2017, 通讯作者
(7) Producing Designer Oils in Industrial Microalgae by Rational Modulation of Co-evolving Type-2 Diacylglycerol Acyltransferases, Molecular Plant, 2017, 通讯作者
(8) Label-free, simultaneous quantification of starch, protein and triacylglycerol in single microalgal cells, Biotechnology for Biofuels, 2017, 通讯作者
(9) Raman-Activated Droplet Sorting (RADS) for Label-Free High-Throughput Screening of Microalgal Single-Cells, Analytical Chemistry, 2017, 通讯作者
(10) Microbiota-based Signature of Gingivitis Treatments: A Randomized Study, Sci Rep, 2016, 通讯作者
(11) Cetylpyridinium chloride mouth rinses alleviate experimental gingivitis by inhibiting dental plaque maturation, International Journal of Oral Science, 2016, 通讯作者
(12) Genome editing of model oleaginous microalgae Nannochloropsis spp. by CRISPR/Cas9, The Plant Journal, 2016, 通讯作者
(13) Label-free, rapid and quantitative phenotyping of stress response in E. coli via ramanome., Sci Rep, 2016, 通讯作者
(14) Reverse and mualtiple stable isotope probing to study bacterial metabolism and interactions at the single cell level., Anal. Chem., 2016, 通讯作者
(15) Prediction of Early Childhood Caries Via Spatial-Temporal Variations of Oral Microbiota., Cell Host & Microbe, 2015, 通讯作者
(16) Phytohormones in Microalgae: A New Opportunity for Microalgal Biotechnology?, Trends in Plant Science, 2015, 通讯作者
(17) Molecular Mechanisms for Photosynthetic Carbon Partitioning into Storage Neutral Lipids in Nannochloropsis Oceanica under Nitrogen-Depletion Conditions., Algal Research, 2015, 通讯作者
(18) Cellulosome Stoichiometry in Clostridium Cellulolyticum Is Regulated by Selective Rna Processing and Stabilization. , Nat Commun , 2015, 通讯作者
(19) Oral Microbial Structure Predicts Gingivitis Susceptibility and Severity., ISME J , 2014, 通讯作者
(20) Nannochloropsis Genomes Reveal Evolution of Microalgal Oleaginous Traits., PLoS Genet, 2014, 通讯作者
(21) Choreography of transcriptomes and lipidomes of Nannochloropsis reveals the mechanisms of oil synthesis in microalgae. , Plant Cell, 2014, 通讯作者
(22) Genome-wide identification of transcription factors and transcription-factor binding sites in oleaginous microalgae Nannochloropsis, Sci Rep, 2014, 通讯作者
(23) Raman Activated Cell Ejection for Isolation of Single Cells., Anal Chem , 2013, 通讯作者
(24) Nannochloropsis Plastid and Mitochondrial Phylogenomes Reveal Organelle Diversification Mechanism and Intragenus Phylotyping Strategy in Microalgae. , BMC Genomics , 2013, 通讯作者
(25) Structure and Regulation of the Cellulose Degradome in Clostridium Cellulolyticum. , Biotechnol Biofuels , 2013, 通讯作者
(26) Dissecting and Engineering Metabolic and Regulatory Networks of Thermophilic Bacteria for Biofuel Production., Biotechnol Adv, 2013, 第 2 作者
(27) Microevolution from Shock to Adaptation Revealed Strategies Improving Ethanol Tolerance and Production in Thermoanaerobacter. , Biotechnol Biofuels , 2013, 通讯作者
(28) Saliva Microbiomes Distinguish Caries-Active from Healthy Human Populations., ISME J , 2012, 通讯作者
(29) Establishing Oleaginous Microalgae Research Models for Consolidated Bioprocessing of Solar Energy. , Adv Biochem Eng Biotechnol , 2012, 第 4 作者
(30) The Thermoanaerobacter Glycobiome Reveals Mechanisms of Pentose and Hexose Co-Utilization in Bacteria., PLoS Genet , 2011, 通讯作者
(31) Evolution of Symbiotic Bacteria in the Distal Human Intestine. , PLoS Biol, 2007, 第 1 作者
(32) Inaugural Article: Honor Thy Symbionts, Proc Natl Acad Sci USA, 2003, 第 1 作者
(33) A genomic view of the human-Bacteroides thetaiotaomicron symbiosis, Science, 2003, 第 1 作者

科研活动

   

指导学生

已指导学生

林璐  博士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

李敬  博士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

黄冉冉  博士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

魏力  博士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

辛一  博士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

加晶  博士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

何曰辉  硕士研究生  085238-生物工程  

胡建强  硕士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

现指导学生

滕琳  博士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

黄适  博士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

王险  硕士研究生  081703-生物化工  

王勤涛  博士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

张鹏  博士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

何曰辉  博士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

苏晓泉  博士研究生  071005-微生物学