基本信息

肖景发  男  博导  研究员 中国科学院北京基因组研究所
电子邮件: xiaojingfa@big.ac.cn
通信地址: 北京市朝阳区北辰西路1号院104号楼
邮政编码: 100101

研究领域

基因组学和生物信息学


招生信息

招收生物信息学、计算机科学、数学和生物学等相关专业背景考生

招生专业
071021-生物信息学
招生方向
生命与健康大数据整合和挖掘

教育背景

1998-09--2003-07   吉林大学   博士学位
1991-09--1995-07   四川大学生物系   学士学位

工作经历

   
工作简历
2012-05~现在, 中国科学院北京基因组研究所, 研究员
2007-02~2012-05,中国科学院北京基因组研究所, 副研究员
2005-11~2007-02,美国犹他大学, 博士后
2003-07~2005-08,协和医科大学药物研究所, 博士后
1995-07~1998-08,沈阳第一制药厂, 助理工程师
社会兼职
2018-01-01-今,科技资源导刊, 编委
2017-10-01-今,全国生物技术标准化技术委员会生物计量和质量控制分技术委员会, 委员
2016-03-19-2017-12-31,Frontiers in Plant Science, 副主编
2013-08-31-今,遗传学会基因组学专业委员会, 委员
2013-02-28-今,PLoS One 杂志, 学术编委
2012-05-01-今,Genomics, Proteomics and Bioinformatics, 学术编委
2012-04-30-今,Frontiers in Plant Science, 学术编委
2011-09-01-今,运筹学会系统生物学分会, 理事

教授课程

生命组学
大数据科学
生物信息学前沿讲座
基因组信息系统与实践
基因组学前沿
基因组学前沿讲座
基因组学
基因组学和生物技术前沿讲座
基因组学实用技术讲座

专利与奖励

   
奖励信息
   
专利成果
( 1 ) 编码蛋白质DNA序列并行比对软件, 发明, 2012, 第 2 作者, 专利号: 2012SR041110
( 2 ) RNA data anotation pipeline software 软件著作权, 发明, 2012, 第 2 作者, 专利号: 2012SR013930
( 3 ) 泛基因组自动化分析软件计算机软件著作权, 发明, 2013, 第 2 作者, 专利号: 2013SR053017
( 4 ) 人类转录组注释系统软件著作权, 发明, 2013, 第 2 作者, 专利号: 2013SR058058
( 5 ) 虚拟中国人动态基因组数据库系统软件著作权, 发明, 2014, 第 1 作者, 专利号: 2014SR113149
( 6 ) 大规模基因组数据泛基因组特征分析软件, 发明, 2014, 第 2 作者, 专利号: 2014SR113147
( 7 ) 基于RNA重亚硫酸盐测序数据的快速比对和注释软件, 发明, 2016, 第 2 作者, 专利号: 2017SR093096
( 8 ) 基于核心基因组结构框架的原核生物拼接软件, 发明, 2017, 第 2 作者, 专利号: 2017SR714259
( 9 ) 哺乳动物转录组数据库, 发明, 2017, 第 1 作者, 专利号: 2017SR714249

出版信息

   
发表论文
(1) PGAP-X: Extension on pan-genome analysis pipeline, BMC Genomics, 2018, 通讯作者
(2) Database Resources of the BIG Data Center in 2018, Nucleic Acids Research, 2018, 通讯作者
(3) MTD: A mammalian transcriptomic database to explore gene expression regulation, Briefings in Bioinformatics, 2017, 通讯作者
(4) Transcriptome Analysis Reveals Dynamic Changes in Coxsackievirus A16 Infected HEK 293T Cells, BMC Genomics, 2017, 通讯作者
(5) MethBank 3.0: a database of DNA methylomes across a variety of species, Nucleic Acids Research, 2017, 第 8 作者
(6) GAAP: Genome-organization-framework-Assisted Assembly Pipeline for the Prokaryotic Genome, BMC Genomics, 2017, 通讯作者
(7) The BIG Data Center: from deposition to integration to translation, Nucleic Acids Research, 2017, 通讯作者
(8) Comparative genomics analysis of Streptomyces species reveals their adaptation to the marine environment and their diversity at the genomic level, Frontiers in Microbiology, 2016, 通讯作者
(9) Pangenome evidence for higher codon usage bias and stronger translational selection in core genes, Frontiers in Microbiology, 2016, 第 2 作者
(10) S-RNA: a novel mapping and annotation tool for RNA bisulfite sequencing data, computational biology and chemistry, 2016, 通讯作者
(11) A Brief Review of Online Software Packages for Pangenomics, Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 2015, 通讯作者
(12) Improvement of genome completeness and identification of novel full-length transcripts by RNA-seq in giant panda, Scientific Reports, 2015, 通讯作者
(13) The complete chloroplast genome provides insight into the evolution and polymorphism of Panax ginseng, Frontiers in Plant Science, 2015, 通讯作者
(14) PanGP: A tool for quick analyzing bacterial pan-genome profile, Bioinformatics, 2014, 通讯作者
(15) VCGDB: a dynamic genome database of Chinese population, BMC genomics, 2014, 通讯作者
(16)  Cassava Genome from a Wild Ancestor to Cultivated Varieties, Nature Communications, 2014, 第 3 作者
(17) Identification of Human HK Genes and Gene Expression Regulation Study in Cancer from Trancsriptomics Data Analysis, PLoS one, 2013, 第 2 作者
(18) Pan-genome provides insights into genome variation and evolution in Salmonella Paratyphi A, PLoS one, 2013, 通讯作者
(19) WikiCell: a unified resource platform for human transcriptomics research, OMICS: A Journal of Integrative Biology, 2012, 通讯作者
(20) An Integrated Analysis of Lineage-specific Small Proteins across Eight Eukaryotes Reveals Functional and Evolutionary Significance, Progress in Biochemistry and Biophysics, 2012, 通讯作者
(21) Comparative genomic analysis of Streptococcus suis reveals significant genomic diversity among different serotypes, BMC Genomics, 2011, 通讯作者
(22) Complete Genome Sequence of Streptococcus suis serotype 3 Strain JS3, Journal of Bacteriology, 2011, 通讯作者
(23) Coevolution Study of Mitochondria Respiratory Chain Proteins: Toward the Understanding of Protein-Protein Interaction, Journal of Genetics and Genomics, 2011, 通讯作者
(24) Complete Genome Sequence of Streptococcus suis serotype 14 Strain JS14, Journal of Bacteriology, 2011, 通讯作者
(25) Homology Modeling and Molecular Dynamics Simulation Studies of Human Type 1 3?-Hydroxysteroid Dehydrogenase: Toward the Understanding of Cofactor Specificity, journal of computational chemistry, 2011, 通讯作者
发表著作
(1) 基因组学核心实验方法, Genomics:essential methods, 科学出版社, 2012-03, 第 3 作者
(2) 第二代测序信息处理, next-generation DNA sequencing informatics, 科学出版社, 2014-06, 第 2 作者
(3) 基因组学与精准医学, Genomics and Precision Medicine, 上海交通大学出版社, 2017-12, 第 3 作者

科研活动

   
科研项目
( 1 ) 生物信息技术共享、转化研究平台建设, 主持, 国家级, 2012-01--2015-12
( 2 ) 基于RNA-seq策略研究天然反义转录本的调控机制, 主持, 国家级, 2013-01--2016-12
( 3 ) 南海部分海区重要微生物类群基因组多样性初步研究, 主持, 部委级, 2013-01--2015-12
( 4 ) 基于深度测序和Hi-C方法对染色体层次上基因表达调控机制的研究, 主持, 国家级, 2015-01--2018-12
( 5 ) 中科院人群队列建立及精准医学研究, 主持, 部委级, 2015-10--2018-12
( 6 ) 精准医疗和个性化药物应用示范, 主持, 国家级, 2016-06--2020-12
( 7 ) 疾病研究精准医学知识库构建, 参与, 国家级, 2016-06--2020-12
( 8 ) 中国人群多组学参比数据库与分析系统建设, 参与, 国家级, 2017-06--2020-12
( 9 ) 微生物泛基因组信息深度挖掘新方法研究, 主持, 国家级, 2018-01--2021-12
( 10 ) 精准医疗大数据管理平台与应用示范, 主持, 国家级, 2017-01--2019-12
参与会议
(1)De novo assembly of a northern Chinese genome.   Zhenglin Du, Na Yuan, Jingyao Zeng, Shuo Shi, Hongzhu Qu, Lili Dong, Jingfa Xiao   2018-04-08
(2)CAS precision medicine initiative   2018-03-26
(3)PGAP-X: Extension on pan-genome analysis pipeline   2017-09-20
(4)The BIG Data Center’s database resources: towards precision medicine   2017-03-29
(5)MTD: a mammalian transcriptomic database to explore gene expression and regulation   Shengxin, Jiayan Wu, Jun Yu, Jingfa Xiao   2016-10-03
(6)VCGDB: a dynamic genome database of the Chinese population   97. Yunchao Ling, Jiayan Wu, Jun Yu,    2015-04-23
(7)The complexity of mammalian transcriptomes and need for a pan-mammalian transcriptome project   JiayanWu, Lina Ma, Jingfa Xiao, Zhang Zhang, Xumin Wang, Shuangxiu Wu, Yu Kang, Songnian Hu, Jun Yu   2014-10-06
(8)Gene expression analysis of induced pluripotent stem cells from aneuploid chromosomal syndromes   Ruosi Zhang, Lili Hao, Lingping Wang, Meili Chen, Wen Li, M Esteban, Jun Yu,   2013-09-20
(9)General flow for high plant organelle genome sequence assembling and analysis    第六期木薯生物技术与功能基因组学研讨会   Yongbing Zhao, Jingfa Xiao.    2012-10-26
(10)Human cancer signatures in gene expression   Meili Chen, Jiayan Wu, Jingfa Xiao   2011-09-08
(11)Interrogating Transcriptome   第七届国际生物信息学研讨会   Jiang Zhu,Fuhong He, Jiayan Wu, Jingfa Xiao, Jun Yu   2009-06-18

指导学生

已指导学生

张再超  硕士研究生  071021-生物信息学  

孙世翔  硕士研究生  071021-生物信息学  

苏明明  硕士研究生  071021-生物信息学  

杨俊辉  硕士研究生  071021-生物信息学  

杨婷婷  硕士研究生  085211-计算机技术  

方皖  硕士研究生  085238-生物工程  

李雪  硕士研究生  085211-计算机技术  

盛欣  博士研究生  0710J3-生物信息学  

高晨  硕士研究生  0710J3-生物信息学  

现指导学生

王金月  博士研究生  0710J3-生物信息学  

路明明  硕士研究生  0710J3-生物信息学  

张亚东  博士研究生  0710J3-生物信息学  

潘梦宇  硕士研究生  0710J3-生物信息学  

张莉娟  硕士研究生  0710Z1-基因组学  

姜美叶  硕士研究生  0710J3-生物信息学  

王琪  硕士研究生  0710J3-生物信息学  

张好  硕士研究生  085211-计算机技术  

时硕  博士研究生  0710J3-生物信息学