基本信息
张友明  男  博导  中国科学院深圳先进技术研究院
电子邮件: ym.zhang1@siat.ac.cn
通信地址: 深圳市南山区西丽深圳大学城学苑大道1068号中国科学院深圳先进技术研究院
邮政编码: 518055

研究领域

合成生物学,分子及细胞生物学,生物化学与分子生物学,生物化学,分子生物学,微生物学

招生信息

   
招生专业
071010-生物化学与分子生物学
071005-微生物学
招生方向
细胞分子生物学,生物化学及分子生物学,生物化学

教育背景

1990-05--1994-12   德国海德堡大学   博士研究生
1985-09--1988-07   北京协和医学院 (中国医学科学院)   硕士研究生
1981-09--1985-07   厦门大学   本科

工作经历

   
工作简历
2021-04~现在, 中国科学院深圳理工大学 合成生物学院, 工程生物学系系主任
2013-04~现在, 山东大学 微生物技术国家重点实验室, 院长/主任
2000-07~2013-03,德国Gene Bridges GmbH, 首席科技官
1998-07~2000-06,欧洲分子生物学实验室EMBL, long-term fellowship
1997-01~1998-06,欧洲分子生物学实验室EMBL, 博士后
1995-01~1996-12,德国海德堡大学 医学院, 博士后
1988-09~1990-04,中国医学科学院 基础医学研究所, 助研

专利与奖励

   
奖励信息
(1) 德国国家工程院院士(acatech), 其他, 2020
(2) 爱思唯尔中国高被引学者, 其他, 2020
(3) 自然科学奖, 二等奖, 部委级, 2019
(4) 宝钢优秀教师奖, 其他, 2019
(5) 山东大学优秀教师奖, 研究所(学校), 2019
(6) 爱思唯尔中国高被引学者, 其他, 2019
(7) 欧洲科学院院士(Academia Europaea), 其他, 2019
(8) 爱思唯尔中国高被引学者, 其他, 2018
专利成果
( 1 ) 一株异源表达组蛋白去乙酰化酶抑制剂的工程菌株及其应用, 发明, 2020, 第 1 作者, 专利号: ZL201710813845.6
( 2 ) 一组伯克氏菌同源重组酶及其表达载体与应用, 发明, 2020, 第 1 作者, 专利号: CN201710685563.2
( 3 ) 基因组大片段直接克隆和DNA多分子组装新技术, 发明, 2020, 第 1 作者, 专利号: ZL 201710177676.1
( 4 ) 创新霉素生物合成基因簇及其应用, 发明, 2020, 第 2 作者, 专利号: ZL201710146841.7
( 5 ) 一种大肠杆菌的发酵培养方法及其在饲料添加剂中的应用, 发明, 2020, 第 2 作者, 专利号: ZL 201711327131.0
( 6 ) 荧光假单胞菌突变菌株的筛选方法及其在生物防治中的应用, 发明, 2019, 第 1 作者, 专利号: ZL 201710256234.6
( 7 ) 一株产脂肪酶工程菌其构建方法和应用, 发明, 2019, 第 2 作者, 专利号: ZL 201810571727.3

出版信息

   
发表论文
(1) Genomics-Driven Activation of Silent Biosynthetic Gene Clusters in Burkholderia gladioli by Screening Recombineering System, MOLECULES, 2021, 通讯作者
(2) Engineering and Elucidation of the Lipoinitiation Process in Nonribosomal Peptide Biosynthesis, Nature Communications, 2021, 通讯作者
(3) Rational construction of genome-reduced Burkholderiales chassis facilitates efficient heterologous production of natural products from proteobacteria, Nature Communications, 2021, 通讯作者
(4) Establishment of recombineering genome editing system in Paraburkholderia megapolitana empowers activation of silent biosynthetic gene clusters, Microbial Biotechnol, 2020, 通讯作者
(5) RedEx: a method for seamless DNA insertion and deletion in large multimodular polyketide synthase gene clusters, Nucleic Acids Res, 2020, 通讯作者
(6) Natural Products from Mammalian Gut Microbiota, Trends Biotechnol, 2019, 通讯作者
(7) Biosynthesis and Heterologous Production of Vioprolides: Rational Biosynthetic Engineering and Unprecedented 4-Methylazetidinecarboxylic Acid Formation, Angew Chem Int Ed Engl, 2018, 通讯作者
(8) Discovery of recombinases enables genome mining of cryptic biosynthetic gene clusters in Burkholderiales species, Proc Natl Acad Sci U S A, 2018, 通讯作者
(9) ExoCET: exonuclease in vitro assembly combined with RecET recombination for highly efficient direct DNA cloning from complex genomes, Nucleic Acids Res, 2018, 通讯作者
(10) An Engineered Virus Library as a Resource for the Spectrum-wide Exploration of Virus and Vector Diversity, Cell Rep, 2017, 通讯作者
(11) RecET direct cloning and Redαβ recombineering of biosynthetic gene clusters, large operons or single genes for heterologous expression, Nature Protocols, 2016, 通讯作者
(12) A new recombineering system for Photorhabdus and Xenorhabdus, Nucleic Acids Res, 2015, 通讯作者
(13) Two more pieces of the colibactin genotoxin puzzle from Escherichia coli show incorporation of an unusual 1-aminocyclopropanecarboxylic acid moiety, Chem Sci, 2015, 通讯作者
(14) Biosynthesis of magnetic nanostructures in a foreign organism by transfer of bacterial magnetosome gene transfer, Nature Nanotechnology, 2014, 通讯作者
(15) Improved seamless mutagenesis by recombineering using ccdB for counterselection, Nucleic Acids Res, 2014, 通讯作者
(16) Full-length RecE enhances linear-linear homologous recombination and facilitates direct cloning for bioprospecting, Nature Biotechnology, 2012, 通讯作者
(17) High-efficiency counterselection recombineering for site-directed mutagenesis in bacterial artificial chromosomes, Nature Methods, 2011, 第 6 作者
(18) Efficient transfer of two large secondary metabolite pathway gene clusters into heterologous hosts by transposition, Nucleic Acids Res, 2008, 通讯作者
(19) TransgeneOmics: a high-throughput method for exploration of protein function in mammals, Nature Methods, 2008, 第 10 作者
(20) A recombineering pipeline for functional genomics applied to Caenorhabditis elegans, Nature Methods, 2006, 第 6 作者
(21) Engineering of mouse genome with bacterial artificial chromosomes to create multipurpose alleles, Nature Biotechnol, 2003, 第 2 作者
(22) RecE/RecT and Red/Red initiate double stranded break repair by specifically interacting with their respective partners, Genes Dev, 2000, 第 2 作者
(23) DNA cloning by homologous recombination in Escherichia coli, Nature Biotechnol, 2000, 第 1 作者
(24) Rapid modification of bacterial artificial chromosomes by ET-recombination, Nucleic Acids Res, 1999, 第 2 作者
(25) A new logic for DNA engineering using recombination in Escherichia coli, Nature Genetics, 1998, 第 1 作者
(26) Thrombomodulin modulates growth of tumor cells independent of its anticoagulant activity, J Clin Invest, 1998, 第 1 作者
(27) Intravenous somatic gene transfer with antisense-tissue factor reduces tumor necrosis factor induced tissue factor expression and fibrin formation on the endothelial cells of mouse Meth-A sarcomas, J Clin Invest, 1996, 第 1 作者
(28) Tissue factor controls the balance of angiogenic and antiangiogenic properties of tumor cells in mice, J Clin Invest, 1994, 第 1 作者
(29) The endogenous oestrogen metabolite 2-methoxyoestradiol inhibits angiogenesis and suppresses tumour growth, Nature, 1994, 第 2 作者

科研活动

   
科研项目
( 1 ) 非天然噬菌体的设计合成, 主持, 国家级, 2020-01--2024-12
( 2 ) 类异戊二烯脂肪代谢免疫调控机制机器在传染性疾病治疗中的应用探索研究, 主持, 省级, 2020-01--2022-12
( 3 ) 利用Red/ET DNA重组工程改造2蛋白酶体抑制剂syrbactins生物合成途径开发抗肿瘤药物, 主持, 国家级, 2017-01--2020-12
( 4 ) 微生物基因组工程学科创新引智基地(国家外专局基地项目), 主持, 国家级, 2016-01--2020-12
( 5 ) 药物微生物技术和应用国际合作中心, 主持, 国家级, 2019-01--2020-12