基本信息
刘长宁  男  博导  中国科学院西双版纳热带植物园
电子邮件: liuchangning@xtbg.ac.cn
通信地址: 云南省西双版纳州勐腊县勐仑镇中科院植物园科研中心
邮政编码: 666303
部门/实验室:热带植物可持续利用重点实验室

研究领域

   

招生信息

   
招生专业
071001-植物学
招生方向
非编码RNA基因, 生物复杂网络

教育背景

2006-06--2007-01   哈佛大学Dana Farber癌症研究所   访问学生
2002-09--2007-07   中国科学院计算技术研究所   博士
1996-09--2000-07   武汉大学   学士
学历
   
学位
   

工作经历

   
工作简历
2014-11~现在, 中国科学院西双版纳热带植物园, 研究员
2011-01~2013-01,德克萨斯大学达拉斯分校, 访问学者
2010-10~2014-10,中国科学院计算技术研究所, 副研究员
2007-07~2010-09,中国科学院计算技术研究所, 助理研究员
2006-06~2007-01,哈佛大学Dana Farber癌症研究所, 访问学生
2002-09~2007-07,中国科学院计算技术研究所, 博士
1996-09~2000-07,武汉大学, 学士
社会兼职
2019-04-30-今,Scientific Reports, Editorial Board, Editorial Board Member
2013-05-01-今,中科院数学、计算机与生命科学交叉研究青年论坛, 组委会成员
2011-06-01-今,中国科学院青年创新促进会, 会员
2010-10-01-今,Asia Pacific Bioinformatics Network , 会员

教授课程

生物信息学

专利与奖励

   
奖励信息
(1) 中国科学院卢嘉锡青年人才奖, , 院级, 2008
(2) 中国科学院院长优秀奖学金, , 院级, 2007
(3) 中国科学院计算技术研究所所长奖学金, , 研究所(学校), 2006
(4) 中国科学院研究生院优秀研究生奖学金, , 院级, 2003
专利成果
   

出版信息

   
发表论文
(1) CRISPRlnc: a manually curated database of validated sgRNAs for lncRNAs, Nucleic Acids Research, 2019, 第 11 作者
(2) Regulatory roles of long non-coding RNAs implicated in cancer hallmarks, International Journal of Cancer, 2019, 第 11 作者
(3) Coding or noncoding, the converging concepts of RNAs, Frontiers in Genetics, 2019, 第 11 作者
(4) Identification of Cancer-Related Long Non-Coding RNAs Using XGBoost With High Accuracy, Frontiers in Genetics, 2019, 第 11 作者
(5) Genome-wide identification, phylogeny, and expression analysis of the SBP-box gene family in Euphorbiaceae, BMC Genomics, 2019, 第 11 作者
(6) JCDB: a comprehensive knowledge base for Jatropha curcas, an emerging model for woody energy plants, BMC Genomics, 2019, 第 11 作者
(7) ZFLNC: a comprehensive and well-annotated database for zebrafish lncRNA, Database, 2018, 第 11 作者
(8) Genome-wide Identification, Characterization and Expression Profiling of the Legume BZR Transcription Factor Gene Family, Frontiers in Plant Science, 2018, 第 11 作者
(9) Comparative chloroplast genomes of Paris Sect. Marmorata: insights into repeat regions and evolution implications, BMC Genomics, 2018, 第 11 作者
(10) CRlncRNA: a manually curated database of cancer-related long non-coding RNAs with experimental proof of functions on clinicopathological and molecular features, BMC Medical Genomics, 2018, 第 11 作者
(11) CRlncRC: a novel machine learning method for cancer-related long noncoding RNA identification based on integrated features, BMC Medical Genomics, 2018, 第 11 作者
(12) Comprehensive analysis of coding-lncRNA gene co-expression network uncovers conserved functional lncRNAs in zebrafish, BMC Genomics, 2018, 第 11 作者
(13) Genome-Wide Screening and Characterization of the Dof Gene Family in Physic Nut (Jatropha curcas L.), International Journal of Molecular Sciences, 2018, 第 11 作者
(14) Comparison of the Prognostic Utility of the Diverse Molecular Data among lncRNA, DNA Methylation, microRNA, and mRNA across Five Human Cancers, PLoS One, 2015, 第 3 作者
(15) Prioritization of Cancer-Related Genomic Variants by SNP Association Network, Cancer Informatics, 2015, 第 1 作者
(16) Long Non-Coding Rnas and Complex Human Diseases, Int J Mol Sci, 2013, 第 11 作者
(17) CloudLCA: finding the lowest common ancestor in metagenome analysis using cloud computing, Protein Cell, 2012, 第 3 作者
(18) Large-Scale Prediction of Long Non-Coding Rna Functions in a Coding-Non-Coding Gene Co-Expression Network, Nucleic Acids Res, 2011, 第 2 作者
(19) Ncfans: A Web Server for Functional Annotation of Long Non-Coding Rnas, Nucleic Acids Res, 2011, 第 11 作者
(20) Exploring Hierarchical and Overlapping Modular Structure in the Yeast Protein Interaction Network, BMC Genomics, 2010, 第 1 作者
(21) Clustered Micrornas Coordination in Regulating Protein Protein Interaction Network, BMC Syst Biol, 2009, 第 2 作者
(22) Noncode V2.0: Decoding the Non-Coding, Nucleic Acids Res, 2008, 第 2 作者
(23) Microrna Regulation of Messenger-Like Noncoding Rnas, Trends Genet, 2008, 第 3 作者
(24) Microrna-Encoding Long Non-Coding Rnas, BMC Genomics, 2008, 第 3 作者
(25) Dynamic Changes in Subgraph Preference Profiles of Crucial Transcription Factors, PLoS Comput Biol, 2006, 第 2 作者
(26) Noncode: An Integrated Knowledge Database of Non-Coding Rnas, Nucleic Acids Res, 2005, 第 1 作者
发表著作
( 1 ) 生物信息学计算技术和软件导论, 科学出版社, 2017-01, 第 5 作者

科研活动

   
科研项目
( 1 ) 长非编码 RNA 数据库及应用软件平台的构建, 主持, 国家级, 2014-01--2016-12
( 2 ) 基于多组学数据整合的肿瘤相关长非编码 RNA 优化筛选和调控机, 主持, 国家级, 2015-01--2018-12
( 3 ) 人类-线虫超保守长非编码 RNA 的系统发现及其在线虫发育调控, 主持, 国家级, 2015-01--2017-12
( 4 ) 滇重楼功能基因组应用研究, 主持, 省级, 2016-01--2020-12
( 5 ) 小桐子花发育相关非编码RNA (miRNA/lncRNA) 的系统发现及功能和机制研究, 主持, 国家级, 2020-01--2023-12
参与会议
(1)Comparative chloroplast genomes of Paris Sect. Marmorata: insights into repeat regions and evolution implications   第29届国际基因组信息大会   2018-12-01
(2)CRlncRNA: a manually curated database of cancer-related long non-coding RNAs with experimental proof of functions on clinicopathological and molecular features   第29届国际基因组信息大会   2018-12-01
(3)CRlncRC: a novel machine learning method for cancer-related long noncoding RNA identification based on integrated features   第29届国际基因组信息大会   2018-12-01
(4)Comprehensive analysis of coding-lncRNA gene co-expression network uncovers conserved functional lncRNAs in zebrafish   第16届亚太生物信息学国际会议   2018-01-01
(5)Exploring Hierarchical and Overlapping Modular Structure in the Yeast Protein Interaction Network   第9届国际生物信息学大会   2010-10-10

合作情况

   
项目协作单位
   

指导学生