基本信息
刘长宁  男  博导  中国科学院西双版纳热带植物园
电子邮件: liuchangning@xtbg.ac.cn
通信地址: 云南省西双版纳州勐腊县勐仑镇中科院植物园科研中心
邮政编码: 666303

招生信息

   
招生专业
071001-植物学
招生方向
非编码RNA基因, 生物复杂网络

教育背景

2006-06--2007-01   哈佛大学Dana Farber癌症研究所   访问学生
2002-09--2007-07   中国科学院计算技术研究所   博士
1996-09--2000-07   武汉大学   学士

工作经历

   
工作简历
2014-11~现在, 中国科学院西双版纳热带植物园, 研究员
2011-01~2013-01,德克萨斯大学达拉斯分校, 访问学者
2010-10~2014-10,中国科学院计算技术研究所, 副研究员
2007-07~2010-09,中国科学院计算技术研究所, 助理研究员
2006-06~2007-01,哈佛大学Dana Farber癌症研究所, 访问学生
2002-09~2007-07,中国科学院计算技术研究所, 博士
1996-09~2000-07,武汉大学, 学士
社会兼职
2019-04-30-今,Scientific Reports, Editorial Board, Editorial Board Member
2013-05-01-今,中科院数学、计算机与生命科学交叉研究青年论坛, 组委会成员
2011-06-01-今,中国科学院青年创新促进会, 会员
2010-10-01-今,Asia Pacific Bioinformatics Network , 会员

教授课程

生物信息学

专利与奖励

   
奖励信息
(1) 中国科学院卢嘉锡青年人才奖, , 院级, 2008
(2) 中国科学院院长优秀奖学金, , 院级, 2007
(3) 中国科学院计算技术研究所所长奖学金, , 研究所(学校), 2006
(4) 中国科学院研究生院优秀研究生奖学金, , 院级, 2003

出版信息

   
发表论文
(1) CRISPRlnc: a manually curated database of validated sgRNAs for lncRNAs, Nucleic Acids Research, 2019, 通讯作者
(2) Regulatory roles of long non-coding RNAs implicated in cancer hallmarks, International Journal of Cancer, 2019, 通讯作者
(3) Coding or noncoding, the converging concepts of RNAs, Frontiers in Genetics, 2019, 通讯作者
(4) Identification of Cancer-Related Long Non-Coding RNAs Using XGBoost With High Accuracy, Frontiers in Genetics, 2019, 通讯作者
(5) Genome-wide identification, phylogeny, and expression analysis of the SBP-box gene family in Euphorbiaceae, BMC Genomics, 2019, 通讯作者
(6) JCDB: a comprehensive knowledge base for Jatropha curcas, an emerging model for woody energy plants, BMC Genomics, 2019, 通讯作者
(7) ZFLNC: a comprehensive and well-annotated database for zebrafish lncRNA, Database, 2018, 通讯作者
(8) Genome-wide Identification, Characterization and Expression Profiling of the Legume BZR Transcription Factor Gene Family, Frontiers in Plant Science, 2018, 通讯作者
(9) Comparative chloroplast genomes of Paris Sect. Marmorata: insights into repeat regions and evolution implications, BMC Genomics, 2018, 通讯作者
(10) CRlncRNA: a manually curated database of cancer-related long non-coding RNAs with experimental proof of functions on clinicopathological and molecular features, BMC Medical Genomics, 2018, 通讯作者
(11) CRlncRC: a novel machine learning method for cancer-related long noncoding RNA identification based on integrated features, BMC Medical Genomics, 2018, 通讯作者
(12) Comprehensive analysis of coding-lncRNA gene co-expression network uncovers conserved functional lncRNAs in zebrafish, BMC Genomics, 2018, 通讯作者
(13) Genome-Wide Screening and Characterization of the Dof Gene Family in Physic Nut (Jatropha curcas L.), International Journal of Molecular Sciences, 2018, 通讯作者
(14) Comparison of the Prognostic Utility of the Diverse Molecular Data among lncRNA, DNA Methylation, microRNA, and mRNA across Five Human Cancers, PLoS One, 2015, 第 3 作者
(15) Prioritization of Cancer-Related Genomic Variants by SNP Association Network, Cancer Informatics, 2015, 第 1 作者
(16) Long Non-Coding Rnas and Complex Human Diseases, Int J Mol Sci, 2013, 通讯作者
(17) CloudLCA: finding the lowest common ancestor in metagenome analysis using cloud computing, Protein Cell, 2012, 第 3 作者
(18) Large-Scale Prediction of Long Non-Coding Rna Functions in a Coding-Non-Coding Gene Co-Expression Network, Nucleic Acids Res, 2011, 第 2 作者
(19) Ncfans: A Web Server for Functional Annotation of Long Non-Coding Rnas, Nucleic Acids Res, 2011, 通讯作者
(20) Exploring Hierarchical and Overlapping Modular Structure in the Yeast Protein Interaction Network, BMC Genomics, 2010, 第 1 作者
(21) Clustered Micrornas Coordination in Regulating Protein Protein Interaction Network, BMC Syst Biol, 2009, 第 2 作者
(22) Noncode V2.0: Decoding the Non-Coding, Nucleic Acids Res, 2008, 第 2 作者
(23) Microrna Regulation of Messenger-Like Noncoding Rnas, Trends Genet, 2008, 第 3 作者
(24) Microrna-Encoding Long Non-Coding Rnas, BMC Genomics, 2008, 第 3 作者
(25) Dynamic Changes in Subgraph Preference Profiles of Crucial Transcription Factors, PLoS Comput Biol, 2006, 第 2 作者
(26) Noncode: An Integrated Knowledge Database of Non-Coding Rnas, Nucleic Acids Res, 2005, 第 1 作者
发表著作
( 1 ) 生物信息学计算技术和软件导论, 科学出版社, 2017-01, 第 5 作者

科研活动

   
科研项目
( 1 ) 长非编码 RNA 数据库及应用软件平台的构建, 主持, 国家级, 2014-01--2016-12
( 2 ) 基于多组学数据整合的肿瘤相关长非编码 RNA 优化筛选和调控机, 主持, 国家级, 2015-01--2018-12
( 3 ) 人类-线虫超保守长非编码 RNA 的系统发现及其在线虫发育调控, 主持, 国家级, 2015-01--2017-12
( 4 ) 滇重楼功能基因组应用研究, 主持, 省级, 2016-01--2020-12
( 5 ) 小桐子花发育相关非编码RNA (miRNA/lncRNA) 的系统发现及功能和机制研究, 主持, 国家级, 2020-01--2023-12
参与会议
(1)Comparative chloroplast genomes of Paris Sect. Marmorata: insights into repeat regions and evolution implications   第29届国际基因组信息大会   2018-12-01
(2)CRlncRNA: a manually curated database of cancer-related long non-coding RNAs with experimental proof of functions on clinicopathological and molecular features   第29届国际基因组信息大会   2018-12-01
(3)CRlncRC: a novel machine learning method for cancer-related long noncoding RNA identification based on integrated features   第29届国际基因组信息大会   2018-12-01
(4)Comprehensive analysis of coding-lncRNA gene co-expression network uncovers conserved functional lncRNAs in zebrafish   第16届亚太生物信息学国际会议   2018-01-01
(5)Exploring Hierarchical and Overlapping Modular Structure in the Yeast Protein Interaction Network   第9届国际生物信息学大会   2010-10-10