基本信息
杨力  男  博导  中国科学院上海营养与健康研究所
电子邮件: liyang@picb.ac.cn
通信地址: 上海市岳阳路320号
邮政编码:
部门/实验室:计算生物学伙伴研究所

研究领域

   

招生信息

   
招生专业
0710Z2-计算生物学
086000-生物与医药
招生方向
计算生物学、大数据生物学、多组学整合生物学

教育背景

1998-09--2004-03   中科院上海生科院   研究生/博士学位
学历
   
学位
   

工作经历

   
工作简历
2011-08~现在, 中科院上海生科院, 研究员/课题组长
2010-10~2011-07,中科院上海生科院, 研究员/处长
2007-01~2010-09,康涅狄格大学-美国, 博士后
2004-07~2006-12,耶鲁大学-美国, 博士后
1998-09~2004-03,中科院上海生科院, 研究生/博士学位
社会兼职
2018-12-01-今,WIRES RNA编辑委员,
2017-01-01-今,iScience期刊编委会成员,
2015-09-01-今,上海科技大学特聘教授,
2015-06-30-今,中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心核心骨干,
2014-01-01-今,中国科学院上海生命科学研究院学术委员会委员,

教授课程

环状RNA与调控
生物信息学
生物信息与算法

专利与奖励

   
奖励信息
(1) 2018年评2014年度邹承鲁杰出研究论文奖, 专项, 2018
(2) 2017年第3批国家“万人计划”科技创新领军人才, , 部委级, 2017
(3) 2017年中国科学院优秀导师, , 院级, 2017
(4) 2017年“中国科学院特聘研究员”计划特聘骨干人才, 院级, 2017
(5) 2016年中国科学院“****”终期评估优秀, , 院级, 2016
(6) 2015年科技部中青年科技创新领军人才, 部委级, 2015
(7) 2015年中国科学院优秀导师奖, 院级, 2015
(8) 2015年中国科学院大学-BHPB导师科研奖, 院级, 2015
(9) 2014年明治生命科学奖“优秀奖”, 其他, 2014
(10) 2012年中科院“****”, 院级, 2012
(11) 2012年人力资源和社会保障部留学人员科技活动项目择优资助, 部委级, 2012
(12) 2011年上海市“浦江人才计划”, 省级, 2011
专利成果
( 1 ) 人胆固醇酯合成酶-1b及其编码序列, 2007, 第 3 作者, 专利号: ZL200310109368.3
( 2 ) 一种内含子来源环形RNA分子及其成环关键核酸序列的应用, 2013, 第 2 作者, 专利号: 201310398809.X
( 3 ) 一种利用基因组编辑技术实现原位激活基因 的表达方法及其应用, 2014, 第 2 作者, 专利号: 201410051873.5
( 4 ) 一种测定待测基因组区域表达水平的方法及系统, 2014, 第 1 作者, 专利号: 201410096063.1
( 5 ) RNA核滞留载体的构建及应用, 2014, 第 2 作者, 专利号: 201410165883.1
( 6 ) 一种新型 RNA 环化表达载体的构建及其应用, 2015, 第 1 作者, 专利号: 201510100793.9

出版信息

   
发表论文
(1) Structure and Degradation of Circular RNAs Regulate PKR Activation in Innate Immunity, Cell, 2019, 第 11 作者
(2) Development and Application of Base Editors, CRISPR J, 2019, 第 11 作者
(3) To BE or not to BE, that is the question, Nat Biotechnol, 2019, 第 11 作者
(4) Genome-wide screening of NEAT1 regulators reveals cross-regulation between paraspeckles and mitochondria, Nat Cell Biol, 2018, 第 11 作者
(5) CIRCpedia v2: An Updated Database for Comprehensive Circular RNA Annotation and Expression Comparison, Genomics Proteomics Bioinformatics, 2018, 第 11 作者
(6) Efficient base editing in methylated regions with a human APOBEC3A-Cas9 fusion, Nat Biotechnol, 2018, 第 11 作者
(7) FSP1-positive fibroblasts are adipogenic niche and regulate adipose homeostasis, PLoS Biol, 2018, 第 12 作者
(8) The Biogenesis, Functions, and Challenges of Circular RNAs, Mol Cell, 2018, 第 11 作者
(9) Base editing with a cpf1-cytidine deaminase fusion., Nat Biotechnol, 2018, 第 11 作者
(10) N6-Methyladenosines Modulate A-to-I RNA Editing, Mol Cell, 2018, 第 11 作者
(11) APOBEC3 induces mutations during repair of CRISPR–Cas9-generated DNA breaks, Nat Struct Mol Biol, 2018, 第 11 作者
(12) The Output of Protein-Coding Genes Shifts to Circular RNAs When the Pre-mRNA Processing Machinery Is Limiting, Mol Cell, 2017, 第 12 作者
(13) Enhancing the RNA engineering toolkit., Science, 2017, 第 11 作者
(14) Enhanced base editing by co-expression of free uracil DNA glycosylase inhibitor, Cell Res, 2017, 第 11 作者
(15) Multifaceted roles of complementary sequences on circRNA formation, Quantitative Biology, 2017, 第 11 作者
(16) The Diversity of Long Noncoding RNAs and Their Generation, Trends Genet,, 2017, 第 11 作者
(17) Coordinated circRNA Biogenesis and Function with NF90/NF110 in Viral Infection, Mol Cell, 2017, 第 11 作者
(18) SLERT Regulates DDX21 Rings Associated with Pol I Transcription, Cell, 2017, 第 12 作者
(19) ALUternative Regulation for Gene Expression, Trends Cell Biol, 2017, 第 11 作者
(20) RNA-binding protein SAMD4 regulates skeleton development through translational inhibition of Mig6 expression, Cell Disc, 2017, 第 12 作者
(21) Increased complexity of circRNA expression during species evolution, RNA Biol, 2017, 第 11 作者
(22) CircRNA-derived pseudogenes, Cell Res, 2016, 第 11 作者
(23) The Biogenesis of nascent circular RNAs, Cell Rep, 2016, 第 11 作者
(24) Parthenogenetic haploid embryonic stem cells efficiently support mouse generation by oocyte injection, Cell Res, 2016, 第 12 作者
(25) Diverse alternative back-splicing and alternative splicing landscape of circular RNAs, Genome Res, 2016, 第 11 作者
(26) RNA Structure Switches RBP Binding, Mol Cell, 2016, 第 11 作者
(27) Unusual Processing Generates SPA LncRNAs that Sequester Multiple RNA Binding Proteins, Mol Cell, 2016, 第 12 作者
(28) Splicing noncoding RNAs from the inside out, WIRES RNA, 2015, 第 11 作者
(29) CRISPR-Cas9-Mediated Genetic Screening in Mice with Haploid Embryonic Stem Cells Carrying a Guide RNA Library, Cell Stem Cell, 2015, 第 11 作者
(30) Gear up in circles, Mol Cell, 2015, 第 11 作者
(31) Regulation of circRNA biogenesis, RNA Biol, 2015, 第 11 作者
(32) ADAR1 is required for differentiation and neural induction by regulating microRNA processing in a catalytically independent manner, Cell Res, 2015, 第 11 作者
(33) Microexons go big, Cell, 2014, 第 11 作者
(34) Complementary sequence-mediated exon circularization, Cell, 2014, 第 11 作者
(35) Species-specific alternative splicing leads to unique expression of sno-lncRN, BMC Genomics, 2014, 第 11 作者
(36) Circular intronic long noncoding RNAs, Mol Cell, 2013, 第 11 作者
(37) Prediction of constitutive A-to-I editing sites from human transcriptomes in the absence of genomic sequences, BMC Genomics, 2013, 第 11 作者
发表著作
Fractionation of Non-polyadenylated and Ribosomal-Free RNAs from Mammalian Cells, Springer International Publishing AG, 2014-09, 第 3 作者
Characterization of circular RNAs, Springer International Publishing AG, 2016-01, 第 2 作者
Genome-Wide Annotation of circRNAs and Their Alternative Back-Splicing/Splicing with CIRCexplorer Pipeline, Methods Mol Biol, 2018-12, 第 4 作者

科研活动

   
科研项目
( 1 ) 转录组水平RNA编辑的全景分析及功能研究, 主持, 国家级, 2013-01--2016-12
( 2 ) 肿瘤代谢异常的关键蛋白质作用机制及其分子调控网络, 参与, 国家级, 2014-01--2018-12
( 3 ) 特殊结构新型长非编码RNA的系统发掘、进化表达及潜在功能研究, 主持, 国家级, 2015-01--2018-12
( 4 ) 长非编码RNA的亚细胞定位差异表达及其潜在功能分析, 主持, 国家级, 2016-01--2018-12
( 5 ) 环形RNA计算系统生物学研究, 主持, 国家级, 2018-01--2022-12
( 6 ) 万人计划领军人才, 主持, 国家级, 2018-01--2020-12
参与会议
(1)Genome editing pinpoints single bases   2018-10-11
(2)Harness unintended nucleic acid mutation to targeted base editing   2018-09-06
(3)Genome-wide profiling of non-polyadenylated RNAs   2018-09-04
(4) Harness unintended nucleic acid mutation to targeted base editing   2018-08-03
(5)The fifth Genomics Frontiers Symposium   2018-07-05
(6)Computational strategies for circRNA analyses   第10届全国核糖核酸大会   2018-06-08
(7)Genome-wide characterization of circRNAs   2018-04-12
(8) N6-methyladenosines modulate A-to-I RNA editing   2018-02-07
(9)N6-methyladenosines modulate A-to-I RNA editing   2017-11-10
(10)Splicing noncoding RNAs from the inside out   2017-11-01
(11)ALUternative regulation for circular RNA expression and function   2017-10-19
(12)ALUternative regulation for circular RNA expression and function   2017-10-12
(13)Genome-wide characterization of circRNAs from back-splicing   2017-08-10
(14)Alternative back-splicing landscape of circRNAs   2017-02-09
(15)Genome-wide characterization of circular RNAs   2016-01-25
(16)Alternative splicing landscape of circular RNAs   2015-11-08
(17)Genome-wide characterization of new type of long noncoding RNAs   2015-10-18
(18)Biogenesis of circular RNAs   2014-11-28
(19)Complementary sequence-mediated exon circularization   2014-11-25
(20)Complementary sequence-mediated exon circularization   2014-11-10
(21)Complementary sequence-mediated exon circularization   2014-08-01

合作情况

   
项目协作单位
   

指导学生