0710Z2-计算生物学

计算系统生物学、衰老系统生物学

1991-09--1996-09   美国爱因斯坦医学院   博士
1987-09--1996-07   中国药科大学   学士

   

2010-09~现在, 中科院上海生科院计算生物学研究所, 研究员
2004-11~2010-08,中科院遗传与发育生物学研究所, 研究员
2002-09~2004-11,美国哈佛大学医学院, 博士后
2001-07~2002-08,美国CQOS公司, 工程师
2000-07~2001-06,美国Rare Medium公司, 软件开发
1999-01~2000-06,美国NorthStar科技公司, 工程师
1997-06~1998-12,美国洛克菲勒大学, 博士后
1991-09~1996-09,美国爱因斯坦医学院, 博士
1987-09~1996-07,中国药科大学, 学士

2014-09-01-今,Journal of Genomics and Genetics, Special Issue on Aging杂志, 责任编辑
2014-01-01-今,Journal of Computational Biology杂志, 编委
2013-01-01-今,Aging Cell杂志, 编委
2012-12-24-今,中国生物化学与分子生物学会分子系统生物学专业委员会第一届委员会, 委员
2012-01-01-今,Quantitative Biology杂志, 编委
2011-10-01-今,中国科学院生物物理研究所非编码核酸重点实验室学术委员会, 委员
2011-01-06-今,Journal of Biological Chemistry杂志, 编委
2011-01-01-2015-12-31,国家数学与交叉科学中心数学与生物/医学交叉研究部学术委员会, 委员
2010-01-01-今,Frontiers in Biology 杂志,
2010-01-01-2012-12-31,Journal of Genomics and Genetics杂志, 编委
2008-10-01-2013-12-31,中国遗传学会第八届理事会中国遗传学会基因组学委员会, 委员

生物信息与算法

   

（1） 上海市领军人才, 市地级, 2015
（2） 中科院特聘研究员, 院级, 2015
（3） 国家百千万人才工程“有突出贡献中青年专家”, 国家级, 2014
（4） 上海市学术带头人, 市地级, 2011
（5） 国家自然科学基金委员会杰出青年, 国家级, 2006
（6） 中科院****, 院级, 2005

（ 1 ） 一种用于儿童急性淋巴细胞白血病基因分型的试剂盒, 2014, 第 2 作者, 专利号: ZL 2014 1 0250033.1

（ 2 ） 儿童急性淋巴细胞白血病基因分型诊断芯片, 2009, 第 2 作者, 专利号: ZL 2009 1 0082657.6

   

（1） Spatial transcriptomic analysis of cryosectioned tissue samples with Geo-seq, Nature Protocols, 2017, 通讯作者
（2） Impact of Dietary Interventions on Noncoding RNA Networks and mRNAs Encoding Chromatin-Related Factors, Cell Reports, 2017, 通讯作者
（3） Molecular and phenotypic biomarkers of aging, F1000Research, 2017, 通讯作者
（4） Transcriptome analyses of rhesus monkey preimplantation embryos reveal a reduced capacity for DNA double-strand break repair in primate oocytes and early embryos, Genome Research, 2017, 通讯作者
（5） The system capacity view of aging and longevity, Quantitative Biology, 2017, 通讯作者
（6） Inference of differentiation time for single cell transcriptomes using cell population reference data, Nature Communications, 2017, 通讯作者
（7） LIN-28 balances longevity and germline stem cell number in Caenorhabditis elegans through let-7/AKT/DAF-16 axis, Aging Cell, 2016, 通讯作者
（8） Spatial Transcriptome for the Molecular Annotation of Lineage Fates and Cell Identity in Mid-gastrula Mouse Embryo, Developmental Cell, 2016, 通讯作者
（9） A Systems Approach to Reverse Engineer Lifespan Extension by Dietary Restriction, Cell Metabolism, 2016, 通讯作者
（10） Bioimaging for quantitative phenotype analysis, Methods, 2016, 通讯作者
（11） An advanced fragment analysis-based individualized subtype classification of pediatric acute lymphoblastic leukemia, Sci Rep, 2015, 通讯作者
（12） Single-cell-level spatial gene expression in the embryonic neural differentiation niche, Genome Research, 2015, 通讯作者
（13） Three-dimensional human facial morphologies as robust aging markers, Cell Research, 2015, 通讯作者
（14） Evolution of Alu Elements toward Enhancers, Cell Reports, 2014, 通讯作者
（15） Improved nucleosome-positioning algorithm iNPS for accurate nucleosome positioning from sequencing data, Nat Commun, 2014, 通讯作者
（16） An Efficient Tool to Infer Gene Function by Assessing the Significance of Literature Co-Citation, PLoS One, 2013, 通讯作者
（17） Functional Dissection of Regulatory Models Using Gene Expression Data of Deletion Mutants, PLoS Genetics, 2013, 通讯作者
（18） Integrating Genomic, Epigenomic, and Transcriptomic Features Reveals Modular Signatures Underlying Poor Prognosis in Ovarian Cancer, Cell Reports, 2013, 通讯作者

Integrative epigenomics, Springer, 2015-10, 第 2 作者

   

（ 1 ） 建立针对肝炎、肝癌研究的多组学数据库及数据分析平台, 负责人, 国家任务, 2014-01--2017-12
（ 2 ） 线虫高通量表型数据自动采集分析系统研制, 负责人, 中国科学院计划, 2012-11--2014-10
（ 3 ） 人脑衰老过程中表观遗传组和转录组全景分析, 负责人, 国家任务, 2013-01--2017-12
（ 4 ） 干细胞维持与分化的调控网络, 负责人, 中国科学院计划, 2011-01--2015-12
（ 5 ） 恶性肿瘤发生发展及侵袭转移的分子调控网络, 负责人, 国家任务, 2011-01--2015-12
（ 6 ） 恒河猴与人类大脑衰老过程中组蛋白修饰对基因表达调控网络的发现与比较, 负责人, 国家任务, 2011-01--2014-12
（ 7 ） 线粒体DNA甲基化的机制与调控, 负责人, 国家任务, 2016-01--2016-12
（ 8 ） 干细胞衰老的干预及其应用, 参与, 国家任务, 2015-05--2019-12
（ 9 ） 美国华盛顿高加索人和亚洲人衰老表型组及调控组学研究, 负责人, 国家任务, 2016-12--2019-11
（ 10 ） 建立大规模人群衰老的生物标记物、评价体系及数据平台, 负责人, 国家任务, 2018-01--2021-12

（1）Inference of differentiation time for single cell transcriptomes using cell populationreference data   单细胞数据和细胞型异质性计算分析国际会议   Na Sun   2018-06-08
（2）An App to Track the Ageing process   Jing-Dong Jackie Han   2018-04-22
（3）The strand-biased mitochondrial DNA methylome and its regulation by DNMTs   XiaoYang Dou   2018-04-16
（4）Inferring Regulatory Events on Aging and Its Interventions   Jing-Dong Jackie Han   2017-11-14
（5）Inferring Regulatory Events on Aging   Jing-Dong Jackie Han   2017-10-12
（6）Integrative Data Analysis for Development and Aging   Jing-Dong Jackie Han   2017-05-15
（7）Integrative Data Analysis for Development and Aging   Jing-Dong Jackie Han   2017-02-12
（8）Integrative analysis of biological big data   Jing-Dong Jackie Han   2015-06-08
（9）Integrating Genomic, Epigenomic and Transcriptomic Features Reveals Modular Signatures Underlying Poor Prognosis in Ovarian Cancer   Jing-Dong Jackie Han   2014-10-17
（10）Integrative network analysis   Jing-Dong Jackie Han   2014-10-13
（11）Alu Repetitive Elements as Proto-Enhancers   Ming Su   2014-10-06
（12）Integrative analysis of aging and disease regulatory networks   Jing-Dong Jackie Han   2014-05-06
（13）System biology of aging   Jing-Dong Jackie Han   2013-09-11
（14）In search of the regulatory network of aging   Jing-Dond Jackie Han   2012-03-01