基本信息
于军  男  博导  中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)
电子邮件: junyu@big.ac.cn
通信地址: 朝阳区北辰西路1号院104#
邮政编码: 100101

研究领域

   

招生信息

   
招生专业
   
招生方向
脊椎动物基因组学,基因组结构与功能,表型可塑性研究
生物信息学,基因功能网络与结构
研发DNA和RNA新测序技术

教育背景

1984-09--1990-06   纽约大学医学院   博士学位
学历
   
学位
   

工作经历

   
工作简历
1998-03~现在, 中国科学院北京基因组研究所, 研究员
1993-07~2000-03,美国华盛顿大学基因组中心, Senior Fellow
1990-07~1993-06,纽约大学医学院泌尿系, Research Assistant Professor
1984-09~1990-06,纽约大学医学院, 博士学位
社会兼职
   

教授课程

生命组学
基因组学概述
基因组学
发现生命奥秘
英文生物论文写作
生物专业英语论文写作基本方法与技巧概要
生物信息学进展系列讲座
公共关系

专利与奖励

   
奖励信息
(1) 2014年中国分析测试协会科学技术奖, 一等奖, 其他, 2014
(2) 2013年国家专利优秀奖, , 国家级, 2013
(3) 2012年度发展中国家科学院农业奖, , 其他, 2012
专利成果
( 1 ) 用于敲除人 BTF 基因的sgRNA 序列及其敲除方法, 2015, 第 4 作者, 专利号: 201510515835.5

出版信息

   
发表论文
(1) Rice Genomics: over the Past Two Decades and into the Future, Genomics Proteomics Bioinformatics, 2019, 第 11 作者
(2) Evolution of Complex Thallus Alga: Genome Sequencing of Saccharina japonica, Frontiers in Genetics, 2019, 第 11 作者
(3) Microfluidics-Based Enrichment and Whole-Genome Amplification Enable Strain-Level Resolution for Airway Metagenomics., mSystems, 2019, 第 7 作者
(4) One thousand plant transcriptomes and phylogenomics of green plants, Nature, 2019, 第 12 作者
(5) 实现“终极版”核苷酸测序仪的技术要素, 遗传, 2018, 第 1 作者
(6) RGAAT: A Reference-based Genome Assembly and Annotation Tool for New Genomes and Upgrade of Known Genomes, Genomics Proteomics Bioinformatics, 2018, 第 11 作者
(7) Genome-wide definition of selective sweeps reveals molecular evidence of trait-driven domestication among elite goat (Capra species) breeds for the production of dairy, cashmere, and meat, GigaScience, 2018, 第 11 作者
(8) The Bacterial RNA Ligase RtcB Accelerates the Repair Process of Fragmented rRNA upon Releasing the Antibiotic Stress, Science China-Life Sciences, 2018, 第 11 作者
(9) On the core bacterial flora of Ixodes persulcatus, Plos One, 2017, 第 11 作者
(10) Discovery of susceptibility loci associated with tuberculosis in Han Chinese, Hum Mol Genet, 2017, 第 10 作者
(11) MicroRNA Expression in Multistage Date Fruit Development, Methods Mol Biol, 2017, 第 3 作者
(12) identification of sequence variant associated with splicing event using RNA-seq data, BMC Bioinformatics, 2017, 第 11 作者
(13) The rubber tree genome reveals new insights into rubber production and species adaptation, Nature Plants, 2016, 第 11 作者
(14) MTD: a mammalian transcriptomic database to explore gene expression and regulation, Briefings in Bioinformatics, 2016, 第 11 作者
(15) Complete Sequence and Analysis of Coconut Palm (Cocos nucifera) Mitochondrial Genome, PLOS ONE, 2016, 第 11 作者
(16) Precision Medicine: What Challenges Are We Facing?, Genomics Proteomics & Bioinformatics, 2016, 第 11 作者
(17) Plastid-LCGbase: a collection of evolutionarily conserved plastid-associated gene pairs, Nucleic Acids Research, 2015, 第 11 作者
(18) KGCAK: a K-mer based database for genome-wide phylogeny and complexity evaluation, Biology Direct, 2015, 第 11 作者
(19) LCGserver: A Webserver for Exploring Evolutionary Trajectory of Gene Orders in a Large Number of Genomes, OMICS, 2015, 第 11 作者
(20) Profiling microRNA expression during multi-staged date palm (Phoenix dactylifera L.) fruit development, Genomics, 2015, 第 11 作者
(21) A Transcriptomic Study of the Red Palm Weevil (Rhynchophorus ferrugineus) Embryogenesis, Insect Science, 2015, 第 11 作者
(22) Heteroresistance at the single-cell level: adapting to antibiotic stress through a population-based strategy and growth-controlled interphenotypic coordination, mBio, 2014, 第 11 作者
(23) Genome sequence and genetic diversity of the common carp, Cyprinus carpio, Nature Genetics, 2014, 第 11 作者
(24) Genomic signatures of near-extinction and rebirth of the crested ibis and other endangered bird species, Genome Biology, 2014, 第 11 作者
(25) The quest for a unified view of bacterial land colonization, The ISME Journal, 2014, 第 11 作者
(26) Flexibility and Symmetry of Prokaryotic Genome Rearrangement Reveal Lineage-Associated Core-Gene-Defined Genome Organizational Frameworks, MBIO, 2014, 第 11 作者
(27) The Rice Genome Knowledgebase (RGKbase): an annotation database for rice comparative genomics and evolutionary biology, Nucleic Acids Research, 2013, 第 11 作者
(28) Genome sequence of the date palm Phoenix dactylifera L., NATURE COMMUNICATIONS, 2013, 第 11 作者
(29) Functional networking of human divergently paired genes (DPGs), PLoS One, 2013, 第 11 作者
(30) Improved picoliter-sized micro-reactors for high-throughput biological analysis, Sci China Life Sci., 2013, 第 11 作者
(31) The intestinal metagenome of red palm weevil (Rhynchophorus ferrugineus), Environ Microbiol. , 2013, 第 11 作者
(32) Systematic analysis of intron size parameters in diverse lineages, Sci China Life Sci., 2013, 第 11 作者
(33) Expression profiling of abundant genes in pulmonary and cardiac muscle tissues of Tibetan Antelope (Pantholops hodgsonii), Gene, 2013, 第 11 作者
(34) Mitochondrial genome sequences of Artemia tibetiana and A. urmiana: assessing molecular changes for high plateau adaptation, Sci China Life Sci., 2013, 第 11 作者
(35) Identification of Human HK Genes and Gene Expression Regulation Study in Cancer from Transcriptomics Data Analysis, PLoS One, 2013, 第 11 作者
(36) Complete genome sequence of methicillin-sensitive Staphylococcus aureus containing a heterogeneic staphylococcal cassette chromosome element, Sci China Life Sci., 2013, 第 11 作者
(37) Transcriptome profiling of the developing postnatal mouse testis using next-generation sequencing, Sci China Life Sci., 2013, 第 11 作者
(38) A Large-scale Gene Discovery for the Red Palm Weevil Rhynchophorus ferrugineus (Coleoptera: Curculionidae), Insect Sci., 2013, 第 11 作者
(39) Replication-Associated Mutational Pressure (RMP) Governs Strand-Biased Compositional Asymmetry (SCA) and Gene Organization in Animal Mitochondrial Genomes, current genomics, 2012, 第 11 作者
(40) A Comparative Transcriptomic Analysis of Uveal Melanoma and Normal Uveal Melanocyte, plos one, 2011, 第 11 作者
(41) Nonsynonymous substitution rate (Ka) is a relatively consistent parameter for defining fastevolving and slow-evolving protein-coding genes, Biology Direct, 2011, 第 11 作者
(42) On the Origin of Tibetans and Their Genetic Basis in Adapting High-Altitude Environments, plos one, 2011, 第 11 作者
(43) Both Size and GC-Content of Minimal Introns Are Selected in Human Populations, plos one, 2011, 第 11 作者
(44) Diverse LEA (late embryogenesis abundant) and LEA-like genes and their responses to hypersaline stress in post-diapause embryonic development of Artemia franciscana, Comparative Biochemistry and Physiology, Part B, 2011, 第 11 作者
(45) Coevolution study of mitochondria respiratory chain proteins:Toward the understanding of proteineprotein interaction, Journal of Genetics and Genomics, 2011, 第 11 作者
(46) The Disequilibrium of Nucleosomes Distribution along Chromosomes Plays a Functional and Evolutionarily Role in Regulating Gene Expression, plos one, 2011, 第 11 作者
(47) An Integrated Analysis of miRNA and mRNA Expressions in Non-Small Cell Lung Cancers, plos one, 2011, 第 11 作者
(48) An integrated analysis of lineage-specific small proteins across eight eukaryotes reveals functional and evolutionary significance, Progress in Biochemistry and Biophysics, 2011, 第 11 作者
(49) Bar-Coded Pyrosequencing Reveals the Bacterial Community during Microcystis water Bloom in Guanting Reservoir,Beijing, Procedia Engineering, 2011, 第 11 作者
(50) Comparative analysis of mitochondrial genomes between a wheat K-type cytoplasmic male sterility (CMS) line and its maintainer line, BMC genomics, 2011, 第 11 作者
(51) An efficient procedure for plant organellar genome assembly, based on whole genome data from the 454 GS FLX sequencing platform, PLANT METHODS, 2011, 第 11 作者
(52) Involvement of the GP63 protease in infection of Trichomonas vaginalis, Parasitol res, 2011, 第 11 作者
(53) Transposable-Element Associated Small RNAs in Bombyx mori Genome, plos one, 2011, 第 11 作者
发表著作
( 1 ) 基因组学核心实验方法, GENOMICS:ESSENTIAL METHODS, 科学出版社, 2012-03, 第 1 作者
( 2 ) 第二代测序信息处理, Next-Generation DNA Sequencing Informatics, 科学出版社, 2014-06, 第 3 作者
( 3 ) 基因组科学的甲子“羽化”之路——从人类基因组测序到精准医学, Mapping and Sequencing the Human Genome Toward Precision Medicine, 科学出版社, 2016-03, 第 1 作者
( 4 ) 基因组学与精准医学, Genomics and Precision Medicine, 上海交通大学, 2017-12, 第 1 作者

科研活动

   
科研项目
( 1 ) 小型猪和小鼠等医学实验哺乳动物模型建立与基础数据集成, 主持, 国家级, 2011-01--2015-08
( 2 ) 藏彝走廊世居群体遗传多样性调查, 参与, 国家级, 2013-01--2016-12
( 3 ) 猪脂肪沉积等优质高产分子模块解析, 参与, 部委级, 2013-08--2017-12
( 4 ) 个体化医学检测的规范化、标准化研究及应用推广, 主持, 国家级, 2014-06--2016-12
( 5 ) 顽固群(persister)休眠细胞形成机制的单细胞水平研究, 主持, 国家级, 2015-01--2018-12
( 6 ) 基于焦磷酸微纳电化学传感器阵列的基因组测序系统, 主持, 部委级, 2014-07--2016-06
( 7 ) 细菌中环状RNA的合成机制及其在对抗抗生素压力中的作用, 主持, 国家级, 2017-01--2020-12
( 8 ) 单分子操纵石墨烯纳米孔DNA测序仪, 主持, 部委级, 2016-01--2017-12
( 9 ) 高速纳米孔核苷酸序列分析仪, 主持, 部委级, 2016-01--2017-12
参与会议
(1)Cellular heterogeneity of cancers and resolutions of our technologies   2017-11-03
(2)Precision Medicine in China   2017“中国-东南亚国家联盟(Sino-ASEAN)”精准医学会议   2017-06-17
(3)Analysis of worldwide population structure of species Escherichia coil reveals two major subspecies   2017美国微生物学会年会   2017-06-01
(4)Lineage-associated Variations of Core Genomes Restrict Horizontal Gene Transfer and Species Divergence of Eubacterial Taxa   于军   2015-10-25
(5)Genome Structures of Major Lineages   2013国际基因组学大会   Jun Yu   2013-10-28
(6)Evolutionary Cell Biology: Minimal Intron-Containing(MIC) Genes and Beyond   国际基因组学大会   于军   2011-11-23
(7)Understanding Cellular Processes Based on DNA Variation Data   新一代测序亚洲大会   于军   2011-10-02

合作情况

   
项目协作单位
   

指导学生