真核细胞的进化基因组学

旨在从分子和细胞两个层次上探讨真核细胞的结构、功能和基因、基因组在不同进化地位生物中的多样性及其进化形成的规律和机制。主要以一系列处在关键进化地位的单细胞原生动物（如贾第虫）和藻类（如单细胞绿藻、裸藻等）为研究对象，向下追溯到原核生物，向上扩展到多细胞生物，利用细胞、分子、生化、多种组学、生物信息学和进化生物学等多学科技术手段开展如下方面的研究：1）真核细胞的重要结构（如核骨架、核纤层、染色质和核仁等）的多样性与进化；2）真核细胞重要功能活动机制（如细胞核分裂、蛋白质定向转运系统、各种代谢途径如糖酵解、三羧酸循环、糖卡尔文循环、糖异生及脂类代谢等）的多样性与进化；3）与前二者相关的重要基因、基因家族、功能途径基因群和亚基因组（如核仁基因组）的多样性与进化问题; 4）一些生物的特殊适应性和适应性射的细胞、分子和基因组基础，并从中发掘有害生物（如寄生虫等）的特异性防治靶标和开发利用藻类的高效、特殊的生物代谢途径用于藻类工程和合成生物学。已取得的主要业绩有：1）确立了贾第虫（Giardia）为代表的双滴虫类在真核生物早期进化中的重要地位，重估了其在进化生物学的重要研究价值；2）揭示了血吸虫和贾第虫等的一些寄生适应性的分子机制，发现了一些潜在的特异防治寄生虫的分子靶标；3）否定了“衣藻－团藻”这一单细胞进化成多细胞生物的传统进化模型，揭示了衣藻混合营养（mixotrophy）的精巧代谢机制，后者可为微藻工程和合成生物学提供基础和资源，具十分诱人的应用前景。

近来，重点基于某些原生生物的极小基因组和特殊的代谢途径开展简约基因组和底盘细胞的构建等合成生物学研究，旨在构建具有基础研究价值和广泛应用前景的真核底盘和具有高效混合营养的工程藻株，正在取得重要进展。

   

071009-细胞生物学
071022-基因组学

分子细胞生物学
分子细胞生物学

1992-09--1996-08   中国科学院昆明动物研究所   理学博士学位
1986-09--1989-12   中国科学院昆明动物研究所   理学硕士学位
1982-09--1986-07   湖南师范大学   理学学士

博士研究生

理学博士

2001.11 - 至今，中国科学院昆明动物研究所，研究员，具体研究工作：原生动物与藻类的基因组、代谢途径的适应性进化与合成生物学研究

1995.11 - 2001.11，中国科学院昆明动物研究所，副研究员，具体研究工作：原生动物与藻类的基因、代谢途径及适应性进化研究

1992.12 - 1995.11，中国科学院昆明动物研究所，助理研究员，具体研究工作：原生动物与藻类的细胞生物学研究

1989.12 - 1992.12，中国科学院昆明动物研究所，研究实习员，具体研究工作：原生动物与藻类的细胞生物学研究

1989-12~现在, 中国科学院昆明动物研究所, 真核细胞进化基因组学研究组学科组长，遗传与资源国家重点实验室副主任

2017-11-01-今,中国动物学会原生动物学分会, 副理事长
2013-12-01-今,云南省细胞生物学学会, 理事长
2009-04-01-今,中国细胞生物学学会, 理事、常务理事、资深理事
2007-12-24-今,云南省政协委员, 第十~十二届委员会委员
2007-11-01-2017-11-30,中国民主同盟中央委员, 第十~十一届中央委员会委员
2007-07-01-2017-06-30,中国民主同盟云南省省委委员, 第十二~十三届委员会委员
1997-07-01-2002-07-01,中国细胞生物学学会第七届常务理事，细胞核与染色体专业委员会副主任委员,

寄生适应性与防治靶标的发掘
现代生物学讲座
进化基因组学

   

（1） “云南省先进工作者”荣誉称号, , 省级, 2017
（2） “省委联系专家”荣誉称号, , 省级, 2013
（3） 科研项目“核骨架与核纤层的起源进化研究”, 二等奖, 省级, 2006
（4） “优秀教师”荣誉称号, 一等奖, 研究所（学校）, 2006
（5） “云南省中青年学术和技术带头人”称号, , 省级, 2005
（6） “政府特殊津贴”, , 国家级, 2002
（7） 中国蓝氏贾第虫虫株分离培养、基因型及其细胞核研究, 二等奖, 省级, 2000
（8） “第二届云南省青年科技奖”荣誉称号, 一等奖, 省级, 2000
（9） 科研项目“涡鞭毛虫类(甲藻)及其进化地位的研究”, 二等奖, 省级, 1999

   

（1） An investigation of the prevalence of Giardia agilis in anuran amphibians from fourteen areas in China, International Journal for Parasitology: Parasites and Wildlife, 2020, 通讯作者
（2） Identification and evolutionary analysis of the nucleolar proteome of Giardia lamblia, BMC Genomics, 2020, 通讯作者
（3） A rapid and inexpensive method for the isolation and identification of Giardia, MethodsX, 2020, 通讯作者
（4） The ubiquity of the coexistence of two FBPases in chloroplasts of photosynthetic eukaryotes and its evolutionary and functional implications, Plant Diversity, 2019, 通讯作者
（5） Single-cell transcriptome sequencing of rumen ciliates provides insight into their molecular adaptations to the anaerobic and carbohydrate-rich rumen microenvironment, Molecular Phylogenetics and Evolution, 2019, 第 5 作者
（6） 进展中的原生动物学研究：热点领域与新格局, 中国科学.生命科学, 2019, 其他（合作组作者）
（7） Sense-antisense gene overlap is probably a cause for retaining the few introns in Giardia genome and the implications., Biology Direct, 2018, 通讯作者
（8） Subcellular stoichiogenomics reveal cell evolution and electrostatic interaction mechanisms in cytoskeleton, BMC Genomics, 2018, 通讯作者
（9） A new species of Giardia Künstler, 1882 (Sarcomastigophora: Hexamitidae) in hamsters, Parasites & Vectors, 2018, 通讯作者
（10） Evolutionary dynamics of triosephosphate isomerase gene intron location pattern in Metazoa: A new perspective on intron evolution in animals, Gene, 2017, 通讯作者
（11） Giardia’s primitive GPL biosynthesis pathways with parasitic adaptation‘patches’: implications for Giardia’s evolutionary history and for finding targets against Giardiasis, Scientific Reports, 2017, 通讯作者
（12） DAT1 methylation is associated with methylphenidate response on oppositional and hyperactive-impulsive symptoms in children and adolescents with ADHD, World J Biol Psychiatry, 2016, 通讯作者
（13）  Structural and evolutionary characteristics of pyruvate phosphate dikinase in Giardia lamblia and other amitochondriate protozoa., Chinese Medical Journal , 2014, 通讯作者
（14） Root parasitic plant Orobanche aegyptiaca and shoot parasitic plant Cuscuta australis obtained Brassicaceae-specific strictosidine synthase-like genes by horizontal gene transfer, BMC Plant Biology, 2014, 第 7 作者
（15） Impaired replication elongation in Tetrahymena mutants deficient in histone H3 Lys 27 monomethylation, Genes Dev., 2013, 其他（合作组作者）
（16） Macroevolutionary trends of atomic composition and related functional group proportion in eukaryotic and prokaryotic proteins, Gene, 2013, 通讯作者
（17） Origin and Evolution of the Eukaryotic SSU Processome Revealed by a Comprehensive Genomic Analysis and Implications for the Origin of the Nucleolus, Genome Biol Evol , 2013, 通讯作者
（18） Deep Sequencing Reveals Transcriptome Re-Programming of Taxus × media Cells to the Elicitation with Methyl Jasmonate, PloS ONE, 2013, 第 4 作者
（19） Comparative Analysis of the 5S rRNA and Its Associated Proteins Reveals Unique Primitive Rather Than Parasitic Feature in Graidia lamblia, PLoS ONE, 2012, 通讯作者
（20） Ancient Gene Transfer from Algae to Animals: Mechanisms and Evolutionary Significance, BMC Evol. Biol., 2012, 通讯作者
（21） The evolution of cardiolipin biosynthesis and maturation pathways and its implications to the evolution for eukaryotes, BMC Evol. Biol., 2012, 通讯作者
（22） The independent prokaryotic origins of eukaryotic fructose-1 6-bisphosphatase and sedoheptulose-1 7-bisphosphatase and the implications of their origins for the evolution of eukaryotic Calvin cycle., BMC Evol. Biol , 2012, 通讯作者
（23） Migration of Norway Rats Resulted in the Worldwide Distribution of Seoul Hantavirus Today., J VIROL., 2012, 其他（合作组作者）
（24） The adaptive evolution divergence of triosephosphate isomerases between parasitic and free-living flatworms and the discovery of a potential universal target against flatworm parasites, Parasitol. Res, 2011, 通讯作者
（25） Gene duplication in the genome of parasitic Giardia lamblia, BMC Evol. Biol, 2010, 通讯作者
（26） Giardiasis, Drug Resistance, and New Target Discovery, Infectious Disorders - Drug Targets, 2010, 通讯作者
（27） Genome-wide computational identification of microRNAs and their targets in the deep-branching eukaryote Giardia lamblia, Comput Biol Chem, 2009, 通讯作者
（28） The evolution of YidC/Oxa/Alb3 family in the three domains of life: a phylogenomic analysis, BMC Evol. Biol, 2009, 通讯作者
（29） Triosephosphate isomerase (TIM) genes in two trophic modes of euglenoids (Euglenophyceae) and their phylogenetic analysis, J. Eukaryot. Microbiol, 2008, 通讯作者
（30） Homologs of eukaryotic Ras superfamily proteins in prokaryotes and their novel phylogenetic correlation with their eukaryotic analogs, Gene , 2007, 通讯作者
（31） Identification of a Giardia krr1 homolog gene and the secondarily anucleolate condition of Giaridia lamblia, Mol. Biol. Evol, 2005, 通讯作者
（32） Identification, Characteristic and Phylogenetic Analyses of Type II DNA topoisomerase Gene in Giardia lamblia,  Cell Res, 2005, 通讯作者
（33） Identification of TIM genes from Microcystis (Cyanobacteria: Chroococcales) and theoretic analyses of the potential of cyanobacterial TIM as a target for designing specific inhibitors, Phycologia, 2005, 通讯作者
（34） Phylogenetic Positions of Several ‘Amitochondriate’ Protozoa --- Evidence from phylogenetic analysis of DNA topoisomerase II, SCIENCE IN CHINA SERIES C-LIFE SCIENCES, 2005, 通讯作者
（35） Evolutionary status of Entamoeba, CHINESE SCIENCE BULLETIN, 2004, 通讯作者

   

（ 1 ） 基于贾第虫的极小基因组探索构建简约基因组和真核底盘细胞, 主持, 国家级, 2021-01--2024-12
（ 2 ） 哺乳类中三种不同宿主谱的原虫的寄生适应性分子机制比较研究, 主持, 省级, 2021-06--2024-05
（ 3 ） 原生动物消化酶的进化, 主持, 市地级, 2019-01--2021-12
（ 4 ） 基于贾第鞭毛虫与其近缘种的比较基因组学研究探讨有性生殖的进化, 主持, 国家级, 2018-01--2021-12
（ 5 ） 贾第虫的极端原始性与次生寄生适应性的比较基因组学研究, 主持, 国家级, 2016-01--2020-12
（ 6 ） 蓝藻碳代谢途径两个关键酶FBA和FBPase的进化研究, 主持, 市地级, 2015-01--2019-12
（ 7 ） 血吸虫适应性进化与疫苗防治靶标的发掘, 主持, 省级, 2013-09--2016-08
（ 8 ） 血吸虫消化酶系和能量代谢途径的寄生适应性进化与防治靶标的发掘, 主持, 国家级, 2013-01--2016-12
（ 9 ） 真核细胞进化基因组学, 主持, 市地级, 2013-01--2015-12
（ 10 ） 青藏高原物种形成分化与适应机制, 参与, 部委级, 2013-01--2015-12
（ 11 ） 衣藻FBPaseⅡ的鉴定与非光合生长的研究, 主持, 市地级, 2013-01--2014-12
（ 12 ） 适应性进化的分子机制研究, 参与, 国家级, 2012-01--2015-12
（ 13 ） 几种寄生原生动物能量代谢途径适应性进化的基因组学研究, 主持, 国家级, 2012-01--2015-12
（ 14 ） 极原始的原生动物——贾第虫的核仁功能基因组与核仁的起源进化探讨, 主持, 国家级, 2009-01--2012-12
（ 15 ） 两类原生生物的分子系统学与青藏高原及周边山系兽类的分子系统地理学研究, 主持, 部委级, 2007-10--2010-10
（ 16 ） 血吸虫防治的分子生物学研究, 主持, 省级, 2007-07--2011-08
（ 17 ） 基因和基因家族/群功能的选择和进化, 主持, 国家级, 2007-07--2011-08
（ 18 ） 以由质体转移到核的基因为标记探讨眼虫类的系统演化, 主持, 国家级, 2006-01--2008-12
（ 19 ） 最原始真核细胞的蛋白定位信号系统与该系统在真核生物中的进化, 主持, 国家级, 2005-01--2007-12
（ 20 ） 微囊藻的tim基因及其在控制水华灾害中的应用基础研究, 主持, 部委级, 2004-08--2007-08
（ 21 ） 分子进化与进化基因组学, 参与, 国家级, 2001-01--2009-12

（1）无   2021年八学会 “新春联谊会暨学术交流会”   2021-01-15
（2）原生生物的进化生物学   有害生物控制与资源利用国家重点实验室（中山大学）学术系列讲座（第198讲）   2020-12-20
（3）寄生适应性与防治靶标发掘   昆明医科大学学术交流会   2020-11-11
（4）无   云南省八学会2020年 “新春联谊会暨学术交流会”   2020-01-03
（5）无   中国动物学会原生动物学分会第二十次学术讨论会   2019-09-20
（6）贾第虫：极原始的真核细胞还是高度退化的寄生原虫？   中国动物学会第十八届全国会员代表大会暨学术讨论会   文建凡   2019-08-24
（7）衣藻混合营养的代谢机制及其适应性意义   中国科学院水生生物研究所学术交流会   2019-05-22
（8）原生动物在真核细胞生物起源进化中的重要地位   中国动物学会第十七届全国代表大会暨学术讨论会   文建凡   2014-11-08
（9）原生生物与进化生物学   中国动物学会原生动物学分会第十七次学术讨论会   文建凡   2013-08-20
（10）原生生物适应性进化的基因组学研究   中国动物学会原生动物学分会第十六次学术讨论会   文建凡   2011-11-08
（11）原生动物的“原生性”和“次生性”特征与真核生物的起源进化研究   中国动物学会原生动物学分会第十五次学术讨论会   文建凡   2009-07-10
（12）原生动物的进化基因组学研究   中国动物学会原生动物学分会第十四次学术讨论会   文建凡   2007-10-10

已指导学生

张国莉  博士研究生  071002-动物学  

辛德东  博士研究生  071002-动物学  

孙桂玲  博士研究生  071002-动物学  

董玖红  博士研究生  071002-动物学  

秦燕  博士研究生  071002-动物学  

田海峰  博士研究生  071002-动物学  

孙隽  博士研究生  071002-动物学  

徐健  博士研究生  071002-动物学  

陈兵  博士研究生  071002-动物学  

阳春林  硕士研究生  071009-细胞生物学  

江永海  硕士研究生  071009-细胞生物学  

潘绍云  硕士研究生  071009-细胞生物学  

陈利辉  硕士研究生  071009-细胞生物学  

张玉娟  博士研究生  071009-细胞生物学  

张燕琼  硕士研究生  071009-细胞生物学  

申浩  硕士研究生  071009-细胞生物学  

唐丹  硕士研究生  071009-细胞生物学  

邹勇  硕士研究生  071009-细胞生物学  

程菁菁  硕士研究生  071009-细胞生物学  

倪婷  硕士研究生  071009-细胞生物学  

冯金梅  博士研究生  071009-细胞生物学  

汪德勇  博士研究生  071009-细胞生物学  

王文敏  硕士研究生  071009-细胞生物学  

谢钢琴  硕士研究生  071009-细胞生物学  

李毓劲  博士研究生  071009-细胞生物学  

姚友旭  硕士研究生  085238-生物工程  

叶青青  博士研究生  071009-细胞生物学  

薛敏  博士研究生  071007-遗传学  

邱兰  硕士研究生  085238-生物工程  

吕章夏  博士研究生  071009-细胞生物学  

现指导学生

程姣妮  博士研究生  071009-细胞生物学  

邓琪  博士研究生  071009-细胞生物学