高远研究员于2016年在中国科学院大学获得遗传学博士学位，之后在美国宾夕法尼亚大学和费城儿童医院进行博士后研究，2021年加入中国科学院北京基因组研究所任研究员、博士生导师，近年来以通讯或第一作者在Nature Methods、Science Advances、Trends in Genetics、Nature Communications、Advanced Science、Genome Biology及Briefings in Bioinformatics 等国际著名期刊上发表多篇论文。

　　课题组聚焦生物信息学算法开发及数据资源整合，并通过挖掘组学数据探究生命与健康前沿问题，研究方向主要包括：1.疾病及营养相关的功能微生物组学研究；2.人体及模式动物的空间组学研究；3.长读段高通量测序组学数据整合、分析及相关算法开发。其他详情请浏览实验室主页。

欢迎具有计算机科学、数学/统计、生物信息学及其他生物相关背景的考生报考！

0710J3-生物信息学
0710Z1-基因组学

生物信息学
基因组学

2013-09--2016-07   中国科学院大学   博士学位
2006-09--2009-07   中国科学院海洋研究所   硕士学位
2002-09--2006-07   中国海洋大学   学士学位

2021-06~现在, 中国科学院北京基因组所（国家生物信息中心）, 研究员
2018-10~2021-03,Children’s Hospital of Philadelphia, 博士后
2016-11~2018-09,University of Pennsylvania, 博士后

Bioinformatics and Systems Biology

Emerging Metabolic Engineering Strategies

1. Zhou Z^†, Zhang J^†, Zheng X, Pan Z, Zhao F*, Gao Y*. CIRI-deep enables single-cell and spatial transcriptomic analysis of circular RNAs with deep learning [J]. Advanced Science, 2024, DOI: 10.1002/advs.202308115.

2. Gao Y, Li H*. Quantifying and comparing bacterial growth dynamics in multiple metagenomic samples [J]. Nature Methods, 2018, 15(12): 1041.

3. Gao Y^†*, Wang F^†, Wang R^†, Kutschera E, Xu Y, Xie S, Wang Y, Kadash-Edmondson K, Lin L, Xing Y*. ESPRESSO: Robust discovery and quantification of transcript isoforms from error-prone long-read RNA-seq data [J]. Science Advances, 2023, 9(3), eabq5072.

4. Gao Y^†, Wang J^†, Zhao F*. CIRI: an efficient and unbiased algorithm for de novo circular RNA identification [J]. Genome Biology, 2015, 16(1): 4.

5. Gao Y^†, Wang J^†, Zheng Y^†, Zhang J, Chen S & Zhao F*. Comprehensive identification of internal structure and alternative splicing events in circular RNAs [J]. Nature Communications, 2016, DOI: 10.1038/ncomms12060.

6. Gao Y, Zhao F*. Computational strategies for exploring circular RNAs [J]. Trends in Genetics, 2018, 34(5): 389-400.

7. Gao Y, Zhang J, Zhao F*. Circular RNA identification based on multiple seed matching [J]. Briefings in Bioinformatics, 2018, 19(5): 803-810.

8. Wang J^†, Gao Y^†, Zhao F*. Phage–bacteria interaction network in human oral microbiome [J]. Environmental Microbiology, 2016, 7(18): 2143-2158.

9.  Xin R^†, Gao Y^†, Gao Y, Wang R, Kadash-Edmondson K & Xing Y*. isoCirc catalogs full-length circular RNA isoforms in human transcriptomes[J]. Nature Communications, 2021, 12(1): 1-11.

10. Tanes C^†, Bittinger K^†, Gao Y, Friedman S E, Nessel L, RoyPaladhi U, Chau L, Panfen E, Fischbach M A, Braun J, Xavier R J, Clish C B, Li H, Bushman F D, Lewis J D* & Wu G D*. Role of dietary fiber in the recovery of the human gut microbiome and its metabolome[J]. Cell Host & Microbe, 2021, 29(3): 394-407. e5.

科学数据自主应用软件研发，主持，国家重点研发（青年），2021-12--2025-11

微生物组菌株识别及其生长动力学量化的高精度计算方法研发，主持，自然科学基金（面上），2023-01--2026-12

多组学算法驱动的肿瘤微生物组与宿主互作效应解析，北京市“杰出青年”科学基金，主持，2023.10-2026.12

人才经费，主持，2023-01--2025-12

因科研工作需要，现公开招聘生物信息学方向助理研究员1名、工程师/助理工程师1名、特别研究助理（博士后）1-2名；实验生物学方向特别研究助理（博士后）1-2名。

有意者请将个人简历（包括教育和研究经历、反映本人科研能力的成果或奖励）以电子邮件形式发送到：gaoy(at)big.ac.cn，邮件主题请注明“应聘-岗位-姓名”。收到材料后，实验室将与合适的应聘者取得联系。

1.年龄不超过35周岁；近3年内获得或即将获得生物、数学/统计或计算机相关专业博士学位（申请助理工程师需计算机或数学/统计相关专业硕士学位）。
2.计算领域申请者要求具有基因组学数据分析经验，且熟悉linux开发环境并熟练掌握至少一门编程语言（python/java/c++/perl等）及R绘图，具备生物信息学算法开发经验者优先；实验领域申请者要求熟练掌握分子生物学实验技能，具备高通量测序建库经验或实验室管理经验者优先。
3.诚实稳重、责任心强，具有较好的组织、沟通和协调能力，富有团队合作精神，对科研工作充满热情。
4.以第一作者在国际期刊发表过论文，具备良好的专业英文读写能力，能独立开展科研工作。
5.申请助理研究员的，根据中科院规定需具有至少一个聘期的博士后研究经历。

根据申请者研究背景，提供具有竞争力的薪酬待遇：
1.特别研究助理（博士后）年薪25-35万（入选中科院特别资助项目的可获最高年薪40万）；
2.助理研究员/工程师 25-30万，助理工程师16-25万。
助理研究员及工程师为中级职称事业编制人员，助理工程师为初级职称事业编制人员，享受中科院正式员工福利（例如，根据人事政策应届生一般可获得北京户口），表现优秀者可获得推荐晋升高级职称或申请人才项目；特别研究助理（博士后）表现优秀者，聘期结束后可获得推荐留所长聘、出国深造及其他后续支持。