RNA生物学技术研发及调控机制和功能解析

   

071010-生物化学与分子生物学

RNA表观转录组学

2009-09--2014-07   中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）   理学博士
2005-09--2009-07   山东大学   理学学士

研究生

博士

2023-03~现在, 中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）, 卓越青年研究员
2018-05~现在, 中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）, 副研究员
2014-07~2018-05,中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）, 助理研究员

2023-05-01-今,Genomics, Proteomics & Bioinformatics期刊, 青年编委
2022-11-30-今,The Innovation期刊, 青年编委
2018-05-01-今,中国生物化学与分子生物学会核糖核酸协会, 青年工作委员会委员

分子遗传学和表观遗传学
基因组学概述
生物化学与分子生物学实验

   

（1） 科睿唯安2022年度高被引学者, 其他, 2022
（2） 中国科学院大学2020年校级研究生优秀课程, 部委级, 2020
（3） 中国科学院大学2019年学院级研究生优秀课程, , 部委级, 2019
（4） 第三届中国科协优秀科技论文, 国家级, 2018
（5） 2017年中国生命科学研究领域十大进展, , 国家级, 2017
（6） 2017年Sanofi-Cell Research杰出研究文章奖, 其他, 2017

（ 1 ） 链置换引物和细胞转录组文库构建方法, 发明专利, 2021, 第 7 作者, 专利号: CN111549025B

（ 2 ） RNA 5mC重亚硫酸盐测序的文库构建方法及其应用, 2018, 第 2 作者, 专利号: CN105132409B

   

（1） Nsun2 coupling with RoRγt shapes the fate of Th17 cells and promotes colitis, NATURE COMMUNICATIONS, 2023, 通讯作者
（2） scm 6 A-seq reveals single-cell landscapes of the dynamic m 6 A during oocyte maturation and early embryonic development, NATURE COMMUNICATIONS, 2023, 通讯作者
（3） RNA 5-methylcytosine regulates YBX2-dependent liquid-liquid phase separation, Fundamental Research, 2022, 
（4） scDART-Seq: Mapping m6A at single cell level, Molecular Cell, 2022, 通讯作者
（5） Phase separation of Ddx3xb helicase regulates maternal-to-zygotic transition in zebrafish, Phase separation of Ddx3xb helicase regulates maternal-to-zygotic transition in zebrafish, CELL RESEARCH, 2022, 第 4 作者
（6） Differential transcriptomic landscapes of multiple organs from SARS-CoV-2 early infected rhesus macaques, PROTEIN & CELL, 2022, 通讯作者
（7） The m(6)A reading protein YTHDF3 potentiates tumorigenicity of cancer stem-like cells in ocular melanoma through facilitating CTNNB1 translation, ONCOGENE, 2022, 第 8 作者
（8） RNA N-6-methyladenosine modulates endothelial atherogenic responses to disturbed flow in mice, ELIFE, 2022, 通讯作者
（9） Comprehensive analysis of RNA-seq and whole genome sequencing data reveals no evidence for SARS-CoV-2 integrating into host genome, Comprehensive analysis of RNA-seq and whole genome sequencing data reveals no evidence for SARS-CoV-2 integrating into host genome, PROTEIN & CELL, 2022, 通讯作者
（10） METTL3-dependent m(6)A modification programs T follicular helper cell differentiation, NATURE COMMUNICATIONS, 2021, 第 2 作者
（11） MYC promotes cancer progression by modulating m(6)A modifications to suppress target gene translation, EMBO REPORTS, 2021, 第 3 作者
（12） RNA methylations in human cancers, SEMINARS IN CANCER BIOLOGY, 2021, 通讯作者
（13） N-6-methyladenosine regulates RNA abundance of SARS-CoV-2, CELL DISCOVERY, 2021, 第 2 作者
（14） N-6-methyladenosine RNA modification suppresses antiviral innate sensing pathways via reshaping double-stranded RNA, NATURECOMMUNICATIONS, 2021, 第 7 作者
（15） METTL3-mediated mRNA N 6-methyladenosine is required for oocyte and follicle development in mice, CELL DEATH AND DISEASE, 2021, 第 3 作者
（16） OsNSUN2-mediated 5-methylcytidine mRNA modification enhances rice adaptation to high-temperature., Developmental Cell, 2020, 
（17） m^(6)A Regulates Liver Metabolic Disorders and Hepatogenous Diabetes, m6A Regulates Liver Metabolic Disorders and Hepatogenous Diabetes, GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS, 2020, 通讯作者
（18） RNA structural dynamics regulates early embryogenesis through controlling transcriptome fate and function, Genome Biology, 2020, 第 1 作者
（19） 5-methylcytosine analysis by RNA-BisSeq, Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.), 2019, 第 1 作者
（20） Dynamic methylome of internal mRNA N^7-methylguanosine and its regulatory role in translation, Dynamic methylome of internal mRNA N-7-methylguanosine and its regulatory role in translation, CELL RESEARCH, 2019, 通讯作者
（21） 5-methylcytosine promotes pathogenesis of bladder cancer through stabilizing mRNAs, NATURE CELL BIOLOGY, 2019, 第 4 作者
（22） More than one antibody of individual B cells revealed by single-cell immune profiling, CELL DISCOVERY, 2019, 第 4 作者
（23） m^6A promotes R-loop formation to facilitate transcription termination, m(6)A promotes R-loop formation to facilitate transcription termination, CELL RESEARCH, 2019, 第 5 作者
（24） m 6 A modification suppresses ocular melanoma through modulating HINT2 mRNA translation, MOLECULAR CANCER, 2019, 第 6 作者
（25） Single-cell RNA-seq highlights intra-tumoral heterogeneity and malignant progression in pancreatic ductal adenocarcinoma, CELL RESEARCH, 2019, 第11作者
（26） Yang X, Liu QL, Xu W, Zhang YC, Yang Y, Ju LF, Chen J, Chen YS, Li K, Ren J#, Sun QW# & Yang YG# (# co-corresponding author). m6A promotes R-loop formation to facilitate transcription termination., Cell Research, 2019, 
（27） RNA 5-Methylcytosine Facilitates the Maternal-to-Zygotic Transition by Preventing Maternal mRNA Decay, MOLECULAR CELL, 2019, 第 1 作者
（28） Interplay of LIS1 and MeCP2: Interactions and Implications With the Neurodevelopmental Disorders Lissencephaly and Rett Syndrome, FRONTIERS IN CELLULAR NEUROSCIENCE, 2019, 第 7 作者
（29） Insight into novel RNA-binding activities via large-scale analysis of lncRNA-bound proteome and IDH1-bound transcriptome, NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2019, 第11作者
（30） m6A Regulates Neurogenesis and Neuronal Development by Modulating Histone Methyltransferase Ezh2, m6A Regulates Neurogenesis and Neuronal Development by Modulating Histone Methyltransferase Ezh2, GENOMICS, 2019, 通讯作者
（31） Dynamic transcriptomic m^6A decoration: writers, erasers, readers and functions in RNA metabolism, Dynamic transcriptomic m^6A decoration: writers, erasers, readers and functions in RNA metabolism, CELL RESEARCH, 2018, 第 1 作者
（32） RNA修饰类型及调控蛋白, Types and regulatory enzymes of RNA modifications, 生命科学, 2018, 第 2 作者
（33） METTL3-mediated N^6-methyladenosine mRNA modification enhances long-term memory consolidation, METTL3-mediated N^6-methyladenosine mRNA modification enhances long-term memory consolidation, 细胞研究：英文版, 2018, 第 6 作者
（34） METTL3-mediated m6A modification is required for cerebellar development, PLOS BIOLOGY, 2018, 
（35） RNA甲基化修饰调控和规律, RNA methylation:regulations and mechanisms, 遗传, 2018, 第 1 作者
（36） 5-methylcytosine promotes mRNA export — NSUN2 as the methyltransferase and ALYREF as an m~5C reader, CELLRESEARCH, 2017, 第 2 作者
（37） Cytoplasmic m6A reader YTHDF3 promotes mRNA translation, Cell Research, 2017, 
（38） Mettl3-Mediated m6A Regulates Spermatogonial Differentiation and Meiosis Initiation, CELL RESEARCH, 2017, 第 2 作者
（39） m(6)A modulates haematopoietic stem and progenitor cell specification, NATURE, 2017, 第 5 作者
（40） Immune Regulator MCPIP1 Modulates TET Expression During Early Neocortical Development, STEM CELL REPORTS, 2016, 第 4 作者
（41） Dynamic m6A modification and its emerging regulatory role in mRNA splicing, SCIENCE BULLETIN, 2015, 第 1 作者
（42） FTO-dependent demethylation of N6-methyladenosine regulates mRNA splicing and is required for adipogenesis, CELL RESEARCH, 2014, 第 2 作者
（43） Mammalian WTAP is a regulatory subunit of the RNA N6-methyladenosine methyltransferase., CELL RESEARCH, 2014, 第 13 作者
（44） Redox-active quinones induces genome-wide DNA methylation changes by an iron-mediated and Tet-dependent mechanism, NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2014, 第 2 作者
（45） FTO and Obesity: Mechanisms of Association, CURRENT DIABETES REPORTS, 2014, 第 2 作者
（46） Ascorbic Acid Enhances Tet-Mediated 5-Methylcytosine Oxidation and Promotes DNA Demethylation in Mammals, JOURNALOFTHEAMERICANCHEMICALSOCIETY, 2013, 第 5 作者
（47） Methylated nuclear RNA is the main substrate of the obesity-associated FTO protein, Nature Chemical Biology, 2011, 第 1 作者
（48） N6-methyladenosine RNA modification suppresses antiviral innate sensing pathways via reshaping double-stranded RNA, SPRINGER, 第 2 作者
（49） Characteristics of N6-methyladenosine Modification During Sexual Reproduction of Chlamydomonas reinhardtii, GENOMICS, PROTEOMICS & BIOINFORMATICS, 第 7 作者
（50） METTL3-dependent m6A modification programs T follicular helper cell differentiation, SPRINGER, 第 1 作者
（51） Dynamic DNA 5-hydroxylmethylcytosine and RNA 5-methycytosine Reprogramming During Early Human Development, GENOMICS, PROTEOMICS & BIOINFORMATICS, 第 6 作者

（1） 《精准医学基础系列》（第11章. RNA修饰与疾病的精准医疗）, 上海交通大学出版社有限公司, 2018-03, 第 其他 作者
（2） RNA甲基化表观转录组学, 浙江大学出版社, 2021-02, 第 其他 作者
（3） 表观遗传学, 科学出版社, 2022-11, 第 其他 作者

   

（ 1 ） RNA甲基化修饰调控血液血管发育机制研究, 参与, 国家任务, 2019-09--2024-08
（ 2 ） 中国科学院青年创新促进会优秀会员, 负责人, 中国科学院计划, 2023-01--2025-12
（ 3 ） 基因组修饰多维组学分析技术与标准化研究, 参与, 中国科学院计划, 2020-01--2024-12
（ 4 ） 单细胞RNA甲基化测序技术开发与应用, 负责人, 地方任务, 2020-09--2023-08
（ 5 ） 单细胞RNA m5C测序技术研发, 负责人, 国家任务, 2021-01--2023-12
（ 6 ） 新型核酸修饰的检测鉴定、功能调控与化学干预, 参与, 国家任务, 2022-01--2024-12
（ 7 ） 日本三角涡虫再生RNA表观遗传学研究, 负责人, 国家任务, 2018-01--2021-12
（ 8 ） RNA新型修饰调控多能性干细胞初始态和始发态转变机制研究, 参与, 国家任务, 2018-07--2022-12

（1）scm6A-seq reveals single-cell landscape of the dynamic m6A during oocyte maturation and early embryonic development   第四届全国核糖核酸（RNA）青年学术会议   2023-04-20
（2）RNA甲基化修饰调控发育和疾病机制   万方医学助力颠覆性前沿技术应用发展系列论坛   2023-03-07
（3）RNA甲基化修饰调控再生和T细胞免疫   中国抗癌协会肿瘤病理专业委员会肿瘤分子病理协作组第四届年会   2022-09-18
（4）WTAP-mediated cell-cell communication controls planarian regeneration   中国生物化学与分子生物学会2021年全国学术大会   2021-11-24
（5）m6A-mediated cell-cell communication controls planarian regeneration   第十一届全国核糖核酸（RNA）会议   2021-07-04
（6）RNA methylation regulates regeneration of the planarian Schmidtea mediterranea   中科院青促会第三届青年生命科学论坛   2021-06-06
（7）Mettl3-mediated N6-methylcytosine regulates RNA abundance of SARS-CoV-2   2020-12-19
（8）RNA 5-Methylcytosine Facilitates Maternal-to-zygotic Transition through Preventing Maternal RNA Decay   第一届全国核糖核酸（RNA）青年学术会议   2019-05-11
（9）RNA m5C修饰影响斑马鱼胚胎发育的分子机制   首届群英汇智青年学者论坛   2019-05-10
（10）RNA m5C修饰的分布及功能研究   中国细胞生物学学会2018年全国学术大会   2018-04-10

已指导学生

郭静云  硕士研究生  085238-生物工程  

梁承志  硕士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

陈静  硕士研究生  085238-生物工程  

普俊铭  硕士研究生  071007-遗传学  

现指导学生

夏双燕  硕士研究生  0710J3-生物信息学  

古烨  硕士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

钟帅  硕士研究生  0710Z1-基因组学